乾清門在清代兼為處理政務的場所，特別是康熙朝的「御門聽政」主要在這裡。乾清門給歷史留下最深刻的記憶是「御門聽政」。許多重要決策是在乾清門「御門聽政」時做出的。康熙大帝的勤政，五十五年，寒暑無間，堅持不懈，一以貫之，難能可貴，值得史鑒。
乾清門坐北朝南，東西五間，三陛三出（三道、三層台級），各九級（蹬）。長八丈二尺，寬連廊共四丈三尺，山柱高三丈一尺，單層屋檐，歇山頂，黃琉璃瓦。圍飾以石欄杆，前列兩尊金獅。
乾清門外東西兩側各有一排低矮狹窄的房屋：東側南向有房屋十二間，主要是六部九卿——吏、戶、禮、兵、刑、工部和都察院、理藩院、通政司等臨時辦公的場所；西側南向也有房屋十二間，主要是軍機處及其他相關機構的場所。乾清門南向兩側的機構，是隨著乾清門功能變化而變化的。明初在奉天門（太和門）御門聽政，那些相應的內閣機構，分布在奉天門（太和門）外兩側。清朝——特別是順、康、雍、乾等朝，主要在乾清門御門聽政，所以相應的內閣機構隨之分布在乾清門的兩側。
御門聽政是明清皇帝處理軍政要務的一種重要會議形式。所謂「御門聽政」，通俗地說，就是皇帝辦公會議。御門聽政，常在早上舉行，所以又稱早朝。皇帝在太和殿舉行的朝會，叫作大朝；在乾清門等處舉行的日常朝會，叫作常朝。明朝皇帝御門聽政，早期在奉天門（皇極門），文武官員每天拂曉到奉天門早朝，皇帝接受朝拜，處理政事。清初御門聽政在乾清門。如皇帝在皇宮外活動，那就隨皇帝行宮所在地而規定處理政務的場所。
清朝初期御門聽政的場所，為什麼由太和門改到乾清門呢？有學者認為，太和門在皇宮最南端，皇帝住在乾清宮，每天早上要從後宮乘輿，經過大半個皇宮，路程遠，費時間，動靜大，不方便。皇帝在乾清門聽政，出了乾清宮，沒有幾步，很快就到，便捷得多。雖說乾清門不如太和門氣派，但它接近後宮，比較實際，效率也高，體現了康熙帝不擺排場、講求實效的作風。
清朝御門聽政，從順治朝開始，到康熙朝，逐漸制度化、規範化。在乾清門的門道設「黼扆」（fǔyǐ），就是圍帳；帳前設御座（寶座），座前設御案，案上放置奏疏或奏摺，供大臣跪奏時用。乾隆五年（1740年）命設氈墊，這是乾清門設氈墊的開端。（《養吉齋叢錄》）
清朝御門聽政時間，夏、秋為辰初（早七時），冬、春為辰正（早八時）。北京冬天很冷，早晨更冷，雖設圍帳，也要取暖，御座前設兩個銅火盆。乾清門是開敞的，雖有火盆，還是很冷。這種取暖同現代暖氣或空調相比，可要寒冷多了！
御門聽政時參加的官員，有大學士、六部九卿——六部尚書加左都御使、理藩院尚書、通政使，內閣學士，翰林院侍讀、侍講，日講起居注官、各部相關官員等，一般十多人。
御門聽政儀式，與會官員，先在午門外會合，傳旨宣召，魚貫而入，到乾清門，分列東西，按級序立，記注官等就位侍立。部院奏事官員，捧疏者到正中，靠近黃案前跪，奏事畢，起立，退回原班。吏部引見各部院屬官畢，退下。記注官立御榻之右。每奏一事，皇帝降旨，大學士、學士承旨完畢，起立。皇帝還宮，皆退朝。（《大清會典》）設滿、漢科道官各一員侍班，糾參失儀官員，遲到官員要受申斥或處分。
會議文件——奏疏或奏摺，一式兩份，一份呈上御案，一份由內閣學士捧本在御前背誦，如果記憶不熟或滿語生疏，會受到斥責或處分。每本奏完，皇帝用滿語或漢語降旨。一段時間，文件批寫，都在乾清門。在諸學士執筆批寫中，以折爾肯的書寫為最快。諸臣一二張沒寫完，折爾肯已寫完五張。他的草書更快，時人皆稱他為「文壇飛將」。散會後，文件交內閣，遵旨繕寫處理。副本交內閣或軍機處存檔，成為軍機處錄副，這就是我們現在能看到的內閣或軍機處的檔案。
清帝御門聽政，議決重大治策。
先說治河決策。據《郎潛紀聞》記載：御門聽政時，皇帝與大臣商討治河方略。巡撫張伯行熟諳水性，面奏河務。康熙帝反問，張伯行從衣袖裡取出地圖，一面比畫，一面答辯。大臣牛鈕當即斥責張伯行狂妄。康熙帝說：「畢竟是他留心，即書本亦是他看過，爾等誰留心者？」張伯行留心河務，不僅實地考察，還查閱書上記載，你們誰這樣留心過？諸位大臣，閉口不言。
康熙四十六年（1707年）十一月，康熙帝命江、浙兩省在京官員，及大學士、六部九卿等官，都聚齊到乾清門外，宣諭道：朕每至一方，必取一方之土，以試驗之。今歲南巡江浙，見兩省農田，全資灌溉，命兩省督、撫，將各地宜建閘蓄水之處，通行確察，明晰具奏。以朕度之，建閘費用，不過四五十萬兩，且南方地畝，見有定數，而戶口漸增，偶遇歲歉，艱食可虞，若發帑建閘，使貧民得資傭工，度日糊口，也是善策。（《清聖祖實錄》卷二百三十一）這說明：其一，重視水利；其二，未雨綢繆；其三，以工代賑；其四，國庫出錢。
次說版圖大事。康熙二十七年（1688年）五月初一，康熙帝御乾清門，派內大臣索額圖、佟國維、馬喇等一行，出使俄羅斯國。命選精騎萬餘人扈行，私從仆馬，數字過萬，旌旗綿延，三十餘里。（《出塞紀略》）行前，康熙帝指示索額圖等，大意是：俄羅斯侵佔我邊境，交戰在黑龍江、松花江、呼瑪爾江等處，佔據我屬尼布楚（今涅爾琴斯克）、雅克薩（今阿爾巴津）地方，收納我逃人根特木爾等。為反擊侵入，我兵築黑龍江城（今漠河黑龍江北岸），兩次進剿雅克薩，攻圍其城。這就是同俄羅斯關係的原委。黑龍江地方，最為重要。嫩江而下為松花江，松花江而下為黑龍江，還有恆滾、牛滿、精奇里等江，都匯流入黑龍江，直達于海。康熙帝指出：
環江左右，均系我屬鄂羅春、奇勒爾、畢喇爾等人民，及赫哲、飛牙喀所居之地。若不盡取之，邊民終不獲安。朕以為尼布潮、雅克薩、黑龍江上下，及通此江之一河一溪，皆我所屬之地，不可少棄之於鄂羅斯。我之逃人根特木爾等三佐領，及續逃一二人，悉應向彼索還。如鄂羅斯遵諭而行，即歸彼逃人，及我大兵所俘獲招撫者。與之畫定疆界，准其通使貿易。否則爾等即還，不便更與彼議和矣。（《清聖祖實錄》卷一百三十五）
當天，索額圖等起行。但因噶爾丹叛亂，召索額圖一行回京。局勢稍定後，再派索額圖等出使，康熙二十八年（1689年），與俄國簽訂《中俄尼布楚條約》，劃定中俄東北部邊界。
議政事之外，還議決人事。