華潤重組後，總裁宋林多次到華源調研、研究重組方案。之後，華潤集團派出以董事閻飈為首的團隊進入華源，按照國資委的思路對華源的資產進行重組：華源集團除了保留紡織、醫藥類兩大資產，其他資產將全部出售；華源的紡織業務併入華潤，重組醫藥板塊，並與債權銀行協商不減貸，大家共同救活華源。
到2006年4月底，華潤共拿出五六億元的資金支付銀行利息，使得華源與債權銀行的債務糾紛暫時得到緩和。
一位原華源集團高層在接受採訪時說：「如果華潤把債權銀行的利息還清，債權銀行有望集體停止對華源逼債，將給重組帶來寬鬆的環境。」然而，到了2006年5、6月份，華潤不再出資支付銀行的利息，導致銀行與華源的關係惡化。
這背後的原因是什麼？
事實上，華潤內部對華源的重組思路一直有分歧：一部分人認為，華源的財務黑洞太多，已經資不抵債，重組不能採取注資、合併的方式，而應該是分拆、破產的方式；另一部分人認為，華源的資產情況沒有那麼糟，可以挽救。
也許是因為華源財務造假曝光，華潤對華源的家底感到擔憂，爭論的結果使持第一種意見的人佔了上風，而持第二種意見的宋林不再負責重組一事。
2006年6月初，時任華潤集團董事長的陳新華抵滬，與華源集團以及上藥集團管理層進行了座談。這是華潤入主華源後，陳新華首次來滬，在此期間，華潤明確了閻飈作為華源重組工作的第一責任人。
華潤的重組思路發生了微妙的變化，竟然出現一段真空期，沒有人來管華源的事。
「真空期」過後的9月份，華潤決定華源換帥，在上報國資委高管人選方案中：華潤董事長陳新華將兼任華源集團董事長，華潤總裁宋林兼任華源集團副董事長，華潤副總裁喬世波擔任華源集團總裁，華源集團副總裁的位置則留給閻飈和張俊。
華潤強勢的企業文化在此處發揮得淋漓盡致，張俊是國資委全球招聘勝出獲任華源集團總裁，儘管剛上任便遭遇華源變局，但他的處事能力和風格在華源內部有較高的口碑，連這樣空降兵也降職使用，這使華源原有管理層感到心灰意冷。
關鍵時刻，華潤集團的合作夥伴——鼎暉投資投出了反對票，明確表示不看好華潤推薦的總裁人選，特別是華潤上報的資產方案和人事方案都沒有跟鼎暉方面商量，鼎暉覺得沒有得到尊重。
各方利益博弈和妥協之下，最後，新的人事安排兼顧了各方的考慮，不過很搞笑，竟然是雙總裁。
11月14日上午，華源集團管理委員會召開會議，正式宣布最高管理團隊人選：喬世波出任華源集團CEO，華潤集團董事閻飈、華源集團原總裁張俊，出任華源集團並列總裁。閻飈負責集團的投資事宜，張俊負責集團的具體運營工作，華源開始了雙總裁時期。華潤集團財務副總裁魏斌擔任華源集團財務總監，華潤集團企業發展部的鐘義、劉德君二人，則出任華源集團副總裁。
這就是中國人的智慧，其實這和原先的方案是一樣，不同的是，總裁名稱換成CEO，副總裁名稱換成總裁，實質一樣。從這以後，張俊失去了對華源重組的話語權，因為下面的幾位副總裁是直接向CEO彙報工作的。
同日，華潤和鼎暉還簽署了最終協議，約定了在小股東股權收購完畢以後的增資方案，華潤、鼎暉將各自出資50億元和20億元，分別在重組後的華源集團持股70%和30%。
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華源內部高層認為：華潤接管華源後，完全可以繼續使用部分原來的高管，因為他們熟悉華源的實際情況，可以幫助華潤做很多工作，例如裁員、與子公司的關係協調等。可華潤的人事安排過於強勢，導致華源內部人才流失嚴重，很多子公司財務總監、總經理、董事長都紛紛離去。
人事安排的變化，折射出華潤重組思路發生變化，因為華源高層和閻飆都傾向於整體重組，報給國資委獲通過的也是整體重組方案。而華潤內部另一種重組思路已經浮出水面：把華源集團內部的優質資產拿出，剩下的不良資產和債務打包處理，目前40多億元的債務將得到一定幅度的減免。
分折重組一般是用來收購資不抵債的公司，這樣做的目的就是想逼銀行讓步，減少債務負擔，但是債務重組談判難度大，目標公司越不差，談判越困難。
華潤的行為引起債權銀行的強烈不滿。
一家債權銀行的負責人表示：「華源和三九的情況不同，並非無力償債，大幅打折債務對銀行不公平。去年年底國資委協調以後，銀行和華源達成了不逼債、不減債的互相承諾，現在要求減債算不算不講信用？」
2006年12月19日，華潤股份與華源集團達成轉讓協議，出資20億元從華源生命手中受讓北葯集團50%的股權。此消息一經公布，債權銀行一片嘩然。
此次股權轉讓，華潤沒有知會債權銀行和北京市國資委，這一轉讓顯然難逃「自買自賣」的嫌疑。債權銀行認為華潤有轉移優良資產的企圖，擔心華潤將華源的優質資產轉移，剝離債務包袱，最後宣告華源破產等，這意味著債權銀行將承受巨大損失。
自此，華潤集團與債權銀行的關係明顯惡化，「官司」打到銀監會。
2007年1月29日，由銀監會領導牽頭，18家銀行負責人齊聚北京，成立了華源集團債權人委員會。其中工行、中行、農行、上海銀行、浦發銀行等六家為委員會主要委員。會議決定由工商東亞擬定對華源集團近260億元債務的重組方案。同時規定，華源所有的重組、拍賣涉及的債務問題都要通過全體債委會成員的同意，如果有一家銀行不簽字，重組就不能進行。
從此，華潤事實上退位，華源重組進入了債委會主導的階段。
儘管華源出現危機，華源持有的上藥集團股權被凍結，但是上藥集團卻一直保持強勢，在上海國資委的支持下繼續完成自身的產業整合。
2005年上藥集團開始吞食中西藥業（股票代碼：600842）。
4月15日，上藥集團以現金方式受讓謙益投資持有的中西藥業法人股2732.5萬股，佔總股本的12.67%。8月18日，上藥集團以現金方式受讓匯緣投資持有的中西藥業法人股2000萬股，占本公司總股本的9.28%。
10月14日，上藥集團以現金方式受讓天賜福持有的中西藥業法人股1256萬股，佔總股本的5.83%。同日，上藥集團與華誼集團簽署了《關於劃轉中西藥業26.41%國家股股權的協議》，通過劃轉方式，華誼集團將中西藥業國家股5694萬股劃轉給上藥集團。
上述股權轉讓和劃轉完成後，上藥集團將直接持有中西藥業54.19%股份，加上關聯子公司，合計55.61%，超過了30%。因此，上藥集團需要向中國證監會申請豁免全面要約收購義務。
2006年1月9日，證監會批複，同意豁免上藥集團的要約收購義務。上藥集團成功收編了一家上市公司。
華潤接管華源後，一直垂青上藥集團的控股權。
2007年8月初，華潤集團董事閻飈曾與上海市國資委進行協商，明確提出進一步增持上藥集團，由華潤向其派遣董事長和黨委書記，但是上海市國資委希望華潤先還清此前華源拖欠上海方面的款項再談增持。
後來，華潤與上海方面達成協議，債權銀行先行解凍華源持有的上海醫療器械集團的股權，然後華潤償還華源拖欠的8億元收購款。但華潤拿到上海醫療控股權後，並沒有如約支付華源的欠款。上海方面非常惱火，在上藥集團控股權問題上不願再與華潤談判。
2008年4月，華潤與上藥集團矛盾公開化。
上海醫藥2007年年報多處指出：上海醫藥2007年凈利潤下降了3.54%，主要原因是華源長富會計違規，這是央企重組引發的問題，上市公司目前還無法改變這一事實，但是公司會積極採取各種措施來維護上市公司利益。負責審計的立信會計所也對此情況出具保留意見。
華源長富大股東為華源集團，上海醫藥參股24.13%。華源長富07年未經審計的凈利潤為-1.77億元，主要原因是把華源關聯方的債權全額計提歸零。
華源長富連續兩年大幅計提，讓人感覺一方面華潤有抽逃資金的嫌疑，另一方面也是壓低上藥集團的價格，便於將來收購。
上海醫藥不僅把矛盾上報證監會，而且通過上藥集團向與上海市國資委書面報告，上海市國資委火了。
2008年7月2日，上海醫藥、中西醫藥發布公告：上海市國資委於決定將上海工投集團、上海華誼集團分別持有的上藥集團各30%國有股權無償劃轉給上海上實集團。
這次股權變動表面上看來，只是上海