1935年1月7日，林彪指揮紅1軍團第2師攻佔遵義城。兩天後，周恩來隨軍委縱隊進駐遵義城。
在此之前，中共中央政治局於新年元旦在猴場召開會議。會上，周恩來再次反對博古、李德不過烏江，要回頭到湘西與紅2、6軍團會合的主張。通過了《中央政治局關於渡江後新的行動方針和決定》。
決定指出，由於我野戰軍即將渡過烏江，跨進我們12月18日政治局會議所預定的新蘇區根據地的一部的遵義地帶，開始徹底粉碎敵人五次「圍剿」的最後階段，因此政治局決定，立刻準備在川黔邊廣大地區轉入反攻，目的是和蔣介石主力部隊作戰，首先消滅他的一部來徹底粉碎五次「圍剿」，建立川黔邊新蘇區根據地。首先向以遵義為中心的黔北地區然後向川南發展，是目前最中心的任務。心須在「創造川黔邊新蘇區根據地」、「徹底粉碎敵人五次『圍剿』」、「消滅蔣介石的主力部隊」的基本口號之下，在全體紅色指戰員中間進行廣大的、深入的宣傳鼓動，最大限度地提高他們的戰鬥情緒，堅強他們作戰的意志與勝利的信心，並且指出新蘇區根據地只有在艱苦的、殘酷的、勝利的戰鬥中才能創立起來，反對一切逃跑的傾向與偷安休息的情緒。爭取時間使部隊得到短期的休息，並進行整頓補充的工作，特別加強在連隊中的政治工作。在充實戰鬥連的原則之下，應縮編我們的部隊，軍委縱隊應繼續縮小，以適合於新的作戰環境。在目前轉入反攻已具有取得勝利的有利條件，軍委必須特別注意敵情的分析研究，道路、敵情的偵察，抓住反攻的有利時機，並不失時機地求得在運動戰中各個擊破敵人，來有把握地取得勝利。
早在紅軍突破烏江天險以後，就部隊下一步的行動，周恩來和朱德、王稼祥於1月5日聯名發布中革軍委《並於我野戰軍迅速休整，準備進入反攻戰的指示》。
指示首先分析了蔣軍的「圍剿」部署，指出：「薜岳兵團約七日可到達貴陽、貴定、平越之線，並將構築碉堡五天；劉建緒兵團以三個師經鎮遠向施秉、新舊黃平前進，亦約七號可到，十五師則預定向銅仁集中；桂敵兩個師分向八寨、都江前進，粵敵三個師擬十五日開柳州參加追剿；川敵有以兩個旅由川南、正安進佔湄潭、鳳岡消息；而黔敵主力約七個團則被迫進至紫江、羊塘、牛場（甕安以南）地域防堵我軍，並企圖北渡扼守遵義。據此，薜敵暫時推遲追剿，到十二號以後與蔣敵從各方面部署新的圍攻似有關聯。而黔敵在烏江北岸失利時，將有可能分向思南、赤水退竄。」
就迅速休整和準備反攻的任務，指出：「我野戰軍為渡過烏江執行黨中央政治局十二月十八日及一月一日兩次決定中所規定的基本任務，特決定六、七兩日我野戰軍到達下列的第一步的集中地區，迅速進行休息、整理、補充並開始準備進入反攻的戰鬥和爭取首先在黔北的發展。一、一軍團到遵義老蒲場、蝦子場地域。二、九軍團到湄潭場、牛塘（場）地域。三、三軍團到場尚稽場、茶山關、鎮關地域。四、五軍團到豬場、羊岩河地域。五、軍委縱隊到團溪地域。」
當天，周恩來在三界河渡過烏江。
按照軍委的部署，紅軍分三路對黔軍進行追擊：右縱隊以紅1軍團缺2師及紅9軍團組成，在取得湄潭後，1軍團主力向蝦子場集中，必要時協同2師攻取遵義，消滅黔敵，9軍團即留在湄潭、牛場集中；中央縱隊經紅2師、軍委縱隊和5軍團組成。以紅2師及幹部團主力擔任攻佔遵義，消滅黔敵的任務。軍委縱隊6、7號進至團溪。5軍團於6號集中豬場，並以一小部分兵力扼守袁家渡、江界河、孫家渡三渡河點；左縱隊，由紅3軍團組成，在過烏江後，派出一個師進佔鎮南關，控制烏江北岸，主力則集結在尚稽場地域，並以一小部分兵力扼守尚稽場以南各渡河點。
進駐遵義城後，中革軍委和紅軍總部設在老城枇杷橋原黔軍第一師師長柏輝章公館。周恩來和朱德、劉伯承都住在這裡。其他領導人，毛澤東和洛甫、王稼祥住在新城穆家廟巷一個黔軍旅長公館，博古住在與柏公館相隔幾條街的一條僻靜的巷子，那是一個大財主的四合院。
這天，周恩來正和朱德、劉伯承在軍委作戰室研究作戰方案，博古找上門來了。
周恩來說：「博古同志，你來得正好！關於部隊部署的問題，我們正要向你彙報哩。」
「我這不是登門拜訪，討教來了嗎！」博古做出很謙遜的樣子。
「第一把手何出此言？」朱德困惑地望著博古。
博古一觸到朱德那種目光，不由納悶，說：「怎麼，我這樣不可以嗎？」
周恩來笑了笑，說：「老總，博古同志屈尊大駕光臨，這說明不是怪罪我們來的！」
博古說：「嚇我一跳。我本來是洗耳恭聽來的嘛！」
朱德說：「嚇一跳的該是我們啊！」
博古說：「這麼說，總司令不歡迎我來？」
朱德說：「豈敢不歡迎，我們是受寵若驚，誠惶誠恐啊！」
博古明白了朱德的意思，臉上有點窘。自從他代表中央領導軍委工作以來，把軍事指揮大權交給李德，凡大事小事都通過李德發號施令，是不會親自到軍委總部來的。今天突然光臨，就像周恩來說的算是「屈尊」了，難怪身為軍委主席和紅軍總司令的朱德感到驚奇。
周恩來拿著一根小木棒，對著牆上的大幅地圖比劃著，向博古講解敵情動態。
中央紅軍在黔東鎮遠、施秉、黃平、餘慶、甕安一帶擊潰王家烈部後，南面的桂軍也向馬場坪前進。從最近蔣軍薜岳部入黔後，桂軍與粵軍的動向看，李宗仁極有可能與陳濟棠聯合，乘我西進之機，搶先入黔以控制整個貴州局面。因為桂系的財源有一半來自貴州運鴉片的稅收，貴州的鴉片是要經過廣西外運的。蔣介石當然不會比李宗仁、陳濟棠傻，早在桂軍進抵貴州都勻，粵軍經水路到柳州時，蔣介石就命令薜岳搶佔貴陽，並任命薜為貴州『綏靖』主任。
現在看來，對中央紅軍構成威脅的只有薜岳部。紅1軍團調往北面，在桐梓、松坎一線警戒北面川軍；紅3軍團放在南面懶板登至烏江一線，警戒周薜縱隊與黔軍，提防他們渡江襲擊遵義；紅5軍團放在遵義東南的珠藏、團溪一線，扼守烏江的袁家渡、孫家渡、江界河各渡河點；9軍團警戒東面之敵，駐防湄潭一線。西面敵人尚未插足，暫不考慮駐軍。
博古又點了點頭，說：「恩來同志，這些事由你定。我還有些事，要跟你商量一下。」
「原來我們是表錯情了！」朱德不悅地說，「你要早說要跟恩來商討軍機大事，我和伯承早迴避給你們騰地方了。」
博古笑了笑，說：「不用騰地方，你們也坐下來給參謀參謀，不是很好嗎！」
「你們最高首長議事，我們插什麼嘴？級別差一截哩！」朱德自嘲地說著，就和劉伯承走出去了。
博古要跟周恩來商量的是，在遵義召開政治局會議的問題。起初，只有毛澤東、洛甫、王稼祥主張要開會，經他們三人鼓動呼籲，響應的人越來越多，要求開會的呼聲也越來越高。瞧這聲勢，這個會是不得不開了。
作為中共中央總負責人，儘管因軍事上的失利遭受的非議頗多，但這還不至於動搖到他的絕對權威，這一點他還是很自信的。因為他的這個權威不是篡奪來的，而是共產國際和王明欽定的，他的一行一動都有共產國際和王明給指明方向，是非曲直由莫斯科裁決，這裡的閑言碎語何足懼？
使他煩惱的是，現在與共產國際的聯繫中斷了！更使他擔憂的是，周恩來的觀點已逐漸向毛澤東他們傾斜！這是他怎麼也料不到，也是想不通的事情。對此他只能無可奈何，周恩來畢竟不是等閑之輩，這個人他是不能得罪的，尤其在與莫斯科失去聯繫的情況下。
本來，要開會總結第五次反「圍剿」戰爭，博古也覺得未尚不可。如果這個建議是別人提出來，也許他不僅不反對，還會以積極的態度來對待。偏偏這個建議是毛澤東首先提出來的！他說什麼心裡也不舒服。他執行的是共產國際的進攻路線，而毛澤東的游擊主義與共產國際的進攻路線是格格不入的。
僅憑這一點，他就不可能理睬毛澤東的建議。可與莫斯科失去聯繫以後，麻煩事一波未平，一波又起。先是在通道會議上，由於周恩來的支持，部隊按毛澤東的主張改變了行軍路線。原以為一向策略靈活的周恩來，是因敵情所迫而不得不暫時採取此下策，他也就妥協讓了一步。豈料，到了黎平會議，乾脆連共產國際派來的軍事顧問都不放在眼裡，對經共產國際批准的原定計畫全盤否定，讓毛澤東的主張佔了上風。實際上，這是為毛澤東東山再起大開方便之門啊！
這時，與周恩來單獨坐在一起，博古內心的懊惱仍沒有消散。只是，身為黨中央總負責人，在任何人面前都不應讓心底下的情緒流露出來，就盡量做出鎮定自若的樣子。他說：「恩來同志，如果這時候召開政治局會議