在整風運動一開始，毛澤東就明確提出：「打倒兩個主義，把人留下來。」「我們揭發錯誤，批判缺點的目的，好像醫生治病一樣，完全是為了救人，而不是為了把人整死。一個人發了闌尾炎，醫生把闌尾割了，這個人就救出來了。」
這是有感而發的。在黨的歷史上，黨內鬥爭存在的一個突出問題就是過分追究個人責任，著重組織處理，實行懲辦主義，沒有解決思想問題。劉少奇做過總結：
「過去黨內鬥爭傳統有許多不好的，如『八七會議』反陳獨秀鬧成宗派鬥爭，不讓陳獨秀參加，只許反陳的人說話，不許陳獨秀方面的人發言；『六大』以後的順直省委變成清談俱樂部，不做任何工作；四中全會上王明領導的黨內鬥爭搞了許多非法活動，學了莫斯科米夫與支部局鬥爭的最壞的東西；四中全會後中央蘇區反羅明路線的鬥爭也是不好的。只有遵義會議的鬥爭和延安反張國燾的鬥爭是很好的，缺點是未從思想上解決問題。」
毛澤東吸取以往的教訓，完全拋棄了懲辦主義的錯誤做法，著重從思想認識上解決問題。
1941年5月整風開始，在延安的120多名高級幹部，用4個月時間專門學習馬列主義著作和黨的文獻，學習和研究馬克思主義的思想方法、黨的歷史和中國革命的基本問題。
第二階段全黨普遍整風，特色是普遍地全面地進行學習和檢查。
學習，是學22個整風文件。除了毛澤東在整風中所做的報告是必學的文件，還有《六大以來》、《兩條路線》，毛澤東的《關於糾正黨內錯誤思想》、《反對自由主義》，劉少奇的《論共產黨員的修養》、《論黨內鬥爭》，陳雲的《怎樣做一個共產黨員》，以及列寧、斯大林《論黨的紀律與民主》、《論自我批評》，斯大林的《論布爾什維克化十二條》，季米特洛夫的《論幹部政策》等文件。
學文件時，是「逐字逐句的讀，兩遍三遍地讀，聯繫自己的工作和思想實際去讀，聯繫黨的歷史、革命歷史去讀，一邊閱讀一邊思考，一邊討論，並認真寫筆記」。
同時個人學習和集體討論緊密結合進行，經常提出問題，組織漫談會、討論會。漫談會不拘形式、不限人數、不定內容、不擬題目，少者三五人，多者10餘人，在河邊、在樹下、在山坡下，隨處可以進行，參加者可以隨來隨去。遇到帶有普遍性問題，就在更大範圍內討論；對討論中的重要問題，則請中央負責同志作報告。
學習之後是檢查。首先是根據文件精神，檢查自己的思想、工作和歷史。用當時形象的說法就是：「自己鑽文件，又用文件鑽自己。」「把文件中的道理當做尺碼來量一量自己，當做天平來稱一稱自己，當做鏡子來照一照自己。」在檢查中開展批評和自我批評，肯定正確的方面，批評不正確的方面，分析錯誤的根源，提出改正的辦法。然後，每個同志寫出思想總結，經小組討論通過。
其次是對自己所在地區和部門的工作檢查。為檢查一個地區工作，還召開「山頭會議」，由所在地區的領導同志親自召集，大家自由發表意見，包括給領導同志提意見。通過檢查，實事求是地總結了各個地區、各個部門的經驗教訓。
從1943年10月開始，延安整風進入總結黨的歷史經驗階段。在學習理論、提高認識的基礎上，對黨的歷史上的重大錯誤進行系統的、徹底的清算，並作出正式結論。
黨中央組織中央領導機關和高級幹部，對1931年至1934年這一時期中央的政治路線問題，進行多次討論。還組織過去曾在各革命根據地和工農紅軍工作的同志，舉行各地區、各部隊的黨史座談會，如：紅七軍歷史座談會，湘鄂贛邊區、湘贛邊區、鄂豫皖邊區、閩西地區、贛東北邊區黨史座談會，紅五軍團歷史座談會等。黨中央集中全黨討論的意見，並於1944年5月成立了黨內歷史問題決議準備委員會，起草決議。任弼時主持召集，委員會的成員有劉少奇、康生、周恩來、張聞天、彭真、高崗和博古。胡喬木是毛澤東的秘書，參加了《決議》起草的全部工作。
《決議》起草後，又經過了多次反覆修改，光是毛澤東就前後作了七次修改，委員會天天開會討論。毛澤東後來曾特別提到這點：「我們現在學會了謹慎這一條。搞了一個歷史決議案，三番五次，多少對眼睛看，單是中央委員會幾十對眼睛看還不行，七看八看看不出許多問題來，而經過大家一看，一研究，就搞出許多問題來了。這說明黨對待歷史問題的謹慎態度。」
毛澤東決定起草委員會的靈魂。為制定《決議》，他提出了如下指導思想：
「應使幹部對於黨內歷史問題在思想上完全弄清楚，同時對於歷史上犯過錯誤的同志作結論時應取寬大的方針，以便於一方面，徹底了解我黨的歷史經驗，避免重犯錯誤；又一方面，能夠團結一切同志，共同工作。」
「這次處理歷史問題，不應著重於一些個別同志的責任方面，應著重於當時環境的分析，當時錯誤的內容，當時錯誤的社會要源、歷史根源和思想根源，實行懲前毖後、治病救人的方針，藉以達到既要弄清思想又要團結同志這兩樣目的。對於人的處理問題取慎重態度，既不含糊敷衍，又不損害同志，這是我們的黨興旺發達的標誌之一。」
事實上，著重解決思想認識問題的思想不僅貫徹在《決議》中，而且貫穿於延安整風運動的始終，並創造了一套行之有效的政策和方法。如：
要「與人為善」，從團結的願望出發；「對待思想上的毛病和政治上的毛病，決不可採取魯莽的態度」，「不是痛快一時，亂打一頓，所能奏效的」，必須要講究方法，「好好說理」，擺事實，講道理，以理服人；不同的意見可以展開討論，允許批評，也允許反批評，壓服只能是壓而不服；「嚇人戰術，對敵人是毫無用處，對同志只有損害」；堅持真理，修正錯誤，「實行『知無不言，言無不盡』，『言者無罪，聞者足戒』，『有則改之，無則加勉』」。
這樣，在延安當時形成了一種空前未有的民主團結氣氛，碰到問題能夠暢所欲言地展開爭論，而又不影響團結。
總之，著重從思想上解決問題是延安整風最有價值的歷史內容，是正確開展黨內鬥爭的範例。
1945年4月20日，任弼時主持召開擴大的七中全會，這是歷時11個月的七中全會的最後一次會議，討論通過了《關於若干歷史問題的決議》。
在這一天，任弼時收到了王明表示承認錯誤、擁護這個決議的聲明書。
接著，張聞天、博古等發言，擁護這個決議，誠懇地向錯誤路線下受打擊的同志致歉，對決議所體現的弄清思想，團結同志，不著重追究個人責任的政策，感到溫暖。博古說：
這也就是糾正了黨內鬥爭的惡劣作風。我知道這個目的是給我們留下餘地，但治病救人要有效，必須病人自己有覺悟，有信心，有決心。
任弼時也聯繫實際作了自我批評。他坦率地說：
對毛主席的認識是在抗戰以後，尤其是從莫斯科回來，由於看到《新民主義論》、《論持久戰》和關於戰略問題的小冊子，由於季米特洛夫的囑咐，由於「皖南事變後毛對政策的掌握，直至整風中的思想領導，使我產生了佩服和信賴」。
在會上，毛澤東作了總結。他說：黨是政治團體，不是家庭或職業團體，都是五湖四海因政見相同結合起來的，政見不同就要爭論；爭論時要分清界限。從前許多同志苦於沒有馬恩列斯，我也是如此，凡是政治上犯過錯誤現在改正了的，都要如決議所說像和睦的家庭一樣，這個票子是要兌現的。
對王明的聲明書，毛澤東說：這封信，內容有無缺點錯誤還可以研究，但是態度是好的，應該歡迎的。
這就為延安整風運動畫上了一個完整的句號。
延安整風運動是一個「普遍的馬克思主義的教育運動」。通過整風，用馬克思主義的立場、觀點、方法解決中國革命的實際問題的思想深入人心；通過整風，廣大黨員和幹部認識到馬克思主義化，先要化「己」，才能「化」人，自覺改造世界觀。一些同志在反省筆記中寫道：
「如果參加黨是我生命中的第一次震動，那麼這次整風運動是我生命中的第二次震動，使我政治生命中共產主義的因素提高到自覺的程度。通過它我第一次認識了自己，找到了病根及改造之途徑，同時還略微獲得些改造自己的武器。」
更重要的是，通過總結歷史的經驗教訓，批判教條主義和經驗主義，全黨上下不僅認識到了主觀主義的危害性，而且破除了對領導幹部的神秘感和盲從心理，極大地提高了獨立思考的能力。毛澤東在《整頓黨的作風》中一再強調：
「共產黨員對任何事情都要問一下為什麼，都要經過自己的頭腦的周密思考，想一想它是否合乎實際是否有道理，絕對不應盲從，絕對不應該提倡奴隸主義。」
這在人類思想史上是振聾發聵