按照定義，一切隨時間而變化的事物都有其本身的歷史，例如宇宙、國家、朝代、藝術和哲學以及思想。科學也是一樣，自從它由神話和早期哲學發初以來，經歷了不斷的歷史性變化，因而科學也是歷史學家的當然命題。人們為了探索對所處世界的理解而提出了各式各樣的問題，科學的真諦就在於它正是這種持續而又永無休止的解答問題的過程。科學的歷史曾先是科學所面臨的問題以及解決（或試圖解決）這些問題的歷史。不僅如此，科學的歷史又是構成科學的概念結構的基本原則的發展史。因為過去時代的許多重要科學爭論常被引入現代科學並繼續引起爭論，所以，除非對這些爭論的歷史有所了解，否則就無法充分認識當前許多論爭的意義。
和科學本身一樣，成文史也需要不斷地加以修訂。早期作者的錯誤敘釋很可能最終變成神話，被信以為真地一代又一代地流傳下去。因此，我特別著力於盡可能多地揭露和消除選樣的一些神話，同時又希望不要另外製造出一些新的神話。史書之所以需要不斷修訂，其主要原因是由於在任一特定時間裡它們僅僅只能反映當時的認識；它們取決於歷史的寫作者如何去理解當時生物學的驗性和機械性色彩，而同時代的法國科學則偏向於數學化和理性化？為什麼自然神學對英國科學的統治比對大陸科學的統治約長75年？有人說達爾文的自然選擇學說是工業革命的產物，那麼後者對前者的影響程度究竟如何？
儘管生物學史家不採用這種方法，但是如果他要確定新概念產生的原因，他就必須仔細研究提出新概念的科學家的文化與知識背景。對這本書來說，這一點顯然很重要，因為我的主要目的之一就是要探索生物學學說演變的原因，這就必須提出下列的一些問題：什麼事態使得一位科學家能發現為其同時代人所忽略的新事物？為什麼他能摒棄傳統的說法而提出一個新的解釋？他從什麼地方得到啟發而採取新的途徑？
大多數早期的科學史，特別是專業性科學史，都是從事科學研究工作的科學家撰寫的，他們認為促使科學發生變化的動力，理所當然地來自科學領域本身之內（「內部」影響，內因）。隨後，當科學史變得更加職業化或專門化時，歷史學家和社會學家開始研究分析科學思想的發展，他們傾向於著重當時一般的知識、文化、社會背景的影響（「外界」影響，外因）。沒有人想要懷疑這兩種影響的存在，然而對這兩種影響的相對重要性來說，特別是談到特定的發展（例如達爾文的自然選擇學說）時就有很多分歧。
甚至有時要把內因、外因區分開來也很困難。《自然界的偉大鏈索》（「自然界階梯」）」是一個哲學概念，它顯然對拉馬克和其它早期進化論者的概念形成具有影響。然而亞里斯多德是在對生物進行經驗性觀察的基礎上提出這一概念的。另一方面，人們普遍接受的意識形態或觀念則又是無可爭辯的外因之一。幾百年來，基督教的神造論教條和由自然神學演繹的論據支配了生物學思想。源於柏拉圖的本質論（ essentialism）則是另外一種無所不能的全能觀念，對人們也具有深刻的影響。有趣的是，它之所以被達爾文摒棄，倒主要是由於動物育種學家和分類學者的觀察，這也就是說，是由於外因。
外因不一定來源於宗教、哲學、文化生活或政治，它們也可以來自其它科學（就生物學而言）。科學革命之後在西方廣泛流行的極端的物理主義（包括決定論和極端的還原論）嚴重地影響了生物學學說的建立達數百年之久。現在回過頭來看，上述影響大都不利於學說的形成。另一個例子是經院哲學邏輯從西薩皮諾到林奈時期一直支配了分類學方法。上述這些以及其它許多還可以補充的例子都清楚地表明外界影響對生物學學說的建立的重要性。在以後的有關章節中，我們還要就這些影響進行詳盡的分析。
外界因素以兩種全然不同的方式對科學施加影響。它們或者是在一定地區、一定時間影響科學活動的整體水平；或者是影響甚至導致某種科學學說產生。分清這一點很重要，過去常把這兩方面混為一談，從而在外因與內因究竟孰為重要的問題上引起很多爭論。
環境條件對科學活動水平的影響早在有了第一本科學史時就已經被人們意識到。人們一直不停地在思考為什麼希臘人對科學問題那樣感興趣，為什麼科學在文藝復興時期得到復甦，新教對科學有哪些影響（Menton， 1938）？ 19世紀時為什麼科學在德國繁榮到如此程度？重要的外因有時可以具體指出，例如（正如Merz，1896～1914曾經指出），1694年哈勒大學（德國）用德文代替拉丁文，1737年在哥廷根創建了一所大學，在這所大學中「科學」課程佔有重要位置。社會事業機構的各種變化，包括皇家學會的建立，諸如戰爭的政治事件和蘇聯「地球人造衛星」的發射，以及技術工程上的需要都會對科學活動水平產生不是促進就是壓抑的影響。即使如此，這些外因在多大程度上支持或壓制了特定的科學學說這個議論紛壇的問題仍然沒有解決。
疑問式歷史
一百多年以前A爵士提醒歷史學家：「研究歷史而不要研究時代。」這一建議特別適用於生物學史，因為其中的科學問題長期沒有解決。19世紀和20世紀早期的很多著名論戰所涉及的問題是早在亞里斯多德時代就知道的。這些爭論一代又一代、一個世紀又一個世紀地延續下來。它們是過程而不是事件，因而只能作為歷史來論述才能充分理解。正如 R· G· Collingwood談到歷史時（1939：98）所指出：「它所關注的不是事件而是過程。過程是沒有開始也沒有終結皈事態，它們只能互相轉化。」這一點必須強調，特別是面對邏輯實證主義者的靜止觀點來說更是如此。實證主義者認為邏輯結構才是科學的真正問題：「科學的哲學在他們看來主要是對當代科學的邏輯結構和概念問題進行仔細而又詳盡的分析」（ Laudan，1968）。實際上，對於絕大多數科學問題而言，研究它們的歷史比研究它們的邏輯更利於理解。但是，必須注意疑問式歷史並不能代替編年史，這兩者是互為補充的。
科學問題的解決從來不是一帆風順的。在疑問式歷史中，主要側重於解決問題的企圖和努力的歷史，例如受精作用的實質和進化的定向因素這樣的一些問題。不僅要介紹為了解決這些問題而嘗試成功的歷史，也要介紹嘗試失敗的歷史。在對待生物學中的主要爭論時，要著力分析對手方面的思想體系（或信條）以及用來支持他們的對立學說的特有證據。在疑問式歷史中重點是從事專業工作的科學家以及他的觀念世界。他所處時代的科學問題是什麼？在企圖解決問題時他擁有一些什麼樣的觀念和技術手段？他所能採用的方法是什麼？在他所處的時代中有些什麼流行觀念指導他的研究並影響他的決斷？像這一類性質的問題在疑問式歷史的研究中佔有主導地位。
我在本書中採用了這種疑問方式。讀者應當認識這並不是一部傳統的科學史。由於它專註於科學問題和概念的歷史，就勢必對生物學史的傳記性和社會學方面有所忽略。因此它應當同一本普通的生物學史（例如Nordenskiold編，1926），《科學家傳記辭典》以及可收集到的生物學有關學科的歷史一起閱讀使用。因為我是一位生物學家，所以我更適合寫一本關於生物學的問題和思想概念的歷史，而不是去寫一本傳記史和社會史。
疑問式歷史的精髓就是問為什麼。為什麼自然選擇學說單單就在英國發展起來，而且實際上有四次獨立的發展？為什麼真正的群體遺傳學在俄國興起？為什麼貝特森對遺傳的詮釋幾乎徹頭徹尾都是錯誤的？為什麼柯侖斯把精力分散在各式各樣的外圍問題上因而從1900年以後他對遺傳學的主要進展貢獻甚小？為什麼摩爾根學派在那麼多年裡花費了很大精力去鞏固已充分建立起來的關於遺傳的染色體學說而沒有另闢蹊徑？為什麼德弗里和約翰遜在正統的遺傳學研究中運用他們的發現遠比在進化論上得心應手？要回答這些問題就必須收集和詳細審查大量的資料和證據，而這樣做的結果，即便有關問題最終判明無從作出結論，也必然會產生新的見解。對為什麼的問題的回答雖然不可避免地具有一定程度的臆測性和主觀性，然而卻能迫使人們去整理研究結果，迫使人們採取符合臆測推理的方法不斷審查自己的結論。「為什麼」問題的合理性目前在科學研究中，特別是在進化生物學中已經鞏固地建立起來，在歷史的撰寫中就更不應成為問題。在最不濟的情況下，這種為什麼問題所必需的詳盡分析也有可能斷定問題背後的假設是錯誤的。即使這樣，也能提高我們的認識。
我在本書中自始至終對每個問題都儘可能地詳加分析，並將混雜的異源學說和概念分解成個別的組成部分。並不是所有的歷史學家都認識到很多生物學概念是多麼複雜——實際上也就是說生物學作為一個整體，其結構是多麼複雜。因此，有一些陳述極其