先金後廈，還是先廈後金？葉飛頗費思量。重兵守廈門，蔣介石企圖最後一搏。蔣經國說：美國的白皮書，是宣布政府的死亡證明書，並暗示如何料理後事。張發奎勸李宗仁做張學良、楊虎城第二。李宗仁忍無可忍，以「國家元首」的身份嚴辭訓蔣。葉飛說：我一生打仗走過兩步險棋，攻打廈門算一回。湯恩伯本是瓮中之鱉，但僥倖從海上逃脫。
福州解放後的第三天，即1949年8月25日，經中央軍委批准，福建軍區成立。第三野戰軍第十兵團領導機關兼福建軍區領導機關，葉飛兼任司令員，張鼎丞兼任政治委員，成鈞兼任副司令員，劉培善兼任政治部主任，陳鐵君兼任副參謀長。下轄8個軍分區，分別為：建陽軍分區（司令員聞盛森、政治委員陳桂芳）、南平軍分區（司令員郭廷萬、政治委員賈良民）、福建軍分區（司令員陳挺，政治委員王毅之）、閩侯軍分區（司令員黃永山、政治委員郝可明）、晉江軍分區（司令員葉克守、政治委員張慧如）、龍溪軍分區（司令員李成堯、政治委員盧叨）、永安軍分區（司令員林乃清、政治委員王敬群）、龍岩軍分區（司令員王勝、政治委員范元輝）。
與福建軍區建立的同時，福州市成立了軍管會，第十兵團政委韋國清擔任軍管會主任，負責接管福州工作。葉飛則率十兵團主力繼續南下，肅清閩南漳泉地區之敵，爾後再向廈門，金門兩島進擊。
福州失守後，蔣介石急忙重新調整了指揮系統，撤銷了福州綏署和第六兵團建制，由湯恩伯接任福建省主席兼東南軍政長官公署廈門分署主任，統一指揮劉汝明八兵團、胡璉十二兵團和李良榮的二十二兵團，並將兵力收縮防守廈門、金門、漳州和潮汕等幾個大據點。蔣介石如此部署兵力，目的是希望憑藉廈門海島的有利地形和要塞原有的永久性工事來抵抗共軍的進攻。
福州戰役結束後，第十兵團主力即位於福州、福清地區進行短期休整。
同時第十兵團司令葉飛令第二十八軍一個師渡過閩江，向甫推進。在閩中游擊隊的配合下，至9月中旬，先後解放了惠安、泉州、蒲田、安海、圍頭、蓮河、平漳、南目等廣大地區，為十兵團主力南下開闢了道路。
為了貫徹解放福建全省的既定決心，第十兵團部決定迅速率主力南下組織漳廈金戰役。
依據閩南地理位置和地形特點，第十兵團司令部決定漳廈金戰役分兩個階段進行：第一階段殲滅以漳州為中心的廈門、金門兩島外圍陸上殘敵；第二階段殲滅廈門、金門等島上殘兵。
具體部署為：第三十一軍及第二十九軍一部執行第一階段作戰任務。第三十一軍進至南安、安溪地區集結後，分往同安、長泰，直趨漳州，橫掃該地及廈門以西、以南陸上各點守敵，不使其逃入島上；第二十九軍一部由泉州以南地區出發，攻殲廈門以北澳頭、集美等地守敵，以配合第三十一軍肅清大陸殘敵。第二階段作戰任務區分為：第三十一軍及第二十九軍主力會攻廈門，第二十八軍、第二十九軍各以一部而以二十八軍為主攻擊金門，並爭取同時擊破兩島。另為掃除我軍南下作戰的海上障礙，並為金廈作戰準備船隻，決定以第二十八軍主力及第二十九軍一部於戰役發起前攻下平潭島。
部隊在休整期間，依據新的作戰任務和福州戰役的經驗進行了思想上、政治上的深入動員，使全體官兵進一步樹立「解放全福州、建設新福建」的決心和信心，迅速整頓了戰鬥組織，安置了傷病員。
9月10日前後，第十兵團主力陸續在葉飛司令員率領下從集結地出發。
為了鍛煉部隊適應海上作戰，南下時葉飛特命令第二十八軍兩個師沿海南下。
第一階段作戰十分順利。
第二十八軍主力經過約半個月的渡海準備後，9月14日攻佔了大陳島；16日攻佔了平潭島，俘敵第七十四、第七十三軍六七千人；17日又攻下了大小庫島、塘嶼等地，完成了預定作戰任務。
與此同時，第二十九軍也不甘落後，9月11日攻佔湄州島，16日攻下南日島，隨後主力南下。18日，二十九軍一部由泉州以南向澳頭、集美地區攻擊前進。19日，進佔馬巷，守敵西逃，二十九軍繼續跟追，各路追擊部隊與逃敵戰至25日，先後攻克海澄、港尾、嵩嶼、集美等要點，殲敵第六十八軍等大部，共約1. 7萬餘人。
當二十八軍、二十九軍順利進軍之際，第三十一軍按照部署9月18日由南安、安溪地區，分兩路向漳州攻擊前進。19日，攻佔同安、角尾、長泰、南靖等地。守敵懼殲，倉皇逃跑。22日，三十一軍渡過九龍江攻佔海澄、浮宮，25日漳州解放。至此，三十一軍先後攻克島美、嵩嶼、高埔一線廈門外圍陣地。
第一階段作戰，十兵團共殲敵2.3萬餘人，完全控制了廈門外圍大陸沿海的陣地，形成了對廈金兩島三面包圍的態勢。
第三十一軍先頭部隊越過九龍江後，在南靖西北與堅持敵後鬥爭的閩粵贛邊區縱隊第八支隊勝利會師，率隊前來會師的是邊區縱隊參謀主任王漢傑。其時，邊縱司令劉永生已率領一、二、七團西去江西會昌，與南下的四野大軍會師。在此之前，邊縱在閩西的部隊已解放了武平、連城、清流、豐順、龍岩、安溪、永清、漳平等縣。會師後，邊縱積極配合第十兵團解放了平和、漳浦、雲霄、沼安等縣城。
閩粵贛邊區縱隊在敵後堅持武裝鬥爭長達30餘年，到漳廈戰役發起時，隊伍已發展為2000餘人。司令員為劉永生、政委魏金水、副司令員鐵堅、副政委朱曼平。與三野會師以後，邊縱分別受福建軍區和廣東軍區領導。
邊縱司令劉永生，福建上杭人，因長期堅持地下鬥爭，成了一個傳奇人物，在閩粵贛邊區，他的大名婦孺皆知，群眾給他編了不少故事，而且越傳越奇。早在1927年，劉永生就參加了閩西農民運動。1928年他光榮加入中國共產黨。曾領導參與著名的金砂暴動。之後，他擔任永新縣革命委員會軍事部長兼縣赤衛大隊大隊長、獨立團團長、獨立八團團長、永東遊擊司令員，打了3年游擊戰爭。抗日戰爭時期，留在閩西南繼續堅持鬥爭，擔任閩西南武裝經濟工作總隊總隊長、王濤支隊支隊長。解放戰爭時期，擔任粵東遊擊支隊支隊長、閩粵贛邊總隊總隊長、閩粵贛邊縱隊司令員。會師以後，劉永生調任兵團兼福建軍區副司令員。
第十兵團在結束了第一階段作戰任務後，開始準備實施漳廈戰役中更艱巨更關鍵的第二階段作戰：攻打廈門、金門二島。
廈門為福建南部的重要軍港和商埠，當時人口約17萬，靠大陸較近，海峽最窄處約1公里。該島長13公里，寬11公里，分南北兩半部。市區位於南半部的西南島，島上地勢西南高，東北低，大部分島岸場可登陸，東岸和北岸登陸較易，並利於向縱深發展。島上交通便利，鋪有網狀公路。廈門島的西南是鼓浪嶼，那是座風景秀麗的孤嶼，島小崖陡，面積僅有1.09平方公里，距廈門島約700餘米，距大陸最近處約1100米。由於四周多是礁石陡壁，能登陸地段不多。廈門和鼓浪嶼均有一些永久性的要塞工事。在易於登陸的地段，蔣軍又新修了一些土木工事，設置了一些障礙物。
金門島位於廈門島以東10公里，北距大陸約9公里，分為大小金門兩島，在軍事上向來金廈並稱，相鄰並列，唇齒相依，所以十兵團原計畫金廈一起攻取。後因情況變化，才決定先打廈門。關於這些情況後有詳述。
據史書記載，宋嘉佑三年（公元1058年）就在名叫鷺嶼的海島上築塞設防。明洪武二十年（公元1387年），為了抵抗倭寇侵擾，江夏侯周德興奉命在鷺嶼建造城堡，命名廈門城，取大陸如華廈，鷺嶼即門戶，堅守門戶保大廈之意。同時，在鷺嶼東面的浯州嶼築城，命名金門城，取金湯永固、雄鎮海門的意思。從此就稱為廈門、金門兩島。明清兩代都有重兵駐守，戚繼光、俞大猷等名將都在這裡戰鬥過，明末清初，公元1646年，鄭成功起兵於浯州、南澳抗清，並於公元1661年，以廈門、金門和漳州部分沿海地帶為寨，發戰艦數百艘東征，收復台灣。鴉片戰爭時期，英國侵略軍始終把廈門島作為重點進攻目標，先後兩次進犯。抗日戰爭時期，日本侵略軍為大舉入侵東南內陸，早在1938年5月就佔領廈金兩島，直至被迫投降之時，才由當時的中國政府收回。
廈金兩島的重要性，國民黨是十分清楚的。當時國民黨的喉舌《中央日報》說得很清楚：「金廈的得失，對台灣國軍進守之勢，均有莫大的影響」，「本省（指台灣）應該盡一切的力量，來支援金廈戰事，以保全這一個重要的反攻基地。」
蔣介石的確是拼湊了當時所能收羅到的「一切力量」投向金廈。
廈門守敵為湯恩伯集團五十五軍全部、一六六師及六十八軍從漳州方向逃來的余部，總兵力近3萬餘人。具體部署是：以裝備充足的七十四師3 個團守廈門北半島；以一八一師守東南