重新踏上逃亡之路，這一次，帖木兒帶上了夫人云娜以及兩個兒子只罕傑爾和奧美。次子奧美不滿一歲，身體孱弱，多災多病。之所以如此，據大夫斷定，其中的原因很可能與他的母親懷他時心情鬱鬱寡歡有關。也因為如此，奧美遠不像只罕傑爾那麼讓帖木兒喜愛。
當然，喜愛不喜愛是一回事，兒子終究是兒子，帖木兒默默地忍受了奧美一路上的哭鬧。
篩海、沙烏可、艾庫、沙奈、多歌、努里丁等人始終忠心耿耿地追隨著帖木兒。帖木兒是一個慣於見風使舵的人，但同時，他的身上也兼具著鋼鐵般的意志和百折不回的精神。逃亡的過程中，他沿途煽動百姓和軍隊反對入侵者的情緒，因此，儘管他遭到伊利亞斯的追殺，他的影響卻與日俱增。
一味地逃亡終非長久之計。對於究竟到哪裡落腳，在哪裡建立起反抗伊利亞斯的根據地，帖木兒還沒有形成很好的想法。老謀深算的篩海傾向於在逃亡中選擇時機，拖垮伊利亞斯，艾庫則傾向於退往阿富汗忽辛的領地，與忽辛兵合一處。帖木兒反覆權衡利弊，認為忽辛無力抵抗伊利亞斯的進攻，自身難保，在這種情況下，與其投奔忽辛，不如採納篩海的建議。
帖木兒對忽辛的擔心很快得到印證。在花剌子模（今基發）境內，他與狼狽逃離巴里黑的忽辛相遇。
花剌子模強盛時，曾一度據有西越裏海，北至伏爾加河，南抵印度河、波斯灣，東到帕米爾高原的廣闊土地。隨著成吉思汗大舉西征，花剌子模鬆散的政治聯盟被打破，許多國家成為汗國的領土，包括花剌子模本土在內。
兩個無家可歸的流浪漢居然意外地遇到了一起。帖木兒見到忽辛很高興，忽辛的身邊尚且帶著二百餘名將士，而他匆匆逃離碣石時身邊只有六十名忠誠之士相隨，兩人兵合一處，手下就有了二百六十多人，這可是一支相當可貴的力量。
帖木兒熱情地擁抱了忽辛，向他問好。
忽辛嘴裡嗯嗯著，勉強接受了帖木兒的擁抱。此刻與帖木兒的心情完全不同，忽辛見到帖木兒只有失望，他原以為自己能從帖木兒那裡得到庇護，沒想到帖木兒比他還要潦倒。
忽辛的不快被他帶到了臉上。
帖木兒好像什麼也沒看出來，拿出一個珍藏多日的皮囊請忽辛喝酒。兩人席地而坐，開懷痛飲。也許是因為心裡犯愁，忽辛不一會兒便喝醉了，借著醉意，他喋喋不休地埋怨帖木兒：「帖木兒，都是你害了我。當初是誰說，投降圖格魯汗就能保有軍隊、領土，保有王位？啊，是誰說的？現在怎麼樣？我們投降了圖格魯汗，他卻把我們逼得走投無路。」
帖木兒笑眯眯地回答：「是我說的沒錯。可是我的忽辛舅兄，你也知道當時除此之外我們別無選擇。」
「怎麼別無選擇？啊，怎麼別無選擇？難道你的眼睛瞎了嗎？你的心也瞎了嗎？喀布爾、巴里黑、昆都思、巴達克山都是我的。知道嗎？是我的。如果我不聽你的話投降，它們還是我的。」
帖木兒懶著跟他爭辯，沙烏可忍不住反駁了一句：「如果像你說的那樣，你確實守得住喀布爾、巴里黑、昆都思，還有巴達克山，守得住它們中的任何一個地方，你又怎麼會出現在我們眼前？」
忽辛被說到痛處，頓時惱羞成怒：「你是誰？你……你這個壞小子是誰？敢這樣對我說話！」
「你連沙烏可也不認識了嗎？他是察合台汗的嫡傳後裔，他的父親和你的祖父曾經同朝為官。」
「沙烏可？不，我沒聽說過。我跟你說，我從來沒聽說過。沙烏可這個名字根本就一點都不出名！你告訴我，成吉思汗的子孫不能開疆擴土，還配稱成吉思汗的子孫嗎？假的，都是假的。」
沙烏可不服氣，還想跟忽辛辯論，沙奈強行把他拉走了。沙奈臨行前阿亞給他準備了一皮囊馬奶酒，他把沙烏可拉到一個遠離忽辛和帖木兒的僻靜處，邀來艾庫、多歌、努里丁和篩海，六個人一起喝酒。
帖木兒吩咐兩名侍衛去接夫人過來與哥哥忽辛相見。忽辛與胞妹雲娜的感情一向深厚，聽說帖木兒將妹妹和兩個外甥都安排在離此處不到兩沙里（一沙里約等於兩公里）的一個小村莊里，臉上的表情頓時多雲轉晴，倒有幾分高興起來。
他問帖木兒：「雲娜怎未跟你在一起？」
帖木兒回答：「此前原本一直都在一起。最近幾天，奧美又病了，雲娜照顧他很疲勞，她自己跟我商量，想找個村莊住下來，等著我的消息。她這樣做，也是為奧美著想。」
「可是，你不在她的身邊，萬一發生了什麼事，她一個女人家帶著兩個孩子該如何應付？」
「我們在逃亡中，隨時都有危險，雲娜這麼做至少比跟著我顛沛流離來得要好。雲娜其實也是這樣的想法。再說，村莊里沒有人認識雲娜，伊利亞斯追擊的目標是我，由我引開追兵，雲娜和孩子不是就更安全了嗎？你放心，我和雲娜已經商定，我們隨時保持聯繫，一旦奧美的病痊癒，或者我的狀況穩定下來，我就會派人把她和孩子接到身邊。現在好了，我們兵合一處，力量壯大了不少，我想，我可以把她接到身邊了，你說呢？」
「就該接到身邊才對。下一步，你有什麼打算？」
「這個，我正要與你商議。」
「你說吧，我聽聽。」
「其實，在進入花剌子模之前，我拜訪了一位先知，他建議我潛藏於花剌子模的曠野之中，等待時機。所以，我才會來到這裡，並且幸運地與你相遇。我想，圖格魯汗特別是太子決不會放過我的，他們一定會派軍隊追擊，我們不如就在這曠野之中，與太子以及花剌子模領主帖吉兒周旋。天不負我，假以時日，我相信我們一定能夠等到先知所預言的時機出現。」
「既然如此，就照你的想法，我們走一步說一步吧。」
花剌子模領主帖吉兒探知帖木兒等人的藏身之地，急忙派人報告給太子伊利亞斯，太子命帖吉兒不惜一切代價消滅帖木兒。帖吉兒親率一千騎兵征討帖木兒，不料被早有準備的帖木兒設伏擊敗。經過一天一夜的戰鬥，帖吉兒身邊的將士只剩下五十餘人，不得不撤出戰鬥。
帖木兒和忽辛一方雖然取得了勝利，然而追隨他們的二百多將士，或死或散，也只剩下騎兵十人、步兵三人而已。情形的確很糟糕了，唯一讓帖木兒感到慶幸的是，篩海、沙奈這些對他忠心耿耿、智勇雙全的將領都安然無恙，而且，忽辛也毫髮無損，與他並肩戰鬥。
經過戰鬥的重創，忽辛對未來失去了信心，帖木兒建議逃往西斯坦時，忽辛意志消沉地任由他安排。行前，帖木兒將夫人云娜和兩個兒子託付給篩海和阿亞，讓他們躲到鄉間去，等待自己重新接回他們。
帖木兒和忽辛在西斯坦很快遭到驅逐。幸運的是，經過帖木兒的動員，許多士兵和將領紛紛來投奔他們，隊伍很快又增至二百多人，實力不遜於兩人在花剌子模初遇之時。與此同時，圖格魯汗和伊利亞斯太子在河中地區實行的統治遭到百姓反對，帖木兒和忽辛趁機奪取了撒馬爾罕。
好景不長。很快，撒馬爾罕又被圖格魯汗奪回。
回曆七六六年（約1365年），帖木兒和忽辛的事業出現轉機。這一年，野心勃勃、一心想要恢複察合台汗國舊有版圖的圖格魯汗病逝，帖木兒和忽辛趁汗國軍心不穩之際，將太子伊利亞斯逐出撒馬爾罕。
伊利亞斯成為被四處追逐、行蹤不定的人，狀況與兩三年前的帖木兒與忽辛極其相似。他很想返回東察合台汗國，重振旗鼓，可是帖木兒和忽辛並沒有給他這樣的機會。到最後，在伊利亞斯身邊追隨他的人只剩下蒙古貴族哈馬魯丁，他們躲在一個邊城中，準備尋機逃回伊犁。
帖木兒和忽辛本可以將伊利亞斯一舉殲滅，之所以沒有這樣做，問題出在忽辛身上。這個哈茲罕鍾愛的孫子一心想恢複乃祖在世時的強權與榮光，因此，自從他和帖木兒據守撒馬爾罕之後，他便以主人自居，不但任何事情都不同帖木兒商量，還處處排擠帖木兒，帖木兒實力不如忽辛，不得不忍氣吞聲，主動退守碣石城。
帖木兒和忽辛的矛盾使伊利亞斯和哈馬魯丁得以苟延殘喘。
次年，帖木兒感到他本人已經有足夠的能力驅逐伊利亞斯，遂引兵攻打邊城，他首次運用了成吉思汗攻城時經常運用的武器和器械，在強大的攻勢下，總指揮官比吉節戰死，伊利亞斯和哈馬魯丁棄城而逃，邊城落入帖木兒手中。
帖木兒並不想放過伊利亞斯，乘勝追擊。途中，哈馬魯丁發動叛亂，殺死了伊利亞斯，帶著殘餘力量一路敗回東察合台汗國。此後，這個弒主自立的人進一步攫取權力，成為東察合台汗國的主人和帖木兒的敵人。