《思想戰線》未及問世便流產了。
忙碌了一陣子的胡喬木，又退回到家中。
1975年11月，形勢驟變，毛澤東不滿於鄧小平的整頓。11月下旬，中共中央政治局在北京舉行打招呼會議，宣讀了經毛澤東批准的《打招呼講話要點》，指出有「一股右傾翻案風」，「有些人總是對這次文化大革命不滿意，總是要算文化大革命的賬，總是要翻案」。
不久，「批鄧、反擊右傾翻案風」運動席捲全國。在「批鄧」高潮之中，「四人幫」的御用寫作組集中火力批判《論總綱》、《彙報提綱》和《工業二十條》，稱之為「三棵大毒草」。
這「三棵大毒草」，棵棵跟胡喬木有關，其中的兩棵還是由胡喬木主持修改的。於是，批判的排炮，朝鄧小平轟擊，也朝胡喬木轟擊。
胡喬木又一次遭到了「半點名」。1976年4月，上海的「幫刊」《學習與批判》第四期上發表署名康立、延風的《〈彙報提綱〉出籠的前前後後》，「半點名」式地稱胡喬木為「鄧小平的參謀班子中的那個『理論家』」。
1976年4月7日，中共中央政治局根據毛澤東的提議，通過了《關於撤銷鄧小平黨內外一切職務的決定》。於是，對於「三棵大毒草」的批判人力，不斷加強了。
1976年8月23日，《人民日報》發表了社論《抓住要害深入批鄧》，掀起了批判「三棵大毒草」的新高潮。社論指出，這是「三株反黨、反馬克思主義的大毒草」。社論作了如下「分析」：
《論總綱》是「兜售『三項指示為綱』的修正主義綱領」，「復辟資本主義的宣言書」；
《彙報提綱》是「反對無產階級在整個上層建築對資產階級實行全面專政」的「一個修正主義標本」；
《工業二十條》則是「洋奴置辦的經濟思想和一整套修正主義辦企業路線的寫照，名為加快工業發展，實為加快資本主義復辟」。
經江青提議，人民出版社在1976年8月出版了由北京大學、清華大學大批判組編輯的《評〈論全黨全國各項工作的總綱〉》、《評〈關於加快工業發展的若干問題〉》、《評〈關於科技的幾個問題〉》三本小冊子，印數達幾千萬冊。大量印行這些小冊子，據云是為了「發動群眾」，進行批判。
於是，各報各刊，大報小報，筆伐「三棵大毒草」。僅《人民日報》，從1976年8月13日至10月6日，發表的批判「三棵大毒草」的文章、通訊，便達一百一十餘篇之多！
不過，也傳來令國務院政治研究室的「秀才們」為之欣慰的消息：那三本小冊子里，附了「三棵大毒草」的原文，以「供批判用」。由於小冊子的大量印行，才使普通的老百姓得以見到「三棵大毒草」。
他們說：原來，「大毒草」是這麼回事！「大毒草」倒是說出了我們的心裡話，批它們幹什麼？
1977年5月15日，鄧小平在與王震、鄧力群談話時，這麼說及所謂「三株大毒草」。鄧小平說：
「『三株大毒草』中的《論總綱》我確實是最近才看到的。文章寫得好，針鋒相對，很尖銳，是香花，不是毒草。《彙報提綱》，當時想爭取通過，有些問題現在要進一步寫。《工業二十條》，看過第二稿，以後的稿子，什麼十八條等，沒有看過。這些文章也有缺點，沒有缺點的香花我看是沒有的。」
江青把國務院政治研究室視為眼中釘。1976年3月2日，江青在打招呼會議期間召集的十二省、區會議上，尖銳抨擊國務院政治研究室以及胡喬木，稱國務院政治研究室是「謠言店」，胡喬木是「壞人」 講話記錄稿。">：
最近，我們才開了竅門，人家揭發了，一個就是他那個政治研究室，胡喬木，這是一個壞人。這個政治研究室不僅凌駕在國務院之上，而且鄧小平他們耍了一個花招，把原來的毛選委員會幹掉了。他把胡喬木這樣的人也凌駕在政治局之上了，主席不同意的，不贊成的。這可是一個相當大的謠言店。
胡喬木又被迫寫檢查，以至寫揭發材料之類了。他的屋外，從天安門廣場上不時傳來「批鄧、反擊右傾翻案風」的口號聲。
曾是國務院政治研究室成員的馮蘭瑞，跟胡喬木很熟。馮蘭瑞，1920年9月生於貴陽。1938年初，18歲的馮蘭瑞在重慶加入了中國共產黨。1940年，馮蘭瑞來到延安，被分配到中央青年工作委員會工作，胡喬木當時是中央青委的組織部長，在那時候就彼此認識了。後來，是胡喬木提名，請馮蘭瑞到國務院政治研究室工作。
2005年初，馮蘭瑞在接受香港鳳凰電視台「口述歷史」節目的採訪時，回憶了胡喬木在受到「批鄧」衝擊時的情景 ：
「四人幫」發動「批鄧」運動鄧小平主持中央工作後，對各項工作進行全面整頓。毛澤東不能容忍鄧小平糾正「文化大革命」的錯誤，「四人幫」藉機發動「反擊右傾翻案風」運動，政研室成了運動的重點。政研室內頭一個跳出來造反的是個年輕人，他是政研室圖書館的資料員，一個普通幹部，大學畢業參加工作不久，是從新華社調來的。運動開始後，他給姚文元寫了封信揭發政研室。姚文元給他回信：毛主席支持你。他拿到了「令箭」，馬上在政研室造起反來。一造反，首當其衝的就是胡喬木。政研室開了多次批判大會，主要批判胡喬木，他的罪名是「反對毛主席」。
在中宣部的後樓政研室開全體會，全體也沒多少人，就幾十個人，他們就批胡喬木，說胡喬木反毛主席。當時亂七八糟說了一些，我都不記得了。我自己講的話我記得，我說，我就不同意你們的意見，我說胡喬木同志怎麼會反對毛主席呢？他曾經寫過一首詩，這詩裡頭有兩句，我記得，「如此江山如此人，千年不易我逢辰」，我說，他對主席這麼深的感情，他怎麼會反毛主席呢？我替他在會上辯護。
在「批鄧」運動中，政研室的同志大部分表現是好的，只是很少幾個所謂積極分子。可嘆的是政研室領導中也有人對造反派不是抵制而是跟著跑。胡喬木缺乏應付這種局面的經驗，有點驚慌失措。政研室里原來有公務員幫他打開水，運動開始後他只能自己拎著暖壺吃力地下樓去打開水，于光遠、鄧力群也是批判對像。鄧力群比較會應付。他後來對我們說：他每次講一點，保留一點，要是一次講完了，下次就沒有可講的了。于光遠就不行，他是個學者，不善於應付。
胡喬木把自己的命運完全捆在毛澤東的戰車上了。所以，從毛主席發動批鄧，他就頂不住了。
當然他的思想可能也有一個轉變的過程。一開始跟著小平干，他還是認認真真乾的；以後他的檢討他也很認真，然後呢，他就把鄧小平說得個一塌糊塗。他給毛主席的一封信附了十八條（揭發材料——引者注）。胡喬木檢討說，我是跟著誓不改悔的走資派（指鄧小平——引者），完全跟著他走，執行他的路線，我犯了特別嚴重的錯誤。然後說，成立這個政研室是鄧小平提出來要成立的，所以，這個政研室就是為了刮右傾翻案風。反正胡喬木把鄧小平說的簡直不光是路線錯誤，而且連人品都不好，這個人是又頑固又狡猾的什麼東西。
1976年9月9日，毛澤東去世的消息傳來，使胡喬木陷入深深的悲傷之中。毛澤東畢竟是他最為崇敬的人，多年秘書生涯使他對毛澤東充滿深厚的感情。然而，在長長的毛澤東治喪委員會名單里，依照姓氏筆劃，姓胡的只有「胡煒、胡良才、胡金娣」，卻沒有胡喬木！
馮蘭瑞回憶說 ：
1976年9月9日，毛澤東逝世。開追悼大會時，鄧小平和胡喬木都被排斥在外，不讓參加。後來才知道胡喬木曾寫信給江青，請求允許他參加毛澤東的追悼會。江青不同意，還是沒讓他參加，胡喬木只好同我們一起在政研室開了一個小型的追悼會。
終於，1976年10月6日那「十月革命」，扭轉了中國的歷史車輪，胡喬木破涕為笑了……