北京大學法律學系副教授、北京大學司法鑒定辦公室主任孫東東和北京大學法學碩士、主治醫師吳劍鋒認為，我國現行的由省、地、縣三級醫療事故技術鑒定委員會全權負責本地區的醫療事故鑒定工作的醫療事故鑒定體制，經過10年來的實踐，其弊端已充分顯露。
現有醫療事故鑒定體制與三個基本法相衝突。作為國家基本法的《刑事訴訟法》、《民事訴訟法》和《行政訴訟法》，對有關鑒定問題明確規定，司法機關對專門性問題認為有必要進行鑒定的，可委託、聘請或指派專門技術人員進行鑒定。同時還規定，司法人員在收到鑒定人員出具的鑒定書後，必須審查其客觀真實性，之後決定是否採信。而《醫療事故處理辦法》則規定，鑒定委是醫療事故鑒定的惟一合法組織，只有它的鑒定結論才能作為認定和處理醫療事故的依據，這顯然與國家的三個基本法相衝突。
在《中外法學》1998年第5期上，孫東東、吳劍鋒深刻剖析了當前我國醫療事故鑒定體制的種種弊端。
根據證據學的一般原理，所謂醫療事故鑒定應為司法機關或衛生行政管理機關為確定某醫療行為是否存在過失以及與受治療人的死亡、殘廢、組織器官損傷及功能障礙的因果關係，該行為是否構成醫療事故或差錯等涉及醫療行為的專門問題，委託、聘請或指派具有專門知識的專業人員對上述問題進行分析、判斷，向委託（或聘請、指派）機關提供專家證言一一提供證據的過程。鑒定結論是一種獨立證據，是對客觀事實的認定，它與其他證據一樣，必須具備合法性、客觀性和相關牲，否則鑒定結論必然失真。導致鑒定結論失真的原因主要包括體制原因和鑒定人的業務水平原因兩個方面。相對而言，導致我國目前醫療事故鑒定結論失真的首要原因是鑒定體制存在著嚴重的弊端。
依照「鑒定委員會是本地區醫療事故技術鑒定的惟一合法組織，只有它的鑒定結論才能作為認定和處理醫療事故的依據」的規定，鑒定委員會作為被行政機關指定的「惟一」鑒定機構，一旦成立便具有排他性的「鑒定權」。但從法理上分析，這一授權行為超越了行政許可權。因為醫療糾紛最終要解決的問題是民事賠償問題，甚至需追究刑事責任的司法問題，而不僅僅是衛生行政管理機關對有關醫療機構和責任人的行政處理。故醫療事故鑒定行為本身已不單是衛生行政管理機關所屬鑒定機構的行政行為，它涉及到司法行為。《辦法》規定的醫療事故鑒定委員會是醫療事故技術鑒定的惟一合法組織，只有它的鑒定結論才能作為認定和處理醫療事故的依據，顯然與國家的三個基本法衝突。結果是對同一個醫療行為是否構成事故，衛生行政管理機關所屬的「惟一」鑒定機構與司法機關指定的專門鑒定機構所出具的鑒定結論往往相互矛盾。如某省的一所縣醫院在為患者楊某診治右側腎臟挫裂傷過程中，經治醫生在未對患者詳細調查病史、詳細體檢的情況下，對患者實施了「剖腹探查手術」，術中見右側腎臟腫大，擠壓有血尿流出，遂將傷腎切除。術後患者持續數日無尿。追問病史得知患者曾有過腎炎病史。行B型超聲波檢查左側腎，發現左側腎為多囊腎，無功能。不久，患者楊某因腎功能衰竭、尿毒症死亡。經治醫生在這一醫療行為過程中，明顯地違反了外科學關於腎損傷首選非手術治療以及在必須確認對側腎功能良好的情況下，方可切除患腎的最基本的治療原則。手術切除腎臟是導致患者死亡的直接原因已是再明顯不過了，按照《辦法》的規定該醫療行為已構成一級責任事故。但該省的縣、市、省三級醫療事故鑒定委員會所出具的鑒定結論均否認是醫療事故。為了公正審理本案，當地中級人民法院委託外地的某司法鑒定專門機構進行了鑒定，結果是確認了切腎手術與患者死亡的因果關係。如此兩種鑒定結論相互矛盾狀況的成因，首先便是現行醫療事故鑒定製度與司法的不協調。
根據法制的統一性要求，行政與司法應當保持一致，而且行政調處糾紛的裁決，並非最終裁決，最終裁決權歸於司法。否則，法律所維護的社會價值也必然出現矛盾或分歧。在目前醫療事故鑒定體制下，在行政權力範圍內組織鑒定機構並授予鑒定的權力，從形式上看似乎是合法的，但它實質上卻不符合現代法制的要求。
另外，醫療機構一旦出現醫療糾紛，由衛生行政管理機關管理的醫療事故鑒定委員會對在該機關轄區內直接行政隸屬或業務管理的醫療單位的醫療行為進行鑒定，他人更是難以進行監督。而且這種包含著類似「父子」關係的鑒定體制，是直接產生腐敗的溫床。
隨著我國經濟和法制建設的迅速發展，民眾的醫療保健需求和法律意識不斷提高。而我國目前醫療衛生事業管理的法制化進程相對落後於其他領域，已不能適應社會發展的需要。特別是現行醫療事故鑒定體制的問題尤為突出。因此，改革現狀，使其適應社會發展的需要已勢在必行。
首先應當是有關人員觀念的轉換，樹立法律意識。有關部門在遴選鑒定人時，應事先對候選人進行必要的法學知識培訓和考核，使鑒定人真正做到具備醫學和法律雙重專業背景。同時，逐步建立健全獨立的醫療事故鑒定人名冊制度和具體案件的鑒定人三方選任制度。獨立鑒定人名冊制度是由國家司法行政機關會同衛生行政管理機關，將全國範圍內的具備醫療事故鑒定人資格的人員的姓名、性別、專業特長、職稱、服務機構、聯繫方法等背景資料編輯成冊，存於司法機關、衛生行政管理機關，以備選任。在冊鑒定人每年須通過國家司法行政機關對其的資格年檢註冊，否則其鑒定人資格將被註銷。具體案件的鑒定人三方選任制度則是指在對某一具體醫療事故糾紛案件進行鑒定時，鑒定人的選任由糾紛雙方當事人分別從鑒定人名冊中挑選人數相等的鑒定人，雙方已選定的鑒定人再協商選任一名第三方鑒定人，若協商不成，則由司法行政機關或由審理該案件的人民法院選任一名第三方鑒定人。由三方選任的鑒定人共同組成該案件的鑒定機構（如鑒定小組），並由第三方鑒定人擔任該機構的主持人，鑒定人均以個人的身份進行鑒定。
其次是調整醫療事故鑒定委員會的結構和職能。為了便於開展醫療事故鑒定工作，實現互相監督、互相協助、互相制約的法制原則，醫療事故鑒定委員會的成員應由當地人民法院、人民檢察院和公安、司法、衛生行政管理機關的有關負責幹部和專家共同組成。鑒定委員會負責當地醫療事故鑒定的鑒定人遴選，組織、協調和監督具體案件的鑒定工作等，但鑒定委員會不得干涉鑒定人獨立行使鑒定權利和承擔義務。這樣有利於鑒定人獨立判斷，使鑒定結論不會因受某一個部門的意志影響而失真。
鑒於我國多年來行政管理機關運作的傳統模式以及部門之間的利益分配等特殊國情，在短時間內建立健全一整套獨立的、由司法行政機關管理的醫療事故鑒定體系是不現實的，但是，近期實行多元化的醫療事故鑒定體制是完全可行的，即由衛生行政管理機關管理的醫療事故鑒定委員會和司法機關、司法行政機關所屬或業務管理的專門司法鑒定機構共同承擔醫療事故的鑒定任務。
1999年4月5日的《檢察日報》，發表了李和仁對中國政法大學教授、中國法學會刑法學研究會副總於事、最高人民檢察院研究室顧問梁華仁的採訪。梁教授對醫療事故的法律處理頗有研究，曾專門著有《醫療事故的認定與法律處理》一書。
梁教授認為，醫療事故的處理是一項技術性和政策性很強而又極其複雜的工作。國務院發布的《醫療事故處理辦法》，結束了長期以來我國對醫療事故處理無法可依的歷史，使醫療事故與糾紛的處理工作走上了法制軌道。但是在10多年的實踐中，《醫療事故處理辦法》也暴露出一些問題和弊端，特別是在醫療事故的鑒定中，存在醫療鑒定機構人員的組成不合理、法律監督薄弱、鑒定結論的地位不明確等問題。這些問題嚴重影響了對醫療事故糾紛的處理，不利於醫患雙方合法權益的保護和社會穩定。
根據《醫療事故處理辦法》，醫療事故的技術鑒定工作，由省、地區（市）、縣三級醫療事故鑒定委員會負責，在實際工作中，各級醫療事故鑒定委員會雖經各級人民政府批准，但它的成員主要由各醫療單位的有關專家和衛生行政管理幹部組成，日常工作由各級衛生行政機關（即醫院的上級主管部門）負責。令人對鑒定結論的科學性、客觀性和公正性產生懷疑，進而影響醫療事故鑒定委員會的權威性。
另外，根據《醫療事故處理辦法》，醫療事故鑒定委員會作出的鑒定結論是處理醫療事故的法定依據。然而，從司法角度看，醫療事故的技術鑒定，僅僅是提供一種證據，法院在審理中有權對鑒定結論作出確認與否的決定。因此，有人認為，省級醫療事故鑒定委員會作為「最終鑒定」的法律效力也是受到懷疑的。
由此可見，醫療事故鑒定的問題主要表現在兩點：一是鑒定缺乏非醫療行政部門監督，二是鑒定缺乏