1935年7月，朱理治以中央代表的名義到達陝北革命根據地。同月15日，在延川縣永坪鎮召開的會議上，撤銷了西北工委和鄂豫陝省委，成立了以朱理治、郭洪濤為正、副書記的陝甘晉省委，改組了西北軍事委員會，以聶洪鈞為主席。不久，在西北根據地發生了嚴重的錯誤肅反 。
隨後，他們大造陝甘紅軍和根據地的領導者為「右派」、「反革命」、「西安來的人都有問題」 的輿論，為其錯誤肅反路線張目開路。9月21日，「陝甘晉省委發出指示，決定建立政治保衛系統，頒布赤色戒嚴令，實行肅反。並派人分別到前方和陝甘邊大肆逮捕幹部」。「紅二十六軍營以上幹部和地方上縣以上的主要領導幹部幾乎無一倖免。」
這次錯誤肅反，使許多忠實於黨的同志蒙受冤屈，並進而影響到紅軍發生很大的動搖和恐慌，使紅軍的力量受到削弱。刪在這場災難中200多人被冤殺 ，……南區黨委組織部長杜宛，赤水縣委書記金理科等6人被活埋 ，黃子文一家四人被捕押，二人被錯殺。黃子文和習仲勛、蔡子偉等被關押在瓦窯堡，他的妻子李盛雲和哥哥黃子祥的女兒黃培蘭在正寧縣被捕押，妻侄女李金芳在洛河川被捕押。黃培蘭和李金芳是從西安學校畢業後，在子文夫婦革命影響啟發下，北上參加革命工作的，她倆被「左傾」機會主義路線的執行者殺害時，都年僅17歲。
10月中旬，黨中央、毛主席率領中央紅軍長徵到達陝北。24日，毛主席針對錯誤肅反，發出「刀下留人，停止捕人」 的指示。隨即召開中央幹部會，決定成立以董必武為書記的五人領導小組，處理審查肅反擴大化事件，並指派王首道、劉向三、賈拓夫去瓦窯堡釋放被關押的同志。12月初，毛主席批評這次肅反事件是完全錯誤的，要求釋放被冤屈的同志，恢複他們的工作 。
黃子文獲釋後，被安排在瓦窯堡紅軍兵工廠工作。
1936年3月，後方紅軍政治部主任兼紅軍學校政委袁國平調黃子文到紅軍學校當政治教員。9月1日，紅軍學校隨黨中央由瓦窯堡遷到保安，黃子文又隨同。不久，黃子文又隨校到甘肅省環縣曲子鎮。此時，賀龍的教導團及紅二方面軍紅軍大學也遷至此地。在這裡，紅軍學校、教導團、紅軍大學被合編為中央紅軍教導師。12月底，教導師遷至慶陽縣城後，把教導一團的兩個連改編為政治連，張文華為一連政治教員，黃子文為二連政治教員。學員中，南方人多，特別是上海學員對「黃」、「王」發言難以區別，講話又快，把「黃子文」聽成「王文」。有些陝籍學員開玩笑問：「你到底叫『黃子文』，還是『王文』？」子文笑道：「名字不過是區別張三、李四的代號，『王文』簡單好叫，就叫『王文』吧！」從此，「王文」便成了黃子文的化名。
1937年7月，盧溝橋事變後，隴東特委成立，袁國平被任為特委書記。他將黃子文、張文華等20餘人從教導師要來做地方工作，黃子文被任命為慶陽縣抗敵後援會主任。
在慶陽，子文遇見了妻子李盛雲。交談中，得知李盛雲北上後被黨組織派到旬邑工作，在那兒碰見了兩個侄女，後來李金芳被派到洛河川工作，黃培蘭和她在一起。肅反中，她們都被逮捕、殺害。自己獲釋後，於3月份被調到慶陽抗敵後援會做婦女工作。
子文默默地聽著，他沒想到妻子會因他而受連累入獄，更沒想到兩個只有17歲的熱血青年會被殺害。他長久不語，心裡絞痛，淚水奪眶而出。1930年春，他在敵人嚴刑拷打下，沒有因疼痛難熬而落淚；1934年，他被錯誤地開除黨籍，也沒有因冤屈而落淚。今天他落淚了。他對革命陣營中自己人整自已人感到可怕震驚，他對這次錯誤肅反所造成的惡果感到痛心。他不由想起了三國時期曹植那首有名的《七步詩》：
煮豆持作羹，漉豉以為汁。
萁在釜下燃，豆在釜中泣。
本自同根生，相煎何太急。
子文想到自己和妻子是毛主席從死亡線上救出來的，遂勸李盛雲在工作中去磨鍊意志，理解革命鬥爭的坎坷。