清太醫院初設在北京正陽門內東江米巷，今東交民巷西口路北附近。太醫院大門懸掛「太醫院」匾。大門前左為「土地祠」，右為「聽差處」。太醫院有大堂五間，懸掛康熙帝御賜名醫黃運的詩文：「神聖豈能再，調方最近情。存誠慎藥性，仁術盡平生。」醫生講求「誠慎仁術」四字。大堂左側南廳，是御醫辦公廳堂，右側為北廳。後為先醫廟，供奉伏羲、神農、黃帝的塑像，有康熙帝御書「永濟群生」匾。先醫廟裡有銅人像，廟外有藥王廟，廟連接大堂的是二堂、三堂。
光緒二十七年（1901年）《辛丑條約》後，東交民巷劃為外國駐華使領館區。翌年，太醫院遷到新建衙署，在今地安門東大街113號院，大堂東西3間，進深3間，現基本保存。東院為藥房。今前院有28戶居民，後院為五中分校使用。太醫院在宮內上駟院北，設有待診、休息的處所（舊稱「他坦」「他坦」，又作「塌潭」，為滿語音譯，漢意是「住屋、住所」。），歲月流失，現已無存。
明清的太醫院，兼具衛生部、總醫院、醫學院和保健局四種功能。《明史·職官志·太醫院》記載：院使（院長）一人，正五品；院判（副院長）二人，正六品；其屬，御醫四人（後增到十八人），正八品。生葯庫、惠民藥局，各大使（主任）一人，副使（副主任）一人。清朝略同，但有變化：其一，設管院事王大臣一人（滿人）。其二，分為院使和院判、御醫、吏目、醫士、醫生五個等級。其三，院使後為正四品，院判後為正五品，都是漢一人。其四，所屬御醫十三人，後為正六品，吏目三十人，後為七品八品，醫士二十人，給從九品冠帶，醫生三十人。清康熙朝，太醫院的御醫，每日輪流值班一百一十一人，總數達到一百二十五人。（《清史稿·職官志·太醫院》卷一百十五）
太醫分科明依照傳統，分為十三科：大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、接骨、傷寒、咽喉、金鏃、按摩、祝由。大方脈科，診治成人雜病；小方脈科，即小兒科；祝由科，治病不以醫藥，而以符咒。分見《南村輟耕錄》和《中文大辭典》。清朝則合為九科：大方脈、小方脈（含痘疹）、傷寒科、婦人科、瘡瘍科、針灸科、眼科、咽喉科（含口齒）和正骨科（含按摩），取消祝由科。其實，還有「食醫」。《周禮·天官·冢宰》將食醫與疾醫、瘍醫等並列。漢鄭玄註：「食有和齊葯之類。」可見古人對「食醫」的重視。康熙間西藥進入宮廷，後引進西醫、西藥。康熙三十二年（1693年）五月，康熙帝因患瘧疾，服用法國傳教士洪若翰等進的金雞納霜（奎寧）而病癒。光緒二十四年（1898年）九月初四日，法國駐華公使館多德福醫生曾為光緒帝診病開藥。但是，太醫院始終是以中醫中藥為主。
御醫職掌主要八項：侍直、進御、扈從、奉差、儲葯、祭先醫、診視獄囚、施藥等。其侍直，各以專科，分班輪值，在宮中稱宮直，在外廷稱六直。宮直在御藥房及各宮外班房值班，六直在外直房（如暢春園、圓明園）值班。扈從，皇帝出巡，御醫或奉旨點用，或按班輪直，都給夫馬、車輛裝載藥材，還給賬房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太醫奉旨前往。還給監獄囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御醫不一定都能給皇帝看病，給皇帝看病的不一定都是御醫。
考選遷轉太醫院的御醫，來自全國各地，從民間醫生以及舉人、貢生等有職銜的人中，挑選精通醫理，情願為宮中效力的人，量才錄用。如康熙年間，北京同仁堂創始人樂顯揚曾任太醫院吏目一職，其子鳳鳴承襲父業，雍正年間同仁堂供奉御藥房的宮廷藥材，前後八代，一百八十八年。太醫院還設有教習廳，培養醫務人才。經歷六個寒暑，通過考試合格，才能錄用為醫士或醫生。（《光緒大清會典事例》卷一千一百五）他們的晉陞，六年考試一次，成績合格，沒有差錯，一次升補。考試受八股文影響，如一次考題為「知者樂水，仁者樂山」，還看重書法。太醫開藥方，要字跡端好。這項人事錄用和晉陞制度的優長是：第一，將考選、遷轉限制在院內，調出、調入均少，利於人才隊伍穩定；第二，御醫、吏目、醫士等採取考試方式選拔，擇優錄用，利於業務水平提升。
薪資待遇太醫院的院使月銀三兩，左右院判、七品御醫均月銀二兩二錢，吏目、醫士月銀一兩五錢。（《光緒大清會典事例》卷二百五十）雍正元年（1723年）規定：醫士月給公費飯銀一兩五錢、米九斗。而一個普通太監月銀二兩，可見御醫的俸銀是偏低的。
御醫治病《明史·職官志》記載，給皇帝看病六要：一要組成班子，院使、御醫和內臣三方共責，相互監督。二要會診，共同診斷。三要共同選葯，聯名封記藥劑。四要共同監視煎藥。五要共同嘗葯，就是每二劑合為一，煎熟，分作二器，一份御醫、內臣先嘗，一份進御。清朝比明朝嘗葯更為嚴格：一器由御醫、院判、內監依次嘗葯；另一器進御。（《光緒大清會典事例》卷一千一百五）六要脈案方劑存檔備查。
藥房設葯庫儲存藥材。藥材按定例給價，由藥商採辦，內藥房醫生切造炮製。清宮藥房名目繁多，如御藥房、壽藥房、東藥房、西藥房、內藥房、外藥房、乾清宮藥房、武英殿露房、長春宮藥房、永和宮藥房等。有儲葯、煎藥、配製藥品等職能。