從鄉村走進城市，企業里的複雜門道讓人犯難，陳雲說是還沒有學會做「老闆」，主張把財經工作放在不次于軍事或僅次于軍事的重要位置上，穩定物價為經濟恢複創造了條件。但現代工業是一個複雜的綜合系統，工業生產能否早日恢複正常生產，不光要看機器，更重要的是人的因素，要看經營者的管理和生產者的勞動技能和工作態度。
陳雲覺得這個問題不樂觀。7月5日，陳雲在東北局常委會議討論企業組織與工人運動方針問題時，針對這些企業經營管理的亂象提出：對舊的生產制度應當批判地接受。對於工廠來說，最重要的問題是要尋找原材料的來路與產成品的銷路。現在，我們還沒有學會做「老闆」
怎麼樣做好現代工業的「老闆」？陳雲上任後，著手解決最急迫的三大難題：一是工人工資太低，生產情緒不安；二是工人與職員的矛盾，職員受壓制甚至打擊，影響到必要的生產管理制度的確立；三是經濟沒有全局計畫，盲目生產造成損失。
首先急需解決的，是工人工資問題。這個問題，在糧價暴漲的情況下顯得極為突出。糧價漲了，等於拿貨幣工資的工人減薪，影響他們養家糊口。結果有的工人辭職干起了小販，技術工人從公營企業向私營企業流失。
陳雲深知這一問題的緊迫性，主張解決工人待遇過低問題，並立即著手調整。6月16日，陳雲在東北局例會上提出：現在鐵路和工廠的工人工資太低，不足以維持最低生活，還不如農村中的僱農。照目前辦法長期搞下去是不行的，剝削了工人，有利於消費者，結果是工業的總崩潰。搞經濟總要合乎經濟原則，用強迫的辦法既違反經濟原則，又違反政治原則。
根據陳雲的意見，東北財經部門以實物為計量單位，重新制訂新的工資標準。新的工薪標準，工人最高工資以實物計提高到375斤糧，整整提高了100斤糧，這樣雖說比舊民國和偽滿時期還低一些，但最高工薪的工人憑工資可以養活連本人在內的四口半成人，中等工薪的也可養活三口半成人。
新的工薪標準中，工程技術人員和管理人員工資比工人工資要高得多，普通職員收入也和工人持平。這樣做，從政治上說，在當時是很不容易的。這就不能不談到企業中工人與職員矛盾。
中國共產党進入東北後，接收和很多規模很大、技術先進的企業，如鐵路、礦山、發電站、郵電、輕重工業工廠、市政企業。這些企業里，既有大量體力勞動的工人，也有很多腦力勞動的職員。
本來，工人和職員同是日寇、國民黨政府企業的僱傭勞動者。但工人和各級職員，在企業內的地位和社會上的地位是不同的。工人在日寇、國民黨政府企業內勞動條件最苦，待遇最低。下級職員的勞動條件和生活情況接近於工人，但他們之中，許多人帶有舊知識分子輕視工人的意識。中、高級職員是企業的生產及業務管理人，對工人及下級職員都居於管理者的地位。有一部分管理人員，在日寇、國民黨反動統治的指揮和壓迫制度下，習慣於用官僚主義的方法去管理工人。
在舊的生產秩序下，工人與職員長期積累起很深的矛盾。日本投降以前，東北企業內的全部高級職員和一部中級職員，都是日本人。抗戰勝利後，中國職員代替了日本人。工人對於一般管理人員都有或多或少的不滿；對於少數為非作惡分子，則是痛恨的。要翻了身的工人，與職員團結起來搞好生產，這個問題政治上的敏感性，是任何人不能不考慮的，工作難度並不比提高工人待遇為小。
1948年初，鶴崗煤礦在發動工人中，產生了不適當的打擊職員的「左」的錯誤，影響很大。鶴崗發生的事並非個別現象，雞西和西安煤礦以及鐵路的個別區段也發生過。由於缺乏現代企業管理經驗，幹部中對工人階級觀點和群眾路線存在誤解，普遍存在的輕視技術人員和管理人員的傾向。
現代企業的運轉，並不像一些幹部想像的那樣，有人把機器開動起來就行了。它需要管理人員、工程技術人員以及其他職員，與工人有機組織起來，相互協同，才能順利生產。把職員當作鬥爭對象，必然會破壞正常的生產組織和必要的生產秩序，影響生產。
陳雲主持財經工作後，以鶴崗煤礦這一錯誤為契機，著手檢查了正確對待職員的工作。
通過檢查分析，陳雲認為，對待職員問題上，右的錯誤和「左」的錯誤都有。右的錯誤表現在過分信賴舊職員，而重視工人不夠。因此，既不能啟發工人的積極性，也難教育改造舊職員，使生產力的提高和企業的改造受到了阻礙。「左」的錯誤表現在只重視工人，輕視職員，對職員缺乏分析，不加區別地亂打擊，形成工人與職員對立，這樣就破壞了員工團結，其最後結果也必然是妨礙生產，危害企業。但他更清醒地認識到：「在對職員政策上的右或『左』的錯誤，其中尤以『左』的錯誤為重。主要原因是對職員特別是對行政管理人員的作用估計不足。這是一切新接收企業中帶普遍性的問題。」
為從政策上解決好職員問題，陳云為東北局起草了決定。7月9日東北局將決定草案發往中央，中央第二天就複電東北局，稱「此決定甚好」。8月1日，東北局發出《關於公營企業中職員問題的決定》。
顯然，陳雲致力於解決工薪標準、處理工人與職員的矛盾，最終都落實到立足於生產，建立起正常的企業管理和經營秩序上來。
8月3日和4日，陳雲在全國第六次勞動大會上作《當前中國職工運動的總任務》的報告，提出：要改善國營、公營企業的經營和管理工作，主要是貫徹企業化原則和實行管理民主化。只有切實改善經營和管理工作，才能達到原料足、成本低、質量好、產量多、銷路廣的目的。
怎樣才能做到這一點呢？陳雲提出，管理工廠，經營工廠，第一要企業化。工廠不是機關，也不是部隊，開工廠就要像開工廠的樣子，一定要有經濟核算，考核成本，計算原料和機器消耗。成本需要多少？原料需要多少？機器消耗需要多少？賣什麼價錢？要會算帳。用人也要有制度，按能力按技術，按稱職不稱職，既要精幹，又要合理。為了把工廠辦好，需要大家按章程辦事，工廠中要有廠規，要有各種個人負責制度。還要有檢查，成品好壞，做工好壞，管理好壞，都要有檢查，該賞就賞，該罰就罰。不這樣，就是鼓勵壞作風，縱容落後，對於我們的事業是不利的。
陳雲提醒大家，我們解放區的同志只會當政治家、軍事家，還不是企業家。我們幹革命是內行，但辦工廠是外行，這就需要向一切內行的人學習。
過去關內的各個根據地都處於落後鄉村，財經經濟在相當大的程度上，是一種自給自足的自然經濟。而東北現代工業經濟是一種社會化大生產。為了東北經濟的早日恢複，爭取企業正常運轉固然重要，但宏觀管理上的計畫性更為重要。
隨著東北工業恢複的範圍日益擴大，工業在經濟中所佔的比重日益提高，又因為各個國營企業（這裡是指解放區省以上政府經營的企業）之間，國營與各省、市、縣公營企業之間，公營企業與私營企業之間，雖有各廠的生產計畫及部分的加工和訂貨關係，但就全體說來，在工業中還缺乏計畫性，這就使原料、機器、人員、產銷等等，缺乏調劑和銜接，產生浪費和損失。
陳雲在從微觀上考慮恢複企業正常生產經營的同時，也在積極考慮宏觀上加強計畫性的問題。
8月，陳雲向中共中央書面報告：東北局決定，今年必須制訂1949年工業生產計畫，如果可能則進一步擬定1949年及1950年兩年的生產計畫，以便我們學習並走向計畫生產。為此，首先必須規定國營企業的生產計畫，其次必須規定各省、市、縣公營企業的生產方向和計畫。在這些國營、公營企業之外，又必須調查合營和私營工廠的情況，以便給以生產方向上的指導，在可能的條件下實行訂貨加工。
在報告中，陳雲還向中央表示，東北財經工作到今天仍存在濃厚的盲目狀態。其原因，一是財經工作的範圍日益擴大，而且複雜，我們無經驗；二是兩年來我們集中力量於戰爭和土改，未深摸細摸財經問題。我們已覺悟到，在目前情況下，「需要把財經工作放在不次于軍事或僅次于軍事的重要位置上」。