看準了的事，不避風險也要說。陳雲提出為渡過困難需要「分田到戶」，卻受到了嚴厲批評和冷遇工業調整有辦法了，農業調整也需要想辦法。農業生產受「大躍進」和自然災害的影響是最大的，在那段困難的日子裡，陳雲給予農業問題以極大關注。糧食危機的救急辦法只可應付一時，要走出困境，還是要想辦法增加糧食產量。
前幾年糧食減產，到底是什麼原因？誰都不敢找「大躍進」的問題，就歸因於自然災害。陳雲不同意這種說法。1961年剛重新工作，他就旗幟鮮明地表示：有人說去年因災減產1200億斤，我不信。李先念說是500億斤，我計算頂多360億斤。我跑了幾個省，印象是北方几個省主要是因災減產，而浙江、江蘇、廣東則不是，浙江農民就不承認有災。搞平均主義，大大降低了農民的積極性。
但是，在當時的條件下，這種看法肯定會有人抵制。因此，陳雲最初考慮較多的，是如何恢複和發展農業生產力的問題。他認為，發展化工和水利事業，可以對農業增產起很大作用，其中發展化肥是農業增產最快、最重要的一條。年產100萬噸化肥，只要10億元投資，可增產糧食300萬噸即60億斤。同樣增產這麼多糧食，用開荒的辦法，需要投資15億元開3000萬畝土地。
農業生產遭破壞，一個最主要的原因，是由於「公社化」運動嚴重脫離農業生產力實際，在生產關係上冒進，瞎指揮、浮誇風、一平二調、平均主義、高指標高徵購、搞公共食堂等等胡作非為的錯誤，嚴重影響了農民生產積極性，不能不趕快解決。陳雲一直認為，搞好糧食生產，首要的是解決政策問題。1961年5月，陳雲把這個問題提到了中央。他在中央工作會議上提出，政策問題不解決，農民的積極性發揮不出來，其他的措施再多，農業生產也上不去。
為了掌握來自農村的第一手的材料，陳雲帶著一個調查組，在6月下旬到7月上旬，回到故鄉上海青浦縣，在小蒸公社住了15天，進行農村調查，親眼看到了農村的情況，親耳聽到了農民和基層幹部的呼聲。那時候基層為了應付上級，領導來了，就搞些布置，掩過飾非，只讓領導看好的一面，隱瞞真實情況。陳雲在1927年大革命失敗後，曾經在這裡搞過農民運動，工作組中有兩個成員也參加那時的工作，農民知道他們，敢於講話，使他們了解到了農村生活中最真實的一面。
在這裡，陳雲聽了公社黨委兩次彙報，召開了十次專題座談會，這些座談會，有幾次主要是向農民做調查，有幾次是和公社黨委交換意見。他自己還去農民家中跑了若干次，觀察他們養豬、種自留地、住房和吃飯等情況。
最後，陳雲把這次調查發現的問題和幾點建議整理出來，專門給中央總書記鄧小平寫了一封信。陳雲在信中把這次了解到群眾的幾點意見概括為4點，一是糧食吃不飽；二是基層幹部不顧實際、瞎吹高指標，參加勞動少，生活特殊化；三是幹部在生產中瞎指揮，不向群眾進行自我批評；四是沒有把集體生產組織好，農民積極性差，相反，對自留地、副業生產積極性高。隨信附了這次青浦農村調查的3個專題調查報告：《母豬也應該下放給農民私養》《種雙季稻不如種蠶豆和單季稻》《按中央規定留足自留地》。
在七千人大會上，劉少奇總結幾年困難局勢的時候，提出不能到處照搬缺點錯誤「九個指頭和一個指頭」的公式，有人說一些地方是「三分天災，七分人禍」。陳雲這次調查中了解到的問題，也突出反映出農業集體經營中出現的一些不適應（如幹部特殊化、作物安排、生產組織），以及農民個體經營方面的一些優勢（如養豬、自留地）。這些問題不能不引起陳雲更進一步的思考：在這樣困難的時期，能否想辦法儘可能發揮一下農民個體經營的積極性，以發展生產、解決糧食問題呢？
擔任中央財經領導小組以後，陳雲提出全黨都要研究農業問題，他首先就帶頭研究思考這個問題。他到杭州、上海休養，還在經常考慮如何解救缺糧的農民，如何加快恢複糧食生產。他對當時安徽等一些地方的包產到戶做法非常感興趣。
1962年春夏之交，陳雲在上海、杭州休養，又看了安徽搞責任田的材料，非常重視，認為與他在農村所見、所設想的恢複農業生產的辦法是一個路子。他指出，這是非常時期的非常辦法。
這時，毛澤東的秘書田家英又送來他在湖南搞調查的報告，那裡農民對這個辦法也有強烈願望，他們得出類似結論。陳雲稱讚這個報告「觀點鮮明」。但毛澤東聽了田家英的口頭彙報後說：「我們是要走群眾路線的，但有的時候，也不能完全聽群眾的，比如要搞包產到戶就不能聽。」
毛澤東對此持否定態度，陳雲打算就此問題向他直接陳述。他把這個打算給一些領導幹部講了，他們勸他再慎重考慮，不必急於提出。顯然，毛澤東對「大躍進」、人民公社化的思想和一套政策，雖然同意調整，進行局部改變，但並未放棄，如提出「包產到戶」等方案，預料他是難以接受的。
但陳雲看準了的事情，態度也是非常堅決的。他說：我擔負全國經濟工作的領導任務，要對黨負責，對人民負責。此事既然看準了，找到了辦法，提與不提，變與不變，關係到黨的聲譽，關係到人心向背，怎能延誤時機！
6月24日，陳雲從上海回到北京，立即與中央常委同志交換意見，看法基本一致。7月6日，陳雲給當天早晨才從外地視察回到北京的毛澤東寫信說：「對於農業恢複問題的辦法，我想了一些意見，希望與你談一次，估計一小時夠了。我可以走路了，可以到你處來。」
下午4點，毛澤東約陳雲去談了1個多小時，陳雲主要闡述了個體經營與合作小組在我國農村相當長的一個時期內，還是要並存的。建議用重新分田的辦法，刺激農民的生產積極性，以解決當前農業生產中的困難。當時，毛澤東未表示意見。
幾天後，毛澤東在一個小範圍的會上說，他很不同意陳雲的意見。但陳雲是中央常委，向黨的主席講意見，組織上沒有錯。他還嚴厲地批評了鄧子恢和田家英，說他們主張「分田單幹」，是瓦解農村集體經濟，解散人民公社，是中國式的修正主義，是走哪一條道路的問題。
問題提得如此之高，聞者十分震驚。陳雲聽後態度深沉、久久沉默不語。他只向身邊工作人員表示，這只是根據家鄉調查的結果，覺得個人搞積極性高一點，這是非常時期的非常辦法，說是「分田單幹」，我還沒有發展到那個程度。
8月上旬，北戴河會議第一天，毛澤東發表了關於形勢、矛盾和階級鬥爭的講話，會場氣氛頓時緊張起來。在半個月的會議中，集中批評了「反對人民公社」，搞「包產到戶」和「單幹」的思想，並批評了所謂「翻案風」、「黑暗風」等。
這次會上雖然沒有點名批評陳雲，但了解情況的都清楚，陳雲是批評的對象之一。此後，隨著國內政治氣氛日益嚴峻，陳雲的處境更加困難，在很長一段時間裡實際上等於「靠邊站」了。