1957年1月10日，中共中央發出《關於成立中央經濟工作五人小組的通知》，宣布成立陳雲任組長，李富春、薄一波、李先念、黃克誠為組員的中央經濟工作五人小組，在中央政治局領導下，統一領導全國的經濟工作。在成功地制訂和組織實施一五計畫後，陳雲把目光投向了第二個五年計畫的制訂。
陳雲考慮，一五計畫投資的重點是工業和交通，這是迅速實現工業化所必需的。但實施中也可以看出，農業搞不好，就一定會扯前進的後腿。二五計畫時國家建設投資還是要增加，人民購買力也會相應增加，但糧食和布匹等消費品的供應量增加的速度慢，每人平均供應量就難於增加，這是一個尖銳的矛盾，農業已經成為建設中的弱點。
因此，陳雲設想，制定第二個五年計畫要從有吃有穿出發，特別是要注意農業的發展，解決好人民的吃穿問題。他認為，一五期間農業投資和事業費84億元並不算多，發展農業主要放在了合作化上面，從財力物力上看也只能這樣。但合作化只是給發展農業創造了條件，還不能解決根本問題。農業增產的許多措施，需要一定的時間才能見效，大體上要七八年到十年。如果在第二個五年計畫期間不注意農業的發展，到第三個五年計畫再來注意，那就晚了，今後十五年內就會處於緊張的狀態。換句話說，如果現在不注意，錯過了五年，就要耽誤十五年。如果不能解決人民的吃飯穿衣問題，社會主義建設事業便站不穩，必然還要回頭補課。
然而，形勢的發展卻出乎他的意料。1957年下半年，陳雲正在總結一五計畫經驗教訓，緊張思考國民經濟二五建設計畫的時候，一場突如其來的政治風暴向他襲來，使他遭遇到財經生涯中一段極為困難的時期。
毛澤東批評反冒進的人離右派「只有五十米遠」，並直言批評主要是針對陳雲。陳雲不得不一再檢討。
1957年10月12日至19日，8天之內，陳雲連續視察東北的大連、吉林、長春、齊齊哈爾、撫順等城市近20家廠礦和電站、港口，了解國家工業化建設的進展和新增實力，以便從實際出發，把握國家經濟建設大局，制訂二五計畫。緊張的行程，使陳雲回京後就累得病倒了。11月10日，他就不得不接受醫生建議，致信周恩來向中央請假，去華東休養一個時期。
在休養期間，他不安地注意到，一股批評1956年反冒進、反對所謂右傾保守的風颳得越來越厲害，批評的矛頭開始指向反冒進運動的領導人。
1958年1月11日到22日毛澤東在南寧召開會議，參加的有部分中央領導人和9省2市的黨委書記。1月11日晚，毛澤東發言說，不要提反冒進這個名詞，這是政治問題。一反就泄了氣，6億人一泄了氣不得了。如果當時不提反冒進，只講一個指頭長了瘡，就不會形成一股風，吹掉了多快好省、四十條綱要、促進委員會這三個東西。這些都是屬於政治問題，而不屬於業務問題。
在南寧會議上，毛澤東對積極反對「右傾保守」的上海市委第一書記柯慶施十分欣賞。1月15日，毛澤東誇獎柯慶施1957年12月25日在上海市黨代會作的《乘風破浪，加速建設社會主義的新上海》的報告，說這個報告把中央許多同志比下去了，中央工作的同志不用腦筋，不下去跑跑，光在那裡羅列事實。16日他又在大會上拿出柯文當眾問周總理：「恩來同志，你是總理，你看，這篇文章你寫得出來寫不出來？」周總理答：「我寫不出來。」毛澤東說：上海是中國工人階級集中的地方，沒有工人階級建設社會主義的強烈激情，是寫不出這樣的好文章的。「你不是反冒進嗎？我是反反冒進的！」
劉少奇解釋說，主席的批評是針對管經濟工作的幾個人的。當時負責領導全國經濟工作的是由陳雲、李富春、李先念、薄一波、黃克誠組成的中央經濟工作五人小組，其中黃克誠是軍隊的。1月17日晚上，毛澤東約李富春、李先念和薄一波談話，親自揭開了這個謎底，明確講到批評主要是對陳雲的。
19日晚周恩來為了顧全大局作了檢討，說反冒進是帶方針性的動搖和錯誤，是右傾保守主義的思想，是與主席促進方針相反的促退方針，他對此負主要責任。
極力主張冒進的人受到表揚，主張反冒進的人受到嚴厲批評。一時黨內「左」的急躁冒進思想迅速泛濫。在這種黨內輿論之下，甚至有一位工業部門的領導同志公開聲言：反冒進的保守主義思想代表就是陳雲。
南寧會議以後，毛澤東親自執掌了經濟工作大權。
杭州會議和南寧會議，陳雲因正在養病，都沒有參加。他按原定計畫，赴大西南的成都、重慶，邊休養邊視察工廠。南寧會議後，他才聽到會議情況的傳達。2月上旬，他雖然尚未完全康復，還是決定結束休養，逐步恢複工作。
2月13日至23日，陳雲出席了在北京舉行的中共中央政治局會議。這次會議的議題，還是批反冒進。
毛澤東在會上說，反冒進反得那麼厲害，把群眾的氣泄下去了，加上右派的猖狂進攻，群眾的氣就不高，我們也倒霉。我們這些中央委員，你就那麼舒服呀？我是不舒服的。我不贊成反冒進叫馬克思主義，贊成冒進才是馬克思主義。毛澤東批評反冒進的人跟右派相距不遠，「大概50米遠。」
3月8日至26日，中共中央在成都召開工作會議，中央有關部門負責人和各省市自治區黨委書記出席。
在這次會議上，毛澤東說明了他發動對反冒進的批評的目的。3月9日，他發言說，反冒進是個方針性的錯誤，南寧會議提出了這個問題，有許多同志緊張，現在好了。談清楚的目的是使大家有共同的語言，做好工作，而不是不好混，我絕無要哪個同志不好混之意。一種是馬克思主義的冒進，一種是非馬克思主義的反冒進，究竟採取哪一種？我看應該採取冒進。以後反冒進的口號不要提，反右傾保守的口號要提。反冒進這個口號不好，吃虧，打擊群眾。反右傾這個口號為什麼不會打擊群眾呢？反右傾所打擊的就是一部分人的官氣、暮氣、驕氣，一些人的主觀主義、官僚主義、宗派主義，這些東西應該加以打擊。3月25日又說，關於反冒進，我看以後不需要談了。如果從經驗上、方法上把它作為例子，那倒是可以的。這個問題不是什麼責任問題，重點是要用唯物論、辯證法來深入分析反冒進問題。反冒進是「尋尋覓覓，冷冷清清，凄凄慘慘戚戚」，冒進則是「轟轟烈烈、高高興興」，「不盡長江滾滾來」，就是要和反冒進對起來，反對慢的路線。
顯然，批評反冒進，就是要統一思想，實行冒進。
陳雲也參加了這次會議，在會上又檢討了反冒進的「錯誤」。
1958年5月5日至23日，中共召開八大二次會議，會議再次猛烈地批判了反冒進。劉少奇代表黨中央作工作報告，對批評反冒進作了結論。報告說：反冒進損害了群眾的積極性，影響了1957年的生產建設，特別是影響了農業的發展，形成了「馬鞍形」。
會上，黨的歷史上出現過的那種開展過火黨內鬥爭的氣氛很濃，有不少人在發言中猛烈批評反冒進，覺得這個結論對反冒進的批評還不夠，語氣輕了，對立面講得不夠，應徹底清算反冒進的「錯誤」。各地方代表也在會上報告了同地方「右派集團」「右傾集團」「反黨集團」作鬥爭的經過。
在這種氣氛下，陳雲和周恩來、李先念、薄一波等人都在會上再一次就反冒進「錯誤」，違心地作了自我批評。
應該說，周恩來和陳雲等人就反冒進問題作檢討，心態是很複雜的。反冒進是在當時經濟形勢下必須採取的措施，實際效果是很好的。但是，在1957年的反右派鬥爭以後，「左」急躁冒進思想逐漸在黨內上升，使他們處於很不利的地位。當時毛澤東的威望很高，而且從維護毛澤東的威信、維護黨內團結的良好願望出發，他們不能對毛澤東反冒進一事表示異議。
在6月9日的中央政治局會議上，周恩來甚至委婉地提出自己不適合再當總理。雖然會議挽留了他，但由此也可以看出當時壓力之大。
陳雲也承受了巨大的壓力，令素來沉著的周恩來，有次開完會回到家裡都為他感到憤憤不平，對鄧穎超說：有人說陳雲同志是老右傾，是資產階級商人，連他的長像也受到指責，這樣對待陳雲同志是錯誤的！身邊工作人員注意到，周恩來後頭幾個字，幾乎是一字一頓地說出來的。
素性平和的陳雲，也不能不對這種狀況感慨良多。1980年起草歷史決議的時候，陳雲事隔多年，還提到這件事，認為當時民主集中制已經受到破壞，黨內生活不正常。他對胡喬木表示，五十年代這次「反冒進」，中央領導全都參加了，毛來了一個反「反冒進」，結果搞得鴉雀無聲了。
批評了反冒進，「統一」了全黨思想，會議正式通過毛澤東倡議的「鼓足幹勁、力爭上遊、多快好省地建設社會主義」的總路線，提出了一