軍巡院與提刑司是一而二、二而一的司法機構。它們同屬於司法行政系統，不同的是提刑司所屬各級單位都是常設機關，審理一般刑名案件，軍巡院則是臨時設置的機關，審理有關政治的案件與犯罪的官員，凡是「置院根勘」——在軍迎院內成立專案徹底審問明白的，一般都要由朝廷特旨規定，性質比較嚴重。
在朝旨沒有下來以前，先把馬擴發往軍巡院監獄——由於軍巡院沒有自己專設的監獄，實際還是關在一般的監獄裡，加上院獄之名，目的也無非表示馬擴是個重要的政治犯，要加意防範。加意防範可以從兩個方面來理解，或則予以優待，防止犯人瘐死獄中，或則嚴刑拷打，讓他吃到比一般囚徒更多的苦頭。
劉鞈是預防到王淵、李質要使出毒手，買通獄吏，殺馬擴以滅口，特別關照了不可擅自動刑。這一招又是他良心發現的表現。其實用不到他關照，馬擴在獄中也會受到優待，這是因為公道尚在人心的緣故。
原來王、李兩個一來要泄平日之憤，二來急於自救，今天在安撫司大堂上匆匆忙忙排演的戲，演得漏洞百出，拙劣異常，明眼人一看就知道他們是蓄意誣陷馬擴，而安撫使本人受到他們某種挾制，不得不這樣做，別人也看得很清楚，並且深有反感。
王淵、李質兩人平日在地方上聲名狼藉，素有「貪將」與「淫棍」之稱。特別王淵來真定還不到兩年，就巧取豪奪搞了六七個小老婆，其中有兩個民家少婦，一個小家碧玉，還有一個部下士兵的妻室，都被他以財勢霸佔了。那士兵不甘妻室被奪，告到李質那裡，不料他兩個狼狽為奸，反而辦了他誣陷長官的罪名，發配沙門島去填大海的眼。因此真定的老百姓人人切齒，正因為要對他們表示仇恨，大家就傾注同情於馬擴。這不但在老百姓中間，即使平時也要在老百姓身上敲點竹扛，占些便宜的各級司法官吏，上自提點刑獄公事、推官、司理，下至孔目、節級、獄吏、禁子等人對待這件公案也都是是非分明，愛憎強烈的，他們憎惡王、李，同情馬擴，一下子就在刑獄中形成共同的輿論。
宋朝行政制度的優點之一，地方上的財政、司法都自成系統，具有相對的獨立性，不受地方長官掣肘。它們的長官轉運使提點刑獄公事稱為監司，不但不受地方長官干涉，反而賦有監督地方官的特權。王、李的手臂雖長，卻伸不進監獄之門。馬擴入獄時，王淵、李質豎眉瞪眼、惡狠狠地關照這是叛國通敵的要犯，一定要帶上腳鐐手銬，頭頸上還要套一面三十斤重的鐵枷。刑獄官吏唯唯諾諾，等他們一走開，就把馬擴的刑具都鬆開了，還讓他住進一間打掃得於乾淨凈的單人房間，一般有床鋪桌椅，床鋪上厚厚地墊著新稻草，正月嚴寒中倒也不會受凍。
所有這些，都由一個上了年紀，一腳微蹩的老禁卒替他安排好，只要看到他在一把亂鬍鬚中間露出來的笑容就知道他是充分同情馬擴的，而他的行動也受到典獄吏員的支持，或者至少沒有妨礙他，因而壯了他的本來並不很大的膽子。那天在典獄官的默許下，他還陪著馬擴在獄裡走了一圈，到處看看，彷彿馬擴不是一個囚犯而是一個訪問者，參觀者。
比較起其他囚犯，往往是十多個人擠在一間比他的房間大不了多少，用碗口粗細的木柵攔起來的牢房，馬擴的住處自然是天堂了。他們有的帶著腳鐐，有的還可自由行動，都算是一般的囚犯，至於那些重犯號關在暗無天日的地下室中，求生不得，求死不得，那才是真正的地獄！馬擴那天剛進來，還來不放去看地下室。
牢獄裡的消息特別靈通，馬擴剛進來不久，犯人們已經知道他的姓名，身份和關進來的原委，大家紛紛議論開了。馬擴和那老獄卒走過來時，他們都從木柵縫裡探出頭來看，從那一張張面垢發膩、眼睛已經失去光採的臉上仍然毫不含糊地流露出敬佩和同情的表情。有的試圖和他談話，有的向他點頭示意。長期的監禁生活，並沒有使他們失去人類最基本的愛憎，這使馬擴受到很大感動。
每天上下午都有一次放風的時間，輕犯號被允許從籠子里放出來在院子里散步一刻。他們都涌到馬擴的房間里來，或者擠在門外，與他說話。那老禁卒和其他兩個看守都佯作不知，不加阻止。這些囚犯是走來向馬擴致敬的，有的表示願意為他服役，有的告訴他獄中有哪些不可觸犯的清規戒律。沒等那兩個看守走遠一些，有個氣度不凡，即使在監禁中也不失為容貌堂堂的熱心的囚犯就向馬擴介紹獄吏的情況，他說這個老禁卒徐信和他兄弟徐義都是老好人，大家有事情都托他們去辦，那兩個看守也還算通情達理，但也有幾個凶的狠的獄卒，動不動打人罵人，以酷刑相威脅。他看到馬擴仍是一副灑揮自如、目無長官的樣子，不免替他捏一把汗，善意地指點他道：
「在獄中自然以獄卒為首，多少拔山舉鼎的英雄好漢也吃不住他們用刑法日夜來磨。俺說馬廉訪呀！你既然到這裡來委屈幾日，不免要隨和一些，省得吃眼中虧。」
馬擴十分感謝難友們對他的友好的訪問和善意的指點，特別是這個熱心人，態度十分誠懇，馬擴後來知道他姓鞏名仲達，本身也是一條好漢，僅為一點細故，已吃了三年冤枉官司，囚犯們個個敬重他，大伙兒都稱他為鞏大哥。馬擴此時感到雖失去自由，卻從他們的同情和友好中獲得了補償。
在牢獄中的第一個夜晚好難熬呀！馬擴百感叢生，痛徹心肺。過了兩三天，他的氣惱，悲憤和火性才漸漸平伏下來，轉入冷靜的考慮。他在那些終夜反側的思索中，也想出了一些好點子，只是苦於找不到一條可以與外面通消息的線索。他幾次想從那老禁子徐信身上打開缺口，他照例是從亂須子堆中露出一口令人難忘的笑，然後做出一個用兩隻手掌用力向下壓的姿勢，表示要馬擴捺下性子耐心等候。
等候是沒有底的，在牢獄中，如果沒有找到與外面通訊的線索，那真是一個英雄無用武的地方。他索性不去想它們了。每天除了睡覺，就是在那個小範圍——自己的小房間和那條兩頭都被用木柵門封住的走廊里走來走去。牢獄四周都是高達十丈的風火牆，把太陽光都擋住了。馬擴記得他關進來的一天太陽特別好，現在卻只能在正午的一刻，陽光完全垂直的時候，才看見它在牢獄的院子里投下一抹眩目的光亮，它很快就要縮回去。馬擴利用了他的特權，總是走出房間，跑到走廊上來看看，心裡想，如果能把這道太陽光捕捉住，裝進一隻瓶子里，要用的時候就放出一點來，那就好了！那種想法當然是毫無意義的，現在無論是它——那一道陽光，無論是她——他的妻子嚲娘，都只能在他心頭投下一瞥閃閃的金光，他要捕捉它，它就從他的手指縫裡滑走了。
在失去自由的日子裡，越過了千思萬想，頭腦十分活躍的初級階段，現在他冷靜下來了，不再去胡思亂想。這時有兩種本能在生活中佔了重要的地位。
一種是他希望說話，他找一切機會與人說話，與難友，與那一把亂須子的老禁子徐信，與其他善意對待他的獄吏，與鞏大哥說話。鞏大哥在獄中似乎也享受一部份特權，常有機會來找他說話。即使這樣，他能夠得到說話的機會還是不多的。除了睡覺以外，一天中總有四分之三的時間獨自枯坐，或者在小房間里兜來兜去，那總共不需要走七八步路就可以兜過一個圈子，這樣一天中他不知道要兜幾十個，幾百個圈子還不肯歇下腳來。他是想用兜圈子來代替說話。在那些時候，他倒有點羨慕起大牢房的難友來了，他們即使受到種種限制，說話的自由要比他多得多。
另一種本能是吃。馬擴平日不講究吃喝，一向馬馬虎虎，塞飽肚皮就算。在西北戰場上，兩三天里沒有一點吃喝，干餓著肚子的日子也熬過來了，唯獨在監獄的那一段，他想吃想到十分不正常的地步，他想吃得多，還想吃得好。每次，那為他個人「饋食」的老禁子徐信還沒有送飯來以前，他老早就熱切地盼著了。一提籃酒飯送來，他從床上一躍而起，馬上揭起籃盞來看看今天送來的是什麼，對不對他的胃口（其實在那些日子裡，一切可以進口的東西，他都喜歡吃，根本不存在對不對胃口的問題）？夠不夠他吃（他的胃口奇怪地膨脹起來，多少東西吃下去，只感到還填不滿他的食壑）？提籃里要是有一碗紅燒東坡肉，那就等不及把碗放上桌子，兩隻手指一鉗，就從提籃里直接鉗進口中，一面又在懊悔，這一塊，沒有好好嚼出味道來就吞下去，未免可惜了，剩下的三塊，一定要慢慢地下往細細地咀嚼才好。
其實，監獄裡的伙食房沒有虧待他，肉是每餐都有的，還有湯汁、包子、烙餅、酒、給他送的分量也比一般囚犯多。頭兩天，他出於一種同情和恩賜的心理，把自己吃不完的東西都送去給難友們分食了。後來送來的東西並不減少，但他能夠轉送請客的卻越來越少。以至有一次，因為送去的太少了，分「贓」不勻，引起難友們的一場打罵。
牢獄的作用除了禁錒人的自由外，還要摧毀他的作為人的尊嚴性。馬擴雖然是個英雄人物，但他仍然是人而不是超人，他有別人難以做到的種種優