閹黨工部主事曹欽程出面，劾奏趙南星、高攀龍、黃尊素、魏大中等人收受賄賂。
崔呈秀急不可耐，向魏公公呈獻《天鑒》、《同志》兩部名單錄，把葉向高列為東林黨之首，《同志》列陳宗器等詞林部院卿寺等大臣，登名造冊，以供閹黨抓人有依有據。閹黨王紹微又獻《點將錄》，這個目錄更是鮮活形象，以水滸一百單八將為藍本，其「首領」為「天罡星」三十六人，托塔天王李三才、及時雨葉向高、浪子錢謙益、聖手書生文震孟、大刀楊漣、智多星繆昌期等；又有「地煞星」七十二人，包括神機軍帥顧大章、旱地忽律游大任等。魏公公聽人念這個，高興得手舞足蹈。昔日在市井為無賴時，魏忠賢最愛聽水滸、三國，如今有這麼一個「點將錄」，他不能不為之開顏。
可笑的是，魏忠賢拿王紹徽《點將錄》給明熹宗看，這小夥子看見「托塔天王」四字，不知何解，他沒聽過《水滸》說書，自然不知這些綽號由來。魏公公來了精神，給皇帝大講特講起《水滸傳》中「托塔天王」晁蓋等人智劫「生辰鋼」
的故事。皇帝越聽越入神，大叫「托塔天王真是神勇有智！」這一來，論事離題，怕皇帝對現實名錄中的「托塔天王」東林黨人等大臣產生聯想的好感，魏忠賢此後再也不給天啟帝《點將錄》看。（史家研究，《點將錄》很可能是閹黨阮大鋮代作，這位戲曲大家擅長此種東西，他自己上獻魏公公《百官圖》，更形象地以畫圖方式來教魏忠賢按部就班殺人。）汪文言為人是條剛烈漢子，在獄中兩個多月受盡常人想像不到的刑訊，至死不攀誣諸大臣。主審閹黨許顯純力逼他指稱楊漣受熊廷弼之賄，汪文言仰天大呼：「哎！世上豈有貪贓的楊大洪，天下人誰信！」大洪，乃楊漣別號。
汪文言不承認也不要緊，許顯純自己撰寫「供詞」，然後抓住已經被打死的汪文言手指往案卷上「按手印」。
天啟五月（1625年）秋，楊漣、左光斗、周朝瑞、顧大章等先前劾奏魏忠賢最力的言官即被逮捕入北鎮撫司。閹黨許顯純備極楚毒，嚴刑拷掠諸人。
楊漣等人堅持不認罪。其間，左光斗對同牢的人說：「閹黨殺我輩有兩法，乘我等不服罪，嚴刑致我們死地；其二，在獄中暗害我們，慢慢報稱我們是病死。
不如我們現在先行認罪，執送法司，或可免於立死。」諸人覺得有理，就暫時承認受賄的罪名。
壞人的卑鄙和陰險，超出一般君子人的想像力。閹黨早有心理準備，左光斗等人承認「受賄」，正好給了他們「追比」的機會。所謂「追比」，又稱「杖比」
，即犯人每次受杖刑，均定出下一次交出賄銀的日期，到時候交不出，又會再以大杖伺侯。一般是每五日一比，犯人只能被迫說出下一次交銀日期。只要吐不出所承的受賄銀兩數目，就會五日一刑，無休止折磨下去。
身為朝臣武夫，閹學錦衣衛幫凶許顯純陰毒如蠍，他叱命昔日的這些同僚疊跪階前，剝去衣服，裸體反接，戴枷受刑。杖打之後，又處以夾刑，日夜拷掠，慘毒無比。打了十多天，諸人已經連跪都跪不住。均身荷百餘斤大木枷葡伏於地受杖。
於是，二十多天後，先前首疏魏忠賢二十四大罪的楊漣先被拷掠死。死時土囊壓身，兩隻大鐵釘貫耳，慘狀讓人不忍卒睹；緊接著，魏大中被打死，屍體潰爛，筋骨皆碎；接著，左光斗、周朝瑞等人相繼被殘殺。「遼案」主犯熊廷弼也被押入鬧市，公開問斬。熊廷弼被殺前肯定納悶，怎麼有這麼多東林「同志」陪綁被殺？前些年熊廷弼在朝中當御史時，性剛好罵，專門與姚宗文等人排斥東林黨人，他與這些東林黨根本就不是「同路人」。其後，閹黨當廷杖死熊廷弼姻親、御史吳裕中。對於被害諸臣家屬，魏閹黨人仍不放過，繼續嚴刑求比。
根據吳應箕《熹朝忠節死臣列傳》統計，死於魏忠賢閹黨之手的，最早是被杖死的萬燝；汪文言一案左光斗、楊漣等六人慘死；閹黨李實誣奏致死的有周順昌、高攀龍、李應升等七人；以逆黨罪逮入獄中拷掠至死的有王元相等十六人；劉鐸之因作詩嘲諷魏忠賢被殺於市；蘇繼歐等七人得罪閹黨被縊死；趙南星在戌所被折磨死。每弄死一個大臣，閹黨許顯純就會剔取死者喉骨裝入一小盒內，在封識上寫清死者姓名，送交魏忠賢為驗信。
緊接著，閹黨瘋狂在朝廷進行「大清除」，把不附於已的尚書李宗延、張問達以及侍郎公鼐等五十多正、副部級官員削逐出廷，朝暑一空。吏部尚書趙南星被遣送振武衛勞改，並累死在戌所。趙南星與閹黨魏廣微父親還是好友，他再入朝後待小魏以子侄輩之禮，激起魏廣微私恨，竟致父親老友於死地。
在竄逐異已的同時，魏忠賢遍植私人黨羽於要津，所以，當時的朝廷，實為魏忠賢朝廷，他本人獲得明熹宗賜印，文曰「顧命元臣」。客氏也有賜印，文曰「欽賜奉聖夫人」。大家甭以為這兩塊印最大不過是玉璽大小。不對，每塊印用黃金鑄成，重三百兩。巨大金印，以老魏魁梧的體格，他自己都拿不起這塊大金印。
明熹宗根本不知外朝之事，終日家人歡會一般與客氏、魏忠賢遊玩。一次，皇帝本人在西苑湖面與兩個小宦官划船玩，邊玩邊與岸上敞坐飲酒的魏、客二人笑樂招呼。忽然一陣風起，小船翻覆，明熹宗摔入水中。魏忠賢、客氏相顧錯愕，不知如何是好。幸虧明熹宗會幾下狗刨，撲騰上岸。兩個小宦者旱鴨子，沉入水底淹死。這次很懸，明熹宗差點步昔日正德皇帝後塵。
氣焰熏張，熱火烹油，魏忠賢藉助東廠特務機關，橫行肆意，破家敗戶，凡是被他們盯上的，三族九宗，均頓成齏粉。一般官員百姓自不必講，連寧安大長公主兒子李承恩這樣的皇親，由於魏公公貪圖他家中御賜器物，便誣其偷盜宮中御物，逮起來弄死，然後把財物抄收後全部運入自己宅中。
同時，魏公公拔苗助長，竭力培植自己家族勢力，以其侄魏良卿為僉書錦衣衛，掌南鎮撫司事；以其侄魏希孟為錦衣同知，控制錦衣衛；以其族叔魏志德其外甥傅之琮、馮繼先為都督僉事，掌御林軍；內廷太監方面，王體乾、李朝欽等三十餘人對他「熱烈擁護」；外廷方面，文臣有崔呈秀、田吉、吳淳夫、李夔龍、倪文煥雲出壞主意，外號「五虎」；武臣有田爾耕、許顯純、崔應元、孫雲鶴、楊寰等負責殺人清除異已，號「五彪」；又有吏部尚書周應秋等人管「組織人事」，號「十狗」；又有「十孩兒」、「四十孫」等名號，不可數計。自內閣、六部至四方總督巡撫，魏忠賢皆遍布死黨，內外大權，一歸於魏忠賢一人之手。
其間好笑的是，閹黨太僕少卿曹欽程與諸人關係不睦，被削籍為民，排擠出朝。老曹辭行，到魏忠賢面前哭辭：「君臣之義已絕，父子之恩難忘！」魏公公心中厭惡此人，迎頭一口大濃痰，老曹狼狽踉蹌而去。魏忠賢敗後，曹欽程被下獄論死，關在牢中好多年，其家人不送飯給他。老曹天天搶奪其他同牢囚犯的伙食，終日醉飽。李自成攻破北京，曹欽程破獄投降，最後隨闖賊敗走，不知所終。
為了進一步打擊東林黨人，魏忠賢又讓閹黨閣臣顧秉謙總裁，會修《三朝要典》，詳細記述「紅丸案」、「梃擊案」、「移宮案」，想把「三案」顛倒黑白，鑄成鐵案。
天啟六年，錦衣衛去蘇州逮捕吏部主事周順昌時，由於緹騎霸橫，周順昌民望又好，市民顏佩韋等人率眾勇為，打死緹騎特務三人，幾乎釀成一次大的民變。
當然，最後周順昌以及要救他的顏佩韋等五烈人皆被殺。中學課本中的《五人墓碑記》，詳細地記載了這件事情的始末。其實，此類民變也是一個苗頭，說明明王朝的統治，確有日薄西山之感。基層百姓心中的怨恨，皆入火山內的融漿一樣，蓄勢待發。
一改以前太監上疏自稱「奴婢」的稱呼，魏忠賢自稱「臣」；一改以前宦者稱皇帝為「萬歲爺」，魏忠賢改稱「皇上」、「陛下」，把自己這種沒老二的公公等同於外廷大臣。而且，此時的魏忠賢，已經被宮內宦官們稱為「九千歲」，只要是逢他生日，「千歲、千歲、千千歲」之聲，轟響若雷，在禁宮中經久回蕩。
外廷大臣更有無恥者，拜見魏公公時稱諛他為「九千九百歲」，比皇帝只差「一百歲」。
為了宣示威儀，每次外出，魏忠賢均乘坐華麗異常的羽幢青蓋文軒車，四匹如龍駿馬拉引，周遭握刀騎衛錦衣衛列侍，加上優伶、百戲、廚傳，下人等雜役人等，隨從萬人左右。魏公公喜愛大戲一樣的排場，途中饒鼓雷鳴，敲敲打打，吹吹奏奏，煙塵避天，旗幟匝地，道旁行人總誤會是天子駕到。
魏公公老姘頭客氏當仁不讓。每次出行，盛服靚妝，幾十歲的老娘們描眉塗眼，打粉打腮，有太監王朝忠等數十人皆腰纏紅玉帶作前驅，隨從甚盛。她還常常在禁宮內坐乘馬車四處遊逛，到乾清宮聖駕休息處也從不下車，太上奶奶一樣。
客氏很喜在晚夜出宮回私宅，燈炬徹地，照如白晝。其馬車四周，數百宮女著穿華美宮衣，各提燈