對王佐部的改造，要艱難、複雜一些。
當王佐初邀毛澤東上茨坪時，毛澤東曾利用住在茨坪的機會，與王佐多次交談，有時甚至徹夜不眠。推心置腹的談心，使王佐明白了許多道理。王佐常對人說，毛委員這個人是最有學問的，跟他談上一夜話，真是勝讀十年書啊！於是，毛澤東成了王佐心目中最崇敬的人。
王佐曾將150人的隊伍集中在上井，請毛澤東派人進行訓練。毛澤東指派工農革命軍團部的艾成斌、劉富堂分別擔任王佐部隊的軍事、政治教官，還將在茅坪步雲山幫助袁文才練兵的金蒙秀調來，協助王佐統管部隊。於是乎，昔日的散兵游勇，開始了早、午、晚三次操練的訓練，以及講形勢、講軍事的教育。
王佐的部隊頭一回接受了這種正規的訓練。
改造一支部隊，僅靠一次集中訓練是不夠的。前委決定給王佐的部隊派黨代表，毛澤東選中了剛完成與朱德、陳毅部聯絡任務回到井岡山的何長工。
毛澤東叫來了何長工：「決定派你上山，去做王佐的工作，怎麼樣？」
何長工忙問：「去多少人？」
毛澤東笑了笑：「又不是去打仗，要許多人去幹什麼。你呀，先去做『長工』。人還是要派去的，只是現在不是時候，你的工作，就是要他們請我們的人上山。」
聽到這裡，何長工忐忑不安，心中打起鼓來：雖然王佐部跟袁文才部一樣，打的是農民自衛軍的旗號，都有劫富濟貧、反抗舊勢力的進步性，但是階級觀念模糊，流寇思想、遊民習氣很重，而且王佐不是黨員，是蠻牛。山上的雲隆大哥，更是只講江湖義氣，不講政策，亂打亂殺。我單槍匹馬一個人，能完成這項艱巨任務嗎？
「不要怕，」毛澤東看出何長工的顧慮，便鼓勵說，「去了以後，困難是有的，要邊工作，邊學習，『不入虎穴，焉得虎子』！」
停了一會，毛澤東又說：「你去做工作，他願意革命了，自己提出要派人去，我們就派人去，那時候要派多少人，我們就派多少人。只要他迫切要求派人，要一個我們可以派十個！」
何長工開始明白毛澤東為什麼只派他一個人去的道理了，他感到了肩上擔子的沉重。
毛澤東又具體地談了一些如何改造王佐部隊的意見，他特彆強調：「工作做好了，把王佐他們爭取過來改造好了，不僅使『北門的拳頭越打越多』，鞏固了我們的後方，同時還可以為今後改造舊軍隊摸索一些經驗。」
最後，毛澤東要求何長工，改造王佐部「既不能緩，又不能急」。
何長工走馬上任，王佐卻給了他一個不溫不火的下馬威。
毛澤東派來的黨代表，王佐自然不敢怠慢。表面上，王佐對何長工客客氣氣，設宴款待，奉為上賓。就在何長工到任的第二天，王佐專門集合他那200餘人的隊伍，當眾向大家宣布：「弟兄們，毛委員給我們派來了黨代表，今後大家要尊重黨代表，同心同德，團結一致，共同奮鬥！」
何長工見王佐如是說，也想趁機講幾句。可未等他開口，只聽王佐一聲口令：「散」，就解散了部隊，弄得何長工有口難言。
而且，王佐安排何長工的住房，離司令部有一里路之遠；他還派了一個高個子「勤務兵」來「照顧」何長工。王佐對何長工說：「你初來山上，人生地不熟，千萬不要隨意行動，以免發生意外。」
話說的客客氣氣，實則是警告：不許私下活動，不許與士兵接近。
顯然，王佐對何長工存有戒心。
何長工只好採取「迂迴」戰術來消除王佐的疑慮，他先從王佐家人的工作做起，有意同王佐的母親、哥哥、妻子等接近，向他們宣傳革命道理；接著，又做王佐身邊人員的工作，特別是主動與王佐的兩個心腹聊天談心，增進相互了解。通過一段時間的工作，王佐發現何長工並沒有拆他台的意思，且他身邊的親人、朋友都說何長工的好話，他逐漸對何長工有了信任感。
一天，他向何長工透露了想除掉宿敵尹道一的想法。
尹道一是拿山反動民團總指揮，有名的惡霸，一直是王佐及當地農民的死對頭。王佐部幾次與他交鋒，都未能佔上風，還差點被他「吃掉」，而且連王佐的侄女也被尹道一殺害了。因此，尹道一一直是王佐心中的一塊石頭，王佐早就想搬掉他。毛澤東率工農革命軍進駐茨坪的當晚，王佐曾請毛澤東率部隊和他的部隊一道襲擊了尹道一的民團團部，雖然取得了勝利，但卻讓尹道一跑了。現在，王佐仍在考慮如何才能消滅尹道一。
正巧，王佐的部下抓到了尹道一民團的幾個團丁。像往常一樣，王佐立即下令把他們殺掉。
何長工聞訊，三步並作兩步，馬上趕到王佐的司令部。
一進門，何長工就問：「為什麼要殺這幾個人？他們是不是尹道一？是不是土豪？」
王佐兩眼圓睜著說：「他們雖然不是土豪，可他們是尹道一那邊的人，是土豪的狗腿子。只要是尹道一的人，就是我的冤家對頭，就要殺！」
何長工對王佐說：「對這些人要作分析，他們大部分是窮苦出身，不能和尹道一同樣對待。」
接著，何長工耐心地向王佐講了山上山下多年對立，不利於發展；只有搞好山上山下的群眾關係，才能求得更大發展的道理。
王佐逐漸地平靜下來，開始接受何長工的觀點。
何長工給了王佐一個台階：「這樣吧，先不忙殺這幾個人，叫人去審查一下，查清了再殺不遲。」
王佐沒有堅持自己的意見。何長工又趁熱打鐵，請王佐的母親勸說王佐不要隨便殺人。
結果，王佐沒有將那幾個團丁殺掉。不過，對尹道一這個惡霸，王佐仍然是耿耿於懷，非除掉不可！
他請教何長工：像尹道一這樣的人該不該殺？
何長工當然明白王佐的意思。
其實，尹道一本來就是工農革命軍要打擊的對象。王佐提出要除掉尹道一，何長工自然非常支持。他立即就向毛澤東報告，請求派部隊協助王佐消滅尹道一。
毛澤東欣然同意，派來了一個排的兵。
何長工和王佐商議，制定了一個誘敵聚殲的計畫。
翌日，他們依計而行。王佐率領一路人馬直撲尹道一的「老巢」石門，佯攻誘敵。尹道一不知是計，假往日威風驅使部下追殺過來。王佐邊打邊退，一直把尹道一引入了旗鑼坳，何長工率領的主力正在這裡設伏。當尹道一的隊伍進入了伏擊圈之後，何長工等指揮部隊用密集的火力封鎖了尹道一的退路，一陣激戰後，尹道一當場被活捉、刺死。有戰士將尹道一的頭割下，用手巾包了回來。
王佐聽說把尹道一殺了，連聲問道：「真的把這個賊牯子除了？」
「你看，這是什麼！」革命軍戰士打開了包頭的布包。
王佐端過燈來一看，憤憤地說：「著！著！就是這個賊牯子！就是這個賊牯子！你害了多少老百姓，作盡了惡，想不到你也有今天啊！」
說罷，王佐一把抱住何長工，興奮地叫道：「擺酒設宴，慶祝勝利！」
搬掉了一塊頑石，解了心頭之恨，王佐欣喜萬分。他對著何長工伸出大拇指，連連說：「毛委員派來的人，有辦法！」
從此，他不僅佩服毛澤東，而且也信任毛澤東派來的黨代表。他說：「從此以後，我王佐跟定了共產黨，你們說怎麼辦就怎麼辦，刀山火海也不含糊！」
何長工由此打開了工作局面。
不久，康健、蕭萬俠、宋任窮等人又被前委派到王佐部工作。
王佐部發生了很大的變化，連王佐都提出了加入共產黨的要求。1928年春夏之交，何長工介紹王佐加入了共產黨。
對袁文才、王佐部隊的成功改造，使這兩支「綠林」色彩很濃的武裝，成為了黨領導的革命隊伍。毛澤東和前委認為，有必要將這兩支經過改造的隊伍改編成為工農革命軍。
1928年2月上旬的一天，在寧岡大隴的朱家祠，舉行了袁文才、王佐兩支農民自衛軍的升編大會。兩支隊伍合編為中國工農革命軍第一軍第一師第二團，下轄兩個營。前委任命袁文才為團長兼一營營長；王佐為副團長兼二營營長；何長工為團黨代表；賀敏學為團黨委書記。
袁、王部隊完全走向了新生！