1935年9月下旬，就在毛澤東率領中央紅軍向陝北全力前進時，陝北革命根據地內卻發生了一件令人十分痛心的大事。劉志丹、習仲勛、張秀山等一大批陝北革命根據地的黨、政、軍負責人被打成「右派」、「反革命」，關進了監獄，有的甚至已經被殺害了；瓦窯堡城門附近已經挖好了一個大坑，不久這裡極有可能成為那些在押者的墳場。
事情得從紅二十五軍到達陝北說起。1935年9月18日，從鄂豫皖蘇區出發的紅二十五軍到達陝北永平鎮，與陝北的紅二十六軍、二十七軍會師，合編為十五軍團，徐海東任軍團長，劉志丹任副軍團長。紅十五軍團由陝甘晉省委和西北革命軍事委員會直接領導。徐海東、劉志丹親密合作，率領紅十五軍團在甘泉縣勞山地區、鄜縣（今富縣）榆林橋地區，打了兩個大勝仗，消滅了敵人一個師和兩個營，擊斃了敵師長何立中，給敵人的第三次「圍剿」當頭一棒。
在此次反「圍剿」中，紅二十五軍俘虜了一個名叫張漢民的國民黨軍官。張漢民交代，他是在國民黨軍隊里卧底的中共地下黨員，劉志丹可以為他證明。審訊人員不知是疏忽草率還是出於故意，在沒有經過核實的情況下，就把張漢民就地槍斃了。深受王明「左」傾錯誤影響的西北軍事委員會主席聶洪鈞、政治保衛局局長戴季英等人利用這件事荒唐地推論出：劉志丹等人與國民黨有聯繫，陝北紅二十六軍已被國民黨勢力滲透，必須清洗。一場大規模的肅反就此展開。
一天，陝北革命根據地的創建人劉志丹騎馬趕往紅十五軍團總部開會，半路上恰巧碰上了由西北軍委派往紅十五軍團送信的通訊員。通訊員認識劉志丹，知道他是紅十五軍團的首長，於是下馬向劉志丹敬了個禮，把一封急信遞交給他。劉志丹打開信一看，竟然是西北軍委政治保衛局給十五軍團下達的一道逮捕令，上面列有要逮捕的幹部名單，劉志丹名字赫然在上。劉志丹看完後，若無其事地把信摺疊好，交還給通訊員，對他講：你把這封信送到軍團部，就說我自己到瓦窯堡去了。說完，劉志丹調轉馬頭，直奔瓦窯堡，主動跑到了西北軍委政治保衛部。他把左輪手槍交了出來，對保衛局的人說：我知道你們找我，我就來了。
保衛局局長戴季英下令把劉志丹關進了牢房。在此前後，100多名陝甘邊區縣以上的領導幹部和軍隊營以上的領導幹部被投入了監獄。劉志丹的妻子和5歲的女兒也被送進了勞改隊。保衛局的人害怕群眾知道劉志丹被抓，他們將劉志丹騎的馬都關了起來，免得人們看到它單獨栓在馬廄里而生意外。押解劉志丹等人過街時，還特意在他們頭上套上了布罩。
楊尚昆後來回憶說：「從這一點可以看出劉志丹的黨性十分強。如果他看了那封信，不到瓦窯堡，而到駐在附近的第八十一師，這個師是由他過去領導的陝北紅軍改編的，這樣，保衛部就抓不到他了。如果十五軍團兩部分紅軍內部發生嚴重衝突，陝甘蘇區就完了。」
通訊員騎馬趕到了紅十五軍團軍團部，軍團長徐海東正等著劉志丹來研究下一步作戰方案。看過逮捕令，知道劉志丹已去了政治保衛局，徐海東頓時肺都要氣炸了，他厭惡戴季英領導的保衛局，大敵當前，保衛局卻要自毀長城。戴季英肅反手段之殘酷，徐海東早就領教過。他清楚這次劉志丹落在戴季英手中，凶多吉少，在劫難逃。
原來，早在鄂豫皖蘇區時，徐海東和戴季英同在紅二十五軍七十四師任職，徐海東任師長，戴季英任師政委。一次，戴季英親自下手，把二二〇團的政委、參謀長等49名黨團幹部捆起來。徐海東很驚訝地問：「政委這是幹什麼，他們犯了什麼錯誤？」戴季英說：「肅反，幹什麼？！」徐海東聽說戴季英要審案子，就堅持要和他一塊兒去。在審訊中，徐海東親眼看見，戴季英將七十九團特務連指導員吊起來拷打，逼供不成，又綁在板凳上用刑，逼問口供。最後，戴季英命令警衛員把這位指導員拉出去殺了。徐海東趕緊說：「政委，一點兒口供沒有，為什麼殺人家？」戴季英不耐煩地講：「你不懂肅反的事，沒有口供這更加證明他是反革命堅決分子，不願說出他們的組織來。」徐海東堅決反對，戴季英就警告徐海東：「我是省委常委，又是政治委員，肅反是我的事情，你少管，不要過問。」就這樣，49名幹部全被戴季英殺掉了。事後，徐海東這個堂堂七尺男兒，兩個眼睛都哭腫了，起床後又怕別人看見，趕緊用熱水敷。在紅二十五軍去陝北的路上，戴季英又多次提出肅反，徐海東火冒三丈，當著他的面拍了好幾次桌子，堅決予以反對。
陝北的指戰員們和革命群眾無論如何都不相信，這些甘願灑熱血、拋頭顱的陝北根據地創建者會是國民黨的「姦細」。一直以來，劉志丹在陝北群眾中享有很高的威信，當地流傳著一首民歌：「正月里，是新年，陝北出了個劉志丹。劉志丹，是清官，他帶上隊伍上橫山，一心要共產。」當時紅二十六軍、紅二十七軍不少指戰員認為，從外面來的紅二十五軍存心要整他們。八十一師師長賀晉年後來對楊尚昆說，如果中央不來，我們就要同二十五軍他們打起來了。劉志丹被捕的事傳出後，根據地內上千戶的群眾不明真相，紛紛逃往白區。地主、富農、反革命分子乘機搗亂，根據地一天天地縮小。
就在陝北根據地面臨空前危機之時，1935年10月19日，中央紅軍到達陝北吳起鎮。10月21日，在吳起鎮戰役勝利結束之後，毛澤東會見了當地的幹部和群眾，了解到了陝北根據地的嚴重形勢。毛澤東被「肅反」一事震怒了，立即下令「刀下留人」，「停止捕人」。他對反映情況的幹部群眾說：「我們剛剛到陝北，僅了解到一些情況，但我看到人民群眾的政治覺悟很高，懂得許多革命道理，陝北紅軍的戰鬥力很強，蘇維埃政權能鞏固地堅持下來，我相信創造這塊根據地的同志們是黨的好乾部，請大家放心，中央會處理好這個問題的」
為了儘快挽救陝北危局，毛澤東馬上把國家政治保衛局的王首道、劉向三、賈拓夫等人找來，讓他們組成調查組，帶領一個連的士兵，攜帶一部電台，以最快的速度趕往瓦窯堡，代表黨中央去接管戴季英控制的西北保衛局。毛澤東語重心長地對王首道等人說：「殺頭不像割韭菜，韭菜割了還可以長起來，人頭落地就長不攏了。如果我們殺錯了人，殺了革命的同志，那就是犯罪的行為。大家要切記這一點，要慎重，要做好調查研究工作。」
調查組一行人趕到瓦窯堡，宣布了黨中央的決定，由國家政治保衛局局長王首道代行西北政治保衛局局長職務。戴季英對他們的到來感到很突然，但是他仍然認為自己做得很對，理直氣壯地搬出了許多卷宗，證明劉志丹等同志是貨真價實的「右派」、「反革命」。調查組接受這些案卷後，按照毛澤東的指示，抓緊調查研究。
調查中，調查組發現，那些支持著劉志丹等人是所謂反革命的「口供」，極少部分是壞人故意捏造出來的，其餘的都是戴季英等人通過刑訊逼供方式得到的假口供。大量事實證明劉志丹等人不是什麼「右派」、「反革命」，而是一貫對革命忠貞不移，屢建奇功，經受了鬥爭考驗的優秀共產黨員。戴季英等人羅織的「罪狀」，一條也不能成立。調查組質問戴季英：「如果劉志丹他們這批幹部是『反革命』，那麼這塊革命根據地是怎麼建立和發展起來的？這裡的對敵鬥爭是怎樣堅持下來的？」
毛澤東聽了王首道等人的彙報後指出：這次肅反事件是完全錯誤的，逮捕劉志丹完全是莫須有的誣陷，是機會主義瘋狂病。戴季英不接受毛澤東對他的批評，為自己的行為狡辯，周恩來對此憤怒已極，指著他說：「像劉志丹這樣的『反革命』越多越好，像你這樣的『真革命』倒是一個沒有才好！」
11月30日，為嚴明黨紀，黨中央決定處分負責肅反的戴季英、聶洪鈞二人，撤銷戴季英的領導職務，並給他以黨內嚴重警告處分。
12月初，劉志丹等黨、政、軍領導幹部100多人從牢里釋放了出來，一個個又回到了各自的領導崗位。毛澤東、周恩來在瓦窯堡的窯洞里親切地接見了劉志丹等人。
在這之後，劉志丹被任命為西北革命軍事委員會副主任、北路軍總指揮和二十八軍軍長。
與此同時，徐海東也向毛澤東彙報了鄂豫皖肅反的情況，說現在紅二十五軍中至今還有300多個同志蒙受冤枉。毛主席當即指示：「這些同志都跟著長征，一路吃了許多苦，為什麼還當反革命？！」「要立刻給他們摘掉帽子。黨員恢複黨籍，團員恢複團籍。」他要徐海東代表他，去給這些人平反並進行安慰。
當徐海東向紅二十五軍300多個被冤枉的指戰員宣布恢複他們的黨團關係時，他們全都哭了，徐海東自己也流下了感動的淚水。廣大紅軍指戰員從這件事上又一次深深感受到：毛澤東是最實事求是的。如果不是毛澤東率領中央紅軍到來，受迫害的那些同志不知還要被冤枉多久！
一場烏雲至此被驅散了，紅軍在陝甘邊根