【●鳴梁海戰】
慶長二年（1597年）二月，豐臣秀吉調集了十四萬大軍，第二次大規模侵略朝鮮，這在日本歷史上被稱為「慶長之役」。
因為「永祿之役」實際上的失敗，日本人吸取了部分教訓，重新調整戰略部署。首先，豐臣秀吉實施反間計，運用散播謠言等方法，使朝鮮李朝解除了李舜臣的職務，並將其逮捕下獄——這種自毀長城的做法，歷史上也是屢見不鮮的，朝鮮朝廷一定會為這種愚蠢行為付出代價，然而可憐的是，無辜的朝鮮人民也被迫要遭到同綁連坐。
七月十五日，以「海賊大名」九鬼嘉隆為首，龐大的日本艦隊偷襲了停泊在漆川島的朝鮮水軍。此時雙方仍處於停戰狀態，加上接替李舜臣指揮艦隊的又是元均那個徹底的無能之輩，竟然誤以為遠遠駛來的是日本的運輸船團，等遭到猛烈的攻擊，再想抵抗已經來不及了。戰鬥很快就結束了，朝鮮水軍幾乎全部覆沒，日本人就此掌握了制海權，隨即運送大量物資和兵源在朝鮮半島登陸。
而在明朝方面，自從去年談判破裂以後，對於日軍隨時可能發動突然襲擊就已經做好了心理準備。當年元月，朝鮮國王遣使入明，因為日本軍隊長期佔據朝鮮沿海釜山等地，而請求明朝再次出兵，將其徹底驅逐出去。於是二月間，明朝再起援朝之議，任命麻貴為備倭總兵官，開始集合人馬，整備物資。三月，又任命山東右參政楊鎬為僉都御史，經略朝鮮軍務，以侍郎邢玠代替石星為兵部尚書，總督薊、遼、保定軍務，協同御倭。
從這些人事安排來看，明朝並沒有汲取第一次援朝戰爭獲得慘勝的教訓，邢玠等人的能力比宋應昌要差很多，而麻貴無論經驗還是威望，也都比不上李如松，更重要的是，主要準備調動的仍是薊遼等地善於平原作戰的部隊。
不過楊鎬上任以後，立刻就給豐臣秀吉發了一道咨文，就其內容來看，明朝對日本的內情比過去已經有了較為詳細的了解。咨文中嘲笑並且警告秀吉說：「你已經六十多歲了，還能再活幾年？你的兒子還不到十歲，要靠誰來輔佐？聽說日本列島的酋長們都在等待時機，好趁機起兵報仇，一旦禍起蕭牆，加藤清正等人也會個個都想當國王，誰肯屈居於你之下？將來又有誰肯屈居你兒子之下？」
然而這時候，喪心病狂的豐臣秀吉已經沒有回頭路可走了，他只能孤注一擲。朝鮮水軍覆沒以後，日本陸軍立刻分兵兩路北侵。左路由宇喜多秀家做主將，以小西行長為先鋒，率四萬九千人沿宜寧、晉州一線向全羅道挺進，目標是重鎮南原；右路軍由毛利輝元做主將，以加藤清正為先鋒，率六萬四千人沿密陽、大丘一線指向全州。日軍步步為營，到處構築日本式的城砦，以扼殺各地層出不窮的朝鮮義軍。
日軍的目標是穩固地佔領朝鮮南部四道，然後左右兩路大軍合圍京城。聽聞日軍開始行動的消息，朝鮮朝廷這才慌了手腳，匆忙於七月二十二日把李舜臣從獄中放了出來，但仍不讓他官復原職，而要其「白衣從軍」，戴「罪」立功。李舜臣集合漆川島海戰中殘留的艦船，只剩下十二艘而已，於是他暫時蟄伏，重新整合擴充兵力，尋找時機再進攻日本水軍。
日本陸軍進展順利，左路軍先後攻克泗川、南海、光州，一直殺到南原城下。此時防守南原的只有明軍和朝鮮官軍各三千人，主將為明朝副總兵楊元，堅守數日後，楊元見損失慘重，遂棄城而走。南原西北方就是重鎮全州，守備全州的明將陳愚忠見南原失陷，也立刻向北撤退。此後不久，日軍又攻陷了忠清道的金州、公州等城。
就這樣，開戰僅僅兩個月，朝鮮南方的全羅、慶尚、忠清三道就全部丟失了，京城再度裸露在日本侵略者面前。然而就在這一危急時候，扭轉戰局的仍是天神一般的大將李舜臣。
李舜臣重整朝鮮水軍的基地，是在半島最西南端的右水營，由此地再往西南，通過一道狹窄而水流湍急的海峽，就是珍島，這道海峽就稱為「鳴梁」。日軍在得知這一情報後，就於九月初派出以藤堂高虎為主將的三百三十餘艘戰船，並兩萬陸軍，準備趁鳴梁漲潮的時候快速突入，全殲朝鮮水軍。
李舜臣早趁退潮的時候，派人在海峽中設置了鐵索和木樁，以遲滯侵入敵軍的進退速度。等到十六日日軍攻來，他先將許多民船偽裝成戰船，排列在水營後面以迷惑敵軍，然後親率那十二條戰船出而誘敵。一番大戰，兩艘日艦被擊沉，日軍主力直到退潮時候也沒能靠近朝鮮水營。潮水向東退去的時候，日艦無法前進，原地打轉，李舜臣趁機發起猛攻，先後擊沉被鐵索和木樁攔住的三十多艘日艦，擊斃日軍四千餘人。連三島水軍的大將得居通年、來島通總兄弟也中箭而亡——通總是這場戰爭中唯一被擊斃的日本大名。
因為鳴梁海戰的敗北，加上明朝大軍也已開入朝鮮戰場，日軍被迫放棄了合圍京城的計畫，收縮防線，後退到東南沿海的蔚山等地固守，打算熬過漫長的冬季，等到春暖花開再發動新一輪的進攻。
【●蔚山之敗】
明軍第一支開到前線的部隊是副總兵解生所率的兩千人，九月七日到達了稷山。稷山在忠清道重鎮忠州西北，距離忠州大約是距離京城距離的二分之一，可謂京南的門戶。解生在稷山附近遭遇日本黑田長政和伊達政宗的一部兵馬，激戰中，楊登山等人也率援軍趕到，將日軍擊退。同一時間，進攻青山的日軍也被明朝參將彭友德戰敗。
日本水軍在鳴梁海戰中慘敗於李舜臣之手，陸軍經過稷山、青山兩戰，雖然損失不大，但挫動銳氣，被迫紛紛後撤。冬季到來的時候，日軍大都退至朝鮮南部沿海，憑藉預先構築的日式城砦，打算嚴密防守，積聚物資，熬至明春再發動新的攻勢。當時其基本部署是，由西向東，小西行長在順天，島津義弘在泗川，黑田長政在梁山，加藤清正在蔚山。
為了打破對峙的僵局，明軍策劃發動了蔚山戰役，準備先擊垮位於最東北方的加藤清正，然後再將剩餘敵軍各個擊破。這一策略本來頗有道理，然而入朝的明軍總兵力不過七萬餘，要對付超過十萬的日本陸軍，必須集中兵力擊其一部，爭取快速將其吃掉，可惜楊鎬用兵卻並沒有那樣雷厲風行。
當時楊鎬、李如梅率左路軍，麻貴、李芳春率右路軍，高策明率中路軍，三路合圍蔚山，總兵力三萬餘。當時蔚山守敵兵力不過五千上下，大概楊鎬認為以三萬對五千，就可以穩操勝券了吧。
十二月二十三日，戰鬥正式打響。明游擊擺寨首先率三千精騎前往誘敵，隨即斬殺四百餘人，突進攻克了蔚山。加藤清正被迫後退到地勢更為險要的島山，連夜築就三砦，抵抗明軍的進攻。此時日軍後無退路，抵抗得極為頑強，相反，楊鎬則分明顯得決心不足，深怕損失過大，於是打打停停，遷延日久。仗打到次年（1598年）一月四日，小西行長、黑田長政、島津義弘等將率援兵趕到，前部一萬三千人繞至明軍側後方，楊鎬大驚失色，首先駁馬落荒而逃，麻貴看到主將撤離，也立刻退兵，牽動全軍，敗得難看無比。
蔚山之戰，日軍損失近萬，明軍則估計在兩萬上下，輜重物資全都拋散。楊鎬一口氣逃回京城，越想越是擔心，竟然和邢玠合謀串通，向北京發了大捷的偽報，並且聲稱明軍損失只有百餘人。
楊鎬麾下的贊畫主事丁應泰聽說吃了敗仗，跑去找楊鎬，問他該怎樣處理善後事宜，楊鎬不但不自責，還拿出宰輔張位、沈一貫寫來的信給丁應泰看，神情非常得意。原來楊鎬在出征前父親死了，按禮法本該回家守喪，但朝廷正當用人之際，就「奪情」派他來朝鮮指揮戰鬥。宰輔們都覺得對不起楊鎬，準備頒旨獎勉，旨意還沒有下，張位、沈一貫等人先寫信來通知他這件事。楊鎬的這副嘴臉使丁應泰噁心透了，於是憤而上書，把明軍戰敗的真實情況彙報給朝廷。萬曆皇帝怒不可遏，當場就要下旨砍楊鎬的腦袋，多虧首輔趙志皋的保護，才暫時免去楊鎬職務，改由天津巡撫萬世德代為經略朝鮮軍務。
萬世德還沒上任，此時身在朝鮮的明朝最高統帥是兵部尚書邢玠，這個人還算有點頭腦，他知道兵力不足是無法打垮日軍的，於是急忙從江南招募水軍，通過水路又運來了大批兵馬。1598年二月，都督陳璘率廣東兵、劉綎率四川兵、鄧子龍率浙江兵，陸續趕到朝鮮戰場——這些都是慣于山地步兵作戰的勁旅。
這個時候，日軍的部署是分為三路，東路為蔚山的加藤清正，中路為島津義弘據泗川，西路為小西行長，佔據粟林、曳橋等地，行長配下水軍往來三處聯絡支援。相應日軍的三地拒防，邢玠也將明軍分為三路，東路麻貴、西路劉綎、中路李如梅（後以董一元代之），加上陳璘所率水軍，各守防區，相機進剿。
從蔚山之戰以後，日明雙方都暫時喪失了發動大舉進攻的能力，因此一直對峙了大半年。直到當年九月，邢玠認為部隊休整得差不多了，於是指揮水陸大軍全面挺進。他的計畫是各部齊頭並進，使得日軍不能互相支援，認為這樣就可以避免蔚山之