為改革高度集中的計畫經濟體制，陳雲贊同搞活經濟、發揮市場調節作用，並把搞活經濟和堅持計畫指導比喻為「鳥和籠子」的關係。
三中全會確立了改革開放的方針。陳雲在領導經濟調整的同時，對改革開放事業的健康發展，也予以了極大關注。
三中全會後，陳雲擔任了中紀委書記，但他仍然一直在思考，如何系統地從體制上和指導思想上，改變過去經濟發展中的問題。
陳雲是建國後相當長一段時期經濟工作的主要領導人，對社會主義經濟體制的建立作出了巨大貢獻。他也是黨內較早認識到社會主義經濟中市場作用的領導人之一。
1956年9月20日，陳雲在中共八大會議發言，談了在農業和資本主義工商業社會主義改造後，我國迅速建立起來的社會主義經濟體制存在著若干不可忽視的弊端，必須採取有力的措施，既堅持計畫經濟，又把經濟搞活。
陳雲提出了社會主義經濟體制「三個主體，三個補充」的著名設想。
陳雲的這個設想，是根據當時中國的實際，突破蘇聯模式的一種新的構想，可惜，「左」的指導思想使這個正確構想在後來的實踐過程中被打斷了。
多年來，經濟工作中一再出現急躁冒進的「左」的錯誤，而且為害時間長、破壞性極大。這和我們的指導思想上和體制上的失誤和弊端是分不開的。陳雲總結和建國以來工作的經驗教訓，結合馬克思主義原理和各國社會主義建設的實踐經驗和教訓，進行了深入的思考。
這些思考，集中反映在關於計畫與市場關係的進一步認識上。1979年2月22日下午，李先念在聽取中國人民銀行負責人關於全國分行長會議情況的彙報時說：我同陳雲同志談，他同意，在計畫經濟前提下，搞點市場經濟作為補充。計畫經濟和市場經濟相結合，以計畫經濟為主；市場經濟是個補充，不是小補充，是大補充。國內要競爭一下，不管東西好壞，都由商業部門收購不行。允許工廠自銷，也可代銷。實在不象話的要關一批。
1979年3月8日，陳雲把自己思考的一些結論寫成了提綱。這份提綱即是收入《陳雲文選》的《計畫與市場問題》。
這份提綱提出，社會主義經濟有計畫按比例發展，是馬克思分析資本主義後提出的設想，是完全正確的。60年來，蘇聯和中國實行計畫經濟，都是按馬克思這個理論來辦事的。
陳雲指出，在建立計畫經濟體制的過程中，由於沒有根據已建立的社會主義經濟制度的經驗和本國生產力發展的實際情況，對馬克思的原理加以發展，導致了缺點：只有「有計畫按比例」這一條，沒有在社會主義制度下還必須有市場調節這一條，所謂市場調節，就是按價值規律調節，在經濟生活的某些方面可以用「無政府」、「盲目」生產的辦法來加以調節。計畫還常常脫節，計畫機構忙於日常調度。計畫只能對大路貨、主要品種作出計畫數字，因此生產不能豐富多彩，日用品十分單調。
這個缺點，後來被概括為「統得過多、過死。」為克服這方面的缺點，陳雲提出，整個社會主義時期必須有兩種經濟：計畫經濟部分，即有計畫按比例部分；市場調節部分，即不作計畫，只根據市場供求的變化進行生產，帶有盲目性調節的部分。第一部分是基本的主要的；第二部分是從屬的次要的，但又是必需的。無產階級掌握了政權，又掌握了國民經濟的計畫經濟部分，就能夠建設社會主義。市場調節部分只能是有益的補充，當然必須基本上是無害的。
陳雲預計，在今後經濟調整和體制改革中，實際上計畫經濟和市場調節這兩種經濟的比例的調整，將佔重要地位。不一定計畫經濟部分愈增加，市場調節部分所佔絕對數額就愈縮小，可能是都相應地增加。
陳雲的這個預計是很準確的。改革中，對計畫和市場關係的探索，佔了很重要的地位。隨著改革開放逐漸深入，市場作用一步步擴大，國民經濟煥發了新的活力。陳雲對這種進展十分高興。他進一步把關於計畫與市場關係的思想概括為計畫經濟為主，市場調節為輔。
1979年3月，擔任國務院財經委員會主任以後，陳雲這一思想也進一步落到了實處。他提出，體制改革勢在必行，現在要進行研究，先改什麼，後改什麼，怎麼改。
另一方面，在搞活經濟的過程中，也出現了擺脫國家宏觀管理的趨向。這種趨向，並不完全是計畫與市場的關係，而主要是國家與地方、政府與企業的管理許可權上的矛盾。放權過多，在剛剛引入市場作用、實行計畫經濟轉型以搞活經濟的時候，對國民經濟的穩定發展是十分危險的。
為了改革開放和現代化建設穩定、健康地進行，陳雲提醒大家注意這種危險。
1980年12月16日，他在中央工作會議上提出：「我們要改革，但是步子要穩。因為我們的改革，問題複雜，不能要求過急。改革要靠一定的理論研究、經濟統計和經濟預測，更重要的還是要從試點著手，隨時總結經驗，也就是要『摸著石頭過河』。開始時步子要小，緩緩而行。這絕對不是不要改革，而是要使改革有利於調整，也有利於改革本身的成功。」
1982年12月2日，陳雲同出席五屆人大五次會議的上海代表團部分代表談話時，把計畫和市場關係又比喻為鳥和籠子的關係。
陳雲對改革開放以來，經濟工作中擴大市場作用，尊重價值規律而取得的成就給予了高度評價。他說，黨的十一屆三中全會以來，實行搞活經濟的政策，效果顯著。現在百貨商店裡的東西多得很，「賣方市場」正在變成「買方市場」，群眾把票子拿在手裡，好的就買，不好的就不買，這麼好的形勢，很久以來沒有見過。今後還要繼續實行搞活經濟的政策，繼續發揮市場調節的作用。經濟工作中，要有時間觀念，要有利潤觀念。否則，就是大少爺辦企業，是不行的。
另一方面，他也提醒說，要防止在搞活經濟中，出現擺脫國家計畫的傾向。搞活經濟是在計畫指導下搞活，不是離開計畫的指導搞活。這就象鳥和籠子的關係一樣，鳥不能捏在手裡，捏在手裡會死，要讓它飛，但只能讓它在籠子里飛。沒有籠子，它就飛跑了。如果說鳥是搞活經濟的話，那末，籠子就是國家計畫。當然，「籠子」大小要適當，該多大就多大。經濟活動不一定限於一個省，一個地區，在國家計畫指導下，也可以跨省跨地區，甚至不一定限於國內，也可以跨國跨洲。另外，「籠子」本身也要經常調整，比如對五年計畫的修改。但無論如何如何，總得有個「籠子」。就是說，搞活經濟、市場調節，這些只能在計畫許可的範圍以內發揮作用，不能脫離開計畫的指導。
1985年9月，陳雲在全國黨代表會議上發言說，計畫是宏觀控制的主要依據。計畫包括指令性計畫和指導性計畫。兩種計畫方法不同，但都要運用各種經濟調節手段。
陳雲的這些觀點，對在當時條件下解放思想，改革經濟體制，重視市場調節，以突破高度集中的計畫經濟體制的束縛，起了積極作用。
在對外開放問題上，陳雲在多次主持財經工作時，態度始終是非常積極的。1979年3月21日，他在中央政治局會議上明確表示，對外資、外國技術，「一定要，而且還要充分利用」。
但是，當時的問題是有些幹部過分熱心，頭腦已經很不清醒了。外債能借多少是多少，經濟特區一下子就要遍地開花。陳雲以自己的豐富閱歷和高度的責任心，提醒大家要頭腦清醒，要認真分析，不斷總結經驗。
1979年9月28日，他在國務院財經委員會召開的彙報會上，明確提出：「現在誰也不反對借外債，但對所借外債要加以分別。」「不要用自由外匯兌換成為人民幣來彌補基建投資的赤字。」 「設備貸款，我們每年能夠使用多少，不決定於我們的主觀願望，而決定於我們使用它時，國內為它配套所需的投資數量。」
他告誡大家：「利用外資來進行建設，我們的經驗還很少，需要認真加以研究。」
這樣的冷靜，在對外開放之初的狂熱中，是極其寶貴的。如果不是這樣，拉丁美洲國家因不計後果盲目引進外資，導致經濟不堪重負，長期為外債打工的悲劇，就難保不在中國上演。
1980年12月16日，他在中央工作會議上談到自己這樣考慮的原因。他說：「我所以一再說對外國資本家在歡迎這中要警惕，這是因為我們有些幹部對這件事還很天真。我之所以要提這樣的總是，絲毫沒有不要利用外資的意思，只是敲敲警鐘。再重複一遍，利用外資和引進新技術，這是我們當前的一項重要政策措施，不過要頭腦清醒。」
陳雲在就任國務院財政經濟委員會主任時已經表示過，自己身體不行，難以承擔全盤領導經濟工作的重任。大量繁重的工作，嚴重損害了陳雲本來就虛弱的身體，寶鋼調查後不久，他就大病了一場。雖然大家都希望他全面主持經濟工作，但他從大局