當黨中央、毛澤東率領紅一方面軍主力北上的時候，張國燾卻一意孤行，頑固堅持南下，他提出「大舉南下，打到成都吃大米」的口號，命左路軍和右路軍中的四方面軍掉頭南下，向川康地區退卻。
右路軍中的紅四軍、三十軍及紅軍大學部分學員從包座地區回頭再次穿越草地，左路軍各部，從阿壩地區南下，也重新穿過草地。廣大紅軍指戰員這次南下重過草地時，與第一次過草地時的情況大不相同，自然條件更加惡劣。川西北的草地上，已是深秋季節，黃草漫漫，寒氣凜冽，霜雪砭肌，到處瀰漫著深秋的肅殺氣氛。原紅五軍團參謀長陳伯鈞，在阿壩所作的一首詩中記敘了這種變化：
來時草正青，忽爾遍地金。
朔風時怒吼，霜銀更加身；
夜風照雪地，牧馬五更驚！
更使人難以忍受的是，上次過草地留下的行軍、宿營痕迹，還很清楚，不少用樹枝搭成的「人」字棚里堆著無法掩埋的紅軍的屍體，再加上指戰員們心裡都有一個問號：為什麼不跟黨中央北上呢？整個部隊陷入一片迷惘抑鬱的氣氛之中。衣單糧缺自然是一個更為嚴重的問題，上次可食用的草和野菜，已被摘採過了，現在尋覓起來更加困難。在這種惡劣的自然環境中，更多的紅軍戰士默默無言地倒下，他們寶貴的生命，變成了張國燾分裂活動的犧牲品。
9月下旬紅軍南下部隊先後會合於松岡地區。張國燾急於實現篡黨奪權的黃粱美夢，10月5日，在卓木碉（腳木足）的一座喇嘛寺里召開了高級幹部會議，出席會議的有張國燾、朱德、劉伯承、徐向前、陳昌浩、王樹聲、羅炳輝、余天雲、周純全等軍以上幹部，大約40多人。就在這個會上，張國燾公然宣布另立中央，打出了分裂主義的旗幟。
卓木碉寨子位於四川馬爾康縣以西40公里處。整個寨子在接近山頂的高崖上，散散落落住著不過幾十戶人家。這個村寨標誌性的建築就是一座六棱形的碉堡。它與常見的碉堡頗不相同，下粗上細，高約五六十米，頗像一個高高的煙囪。離碉堡不遠，就是一座相當大的喇嘛寺。開會那天喇嘛寺外插滿了紅旗，布滿了崗哨，有一種與平常不同的緊張氣氛。
會議由張國燾主持。他神情自定，不苟言笑。他講話一向慢條斯理的，這次講話語速更慢了，彷彿他自己充分意識到今天是發表歷史性的演說。他的話是從中央蘇區反「圍剿」開始的。他說，中央沒有粉碎敵人的第五次「圍剿」，實行戰略退卻，是「政治路線的錯誤」，而不單純是軍事路線問題。紅一、四方面軍的會合，終止了這種退卻，但中共中央固執己見，拒不承認自己的錯誤，反而無端指責紅四方面軍。南下是終止退卻的戰略反攻，是進攻路線，而中共中央領導人被敵人的飛機、大炮嚇破了膽，對革命前途喪失信心，中央北上的方針是「右傾逃跑主義路線」，最後發展到「私自率紅一、三軍團秘密出走」，這是「分裂紅軍的最大罪惡行為」，他攻擊中共中央領導人是一些「吹牛皮的大家」，「『左』傾空談主義者」。他說他們有籃球打、有館子進、有捷報看、有香煙抽、有人伺候才來革命，一旦革命困難，就要「悲觀」、「逃跑」等等。他宣布中共中央已經「威信掃地」、「失去領導全黨資格」，提倡仿效列寧和第二國際決裂的辦法，組成新的「臨時中央」。
另立中央的事情，來得那麼突然，人們不禁面面相覷，傻了眼。張國燾自感發言有點出格，但他自命不凡，本以為經過多日的苦思醞釀出的動人的演說應該會有人支持，沒想到現在竟然沒人響應，他多少覺得有些難堪。他掏出一盒煙來，磕出一支叼在嘴上，卻忘了點煙，把一根根火柴劃著了，又扔到地上。這樣連續划了四根火柴，他才猛然意識到自己的失態，把煙點著。
這次會上，張國燾非法成立「第二中央」組織，成立了所謂「中央委員會」、「中央政治局」、「中央書記處」、「中央革命委員會」和「團中央」等一整套機構；張國燾「黃袍加身」，自封為「中央主席」和「軍委主席」。為了掩人耳目，張國燾還將朱德、任弼時、陳毅、彭德懷等強行拉入這個「第二中央」，並以這個「中央」名義，宣布開除毛澤東、周恩來、張聞天、博古的中央委員職務和黨籍，並下令「通緝」。為了表示「臨時中央」的英明政策，對葉劍英、楊尚昆免職查辦。顯然，張國燾的反黨行為，到此時已發展到了頂峰。會議以張國燾個人的意志強行通過了「決議」。
隨後，張國燾竟打電報給陝北的黨中央，狂妄地宣稱：
（一）此間用中央、中共中央、中央政府、中革軍委、總司令部等名義對外發表文件，並和你們發生關係；
（二）你們應稱北方局、陝北政府和北路軍，不得再冒用黨中央名義；
（三）紅一、四方面軍名義應取消；
（四）你們應將北方局、北路軍和政權組織狀況報告前來，以便批准。
電報的內容讓人忍俊不禁，竟稱真正的黨中央為「北方局」。張國燾的「中央」，完全是自封的，並不合法。既未按黨規黨法，經民主選舉產生，也沒有向共產國際報告，得到批准。那時，中國共產黨是隸屬共產國際的支部之一，一切重大問題的決定，必須經共產國際認可，方能生效。
朱德、劉伯承等對張國燾另立「中央」的反黨分裂活動，表示了極大的憤懣，堅決反對。朱德嚴正聲明：他決不贊成搞「第二中央」，搞兩個中央，就是分裂，這樣是不行的。按照黨的規定，保留意見，以個人名義做革命工作。說話時他還打了一個激烈的手勢，用一隻手掌從上到下猛力一劈，斬釘截鐵地說：「你可以把我劈成兩半，但是你絕對割不斷我同毛澤東的關係！」這雷霆般的語言，震撼了在座的人們。人們驚呆了，此時的朱德已經不是他們平時見到的一天到晚像個老媽媽那樣慈祥的朱德，而是一個頂天立地的叱吒風雲的巨人。
朱德堅決反對另立中央，對張國燾起了有力的制約作用。朱德在黨和紅軍中有著崇高的威望，當時在左路軍中只有這位總司令，才能在紅四方面軍中與張國燾這位總政委平起平坐，據理力爭，使張國燾不敢為所欲為。所以，當張國燾的「第二中央」掛出招牌，受到朱德的阻攔，心中多少有幾分膽怯。他多次掂量著朱德在黨和紅軍中的分量，知道沒有朱德的支持，他所私自非法成立的「中央」和「軍委」都只是空中樓閣。張國燾雖然私自宣布成立了「第二中央」，卻一直沒有敢對外宣布。他等待著時機，決定在南下有了轟動的戰績後再揭「龍虎榜」。
會後，左路軍和右路軍中的紅四方面軍只能服從「第二中央」最高負責人張國燾的命令南下了。北上、南下兩個根本對立的方針，在嚴酷的鬥爭實踐中，終於產生了截然不同的後果。