【●兵敗碧蹄館】
平壤一役，明軍以強攻弱，獲得了輝煌的勝利，但從此李如松就滋長了驕傲情緒，認為日軍不過如此而已，我天兵所到之處，他們全都會望風而逃，不堪一戰。而日本方面因為損失慘重（據說小西行長所部減員接近七成），各路兵馬遂都後退，齊會京城，無形中分散的主力凝聚起來，準備再打一次大規模會戰。就當時在朝鮮的雙方兵數來看，明軍四萬餘，日軍經過將近一年的戰鬥，還剩十餘萬，幾乎是明軍的三倍。
李如松對於日軍的兵力聚合似乎毫無警覺，雖然經過激烈的攻城戰，明軍損失很大，但他在平壤才休整了十天就匆匆南進，朝鮮官兵和各路義軍與明軍配合，很快就收復了開城及其以北被侵佔的領土。元月二十四日，明軍先鋒查大受所部三千精騎南下京城，在京城西北方突然遭遇日軍，展開激戰。
當時日軍在京城聚集了五萬餘人，隨即以宇喜多秀家為總大將，統率四萬三千兵馬北上，準備復奪開城。查大受所碰到的，乃是加藤光泰所率領的日軍前鋒，很快就被明軍擊敗了。小早川隆景部兩萬餘人聞訊而來，查大受撤退不及，被日軍團團包圍在一處名叫碧蹄館的地方。
據說當時李如松正在勘查前往京城的道路，身邊兵馬本就不多，聞聽查大受被圍，竟然僅帶著一千親衛趕來救援——真是一員悍將，他應該當先鋒，不該當主帥。結果李如松所部也陷入了碧蹄館之圍，日軍看到他的旗號，紛紛繞開查大受所部，直奔李如松而來。明軍奮勇抵抗，但騎兵射出的火箭因為下雨的關係威力減小，相反日軍的鐵砲因為防雨裝備而仍能反覆鳴響。李如松且戰且走，數度被日軍衝到馬前，禆將李有升為了保護他而英勇戰死。
激戰至夜，中軍官楊元率一千步兵趕來增援。日軍不知虛實，因為害怕明軍主力將要陸續開到，所以停止追擊，朝京城方向退卻。從這場四千對兩萬還打了一整天的惡仗來看，明軍的戰鬥力實在頑強，然而以少擊多終究不是兵法的正道，將帥無能，輕敵冒進，這才導致援朝抗日戰爭曠日持久，竟然前後打了整整六年。
碧蹄館之戰雙方的傷亡比率眾說紛紜，但肯定明朝的精銳騎兵受到重挫，李如松被迫暫時放棄南進的打算，退到開城休整。不久後，他聽說日軍有繞路襲擊平壤，切斷明軍後路的打算，就又匆匆退往平壤。正在各處收復失地的朝鮮官軍聞聽此訊，嚇得也都駁馬北逃，很多眼看即將收復的城池全部都被放棄了。
豐臣秀吉就曾經說過，朝鮮最麻煩的不是「大明奴們（指朝鮮官軍）」而是一揆（指朝鮮義軍）。然而不管是「一揆」還是明軍，都沒能徹底打垮日軍，打垮日軍的是糧草不繼。本來因為李舜臣率領朝鮮水軍騷擾日方的運輸船團，已經使日軍捉襟見肘了，當年二月間，京畿、慶尚等道又鬧起了罕見的大饑荒。李如松撤退前也還玩了一招狠的，他探聽到日軍的軍糧大都存放在龍山大倉，就派查大受和李如梅率軍奇襲龍山大倉，將數十萬石糧食燒了個乾乾淨淨。日軍乏食，再也沒有力量北進去奪取開城了。
日軍軍心渙散，很多人偷偷逃離前線，渡海回去日本老家，而國內也紛紛爆發一揆。尤以侵朝的急先鋒島津氏為最，早在去年（1592年），侵略戰爭開始後不久，島津家臣海北國兼、田尻但馬守、伊集院三河等人就率軍兩千，進攻肥後的八代城和佐敷城，叫嚷著要討伐豐臣秀吉，史稱「海北一揆」。雖然這次暴亂很快就被平息了，但使留在北九州名護屋的島津義久和已經前往朝鮮的島津義弘大為驚愕的是，兩千一揆中竟然有三百名都是兄弟歲久的家臣！
豐臣秀吉因此下達了歲久討伐令，島津義久無奈之下，只得親自領兵進攻歲久。七月十八日，島津歲久戰敗，在龍之水自殺。島津氏因為歲久之死，暫時避過了危機，但他們對豐臣氏的仇恨卻更為強烈了。
就在這種背景下，豐臣秀吉被迫於1593年四月九日下令各軍火速從京城後撤，為了確保仍然佔有朝鮮南部領土，日軍連新登陸增援的部隊在內，總共集合了九萬三千大軍，進攻前此細川忠興拿不下來的慶尚道重鎮晉州。晉州守軍包括朝鮮官兵和義軍才不過七千人而已，守將金千鎰急派使者，請求明軍南下增援。然而遠水難救近火，別說李如松此時根本沒有實力快速南下，就算他真的派騎兵南下了，也是根本趕不及的。
六月二十二日，激烈的攻防戰開始，一直打到二十九日，晉州城破，日軍進行了野蠻的大屠殺，不管是官軍、義軍還是普通百姓，城內數萬軍民全都倒卧在血泊中……
【●大奸小丑沈惟敬】
文祿二年（1593年）春夏之交，日本方面，前線兵將普遍厭戰，尤以小西行長為最。行長軍在平壤之戰中喪盡了主力，這些主力大都是他自己的子弟兵，不是豐臣政權從上而下撥給的，在行長想來，如果再戰下去，自己的實力只有喪得更多，而再來兩場敗仗，即便最後打贏了，論功行賞也未必有自己的份兒，既然如此，不如議和。而在明朝方面，李如松在碧蹄館吃了敗仗不算，此後一直後退，放棄開城回到平壤，這一舉動引起中朝雙方的輿論大嘩。普通朝臣和百姓不知兵事，並不清楚明軍究竟遭到了多大損失，光看李如松退兵的舉動，就以為仗已經打不下去了，於是議和之聲此起彼伏。明朝兵部尚書石星就站在議和派的最前沿。
於是在石星的授意下，經略宋應昌於三月十五日派沈惟敬到京城去和小西行長等人商談和平退兵事宜。最後雙方達成四點協議：一，明軍撤出朝鮮；二，日軍從京城後退；三，日方釋放俘虜的朝鮮二王子和官吏；四，明朝派使節去名護屋會見豐臣秀吉，開始正式和談。
在小西行長的大力遊說下，日方絕大多數將領，包括曾經堅決主戰的小早川隆景和加藤清正也被迫認清了現實。四月八日，以參將謝用梓、游擊徐一貫和沈為敬等人組成的講和使團進入京城，催促日軍撤離，加藤清正、立花宗茂等將領態度突然大變，又跳起來怒罵，小西行長好不容易才把他們壓制下去了。
豐臣秀吉的親信將領主要分為三個集團，即跟他從尾張出來的子弟、受封長濱後招收的近江人，以及征伐中國地區時招收的東中國豪族們，這三個集團互相爭功，早有矛盾。其中加藤清正是尾張系的代表人物，他本是秀吉正妻北政所的親戚，從小如同養子一般被撫育長大。小西行長則是堺的豪商小西隆佐之子，後來出仕備前大名宇喜多直家，轉從豐臣秀吉，是東中國系的代表人物，和近江系的石田三成等人也一貫交好。在朝鮮戰場，清正和行長兩人各自統兵前進的時候，就摩擦不斷，矛盾很深，此刻行長既然一立主和，清正當然要跳出來堅決主戰，以表明與對方的不同。然而事實上，清正早就通過沈惟敬和宋應昌有所聯絡，主動表示願意退出京城。
四月十八日，在豐臣秀吉的命令下，日軍全部撤出京城，次日李如松率中朝聯軍進城。五月十五日，李如松渡過漢江進至慶尚道東南部的慶州，在這裡對朝鮮軍做了一番防禦部署後就又退回京城。此時，除全羅、慶尚兩道的南部地區外，中朝聯軍已經收復了全部失地。當年七月，李如松如約撤出朝鮮，明朝只留下四川參將劉綎和游擊吳惟忠率七千六百人分駐要隘，防備日軍背信進攻。
五月八日，明朝使團在增田長盛、石田三成、大谷吉隆三奉行和小西行長的陪同下，從釜山出海，十五日到達九州名護屋。雖然中方的正式講和使乃是謝用梓和徐一貫，但因為語言不通，直接商談相關事宜的還是沈惟敬和小西行長。豐臣秀吉狂妄地提出了「大明、日本和平條件」七條，命令行長傳達給明使——
一，迎明朝公主為日本皇后；二，繼續發展勘合貿易；三，明日兩國武官永誓盟好（因為日本是武人掌權的）；四，京城及四道歸還朝鮮，另外四道割讓給日本；五，朝鮮送一王子到日本作人質；六、日軍交還俘獲的朝鮮二王子及其他朝鮮官吏；七，朝鮮大臣發誓永不背叛日本。
如此苛刻的條件，讓小西行長也很難向明使開口。在明朝使節想來，蕞爾小國的日本，所以發兵打一下朝鮮，不過為了引起明朝的注意，想要發展雙邊貿易，多得點錢財，天朝上國，有誰不傾慕的嗎？因此明使談判的前提就是「封貢」，即日本承認明朝名義上的宗主國地位，明朝給予賞賜和允許通商，讓他們大發一筆橫財，僅此而已。小西行長本人也是希望封貢的，封不關他事，貢則可以給他這個九州大名帶來很大利益，何樂而不為呢？
反正明朝講和使聽不懂日本話，急於停戰的小西行長和急於立功的沈惟敬就串通起來，開始欺上瞞下，大耍陰謀手段。行長對秀吉說，明使已經同意了他提出的條件，但必須回去北京交皇帝最後批准，明朝人最愛面子，皇帝可能會提出要日本稱臣，咱們掛個空名卻得實利，沒什麼不好。沈惟敬則對謝用梓和徐一貫說，日本人已經答應了向明朝稱臣，請求封貢。
豐臣秀吉不愧老奸巨猾，他怕事情還有反覆，就命令在朝日本軍隊部分撤