【●禁門之變】
元治元年（1864年）六月五日爆發的「池田屋事變」，使得長州激進尊攘派的活動從地下轉入地上，毛利家三名尊攘派的家老——益田右衛門介、福原越後和國司信濃——在中下級武士的煽動下，決定指揮兵馬進京，對「八月十八日的政變」提出申訴。這種輕率的舉動受到了高杉晉作、久坂玄瑞等穩健派的反對，然而他們的努力勸說最終化成了泡影，長州軍還是出動了，將領除三家老外，還包括「游擊隊」隊長來島又兵衛，以及被迫從征的久坂玄瑞等人。
長州藩最初的藩論是傾向於鎖國佐幕的，就在「櫻田門外之變」前後，長州藩內製定了三條基本綱領，那就是：一，尊王；二，佐幕；三，恪守藩祖（毛利輝元）以來的忠義之心。然而重臣長井雅樂卻跳出來大唱反調，向藩主毛利敬親提出了《航海遠略策》，指出毀約攘夷是沒有好結果的，只有公武一心，開國進取，才能挽救艱危的時局。長井思想的基調，對內是公武合體，對外是開國，在得到毛利敬親的首肯後，他前往江戶說服了老中安藤信正和久世廣周，又進京說服了天皇和許多公卿，為把公武兩家拉上同一輛戰車而費盡了心機。
然而長井雅樂的「航海遠略論」卻遭到長州藩內尊攘派的激烈反對，以松陰門下弟子桂小五郎和久坂玄瑞等人為首，紛紛提出必須「先攘夷，後開國」，想在不先解決內部矛盾、改革政治以前就向西方列強敞開大門，根本就是開門揖盜。曾經支持過吉田松陰的重臣周布政之助也站在小五郎等人一邊，於是眾人齊心協力把長井雅樂趕下了台。
長井雅樂在文久三年（1863年）二月切腹自殺，從此長州藩論全面轉向尊王攘夷，並最終發動兵馬上洛，釀成了血腥的「禁門之變」。
且說長州軍總計三千人，分海陸兩道殺往大坂，隨即以伏見的長州藩邸為據點，大舉向京都進發。當時守衛京都的是包括薩摩、會津在內的共三十個藩的部隊，就兵力來說，長州軍完全落在下風。然而被熱血沖昏了頭腦的長州激進尊攘派卻根本看不清形勢，在他們想來，只要通過公卿上奏天皇，說明自己的尊攘大義，則天皇自然會站到自己一邊，到了那個時候，薩摩、會津等藩的武士，難道還敢違逆天皇的旨意嗎？
然而事實上當時的孝明天皇並無從幕府手中收歸權力的野心，同時因為去年幾場失敗的攘夷戰爭，也已經很明確地表過態：「征服醜夷乃國家之大典……無謀之攘夷實不為朕之所望……」所以天皇是根本不會主動走出皇宮，接納長州志士們的所謂忠心的。
皇宮四周布列著各藩軍隊，而長州軍則分扎在嵯峨天龍寺、山崎天王山和伏見三處，與各藩遙遙相對。六月二十七日，松平容保命令各藩部隊加強皇宮各門的警備，勿使長州一人一騎進入。七月三日，他又寫信給福原越後，要求長州軍儘快撤出京都附近地區，否則後果自負。
長州軍不甘心就此退出洛中，可是面對數倍於己的兵力，也不敢貿然發動攻擊。就這樣，隨著時間的流逝，形勢對幕府方越來越有利，七月十八日夜晚，松平容保終於請到了幕府討伐長州的敕命，隨即帶病出陣，指揮各藩軍隊向長州軍發起猛攻。
長州軍得到消息後，騎虎難下，被迫分道殺向皇宮，激烈的戰鬥就這樣打響了。山崎方面屯紮著長州軍的主力，主要將領有久坂玄瑞、益田右衛門介、真木和泉等人，首先遭到諸藩聯軍的進攻，被迫向後退卻。為了掩護主力部隊，同時扭轉戰場形勢，另外兩路長州軍大踏步地向皇宮挺進，先鋒來島又兵衛親率兩百名部下直衝向蛤御門。
當時守備蛤御門的乃是八百名會津藩兵，看到長州軍洶湧殺來，匆忙奮起迎戰，雙方就此在御門前展開了激斗。作為天龍寺方面主將的國司信濃緊跟在來島又兵衛之後加入戰團，高呼「殺敗會奸，衝進皇宮去求見天皇陛下」等口號拚死奮戰，會津軍力不能敵，節節敗退，眼看御門就要被長州軍攻破了。
然而就在這個時候，一直駐紮在附近、守護乾御門的薩摩島津軍卻開始行動了。島津方主將正是前幾年投海不死的西鄉吉之助隆盛，在他的指揮下，兩百餘名薩摩藩兵救援蛤御門，突然出現在長州軍的背後。遭到前後夾擊的長州軍瞬間崩潰，素有「鬼來島」之稱的勇士來島又兵衛身中銃彈，自度不得倖免，於是含恨切腹而死。
就這樣，長州軍最後一線轉敗為勝的希望就此破滅，三路軍隊陸續都被擊潰。久坂玄瑞被迫闖入公卿鷹司邸，想要負隅頑抗，結果被薩摩、會津、桑名等藩兵團團圍住。惡戰一場後，玄瑞和好友寺島忠三郎一起含淚對刺而死。
最後斃命的長州軍大將是真木和泉，他依靠天王山地勢之險，一直固守到八月二十一日，掩護三位家老順利撤退，然後也被迫自盡了。這就是著名的「蛤御門之變」，也稱「禁門之變」，長州藩第一次明確地打出尊王倒幕的旗幟，但因為準備不夠充分，敵我力量對比過於懸殊，最終以全面潰敗而告終。據說經此一戰，長州藩尊攘志士戰死達三百餘人，藩中輿論為之大變。
【●功山寺起義】
「禁門之變」爆發後，幕府傳令各地諸侯，以前尾張藩主德川慶勝為總督，越前藩主松平茂昭為副將，聯軍討伐長州。然而此時幕府權威已墮，諸侯各抱觀望之心，都不肯使出全力，擔任討伐軍總參謀的薩摩重臣西鄉吉之助遂提出一計，要「以長州人來處置長州人」——這一計畫取得了完美的成功。
且說討伐軍是元治元年（1864年）八月二日出動的，然而還沒等走到長州，八月五日，英、美、法、荷四國聯合艦隊駛入關門海峽，對長州重鎮下關展開了猛烈的炮擊——這是對去年長州藩攻擊美、法等國船隻而採取的報復行動。於是藩內保守派椋梨藤太等人趁機向毛利敬親提出，只有排斥尊攘派，並且立刻向幕府謝罪，「純一恭順」，才能挽救毛利家瀕臨滅亡的命運。
在這些保守派，也被稱為「俗論派」的打擊下，周布政之助被迫自殺，激進攘夷派的代表井上聞多（馨）遭到保守的「選鋒隊」的襲擊，傷重而遁。於是毛利敬親勒令益田右衛門介、國司信濃、福原越後三家老自盡，同時破棄重鎮山口城，交出落難的五位公卿（七卿或死或走，留在長州的還有五個），親筆寫信向幕府謝罪，用這些屈辱的條件勸退了討伐軍。
這就是第一次「征長之戰」，在西鄉吉之助的謀划下，長州藩不戰而敗，藩內尊攘勢力幾乎被掃蕩一空。然後，就該輪到狂飆突進的高杉晉作出場了。
與絕大多數尊攘志士不同，高杉晉作出身於一個中上級武士家庭。因為高杉氏的家紋為「丸之四割菱」，所以有傳說出自甲斐武田氏，先祖是戰國時代的備後國高杉城主武田小四郎春時。晉作的父親高杉小忠太領二百石俸祿，就其在長州藩內的身份來說，可比德川幕府的旗本。晉作初名和介，自小聰穎，在藩校「明倫館」中取得了優異成績，得到毛利敬親、定廣父子的稱讚。
當時在「明倫館」中還有一個高材生，同時也是高杉晉作的好友，那就是久坂玄瑞，經過玄瑞的介紹，晉作與其同時投拜在吉田松陰門下——照理說，松下村塾所招收的大多是中下級武士學生，晉作本來是不可能想到要去那樣一個鄉下學校進修的。
在村下村塾的日子裡，高杉晉作受到吉田松陰深刻的影響，同時他還四處遊歷，先後向思想家佐久間象山、橫井小楠等人求教，思想傾向逐漸轉變為尊王攘夷。而因為他的學習成績良好，遂被與久坂玄瑞，入江久一併稱為「松下三高足」。
文久元年（1861年），晉作被選為世嗣毛利定廣的小姓役，也就是青年侍衛官，隨即他獲得許可，乘坐木船「千歲丸」渡海前往上海考察和學習。此時正值太平天國運動席捲中國東南半壁，西方列強協助清政府鎮壓這次運動，從而更進一步地把中國半殖民地化，上海是全中國苦難的最鮮明的縮影。在上海的這段日子裡，晉作的思想開始發生轉化，一方面產生嚴重的危機感，深知日本若不革新自強，結果必將比清朝更慘，另方面，他的對外傾向也逐漸轉向開國。
回藩後，高杉晉作提出「大割據」策略，想要以長州藩為基地率先進行改革，從而逐漸向外影響整個日本。在他的建議下，毛利敬親答應組建一支「奇兵隊」，和舊有的藩兵不同，這支部隊不論出身，其中既有武士，也有很多商人、城市平民和農民的子弟。高杉晉作成為「奇兵隊」的總督，自號東行，毛利敬親則名其為東一（東邦第一人）和谷潛藏（深谷潛龍）。
受到「奇兵隊」的影響，長州藩內各種半軍事性組織逐一被建立了起來，比如前面提到過的來島右兵衛的「游擊隊」，以及伊藤俊輔（博文）的「力士隊」、吉富藤兵衛的「鳴城隊」、品川彌次郎的「御楯隊」，還有「荻野隊」、「膺懲隊」、「第二奇兵隊」，等等。其中就人數和軍事實力來說，當然以「奇兵隊」為其翹楚，落難長州的公卿三條實美就曾經欣然為「奇兵隊」題詞道：「忠義填骨髓」。