毛澤東本來是中央革命根據地的創始人，是中央蘇區黨政軍主要領導人，但長征以前卻接連遭到當時「左」傾領導人的「殘酷鬥爭、無情打擊」：贛南會議上受到錯誤批判，會後被剝奪了在中央蘇區的黨的領導權；寧都會議又受到錯誤批判，並被剝奪了對中央紅軍的軍事領導權。中共臨時中央遷入中央蘇區後，全面推行王明「左」傾教條主義錯誤，以批「羅明路線」和江西「羅明路線」頭子「鄧、毛、謝、古」為名，把一大批擁護毛澤東正確主張的幹部打下去，使各方面的工作受到極大損害。正如博古在中共七大時所說：「蘇區反對羅明路線，實際是反對毛主席在蘇區的正確路線和作風。……這時的情形可以說：『教條有功，欽差彈冠相慶；正確有罪，右傾遍於國中』。」
1933年9月，共產國際派來的李德到達中央蘇區，擔任軍事顧問，情況更加惡化。博古把他捧為「太上皇」，把中央紅軍第五次反「圍剿」的指揮權交給他，推行「左」傾「進攻路線」，在形勢不利時又實行消極防禦，完全拋棄前四次反「圍剿」取得勝利的「積極防禦」戰略方針和基本作戰原則。他們先是主張「禦敵於國門之外」，要求紅軍全線出擊；當紅軍受控而陷於被動時，又實行防禦中的保守主義，「六路分兵」，「全線抵禦」，命令紅軍「分兵把口」、「短促突擊」，同國民黨軍拼消耗，使紅軍處處被動挨打，使中央蘇區越來越小；最後，第五次反「圍剿」失敗，中央紅軍不得不作戰略大轉移。
中央紅軍的戰略大轉移，雖然經過共產國際的批准，但只有極少人在秘密運作，沒有在中共中央政治局和中革軍委討論，使一般中央政治局委員和高級指揮官都並不清楚。作為中央政治局委員和中華蘇維埃共和國主席的毛澤東也是如此。當時正靠邊站、挨批判的毛澤東堅持了三條：一是少數服從多數；二是不消極；三是爭取在黨許可的條件下做些工作。他向中央提出到贛南省視察，很快得到批准。博古、李德曾打算不讓毛澤東同中央紅軍一起轉移。擔任李德俄文翻譯的伍修權在回憶錄中這樣說：
「最初他們還打算連毛澤東同志也不帶走，當時已將他排斥出中央領導核心，被弄到於都去搞調查研究。後來，因為他是中華蘇維埃主席，在軍隊中享有很高威望，才被允許一起長征。如果他當時也被留下，結果就難以預料了。」
他們最後仍讓毛澤東同紅軍一道長征，還有一個因素，可能同兩個月前共產國際給中共的電示有關。那時，博古派中華蘇維埃中央政府土地部部長高自立到莫斯科參加共產國際第七次代表大會，並要他給王明帶口信說：毛澤東「大事有錯，小事沒有錯」；「毛、周（指周恩來——引者注）想到蘇聯養病」。王明說：「這大的人物來，誰保險？」「毛澤東能抓得大事」。對於博古的口信，共產國際有正式電報作出回答。吳亮平回憶道：
「後來一次中央會議討論蘇區財經問題，我參加了，毛澤東同志也沒有參加。在會議討論完畢時，博古同志讀了一份共產國際的來電，說在現在的情形之下，蘇區離不開毛澤東，所以不同意毛澤東同志去蘇聯養病。」
這些都是博古、李德不能不同意毛澤東和中央紅軍一道長征的原因。
毛澤東剛到贛南省省會於都，就接到周恩來的長途電話，要他著重了解於都方向的敵情和地形。這實際上就是在考慮中央紅軍長征從哪裡突圍的問題。毛澤東立刻召開多次會議進行調查，還分別找那些從敵占區或剛被敵軍佔領地區過來的商人和其他人員詳細了解國民黨方面的動向。9月20日，毛澤東急電報告周恩來：「信豐河［下］游從上下灣灘起，經三江口、雞籠潭、下湖圩，大田至信豐河沿河東岸十里以內一線，時有敵小隊過河來擾，但最近一星期內不見來了。」電報最後說：「於都、登賢全境無赤色戒嚴，敵探容易出入。現正抓緊西、南兩方各區建立日夜哨及肅反。此復。」
這個電報為中央下決心長征開始時從於都方向突圍，起了探路的作用。
10月初，毛澤東接到中央「有特別任務」的秘密通知，要他立刻回瑞金。毛澤東騎馬趕回瑞金，先到中革軍委向周恩來等報告了於都的敵情、地形、河水乾枯等情況。然後，在雲石山古廟裡，召開一個中央政府各部負責人會議（又稱青山會議）。出席這次會議的吳黎平回憶說：「毛澤東同志給大家宣布和說明了這一撤離蘇區的決定，強調了兩點：第一，革命是有前途的，要大家加強革命信心；第二，要把各部的善後工作做好，要使留下的同志能夠更好地繼續革命鬥爭，更好地聯繫群眾。」
當時，教育人民委員部部長瞿秋白希望隨主力紅軍一起轉移，但博古等不讓他走。瞿秋白請求毛澤東給中央說說。毛澤東說，我已經同他們講過，但「不頂事」。
毛澤東回到家裡，撫摸著天真活潑的小孩毛毛，心裡很難受。過了一會，毛澤東告訴賀子珍：「中央規定，紅軍這次轉移，女同志一律不得跟著隊伍走，孩子更不能帶。」望著賀子珍，他又說：「我怎麼捨得把你們留下呢？」
毛澤東從政治局常委張聞天那裡得知政治局委員要分散到各軍團去隨軍行動的消息後，立刻到中革軍委提了兩條意見，第一，在轉移時將他和張聞天、王稼祥安排在一起，不要分散到各軍團；第二，應帶一部分女同志走。他得知中革軍委已派部隊到於都河搭浮橋，準備大部隊從那裡過河，又策馬趕到於都。
毛澤東剛到於都，就接到中革軍委的電話，說中央決定帶走三十名女同志，其中包括賀子珍，把她們編在衛生部休養連，但不能帶孩子。毛澤東立即派警衛員回瑞金通知賀子珍：小毛只能託付給留在中央蘇區堅持游擊戰的毛澤覃、賀怡照顧了。在戰爭環境中，這個孩子被寄養在當地老鄉家，後來再也沒有找到。
10月10日晚，中共中央率領中央紅軍主力和中央機關人員共八萬六千餘人，從瑞金等地出發，被迫實行長征。
毛澤東在於都作好安排後，於15日在縣城謝家祠參加由中共贛南省委召集的省、縣、區三級主要幹部會議，他在會上說：敵人這次進攻蘇區，採用的是堡壘政策，一直打到我們中央蘇區門口，企圖斷水捉魚，全部消滅紅軍。我們紅軍主力部隊要衝破敵人的封鎖線，到敵人後方去，打擊和消滅敵人。並且對將要留在中央蘇區的地方幹部說：你們這些在地方工作的幹部，仍然留在蘇區，團結人民，開展游擊戰爭。你們不要怕，不要認為紅軍主力部隊走了，革命就失敗了。不能只看到暫時的困難，要看到革命是有希望的，紅軍一定會回來的！
10月18日傍晚，毛澤東帶著警衛員離開於都城，踏上征程。劉英過了於都河後看到毛澤東，就問：「你九月份到於都是有『特別任務』的吧？」她後來回憶道：「毛主席這才告訴我，他來於都主要的任務是察看地形，選擇突圍的路線。現在我們利用枯水期，在選定的地點架了五座浮橋，安然地過了於都河，走的就是毛主席選定的路線。」
由於中央紅軍戰略大轉移是嚴格保密的，國民黨軍隊雖然布置了幾道封鎖線，卻不知道紅軍往哪個方向突圍。在中央蘇區西南方向第一、第二道封鎖線上雖都部署了兵力，但都不強，原因在於這個方向的主要防區屬於粵軍，而陳濟棠的粵軍同蔣介石的中央軍是有矛盾的。毛澤東在夏季去南線粵贛省省會會昌視察並指導工作，正是利用這種矛盾，在調查研究的基礎上，同粵贛省委和省軍區負責人商議後，調整了某些「左」的政策，在軍事上擺正了「打」與「和」的關係，把大部隊的前沿調回後方，分小部隊向粵軍宣傳反蔣抗日，使得中央蘇區南大門相對來說比較平靜，出現了「風景這邊獨好」的局面。隨後，陳濟棠派人到中央蘇區聯繫談判事宜。中革軍委經過研究，提出談判方案，也派出粵贛軍區負責人何長工和中央宣傳部的潘漢年到粵軍轄區談判。10月初，雙方代表經過三天談判，達成了「就地停戰」、「必要時可以互相借路」等五項協議。這就為中央紅軍突破國民黨軍的第一、第二道封鎖線，創造了有利條件。
10月21日夜間，紅1軍團在贛縣王母渡、信豐縣新田之間突圍。到25日，中央紅軍經過戰鬥，全部通過國民黨軍設置的第一道封鎖線。毛澤東深有感慨地說：從現在起，我們就要走出中央蘇區啦！
長征開始後，毛澤東同王稼祥、張聞天一起行軍，開始議論第五次反「圍剿」為什麼不能取勝的問題。到信豐縣古陂楊坊宿營，賀子珍從休養連前來看望他，講起瑞金縣男女老少相送時緊緊拉著紅軍的手，不停地說：「你們千萬要回來啊！」毛澤東聽了說：我們欠根據地人民的實在太多了。
11月上旬，中央紅軍順利地在湘南通過第二道封鎖線。這時，毛澤東的警衛員吳吉清因患瘧疾發高燒。毛澤東把自己的擔架讓給他，安慰他說：「同志們抬你走是要累一些，但這不要緊，因為我們都是同志。」
11月中旬，他們在湘南越過第三道封鎖線，進入瀟水、湘水地區。