紅四軍前委書記毛澤東在領導湘贛邊軍民鞏固和建設根據地的同時，還以極大精力投入理論上的創造，總結井岡山鬥爭的經驗，提出了關於紅色政權的理論。
紅色政權的理論，是從「工農武裝割據」思想引申、發展而成的。毛澤東的「工農武裝割據」思想有個形成的過程，而不是一蹴而就的。早在大革命失敗前夕，毛澤東就提出了「上山」思想，認為「上山可造成軍事勢力的基礎」，這是「工農武裝割據」思想的萌芽。大革命失敗後，毛澤東根據中共中央的「割據」主張和湖南省委「創造農民暴動割據局面」的意見，提出了「湘南割據」的構想，力主「在湘南形成一師的武裝，佔據五六個縣，形成一政治基礎，發展全省的土地革命」。秋收暴動受挫後，毛澤東思考和總結了歷史上農民起義、綠林稱王和軍閥割據的經驗教訓，提出：「李自成為什麼失敗了？很重要的一個原因，就是沒有鞏固的根據地。」「軍閥能割據，我們為什麼不能割據？」「歷史上沒有消滅過『山大王』，我們要到崇山峻岭中去當紅色割據的『山大王』，『革命的山大王』。」在湘贛邊武裝割據的實踐中，毛澤東的「割據」思想得到了不斷地深化、升華，逐漸形成了以寧岡為中心的湘贛邊界「工農武裝割據」的思想。他明確指出：「『工農武裝割據』的思想，是共產黨和割據地方的工農群眾必須充分具備的一個重要的思想。」。「『工農武裝割據』的存在和發展，必須具備下列的條件：（1）有很好的群眾；（2）有很好的黨；（3）有相當力量的紅軍；（4）有便利於作戰的地勢；（5）有足夠給養的經濟力。毛澤東走遍了整個羅霄山脈，認為各部分比較起來，以寧岡為中心的羅霄山脈的中段，最利於我們的軍事割據」。因此，他斷言：「以寧岡為中心的湘贛邊界工農武裝割據，其意義決不限於邊界數縣，這種割據在湘鄂贛三省工農暴動奪取三省政權的過程中是有很大的意義的。」毛澤東的這些論述，明確而具體地闡述了「工農武裝割據」思想的重大意義、存在條件、割據中心及其發展前途。
毛澤東的「工農武裝割據」思想有其科學的內涵，就是「有根據地的，有計畫地建設政權的，深入土地革命的，擴大人民武裝的路線」。換句話說，「工農武裝割據」的思想就是武裝鬥爭、土地革命、根據地建設三位一體的總觀念、總概括。其中，武裝鬥爭是「工農武裝割據」的基本形式，土地革命是「工農武裝割據」的主要內容，革命根據地是「工農武裝割據」的奮鬥目標。這三者是互為依存，缺一不可的。沒有武裝鬥爭，就無法開展土地革命，革命根據地就失去依託；沒有土地革命，武裝鬥爭就沒有群眾根基，革命根據地也不可能建立；沒有革命根據地，武裝鬥爭就沒有立足之地，土地革命的成果就難以鞏固。井岡山革命根據地正是在毛澤東「工農武裝割據」偉大思想的指引下，在妥善處理武裝鬥爭、土地革命和根據地建設三者關係的過程中，不斷開拓和發展的。
毛澤東的「工農武裝割據」思想，在井岡山鬥爭的實踐中，日漸為廣大軍民所接受，並形成共識。但是，事物的發展和人們的認識並不是筆直而又筆直的。「有些同志在困難和危急的時候，往往懷疑這樣的紅色政權的存在，而發生悲觀的情緒。」毛澤東：《中國的紅色政權為什麼能夠存在？》。這種悲觀情緒的突出表現，便是提出「紅旗到底打得多久」的疑問。
1928年「八月失敗」後，邊界形勢十分嚴峻，紅軍和根據地損失慘重。這時，黨和紅軍內有部分同志（包括紅四軍二十八團團長林彪在內）被暫時的挫折所迷惑，對革命前途悲觀失望，思想上猶豫彷徨，提出了「紅旗到底打得多久」的疑問。後來，到1928年冬和1929年初，「敵人的第三次『會剿』臨到了井岡山的時候，一部分同志又有『紅旗到底打得多久』的疑問提出來了」。這種疑問的兩度出現和提出，當然不是孤立的現象，實質上是一種右傾悲觀思潮在黨和紅軍內部的反映。問題的嚴重性還不僅在此，「在那個時候，不但紅軍和地方黨內有一種悲觀的思想，就是中央那時也不免為那種表面上的情況所迷惑，而發生了悲觀的論調」。可見，「紅旗到底打得多久」的疑問，黨內有，黨外也有；地方上有，中央也有。究其原因，正如毛澤東所指出的，「是因為他們對於一般情況的實質並沒有科學地加以分析」的緣故。那麼，如何「科學地加以分析」呢？如何從理論上透過現象「去看它的實質」呢？這就是紅色政權理論的由來。
為了從理論上回答黨和紅軍內「紅旗到底打得多久」的疑問，科學地分析中國小塊紅色政權能夠長期存在和發展的客觀依據，毛澤東運用馬克思列寧主義的基本原理，結合井岡山武裝割據的實際，創造性地提出了關於紅色政權的理論。這一理論形成的標誌，就是毛澤東在井岡山撰寫和發表的《中國的紅色政權為什麼能夠存在？》和《井岡山的鬥爭》兩篇光輝著作。此後撰寫的《星星之火，可以燎原》則是這兩篇著作光輝思想的深化和發展。
毛澤東紅色政權理論的基本思想是：
1.科學地分析了大革命失敗後國內的政治狀況，提出了建立中國紅色政權的總任務、總目標。
毛澤東指出：「現在國民黨新軍閥的統治，依然是城市買辦階級和鄉村豪紳階級的統治，對外投降帝國主義，對內以新軍閥代替舊軍閥」，「全國工農貧民以至資產階級，依然在反革命統治底下，沒有得到絲毫政治上經濟上的解放」。這種狀況表明，近代中國社會的中國人民同帝國主義、封建買辦和鄉村豪紳階級的主要矛盾依然如故，並沒有得到解決。
正因為如此，「中國迫切需要一個資產階級的民主革命，這個革命必須由無產階級領導才能完成」。在此，毛澤東闡明了中國革命的性質及其革命的領導階級，並深刻總結了第一次大革命失敗的主要教訓，就在於「無產階級沒有堅決地執行自己的領導權」，以至「被買辦豪紳階級奪取了領導，以反革命代替了革命」。在這次失敗中，中國的無產階級和農民受到很大的打擊。然而，革命卻是「一天一天在發展的」，工農階級在共產黨領導之下有組織的「農村暴動」，正在「南北各地發展起來」，中國革命運動雖然暫處低潮，但終歸是要恢複和發展的，「運動的發展是新的事實」，陳獨秀等人那種取消革命的悲觀論調是沒有根據的。
毛澤東在科學分析了大革命失敗後國內的政治狀況後，明確指出：「中國的民主革命的內容，依國際及中央的指示，包括推翻帝國主義及其工具軍閥在中國的統治，完成民族革命，並實行土地革命，消滅豪紳階級對農民的封建的剝削。」毛澤東：《中國的紅色政權為什麼能夠存在？》。毛澤東的這一科學論斷，闡明了中國民主革命的中心內容，就是要實行土地革命，消滅豪紳階級，推翻白色政權，建立紅色政權。這實際上就是建立中國紅色政權的總任務和總目標。
2.精闢地論述了中國紅色政權存在和發展的條件，明確提出了「工農武裝割據」的偉大思想。
毛澤東饒有興味地指出：「一國之內，在四圍白色政權的包圍中，有一小塊或若干小塊紅色政權的區域長期地存在，這是世界各國從來沒有的事，這種奇事的發生，有其獨特的原因。」毛澤東：《中國的紅色政權為什麼能夠存在？》。緊接著，毛澤東分析了這種「奇事」發生的獨特原因，就在於其存在和發展具備了「相當的條件」。毛澤東根據半殖民地半封建中國政治經濟發展不平衡的規律，透徹地論證和指出在四周白色政權的包圍中，中國紅色政權發生、存在和發展的條件是：
（1）中國地方性的農業經濟和帝國主義劃分勢力範圍的分裂剝削政策，造成了反動統治的縫隙，給革命以可乘之機。這是在四周白色政權的包圍中，一小塊或者若干小塊共產黨領導的紅色區域能夠存在和發展的根本原因。湘贛邊界的割據，就是這許多小塊中的一塊。由於地方軍閥忙於互相傾軋的軍閥混戰，對邊界「結合部」地帶無暇顧及，鞭長莫及，「結合部」成為軍閥的「不管部」。共產黨就可以利用敵人的矛盾和縫隙，發展革命力量，建立紅色政權。正因為中國白色政權的分裂和戰爭是繼續不斷的，「紅色政權的發生、存在並且日益發展，便是無疑的了」。
（2）有良好的群眾基礎。中國紅色政權首先發生和能夠長期存在的地方，主要在1926年和1927年兩年大革命過程中工農士兵群眾曾經大大地起來過的地方，比如湖南、廣東、湖北、江西等省。這些地方「有過很廣大的工會和農民協會的組織，有過工農階級對地主豪紳階級和資產階級的許多經濟的和政治的鬥爭」，「有過農民的割據」，這就為建立革命根據地和紅色政權打下了良好的群眾基礎。
（3）全國革命形勢繼續向前發展。小塊紅色政權能否長期存在，與全國革命形勢有很大關係。全國革命形勢是向前發展的，則小塊紅色區域的長期存在，「不但沒有疑義，而且必然地要作為取得全國政權的的許多力量中間