【●烈火衣川之館】
自古以來，想得天下者，必須要心夠狠，手夠辣——好比那位坐鎮鎌倉的源氏棟樑源賴朝。賴朝時刻記著平清盛心慈手軟放過源氏遺孤，最終導致平家滅亡的教訓，於是在得勝後大開殺戒，幾乎把所有和平氏有關的人全都宰了個乾淨。
可是這樣他還不放心，因為兩個弟弟統領大軍在外征戰的時候，他不過窩在老家鎌倉搞內政而已，恐怕現在軍中只知有蒲將軍和九郎判官，而不知有他自己這個源氏棟樑了——於是乎，黑手就向老弟們伸去。
源范賴聽到風聲，嚇個半死，整天躲在家裡不敢出來，就知道求神拜佛，加上一封又一封給兄長寫效忠書。賴朝也知道他是草包，可是草包手握重兵（哪怕是曾經手握重兵）一樣很危險，終於還是找了個借口把可憐的范賴幹掉了。
下一個目標，當然是九郎義經。正好後白河院為了制約賴朝，大力拉攏警衛京都的義經，封官賞爵，毫不吝惜，這就更加引發了賴朝的猜忌。於是在重臣梶原景時的進言下，發布了討伐逆賊源義經的命令——據說在「烈風逆櫓，強登屋島」的時候，景時曾勸義經不要冒險，未受採納，反而被斥責為「膽怯」，從此兩人結下深仇。
民間傳說中的源義經，淳樸善良，不願與兄長作戰，更不願好不容易安定的天下再起紛爭，於是主動退出京都，率領臣子、家眷逃往陸奧。不過撥開歷史的重重迷霧，按常理想來，就算他想不戰而逃，後白河院也是不會輕易答應的吧？事實上，表面上最先挑起紛爭的正是義經本人——平氏覆滅的當年（1185年）八月十四日改元「賓士」，朝廷隨即就應義經之請發布了賴朝討伐令。
源賴朝自從定居鎌倉以後，基本上就沒挪過窩，此番聽說兄弟義經在京都掀起反旗，被迫親率大軍西上。義經看老哥來勢洶洶，知道無力抵禦，這才被迫化妝亡命，前往曾經受過庇護的奧州藤原秀衡門下避難。賴朝聞報後，派老丈人北條時政率千騎入京以穩定局勢，自己安然退回鎌倉。
藤原秀衡是個老狐狸，雖然與賴朝一向關係不錯，但平氏既滅，然後四國、九州平定，他心裡「咯噔」一下，知道自己的領地也危險了，於是高興地收留了義經，為異日與賴朝兵戎相見預布棋子。然而秀衡不久就去世了，把家督（一門總領）之位傳給了兒子泰衡。泰衡能力不如老爹，賴朝一威嚇他就怕得要死，遂於文治五年（1189年）閏四月，秘密派兵包圍了義經的住處衣川之館。
三十一歲的義經知道大勢已去，於是和妻（三十二歲）、女（四歲）、以及愛妾靜自焚而死，家臣武藏坊弁慶、鷲尾經春等人則惡戰到最後一口氣……順便說說他那位名叫靜的愛妾，據說本是京都的白拍子（一種女性著男裝的舞蹈藝術），色藝雙絕，性格溫柔。義經與靜的愛情悲劇，成為日本文藝經久不衰的主題，彷彿我國的楚霸王項羽和虞姬一般。
然而義經的被殺，並不能阻遏洶湧而來的鎌倉大軍。當年八月，賴朝攻克平泉，滅亡了自毀長城的奧州藤原氏，就此真正地統一了天下。
其實用最終結果來倒退，義經對賴朝功莫大焉，他使得賴朝有借口壓制或消滅可能成為隱患的兩大勢力，一個是奧州藤原氏，另一個就是京都的舊公卿們。北條時政趁著奉命入京勘亂的機會，大肆打壓親義經派公卿，後白河院出面說情，時政就此提出兩個苛刻的條件：一，請朝廷允許鎌倉政權在各國派駐守護職以執掌軍事權和警察權；二，允許鎌倉政權在朝廷、公卿們的莊園中派駐地頭，參與管理。在時政的要挾和逼迫下，後白河院只得隱忍著答應了。
建久三年（1192年）三月，隨著新時代的來臨，舊時代的代表人物後白河院終於咽了氣，時年六十六歲。後白河院畢生都在為重興天皇朝廷，把政權收歸皇族而努力，他先是借平氏之手重創攝關家，隨即又借源氏之手消滅平氏，在義仲、義經、賴朝三人間不斷挑起矛盾和紛爭。然而歷史潮流是不以個人意志為轉移的，後白河院引發了無數戰亂，最終迎來的卻是皇族政治的最頑強的掘墓人源賴朝，以及賴朝的代表北條時政。因此，藤原信西曾評價他是「和漢史上最大的昏君」，無疑是以偏蓋全，而源賴朝說他是「日本第一號大天狗」（天狗為日本傳說中居住在深山中的怪物，紅臉、高鼻，具有神力而自負，經常引發紛爭），卻非常接近事實。
【●鎌倉幕府的建立】
建久三年（1192年）七月，源賴朝受封為征夷大將軍，正式開幕，史稱源氏幕府或鎌倉幕府。鎌倉幕府具有相對獨立的統治機構，以鎌倉為中心，觸角幾乎延伸到日本社會的每個角落，是真正意義上的武家政權。
在武家政權的中央也即鎌倉，設置有負責行政的「公文所」，負責司法的「問注所」和負責軍警權力的「侍所」，都直接從屬於幕府將軍。而在地方上，各國都設置守護職，從朝廷派駐的國司手中褫奪了軍警大權，守護平時維持治安，監督御家人輪流戍守京都和鎌倉（稱京都大番役和鎌倉大番役），戰時則統率國內的御家人出征。
幕府的經濟基礎來源於「關東御成敗地」，在這裡「成敗」是「處分」的意思，指幕府將軍有權管理，可隨意處分的領地。這些領地包括三個部分：一，「關東御領」，即朝廷賞賜給賴朝個人的五百多處莊園；二，「關東御分國」，指朝廷把伊豆、相模、上總、信濃、越後、駿河、武藏、下總八國的國司任免權下發給賴朝，可由幕府推薦御家人擔任，並可由幕府直接解職；三，「關東進止所領」，即北條時政爭取來的，幕府可在很多莊園和公領中設置地頭的權力。順便提一句，各國守護沒有俸祿，一般也都兼任地頭，從土地上獲得報酬。
既然得到了全國的軍警大權和強盛的經濟基礎，那麼政治權力也就等於是幕府將軍的囊中之物了。為了加強對京都及邊遠地區的控制，源賴朝還額外設置了京都守護、鎮西奉行和奧州總奉行等官職，完善了所謂的「幕政」。其實「幕府」一詞正和「將軍」一詞相同，都來源於中國，不過中國的將軍們開幕建府，一旦攫取了天下的權力，很快就會改朝換代，從未出現過朝廷仍在，實權卻連續許多代都掌握在幕府手中的事情，因此中國雖有幕府，卻沒有幕政。
拉回話題，鎌倉幕府初期的政治權力，其實是並不完善的，為了儘快穩定局面，源賴朝對舊勢力作了相當大的妥協，朝廷仍能利用國司等官職行使部分權力，當時的日本，被稱為是「公武兩重政權」。既然沒有一棒子把朝廷打趴下，那麼朝廷和幕府之間的鬥爭也就難以避免——
僅以京都來說，當時存在著三股大的勢力，互相鬥爭也互相制約。一是幕府將軍派駐的京都守護，二是關白九條兼實，三是後白河院的殘黨丹後局和源（土御門）通親。一開始，九條兼實為了制約院權，主動向源賴朝靠攏，征夷大將軍的頭銜，就是他為賴朝爭取得來的。然而在後白河院去世以後，賴朝卻和實力漸弱的院的殘黨結合起來，準備向獨霸朝廷的攝關家開刀了。
丹後局本是平業房的妻子，平業房被流放後，她主動接近已被平清盛架空了的後白河院，隨即就被後白河院收為妾侍，她和源通親並為後白河院的心腹，院的很多導致變亂的政策，都是出於此二人之手。
當時正是後鳥羽天皇在位，九條兼實和源通親都把女兒嫁給天皇，但兼實的女兒任子雖然位居中宮，卻只生下一名皇女，而通親的養女雖為偏室，卻生下了皇子為仁。於是，在幕府的支持下，建久七年（1196年）十一月，任子被趕出中宮，隨即九條兼實被迫辭去關白之位——這被稱為「建久七年的政變」。
兩年後（1198年），後鳥羽天皇傳位給年僅三歲的為仁親王，是為土御門天皇，源通親以天皇外祖父的身份執掌朝政。建仁二年（1202年）十月，源通親去世，後鳥羽上皇趁機奪回了權力，重開院政。又過了八年（1210年），後鳥羽院以兩度出現彗星為由，勒令還沒成年的土御門天皇退位，扶自己另外一個兒子、十二歲的守成親王登基，稱為順德天皇。當時有兩位上皇，就有兩位院，後鳥羽院稱「本院」，土御門院稱「新院」，天皇和新院，都得看本院的臉色行事。
【●幕府的權力鬥爭】
京都朝廷風雲動蕩，鎌倉幕府的境況只有更為混亂。就在土御門天皇登基的當年年底，源賴朝在從相模川橋回來的路上失足落馬，就此一病不起，挨到次年（1199年）元月，終於咽了氣，傳位給長子源賴家。
源賴朝在世的時候，集權穩固，諸事尚可獨斷專行，賴朝一死，幕府和御家人，以及御家人之間的重重矛盾就暴露了出來。為了緩解這諸般矛盾，賴朝的遺孀北條政子就以兒子年紀尚幼為藉口，取消了賴家將軍的獨裁權力，代之以重臣合議制。最初參與合議的武士共十三人，包括：政子的父親北條時政和兄弟北條義時，公文、問注、侍三所的長官大江廣元、三善康信和和田義盛，此外還有中原親能、比企能員、藤原行政、三浦