【●南北朝的開端】
湊川合戰，「軍神」楠木正成永遠地消失了，足利尊氏謄出手來，立刻調集所有部隊進攻新田義貞。在尊氏絕對優勢兵力的圍攻下，新田軍徹底瓦解，義貞的戰馬也被箭矢射殺，最後徒步退到一個名叫「求女冢」的墳冢上。已經突出敵圍的義貞同族部將小山田高家見狀，毫不猶豫地沖回敵陣，將自己的馬匹讓予義貞，然後徒步掩護突圍直至戰死。
延元元年（1336年）五月二十七日，新田義貞在五千殘兵的保護下，帶著戰敗的消息返回京都。後醍醐天皇此時再慨嘆楠木正成的策略有多正確，後悔自己不用其人之計，也已經來不及了，只好攜帶著三種神器，率領皇族、公卿、武士數萬人撤離京都，重上叡山——給尊氏下過院宣的光嚴院在途中假稱患病，轉身折回京都。
足利尊氏於五月二十九日殺進京城，六月五日，他派足利直義率大軍對叡山發動攻擊，建武功臣千種忠顯奮戰而死。二十日，一隊從宇治方向出現的官軍突然襲擊駐在東寺的足利尊氏本陣，正在圍攻叡山的部隊頓時陷入恐慌，在當日的大戰中被全面擊潰，狼狽退回京都。
三十日，各方向彙集來的官軍在新田義貞的統領下，對京都展開反攻，尊氏軍收縮防線，採取守勢，形勢再次倒向後醍醐天皇一邊。然而，官軍終究人數較少，在發動過幾輪攻擊後，由於因後援枯竭而被迫後退。撤退過程中，新田義貞主力遭到細川定禪的追擊，大將名和長年戰死。
八月二十八日，新田義貞調動全部兵力組織了最後一次京都攻擊戰，又被高師直擊退。為了瓦解敵人，足利尊氏進呈了一份奏摺，宣稱這次戰爭完全是針對新田義貞的，只要後醍醐天皇下山並交出三種神器，幕府可以既往不咎，依然奉他為天皇。此時叡山上糧草將盡，士兵疲憊無助，後醍醐天皇萬般無奈之下，只得答應了尊氏的要求。
然而他才一下山，就被足利直義率領重兵以「護送」為名，押解到京都的花山院軟禁起來。跟隨出行的公卿大臣全部被捕，只有新田義貞等武士保護著東宮恆良親王與尊良親王渡過琵琶湖，逃往越前敦賀。
經過反覆協商，足利尊氏擁立光嚴上皇的弟弟豐仁親王號令天下，就是光明天皇。後醍醐天皇答應退位，並將三種神器授予光明天皇，唯一的條件是，讓自己的兒子成良親王入主東宮。
當年十一月，足利尊氏開設幕府，為了穩固自己的統治，他編成新的武家法典《建武式目》，減輕「建武新政」以來壓在農民身上的沉重負擔，獎賞有功武士，懲治貪官污吏，打擊貴族、寺院勢力，禁止他們參與國政。在這一法典的約束下，政治開始走向清明，各地武士之心也逐漸安定下來。
可惜亂局並沒有就此平定，在進入花山院隱居兩個月後，不甘失敗的後醍醐上皇再次施展出看家本領，化裝成女人逃了出去。他跑到大和吉野地方，修建臨時宮殿，再次即位，自稱為「南朝」，而稱京都政權為必須討伐的「偽朝」。相應的，京都方面則自稱「京方」，也罵後醍醐天皇的吉野政權為「偽朝」——「一天兩帝南北京」，日本從此進入了長達五十餘年的南北朝時代。
南北朝直到明德三年（1392年）十月，才在足利尊氏的孫子義滿的努力下，和平歸於一統。此後的日本天皇，都是光嚴、光明天皇的子孫，自然堅持自己的正統地位，不過民間也有很多反對者——因為後醍醐天皇當初交給光明天皇的三種神器竟然都是贗品，神器始終保存在南朝天皇手裡，直到南北朝結束才交給北朝天皇，那些反對者們堅持認為，神器在誰手裡，誰才算是正統。
數百年間的官方論調，北朝是正統，南朝是偽朝，既然如此，那麼楠木正成、新田義貞等人也都是侍奉偽朝的「朝敵」了。然而到了十六世紀，德川光國編纂《大日本史》，為了宣揚楠木正成的所謂忠義精神，公然和官方大唱反調。德川光國是江戶幕府德川氏將軍的同門，是當時聲名卓著的「賢侯」，他的論調因此受到了很多人的追捧。
因為民間百姓對楠木正成這一歷史形象的喜愛，更因為日本官方大力宣揚武士道精神，宣揚以忠為主體的日式儒家思想，所以南北朝孰為正統的爭論一直延續到近代，在軍國主義抬頭的明治天皇在位期間竟然引發了全社會的大爭論和大動蕩。最後明治天皇乾脆連祖宗都不要了，正式宣告南朝為正統，他本人的祖先們都是叛逆，北朝天皇不再列入天皇系譜——這真是世界各國都從來沒有過的大笑話。
【●顯家奮迅】
保護著東宮北上敦賀的新田義貞，此時手下只有土居、得能等人所率三百伊予兵，被迫翻越崇山峻岭而行，路逢大雪，不斷有士卒因為凍餓而倒下，真是極度的艱苦。好不容易到達敦賀，受到了金崎大宮司氣比氏治的熱情迎接，義貞等人總算是有了一個落腳的地方。
以金崎城為基地，義貞憑藉東宮之名徵集部隊，並派其弟脅屋義助前往要隘杣山城，兒子義顯遠赴越後進行聯絡工作。義助剛離開金崎城，杣山城城主瓜生保、義鑒兄弟就在母親的授意下，搜集了數千兵馬趕來匯合。
忙於穩定畿內局勢的足利尊氏在得知新田義貞圖謀北陸的消息後，急命越後守斯波高經率軍包圍了金崎城。此時，脅屋義助剛離開杣山城，正在返回金崎途中，主從僅十六騎，當晚，他趁著夜色蒼茫，率領從騎繞著敵軍的陣地狂呼：「北國武士、僧兵兩萬騎前來支援官軍！」士氣並不高昂的斯波軍立刻慌亂得四散奔逃。於是義助兵不血刃地解了金崎之圍。
足利尊氏聞報大怒，遂於延元二年（1337年）元月，再派大將高師泰統率精銳殺向北陸。此時新田義貞手上並沒有足夠的軍隊，又不能放棄這來之不易的根據地逃往它處，正在苦無對策之時，突然接到後醍醐天皇的使者，報稱天皇已在吉野復辟，並且召集到了一定數量的部隊，很快便會趕來支援，金崎城中軍民士氣頓時萬分高昂。
不過希望很快就落空了，後醍醐天皇保守吉野都感覺困難，哪有力量賓士數百里來支援北國呢？只有脅屋義助比較迅速地點起數千杣山軍趕來，不幸於半途遭到高師泰的阻擊，激戰一天後，瓜生保兄弟為保護義助逃進金崎而奮勇戰死，杣山軍全部覆沒。
金崎包圍戰從一月一直打到三月，最終矢盡糧絕。新田義貞、脅屋義助等數人保護著東宮恆良親王乘小船逃走，結果恆良親王還是在途中被京方軍隊擒獲，押回京都處死，而義貞子義顯、十三歲的尊良親王以及氣比一族、城兵三百人則留下堅守到了最後一刻，城破後紛紛自殺。義貞兄弟逃到杣山城，集結熱血武士三千餘人，屢次出擊，連敗京方軍，北陸戰事暫呈膠著狀態。
然而這個時候，奧州猛虎北畠顯家卻又開始行動了。足利尊氏進入京都後，後醍醐天皇行蹤不明，北畠顯家就在陸奧靈山奉戴義良親王為主，積極備戰，準備東進復國。延元二年（1337年）八月，他接到了新田義貞的求援書和後醍醐天皇從吉野發來詔書後，遂與結城宗廣、伊達行朝等奧州豪族從靈山出發，大舉侵入關東地區，連戰連勝，勢如破竹。
留守鎌倉的千壽王足利義詮派兵出利根川迎擊，被陸奧軍殺得全軍盡沒。而同時奉父命在上野搞煽動活動的新田義貞之子義興也舉兵響應，上野一國皆反，甚至連曾經發動過「中先代之亂」的北條時行也不知道從哪裡突然冒了出來，率其黨羽在伊豆舉兵，宣布加入南朝方，給予義詮以致命的打擊。十二月，顯家、義興、時行三面圍攻鎌倉，義詮棄城而逃。
拿下鎌倉後，北畠顯家於次年（1338年）元月揮師西下。不甘失敗的足利義詮聚攏敗兵，尾追南朝部隊求戰，在美濃的青野原再度全軍覆沒。就這樣，足利尊氏起家的老窩、整個關東平原全都落到了北畠顯家手中，後醍醐天皇的吉野朝廷總算有了一塊還算成規模的領地。
然而，由於得不到關東地方豪族的支持，經過連番大戰，北畠顯家有限的兵力已經消耗殆盡，而足利尊氏則調遣高師泰、高師冬等部隊依託畿內，層層遞進地衝擊陸奧軍。在這種波浪式的消耗攻擊面前，北畠顯家終於抵擋不住了，只得繞過京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢複的陸奧軍再度攻擊京都，同聞訊而來的京方軍在奈良的般若坂發生戰鬥，結果北畠顯家戰敗，率領殘部遁入河內，義良親王則逃往吉野。
連遭挫敗的北畠顯家始終沒有離開畿內。三月八日，身處敵軍重重圍困下、糧草斷絕的顯家對駐紮在攝津四天王寺的細川顯氏軍發起突擊，並憑著孤注一擲的精神奇蹟般地在河內的石川河原打敗了顯氏部隊，顯家之弟顯信更趁機攻取了山城的男山城，直接威脅京都安全。
足利尊氏怎麼也沒料到竟會後院起火，馬上調遣高師直以下畿內所有部隊反撲男山城。高師直在攻打顯信堅守的男山城受挫後，改變戰術，除留下部分部隊圍城外，主力從各個方向朝一馬平川的四天王寺合圍過來。十五日，京方軍隊在四天王寺附近和北畠顯家的部隊遭遇，拉開了阿部