軍事危機初步解決，毛澤東騰出手來全面處理劉志丹案件。
劉志丹，這位斯諾筆下的「現代盜俠羅賓漢」，雖然只有短暫的人生，但它卻充滿了坎坷和傳奇……這位亂世豪傑，出生於陝西北部保安的一個富裕農家，年輕時因領導自家佃農抗交自家的租稅而在窮人中一舉成名。
1925年，劉志丹還是一位中學生時，就在魏野疇、李子洲等幾位「共黨」老師的影響和培養下，成為了一名共產黨員，並因此被黨組織選派，成為了赫赫有名的黃埔軍校第四期學生。
劉志丹參加革命之後的第一次死裡逃生是1927年7月的一天。已追隨蔣介石反共的馮玉祥下令將劉志丹、宣俠父等在其部從事政治工作的20餘名共產黨員裝進兩輛悶子車，送出武勝關，丟在湖北孝子店車站，企圖借湖北軍閥之手將他們殺害。沒想到，劉志丹萬分機警，不但躲過了敵人的暗算，而且輾轉周折，通過地下關係，找到了黨組織。
以劉志丹的人生來說，1929—1932年是一個萬花筒。他根據黨組織的決定，一會在這支部隊任團總，一會又在那個部隊當團副，猶如天馬行空一般，先後在張廷芝、蘇雨生、譚世霖等軍閥部隊從事著兵運活動。三年中，劉志丹不知經歷了多少次失敗、挫折、冒險和死裡逃生。
1932年，劉志丹和謝子長終於與軍閥徹底決裂，拉起了一支自己的武裝，真正屬於共產黨的武裝——中國工農紅軍陝甘游擊隊。以這支武裝為發「家」基礎，實力越滾越大，最終擁有了一塊根據地——陝甘邊蘇區和兩支革命力量——紅二十六軍和紅二十七軍。
1935年9月，陝北紅軍又來了一次發家機會。
徐海東、程子華率領的紅二十五軍由鄂豫陝到達陝北，與二十六、二十七軍在延川永坪鎮實現了會師。隨即，三軍聯合組成了紅十五軍團，徐海東任軍團長、程子華任政委，劉志丹任副軍團長兼參謀長。就在此時，長征中的中共中央獲得了陝北劉志丹紅軍存在的信息，正在哈達鋪的一座關帝廟中興高采烈地策劃著向劉志丹部靠攏的大行動。
一個月後，毛澤東率領的中央紅軍達到陝北，受到了紅十五軍團領導和蘇區人民的熱烈歡迎。然而，在歡迎的人群之中，毛澤東卻找不到劉志丹其人。
原來，劉志丹和陝北根據地的其他創始人此時全在獄中。
在聽取當地群眾和邊區幹部的彙報後，有著豐富政治經驗的毛澤東敏感地意識到，陝北蘇區現在正在上演早在中央蘇區曾經出現過的肅反悲劇……從群眾對此事的義憤填膺和對劉志丹表現出來的高度熱愛和評價之中，毛澤東清楚地認識到，劉志丹案件的處理，實質上是黨中央來到陝北後的第一項「民心工程」，處理好了，就能贏得民心。贏得了民心，中共中央就能在陝北群眾中安身立命。
問題就這麼簡單，也就這麼嚴重。
「停止逮捕，停止審查，停止殺人，一切聽候中央來解決」。這是黨中央初來乍到，給西北代表團、陝甘晉省委下達的第一個指令。21個字，字字千金。為給糾正「左」傾錯誤提供了組織保證，10月24日，中央在下寺灣召開工作會議，作出了四項決定：
1撤銷西北代表團和西北軍事委員會，成立中央軍委西北辦事處，周恩來任主席，劉志丹任副主席，張雲逸任參謀長；2撤銷陝甘晉省委，成立中央民主政府駐西北辦事處；3承認陝甘邊和陝北工農民主政府；4定瓦窯堡為中共中央所在地。
王首道、劉向三、賈拓夫在處理劉志丹案件中作出了不小的貢獻，他們三人是中共先期派往瓦窯堡，負責全權處理此事的人員。他們一行三人帶著1部電台和1個排的兵力，首先接管西北保衛局，控制了事態；接著調查取證，將「左」傾機會主義者強加在劉志丹頭上的莫須有「罪證」一一推翻。為黨中央重新審理這一陝北頭號冤假錯案提供了重要參考資料。
12月13日，毛澤東帶著直羅鎮戰役勝利的大禮，來到了原陝甘晉省委，現中共中央的所在地瓦窯堡。
從1935年11月10日，西北辦事處移居瓦窯堡到1936年5月底中共中央遷至保安前，瓦窯堡這個城市，即以中華蘇維埃共和國中央政府西北辦事處的所在地和中共中央所在地的地位在中國革命的歷史上風風光光地佔有了一席之地，毛澤東在這裡居住了6個多月的時間，並導演了一幕幕影響歷史進程的活劇。
為劉志丹案件定性、平反是毛澤東在瓦窯堡期間所做的第一件大事。
「逮捕劉志丹等同志是完全錯誤的，是莫須有的誣陷，是機會主義，『瘋狂病』，應予立即釋放。」
當毛澤東宣布這一結論時，陝北都沸騰了起來！王首道回憶道：
「毛澤東的指示和劉志丹等同志釋放的消息傳出以後，廣大軍民奔走相告，歡欣鼓舞，熱烈歡呼，『劉志丹同志得救了！』『陝北得救了！』。」
如果說，直羅鎮一仗是在軍事上為黨中央把革命大本營放在西北舉行了奠基禮，那麼，正確解決劉志丹的冤案則是從政治上鞏固了陝甘寧邊區的蘇維埃政權。