開始糾「左」，陳雲對高指標的懷疑被一些人當作「右傾保守主義」， 毛澤東卻誇獎陳雲「真理有時候掌握在一個人手裡」。
陳雲勇於負責，抱病研究落實鋼鐵指標北戴河會議後，「大躍進」氣氛很濃，毛澤東很高興。但是不久後，各地情況反映到他那裡，他也看到了一些問題。一些極端的作法，毛澤東非常反感。以鋼為綱造成國民經濟全面緊張，各種矛盾也日益暴露。
在這種情況下，毛澤東自己也開始考慮要壓縮空氣。他到各地視察，頻繁地與有關部門和領導談話，陳雲也多次參加，並抓住機會就高指標等問題向毛澤東進言。
11月28日至12月10日，在武昌舉行的中共八屆六中全會上，由劉少奇主持召開了幾次研討會，對1959年計畫主要指標進行了調整，鋼產量由2700至3000萬噸降為1800至2000萬噸，原煤由 3.7億噸提高到 3.8億噸，糧食和棉花產量指標卻定為10500億斤和1億擔，基本建設投資總額由500億元降為360億元。
「大躍進」提出「以鋼為綱」，趕超英國，是以鋼的指標為標誌的。鋼的指標雖然降下來了，陳雲覺得還是難於完成，另外的三大指標仍然很高。
為慎重起見，陳雲建議四大指標以不公布為好，並把這個意見向毛澤東的秘書胡喬木說了，但胡喬木並沒有把這個情況告訴毛澤東。
據胡喬木後來在廬山會議期間私下對人說，他這是保護陳雲，否則到上海會議時，陳雲也不能恢複名譽。武昌會議時，王稼祥向劉少奇說，不要公布公社決定，王不敢去向主席彙報，劉少奇轉告毛澤東，結果毛大發脾氣。
1959年1月18日，新年剛過，毛澤東請陳雲和李富春、薄一波、李先念等幾位主管財經工作的副總理吃飯，彭德懷出席作陪。
席間自然要談經濟問題和工業問題。陳雲表示武昌會議確定的1959年鋼煤糧棉的生產計畫難以完成，並提出：1959年鋼指標問題，我傾向降到1600萬噸。
毛澤東聽後，停頓了一下，說：那就拉倒。甚至於這個總路線究竟正確不正確，我還得觀察。我隨時準備修改總路線。
一句話雷霆萬鈞。把計畫指標的問題與黨的社會主義建設總路線緊緊聯繫到一起，具體的經濟指標變成了嚴重的政治問題，形勢變得嚴峻起來。陳雲立時感到了巨大的壓力。
1959年3月25日至4月5日，為了討論經濟工作、人民公社的整頓工作和國家機構的人事配備，在上海召開了中央政治局擴大會議和八屆七中全會。這次會議開始考慮降低鋼鐵指標和把計畫定到可靠基礎上的問題。
上海會議之初，胡喬木向毛澤東談了陳雲在武昌會議期間不贊成公布1959年鋼煤糧棉四大指標的事。4月2日，毛澤東在會上鼓勵大家學海瑞，勇於直抒已見，說「明朝皇帝搞廷杖，甚至當場打死，但還是有臣下敢進言。」無非五怕：怕撤職、怕開除、怕離婚、怕坐牢、怕殺頭。他表揚陳雲說：我在1月份找了中央幾位同志談經濟和工業問題，其中有陳雲、李富春、薄一波、李先念、彭德懷。陳雲表示了非常正確的態度。他講武昌會議定的今年的生產計畫難於完成。他這個人是很勇敢的，犯錯誤勇敢，堅持真理也勇敢。在武昌，對是否發表1959年糧、棉、煤、鋼指標問題，正確的就是他一個人。今年1月，也是他正確。他的話很有一些同志抵觸，我就賞識。我看他這個同志還是經驗比較多一點。真理往往在一個人手裡。毛澤東還批評胡喬木：你不過是個秘書，副主席的意見敢不報告。
上海會議明確地提出了對「大躍進」的高指標要降溫的要求，鼓勵提出不同意見，使「大躍進」以來居高不下的狂熱有了轉機。
1959年4月，陳雲特地給中央財經小組各成員寫了一封信，針對「大躍進」以來的財經工作出現的問題，專門談市場問題和計畫方法。
陳雲的這封信，是對「大躍進」中一系列錯誤提出的有效糾正辦法，其出發點就是先安排好市場，再安排基建。可惜，在「大躍進」的熱昏中，這些金玉良言都沒有能夠起到應有作用，還有人堅決反對。
1959年4月29日和30日，中央書記處連續開會討論經濟形勢特別是鋼鐵指標問題。會議決定，責成陳雲領導的中央財經小組研究三個問題：
第一，1959年鋼鐵指標分成兩個，一個是可靠指標，另一個是爭取指標；
第二，1959年鋼材的分配，要按照本年度確實能夠生產的可靠數字來進行；
第三，如果鋼材分配的數目減少了，勢必要減少一些建設項目，原則上確定，削減基本建設，保證生產的需要，保證市場和維修的需要；在基本建設中，保證石油、化工等部門必不可少的建設項目。
總的精神是穩定陣地再前進。
當時的問題，實質上是鋼鐵等生產指標過高和基本建設規模過大造成的，要扭轉被動，不能不觸及鋼鐵的高指標問題。這是一件十分棘手的工作，因為鋼鐵生產在那時已成為重要的政治任務，落實指標儘管是中央提出的任務，但在計畫指標已經很高的情況下，要實事求是地較大幅度地壓下來，不是沒有風險的。搞不好，就有淪為「促退派」、「秋後算帳派」的危險。
陳雲接受任務後，絲毫也沒有因此而退縮。從5月3日到9日，他連續主持中央財經小組會議，聽取冶金部的彙報，研究鋼鐵指標問題，其中1次是彙報鋼鐵方面總的情況，另外5次是分別按礦石、焦炭、耐火材料、鋼鐵冶煉、鋼材品種5個專題的彙報，然後集中討論了1次。
1959年5月11日，中央政治局召開會議，聽取陳雲關於落實鋼鐵指標的意見，討論國家計委的報告。
陳雲主張鋼材定900萬噸、鋼的生產指標定為1300萬噸。即使如此，他還是有保留的。他說，這次對鋼鐵指標的研究，只限於鋼鐵工業內部的各個環節，還沒有對鋼鐵工業和其他工業的關係進行綜合研究，更沒有對整個國民經濟其他各部門的關係進行全面研究。僅僅就鋼鐵論鋼鐵，來規定鋼和鋼材的生產指標，還不可能完全妥當。因為鋼鐵只是整個工業和國民經濟中的一個環節，鋼鐵指標定得是否確當，經過綜合研究以後才會看得更清楚。提出1300萬噸這個數字，只是初步的，只是提供政治局進行考慮，還不希望做出最後決定。
1959年5月15日，在政治局會議通過落實的鋼鐵指標以後，陳雲專門就鋼鐵指標問題給毛澤東寫了一封信，實事求是地把財經小組落實鋼鐵指標的考慮和分歧作了彙報。
6月13日，毛澤東主持召開中共中央政治局會議，正式確定1959年鋼指標降到1300萬噸。毛澤東還用略帶自我批評和總結教訓的口氣，對陳雲表示了讚賞。他說：工業也好，農業也好，指標都是我們同意了的。比如，去年12月武昌會議定的2000萬噸鋼，到了今年1月份，有些同志，以陳云為代表，提出難於完成。可是那個時候還難以改變，人們還想大幹一番，要轉為上海會議提出的1600萬噸好鋼的指標不可能，轉為現在定的1300萬噸也不可能。世界上的人，自己不碰釘子，沒有經驗，總是不轉彎。明年的指標切記不可高，我看大體上就是今年的指標，低一點也可以，搞一個馬鞍形嘛。1956年的錯誤是不應該公開反「冒進」，至於1957年降低指標，完全正確。講了多少年有計畫按比例發展，就是不注意，就是不講綜合平衡。今後7個月，主要是搞好綜合平衡。
緊張的工作，使陳雲的健康受到嚴重損害。鋼鐵指標調整以後，就出去休息了，一直到1961年。
實際結果表明，1300萬噸鋼並不是一個保守的目標，經過全民動員式的共同奮鬥，連一些老百姓家裡的鐵鍋都弄去回了爐，一些小學生也動員起來到處找廢鐵，而且還是在廬山會議繼續「反右傾、鼓幹勁」的政治形勢下，拚設備、拚勞力，到年終只是勉強完成了1387萬噸鋼、897萬噸鋼材。當時為了保鋼鐵，花了很大代價，擠了其他部門，造成了比例失調。假如不是按照陳雲的意見降到1300萬噸，還搞1650萬噸甚至更多，勢必造成更嚴重的後果。
當然，這一時期的糾「左」，實際上只是在具體工作上的修修補補，始終未能涉及最根本的指導方針的問題。因此，糾「左」也是很不徹底的，效果有限。令人痛惜的是，這樣一股糾「左」的勢頭，沒有能夠順勢發展。7月，廬山會議把公開對「大躍進」方針持不同意見的彭德懷、黃克誠、張聞天、周小舟等人打成反黨集團，並在隨後的大規模黨內鬥爭中，又從上到下揪出了一大批「右傾機會主義分子」，大批在認識上和實際工作中不同意乃至抵制「左」的錯誤的幹部群眾慘遭錯誤的批判和打擊，加劇了黨內政治生活的不正常狀況，壓制了黨內不同意見。「大躍進」的錯誤進一步發展，最後導致三年困難時期全國性大饑荒的