1941年中，西北地區黨的各項工作已有了相當發展。為適應新的形勢，黨中央決定將陝甘寧邊區黨委與中央西北工作委員會合併，成立中共中央西北局。賈拓夫開始被任命為西北局候補委員，兼民運部長和民族工作委員會主任。由於與白區地下工作有關的特殊需要，一段時間內，他還兼任調查四局局長。1942年10月到1943年1月，西北局召開高級幹部會議，討論經濟與財政等問題。毛澤東到會作了《經濟問題與財政問題》的報告，賈拓夫為毛澤東的報告組織提供了許多寶貴資料。會議期間，毛澤東主席親自找賈拓夫談話，要他擔任西北局常委兼秘書長，在全面工作方面協助西北局書記高崗。會議後不久，又任命他兼陝甘寧邊區貿易公司和邊區銀行政委。從此，他便將相當的精力轉到財經方面，進入了一個面更寬、任務更重的嶄新工作環境。體弱多病的他，成了西北局最繁忙的人物之一。
隨著抗日戰爭的發展，陝甘寧邊區和晉綏根據地不斷壯大。晉綏是作為大本營的陝甘寧和華北各根據地之間的連接樞紐和交通要道，處於十分重要的戰略地位。1941年，日寇進行極端殘酷的大掃蕩，實行滅絕人性的「殺光、燒光、搶光」的「三光政策」，妄圖消滅各抗日根據地；而國民黨反動政府則開始對共產黨領導的各抗日根據地，特別是陝甘寧邊區實行軍事、經濟封鎖，掀起自兩黨重新合作抗日後的又一次反共高潮，致使黨中央所在地的陝甘寧邊區出現了嚴重的經濟困難。要保障幾萬黨、政機關和部隊的供給，保障一百幾十萬邊區人民的基本生活，保障中央指揮全國的抗戰，必須打破敵人的封鎖，解決財經困難，這已成為當時牽動全局的至關重要的任務。為了度過困難，戰勝敵人，毛主席、黨中央號召邊區的黨、政、軍、民開展了轟轟烈烈的「大生產運動」，「自力更生，豐衣足食」，「發展經濟，保障供給」，穩固後方，支援前線。
在這種形勢下，黨中央於1942年決定成立陝甘寧晉綏聯防司令部，任命賀龍為聯防司令。聯防司令部的主要任務是統一兩區的軍事指揮，以及兩區的財政經濟和黨政軍民關係。財經方面，成立了以林伯渠、賀龍等19位同志組成的財經委員會，下設西北財經辦事處，賀龍任主任，陳云為副主任，賈拓夫就開始協助賀龍和陳雲從事財經工作。嗣後不久又兼任財經辦事處副主任，賀龍、陳雲另有重任，財經辦事處的工作由賈拓夫接替，1945年擔任了西北財經辦事處主任，白如冰任秘書長。
賈拓夫在任西北財辦副主任時，還同時在西北局工作。1945年任主任後，幾乎以全部精力投入財經戰線。對他來說，這是又一次面對一個陌生的新任務，而且還正是處在財經困難的時刻，真可謂又一次「受命於危難之際」，又要去開拓一個新領域。這次的任務變動，是賈拓夫一生中的一個重大轉折。從此，他再沒有離開這條戰線。後來，人們稱譽他是黨內經濟工作的專家，「財經戰線卓越的領導人之一」。其實，在到西北財辦工作之前，他既沒有系統地學習過經濟，也沒有從事過經濟工作，完全是從「門外漢」起家的。
面對這項關係重大、極為艱巨，而對他來講又是一個全新的任務，賈拓夫是怎樣入手的呢？很自然，他首先運用的是領導者必須掌握的「看家本領」，基本功——調查研究和群眾路線，向實際學習，向群眾學習。早在1941年，賈拓夫還兼任中央調查四局局長時，就很注重調查研究工作。毛澤東主席的《農村調查》一書出版後，賈拓夫帶領柴樹藩、于光遠和李涉等人去米脂縣做了近3個月的社會調查，返回延安後他主持編著了一本《米脂調查》，為邊區幹部重視調查研究樹立了榜樣，曾受過中央領導的表揚。從1942年開始，他一方面擠時間，利用一切可以利用的機會，向各個專業的領導者，比如主管財政、金融、貿易、生產的各同志了解情況，收集問題，徵詢意見；另一方面，花力氣深入各地方，向基層，向群眾做調查。還未離開西北局時，他就帶著自西工委就跟他一起工作的郭敬等人，專門搞過一段時間的農村調查。通過這些工作，他掌握了大量第一手典型材料，這不僅使他開始心中有數，而且對中央的決策，提供了不少有益的依據。他向中央寫的一些材料，受到毛澤東主席的重視，毛主席曾就他寫的材料批示：「此件即鉛印發到小高幹會各同志人手一份。」並要求賈拓夫經常提供類似的材料。毛主席在延安邊區高幹會上所作的《抗日時期的經濟問題和財政問題》的著名報告，其中有許多資料是賈拓夫提供的。
1943年是陝甘寧邊區極端困難的時期。那時，由於邊區的負擔很重，而國民黨嚴密封鎖，幾乎沒有吃，沒有穿，甚至連辦公用紙都極難搞到的境地。1945年，邊區的財政收入大為減少，10月份稅收僅佔7月份的40%，加之抗戰勝利，大批幹部及部隊開赴前線，財政支出急劇增加。日本投降時，邊區財政積蓄本來可以用1年，但由於收少支多，5個月就用光了。怎樣才能「自力更生」？怎麼做到「發展經濟，保障供給」？黨中央號召開展轟轟烈烈的大生產運動。生產的進行和擴大也還需要原料和資金。邊區的經濟本來就落後，解決吃穿問題雖可以全民動手，但仍需要時間。況且，自己的生產並不能解決全部需要，尤其是當賈拓夫看到周恩來、朱德和幾乎所有的革命領袖都帶頭從事生產活動，看到邊區軍民缺吃少穿，忍飢受凍，但又充滿革命的樂觀主義精神，充滿戰勝困難的豪情壯志時，他一方面倍受鼓舞，另一方面，內心卻陷入了痛苦和沉思。他是搞財經的，解決財經困難，本來是他和他的同志們的責任，怎麼能讓領袖們和其他戰線的戰友兄弟們分心，而為吃穿用操心、操勞呢？他決心團結財經戰線的同志們，千方百計想辦法，拚命也要扭轉這局面。
他認真學習和體會中央的精神，認識到陝甘寧邊區、晉綏兩根據地統一財政領導，正是要把「取之於民」、「取之於己」與「取之於友」結合起來。戰爭開始由內線轉為外線作戰，財經的來源，也可隨之把「取之於敵」結合進來。這樣，「四個取之」，解決問題的辦法和來源也就多起來了。他認為，保障供給，就必須發展經濟；而發展經濟，不只是發展生產；自力更生是基點，然而，自力更生不僅包括氣力，更要用腦力，要學會並善於運用一切可以利用的條件和辦法。1945年秋冬，西北財經辦事處召開各部門緊急會議，賈拓夫在會上強調要結合當前實際情況，貫徹「發展經濟，保障供給」的總方針，提出5項具體措施：一、為進一步實現邊區軍民所需棉花、布匹自給，必須擴大棉花種植面積，推廣優良品種，提高產量，從邊區年產人均3斤左右提高到4斤；二、財政上要繼續實行「長期打算，積蓄物資」的方針，消滅赤字，爭取實現更多的財政結餘；三、更好地運用稅收工具，保護邊區的國民經濟，禁止奢侈品及迷信品入境，提高高檔消費品的稅率，降低食鹽及其他土產品出境稅率；四、在貿易工作上，要提高土產品價格，並以物物交換進行核算，爭取出入平衡，粉碎國民黨反動派的嚴密封鎖；五、在金融工作中，首先弄清邊幣和國民黨發行的法幣同流的程度，生產交換的情況，發行數量與物價的比例這三個基本先決條件，克服貨幣發行的隨意性，嚴格控制貨幣的發行量。
1946年1月，他在邊區機關幹部生產動員大會上作報告，號召發展生產，減輕民負，把邊區建設得更富庶繁榮。部隊的生產要實現4個月以上的糧食和全年伙食、辦公及雜支費用的自給，一切機關單位都要精簡人員，厲行節約，以減輕人民的負擔。據自1946年起就在賈拓夫身邊工作了8年的鄭戈桓說，他到西北財經辦事處報到時，整個機關包括賈拓夫在內才3個人，以後增加到5個人。賈拓夫通過積極的組織工作，把兩區的經濟聯繫起來，想方設法支援、發展邊區的生產，並努力以根據地為依託，把根據地內外結合起來。經過不到1年的時間，局面開始發生了變化。各根據地黨政軍民通過共同努力，以及對陝甘寧邊區的無私支援，使得邊區根據地在最困難的情況下，終於挺過來了。
由於經濟的全面緊張，使得財政、金融、貿易等方面都舉步維艱，相互之間也不時發生矛盾，容易抵消力量，互相掣肘。陳雲曾針對這個問題指出：邊區的「金融、貿易為了財政，但有時財政要服從金融、貿易」。賈拓夫經過反覆的思考學習，很快悟出陳雲關於這三者關係指示的精要。按照這一思想，他著力組織財經戰線，想方設法擴大邊區土特產的「出口」，以換回邊區急需的物品，以民生必需品回籠邊幣。與此同時，以有目標、有節制地發行邊幣，支持生產和財政。各方面互相配合，循環流動，循序漸進，不斷擴大，終於使財經各環節活動開來，又互相促進。在邊區軍民努力生產的推動下，不長的時間內，基本保證了邊區黨政軍民的物資需要，使邊幣和物價得到穩定，財政收支取得了平衡，幫助根據地度過了難關，為抗日戰爭的最後勝利和迎接解放戰爭，奠定了一定的後方物質基礎。