各地各部門爭先恐後地在各項計畫指標上「放衛星」，陳雲心懷疑慮，儘可能委婉地糾正「大躍進」運動中違反科學的做法。
批評反冒進，為冒進掃清了思想上的障礙。經濟上的冒進急速升溫，建設規模急劇膨脹，形成「大躍進」的狂潮，使陳雲關於二五計畫要著重解決人民吃穿問題的設想落了空。各個地方、各個部門都相互比著，爭後恐後地往上漲，就這樣層層加碼，一個高指標沒過幾天就不靈了。
在這種節節拔高生產指標的過程中，陳雲的處境很困難。陳雲主張制定計畫要搞綜合平衡，建設規模要和國力相適應。從建國以來他就領導經濟工作，這兩年又親自到各地看了看新建廠礦。國家有多大家底，他心裡已經有了一本帳。
在這種全國性的狂熱中，陳雲是較早清醒的一個。他迅即針對發現的問題，採取儘可能委婉的方式，在自己負責的基建工作，組織糾正。
北戴河會議後，9月19日，中央成立基本建設委員會，接收計委原有關基建的工作，由陳雲負責。10月12日，陳雲擔任了國務院基本建設委員會主任，負責領導全國的基本建設工作。他一上任，就組織召開了幾大協作區的基本建設工作會議。
當時基建戰線熱度也很高，計畫1959年一年的基建投資就有500多億元，而「一五」時期整個投資規模才400多億元。基建投資規模陡然加大，必然會造成物資全面緊張。基建戰線盲幹浮誇風也開始漫延。陳雲多年搞經濟工作，對此是有清醒的認識的。但迫於「大躍進」環境，又不便明言，只能委婉地告誡大家注意配套，注意質量。
基本建設工程質量問題也十分嚴重。為了圖快圖省，有的工廠建設連地基也沒有打好；有的地方在年產5萬噸的鍊鋼車間也用磚木結構，在水利大壩上用土水泥、用不合格的鋼材；還有些工程，土法施工，居然連勘察設計的基本程序都不顧了，畫張草圖就敢上馬，工人不經培訓，一窩蜂上崗。
這樣做的後果是付出生命的代價，還留下了無數的隱患工程，不知道哪天就要死人。據統計，1958年，由於強調快速施工，隨意修改設計和建築結構，隨意使用代用材料，隨意破除規章制度，發生了許多嚴重的質量事故，倒塌了不少新建的廠房，死亡人數直線上升。僅建築工程部系統就死亡435人，而上年是135人，死亡人數增加2.2倍。在這些死亡的人員中，由於工程結構倒坍而死亡的有117人，而上一年只死亡3人；高空作業跌落而死亡的有70人，而上一年只有38人。在因結構倒坍而死亡的人員中，屬於鋼筋混凝土結構倒坍的46人，木結構倒坍的50人，磚結構倒坍的21人。這些問題，大多數發生在10月以後。
面對這些嚴重問題，陳雲十分痛心。他於1958年底在杭州專門召開全國工程質量問題的現場會議，採取補救措施。
陳雲召集杭州現場會的目的，是為了引起全國、全黨對工程質量急劇下降的注意，採取措施補救和改變這方面的嚴重問題。所以，12月27日至31日，陳雲又在上海，出席了工程質量補救辦法的現場會。
12月31日，陳雲回到北京後致信鄧小平，送上杭州現場會的材料，並指出：目前在基本建設中，總的趨向是不適當地片面強調節約，只圖數量，不顧質量。
由於及時發現了基建工作中的問題，各地按照中央的布置採取了有力措施，使「大躍進」造成的損失有所控制。