正當康生小試身手，還興緻勃勃推廣他的「搶救經驗」時，中共中央注意到了這個問題。
1943年7月1日，經歷過蘇區肅反擴大化的毛澤東給康生寫信，指出防奸工作的正確路線是：
首長負責，自己動手，領導骨幹與廣大群眾相結合，一般號召與個別指導相結合，調查研究，分清是非輕重，爭取失足者，培養幹部，教育群眾，嚴禁「逼、供、信」。但康生未執行。
任弼時通過了解情況，發現「逼、供、信」嚴重，及時向毛澤東反映，並提議必須立即制止事態的發展。
一直在重慶工作的周恩來於7月16日回到延安，目睹康生所為，鄭重地說：截止1943年，國民黨黨員有一百幾十萬，其中學生黨員約3萬人，主要是1940年以後發展的。國民黨絕不會把3萬學生黨員都送到延安來，何況來延安的知識分子大多數是在1937年和1938年來的。那種認為80%的新知識分子是特務的看法應予以否定。而四川黨的情況我是清楚的，從來沒聽說有什麼「紅旗黨」。一定要甄別。
8月15日，中共中央根據毛澤東提出的防奸正確路線制定了《關於審查幹部的決定》。但此時，由於蔣介石正增兵包圍陝甘寧邊區，在黑雲壓城的形勢下，毛澤東對邊區敵情的估計還是較嚴重，並認為不能給群眾運動潑冷水，未馬上採取措施徹底扭轉事態。
10月9日，毛澤東在看了綏德反奸鬥爭大會的材料後，才感到事態的嚴重，提出了「一個不殺，大部不抓」的肅反方針，對擴大化的搶救運動進行緊急剎車。
1943年底，中共中央決定對被審查的人逐個甄別。
1944年春，邊區政府成立了專門的甄別委員會，開始對受冤屈的同志進行甄別平反，對運動中查出的「特務」進行調查研究，逐個甄別。此後，甄別工作從延安到綏德、關中、隴東等地，先後有組織、有領導地進行。
為防止今後的審訊工作出現錯誤，甄別工作開始後，西北局社會部制定了《審訊工作條例》，強調審訊要重證據，重調查研究，不輕信口供，嚴禁逼、供、信。
經過甄別，按照康生部署所挖出的特務，有90%以上是冤假錯案。毛澤東指示各單位，對什麼場合「搶救」戴錯了帽子的，要在原場合取下來。
信，指出在審干工作中必須堅持正確路線，反對「逼供信」的錯誤做法）審干反特的擴大化之火，終於被撲滅。
對運動中出現的問題，中共中央的領袖毛澤東多次主動承擔責任，作自我批評。
1944年元旦，領導通訊聯絡工作的王諍領著一批被搞錯的幹部向毛澤東拜年。毛澤東對他們說：「這次延安審干，本來是讓你們洗個澡，結果灰錳氧放多了，把你們嬌嫩的皮膚燙傷了。這不好，今天，我向你們敬個禮，你們回去要好好工作。」
1945年2月15日，毛澤東在中央黨校講演中談到審查幹部工作中的錯誤時說：「這些錯誤誰負責？我負責，因為發號施令的是我。我賠個不是。」
在中共黨的七大會上，毛澤東對審干中的擴大化問題，再一次公開作自我批評。他說，我們各個地區在肅反運動中走過彎路，我也走過彎路。這次整風審干，使一些同志受了委屈。他舉起右手，沉重地說：「我向你們道歉！如果你們不諒解，我的手就放不下來。」
毛澤東的這種胸懷，深深感動了全場代表，會場響起了熱烈的掌聲。
而「搶救運動」的直接責任者康生，卻始終不承認錯誤。
一次會上，有的同志批評「搶救運動」的錯誤，康生還辯解說：「嚴格審查是完全必要的」，「蘇聯黨就是這樣搞的」。
儘管康生不認錯，但他小試身手就碰了壁，這說明延安還沒有他那套「左」傾政策生存的土壤。
延安經過短暫的混亂後，又恢複了它原有的朝氣和生機。整風運動恢複了它原來的旋律：只整思想不整人。