民主改造和整編起義部隊的過程，並不是一帆風順的，也曾發生過一場意外風波，那就是十五軍幾十名連以上軍官大鬧軍團部的事件。事件發生時，肖勁光和季振同等人都不在軍團部，等他們快馬加鞭地趕回來，只見軍團部門前的大樹下坐滿了十五軍連以上軍官。十五軍主要由原七十四旅改編而成，看著這群不爭氣的屬下，季振同怒目圓睜地吼道：「怎麼回事？」下面頓時嚷嚷開了：
「總指揮，你可回來啦。我們在這就等你一句話，我們都要走，這兒實在呆不下去啦！」
「我們來這兒吃苦受累，可人家還是把咱們當外人，老子受不了這窩囊氣，不幹啦！」
「他娘的！眼下這當兵的倒吃香了，還有權管起我們了，真是翻了天了！」
「這樣的改造我們受不了，連放個屁都成了思想問題！」
人群中咒罵聲不絕，肖勁光沉住氣走上前去，和顏悅色地說道：「同志們！你們都是紅軍幹部了，應該有個組織紀律，有什麼問題提出來解決，圍在這兒也不是解決的辦法，還是先回去吧！」
沒有人回應，也沒有人動彈，一副不達目的誓不罷休的架勢。
季振同氣得對身邊的警衛員吼到：「給我把黃中嶽叫過來！」
於是，就在五軍團軍團部內，肖勁光、季振同、黃中嶽、左權、高自立、蘇進等開著會，屋外那些吵鬧的軍官則坐到地上等結果。
會議在緊張的氣氛中進行著。
十五軍四十三師政治委員高自立首先站起來，怒氣沖沖地說到：「發展到打我們的政工幹部，真是太不像話了，門外那些軍官要走就走吧，想走你也留不住！」
「話不能那麼說，你們一些政工幹部做得也太過分了，搞什麼士兵控訴軍官。常言說，樹要皮，人要臉，你們這麼一搞，讓人家還怎麼幹得下去？」一位起義將領馬上站起來表示了不同意見。
肖勁光沒吱聲，但他心裡清楚，十五軍里一位工農出身的指導員做得比較過火，在連隊里進行「紅軍和白軍有什麼不同」的對比活動，發動士兵控訴軍官對他們的壓迫，引起了起義軍官的不滿。但這只是事件爆發的導火索，問題的實質還不在這裡。
「肖政委！有人說紅軍要兵不要官，我們這些人遲早要被徹底清理的，有沒有這回事？如果真是這樣，晚走還不如早走哩！」又一名起義將領向肖勁光問道。
「總指揮！我們聽說紅四軍要來繳我們的械，與其這樣，還不如我們自動離開呢……。」
「混帳！」季振同的牛脾氣上來了，站起來把馬鞭往桌上使勁一拍吼道：「什麼亂七八糟的！兩天不在，部隊就烏煙瘴氣。你們都是吃乾飯的！——說，誰把我季振同扣了，呵？哪兒有部隊埋伏準備繳械？說呀？？」季振同一頓吼叫，見下面都不敢吱聲，便轉而面對肖勁光質問道：「政治委員，咱們可是拎著腦袋帶部隊起義的，現在謠言四起，鬧成這個樣，你給大伙兒說說清楚，不然，這事沒法處理！」
肖勁光知道在這種情況下，一般性地說說是解決不了問題的，必須把黨的政策交給大家。但他知道在對待這些問題上，中央領導層中有不同意見，究竟怎麼處理為妥，他拿不準。因此，他站起來，十分冷靜地說道：「大家都不要衝動，這裡面肯定有誤會，也有人在故意搗亂製造謠言，我們不能憑一時之氣，做出讓親者痛、仇者快的事情來。這樣吧，大家在這等一等，我馬上去請示中央！」隨後，肖勁光宣布暫時休會，立即備鞍上馬，先到總政治部，又到中央局和中革軍委，把五軍團發生的問題原原本本作了彙報。他沒想到，有的領導見風就是雨，認定這是紅五軍團一些上層將領要帶兵反水，主張立即調集部隊武力解決。肖勁光情急之下提出自己的看法，即武力解決是迫不得已的下策，還是等做些工作看看再說。可用什麼辦法才能解決當務之急呢？肖勁光想到了毛主席，於是就拍馬趕到了毛主席那裡。毛主席聽完肖勁光的敘述後，便反問肖：「你覺得如何處理呢？」
肖勁光說：「我不同意用武力解決，那樣恐怕會越弄越糟的！」
毛主席和藹地說道：「對！不能使用武力，只能通過教育改造的方式爭取他們革命，只能用『剝筍』的辦法，而不能簡單地採取『割韭菜』的辦法。」毛主席生動而形象地繼續說道：「要準確地清除部隊中殘留的反動分子，而不能不分青紅皂白的搞一刀切。你馬上回去，對他們說是我講的：第一，寧都起義參加革命是你們自覺自愿來的，我們表示歡迎。紅軍里缺人缺槍，尤其缺軍事幹部，希望他們能留下來，與我們共同戰鬥。第二，如果你們認為這兒不好，願意回去，我們也表示歡送。捆綁成不了夫妻嘛，來去都自由！即使是以後想通了，要回到這裡來，我們還歡迎。第三，是我毛澤東送他們的兩句話：跟著國民黨是沒有前途的，中國的前途在共產黨這邊。信不信，歷史會作出答覆！」
「好，我明白了！」肖勁光心裡豁然開朗。帶著主席的指示，他立馬趕回九堡，重新召集會議。
在肖勁光把毛主席的意見在會上傳達後，季振同情不自禁地一拍手，說道：「好！主席的話我擁護，贊成！大家按毛主席說的分頭去做部隊工作。一句話，走上了這條路，就要堅決革命到底！」
在場的高級軍官們也深受鼓舞，季振同走到門口，面對那些還坐在門外的軍官們說到：「想回去做國民黨大官的，請起立自便，咱們戰場上見，我派人護送出境；想回家過日子的，來這兒領錢，回去好好過日子；願意跟我季振同幹革命的，坐在這，咱們談談心裡話！」說完回裡屋拿出自己的錢袋，「鐺」的一聲扔在桌上，鏗鏘有力地說道：「沒路費的，到我這兒來領！」
一場眼看就要發生的內杠就這樣平息了，季振同、董振堂、趙博生等軍團領導人為成功改造這支部隊付出了極大的努力。以他們為核心，團結了一大批進步軍官，成為這次整訓的中堅力量。經過一段艱苦的思想工作，部隊穩定下來，各項工作進展順利。部隊除政治課外，還有軍事課，結合紅軍的戰略戰術，著重訓練部隊的山地運動戰、游擊戰等。此外，還組織了軍人俱樂部，教唱紅軍歌曲，開展文體活動。按照紅軍的生活制度要求部隊，使各項工作逐漸走上了正軌。一九三二年二月，紅五軍團按照中革軍委的訓令，打破建制在全軍團進行混編。由於思想工作做得細，部隊官兵情緒很好，只用了不到一周的時間就順利完成了混編任務。
時紅五軍團的編製序列和任職人員如下：
總指揮季振同，政治委員肖勁光，副總指揮董振堂，參謀長趙博生，政治部主任劉伯堅。
第十三軍軍長董振堂兼，政治委員鄺朱權，參謀長劉輝曾，政治部主任何長工，下轄第三十七師，師長鄧友毅，政治委員李濤。第三十八師，師長李教澤，政治委員劉型；
第十四軍軍長趙博生兼，政治委員黃火青，參謀長牛冠甫，政治部主任黃火青兼。下轄第四十師，師長邊章伍，政治委員程子華。第四十一師，師長李錦亭，政治委員李翔梧；
第十五軍軍長黃中嶽，政治委員左權，副軍長張少宜，參謀長蕭世俊，政治部主任左權兼。轄第四十三師，師長盧壽椿，政治委員高自立。第四十四師，師長蘇進，政治委員唐天際。