從1957年底大病了一場以後，陳雲的身體狀況一直很糟。1959年主持調整鋼鐵指標後，雲實際上處於休養狀態。經過近1年半的休養，到1960年底1961年初，身體稍有好轉，他就重新投入工作中。
陳雲是在經濟形勢十分嚴峻的情況下恢複工作的。「主要由於『大躍進』和『反右傾』的錯誤，加上當時的自然災害和蘇聯政府背信棄義地撕毀合同，我國國民經濟在1959年到1961年發生嚴重困難，國家和人民遭到重大損失。」1981年6月，中共十一屆六中全會通過的《關於建國以來若干歷史問題的決議》，這樣描述了共和國歷史上悲慘的一幕。沉重，但不諱過。對於經歷過那場災難的人們，那是怎樣一段不堪回首的歲月！
陳雲即使在休養中，也一直在各地考察調研，了解真實情況。重新出來工作以後，他感覺到有些人講話不痛不癢，怕犯錯誤，陳雲對此不以為然。陳雲自己曾經因為反冒進等問題遭到嚴厲批評，甚至被一些人當成黨內「右傾」路線的代表。1959年廬山會議重提反對右傾的危險，黨內政治生活很不正常，陳雲的處境一直十分困難。但是，面對人民的苦難和國民經濟的嚴重困難，陳雲將個人榮辱利害置諸身後，直面嚴酷的現實，與中央其他領導人一道，為挽救危局嘔心瀝血，想盡了千方面計。
抱病到各地調查實際情況，災難的嚴重程度使陳雲寢食難安。
得知糧食實際狀況比預想的稍好，陳雲興奮得喝了一杯葡萄酒。
「大躍進」和「反右傾」引發的災難，很快就以令人難以置信的規模，降臨到億萬中國人民的身上。國民經濟最薄弱的環節——農業，首先出了大問題。
這場大災難從1959年開始，到1960年和1961年發展到了極其危險的地步。1960年5月，糧食問題開始尖銳化，交通沿線的國家糧食庫存越挖越空，已經調度不靈。到6月上旬，北京市庫存只夠7天的銷量，天津市庫存只夠10天的銷量，上海市糧食部門已經沒有大米庫存，靠借外貿部門的出口大米過日子，工業基地遼寧有10個城市庫存糧食只夠銷八九天。糧食調出大省江西，省內南昌、景德鎮、贛州、九江四個主要城市也處於隨調隨銷的危險境地。號稱天府之國的四川，擁有大片肥沃黑土地的東北三省，都紛紛向中央告急：請給我們糧食！
收穫季節的到來，並沒有使糧食部門得到多少安慰，反而更增添了緊張氣氛。1960年7月1日到8月25日，徵購糧入庫只有139億斤，比上年同期減少了51億斤，銷售量卻高達152億斤，比上年同期增加13億斤，再加上6月底以前庫存劇減，這個時期的糧食庫存比上年同期減少了100億斤，到11月底又進一步減少了300億斤！
糧食調無可調，缺糧情況更加嚴重。華中重鎮武漢缺糧，最緊張時候，糧食只夠銷3天。武漢鋼鐵廠在飢餓的陰影下，大廠小廠折騰「超聲波」蒸食物，連蒸幾次使體積脹大哄腸胃。就這樣，糧食供應也不能保障了。省長張體學以省委的名義給李先念掛電話，鐵骨錚錚的漢子，此時也禁不住淚流滿面：「請儘快撥一些糧食給我們。天災人禍，人民在挨餓呀！我沒做好工作，給我什麼處分都沒意見，只請求中央支持我們糧食！」
陳雲歷來重視糧食，他把糧食問題當作重要的政治問題看待。糧食告急，他坐不住了，撐著病弱的身子，到各地調查。1960年10月，陳雲到黃淮海地區調查農業和水利、化肥生產狀況，親自了解到問題的嚴重性。
全局性的實際情況究竟是什麼樣？陳雲實在擔心。如果不能準確估計，就會對真實情況產生錯覺，影響決策的準確性。但那幾年糧食「衛星」亂放，高估產，高徵購，使經濟統計數字如霧裡看花，沒個準頭。
陳雲想盡辦法，要擠干數字中的水分。1958年糧食產量公布的是7500億斤，後改為5000億斤，陳雲經過計算和分析，認為大約只有4200億斤，即使再多一點也有限。當然，陳雲知道，到底多少，也沒有人敢講，怕被說成懷疑「大躍進」。但1960年的產量，不能虛估，必須估實，才能找出解決問題的依據。有人估計3700億斤，陳雲根本就不信。他算了算，估計頂多3100億斤。600億斤的差距，這可非同小可。陳雲認為，要緩和糧食緊張的局面，1961年至少要比上年多收上四五百億斤糧食才行。如果上年估為3700億斤，新一年糧食產量就得4100億斤，從農業受損程度來看，根本就沒有可能。如果只有3100億斤，增到3500億斤還是大有希望的。
經過核實，有關部門報告陳雲，實際產量確實只有3100斤。如果確實產量這樣少，糧食困難程度的表現，以及大挖庫存，就都說得過去。新一年只要有適當增產，就能夠緩解形勢，搞到糧食，事情大有可為。陳雲得知消息的當天，極為興奮，破例喝了一杯葡萄酒。