紅軍於雲南皎平渡跨過金沙江後，進入到江北岸的四川會理。這座川滇交界古城，是古南方絲綢之路必經的要塞，川滇商旅雲集之地。其最早於西漢元鼎年間（前116—前110年）建有縣制。從明代開始大規模修建城市，清雍正時期，在城中心建造了鐘鼓樓，成為古城標誌性的建築，同時，整個城市的格局也構造完成。它有內外兩城，內城大，外城小，築有堅固厚實的城牆。
1935年5月，紅軍到達會理時，它已經相當的殘破，只有一條直街，兩條橫街，全城人口僅3000多人。1935年7月的《雲南日報》有篇文章中，這樣描述過會理：「百姓流離失所，啼飢號寒，風餐露宿，目擊傷心。」
當時，同樣處在風雨飄搖中的，不只是會理古城，還有忽然到來的紅軍。中央紅軍從江西瑞金、於都出發，穿過四道封鎖線，湘江一戰損失四五萬人後，打到了遵義，緊接著四渡赤水，遠征雲南，渡過金沙江來到這裡。除了在遵義休整12天，此後差不多4個月的時間內，紅軍幾乎沒有停留過。不僅白天行軍，有時候為了搶時間，還在晚上行軍，特別是進入雲南後，天氣漸漸炎熱起來，紅軍戰士都衣衫襤褸，疲憊不堪。
紅軍將士們不斷地詢問今後的去向。他們中大部分是江西人和湖南人，原來以為會從貴州打到四川渡過長江，誰知卻曲折迂迴地來到了川滇邊境。周圍的環境為平時所不熟悉，而且離開家鄉越來越遠。很多普通戰士不明白紅軍要幹什麼，要去哪裡；犧牲的戰友越來越多，他們不知道自己能否活著回去。中央紅軍無法與賀龍、肖克部會合，也不知道張國燾紅四方面軍具體的去向，只知道是在川陝一帶活動。下一步究竟要怎麼辦呢？不僅戰士中間議論很多，高級將領里也開始有人發牢騷。
毛澤東此時考慮的也是同樣的問題，怎樣才能把紅軍帶離困境，打開一條廣闊的生存與發展之路。而目前能做的，就是在敵人追兵趕到之前，讓紅軍在會理城好好休息幾天，就像上次在遵義時那樣。然後最為迫切的，就是商量好下一步的行動計畫。
5月9日，紅軍渡江後就出其不意地進攻會理城，但是沒有成功。會理內外的城牆是兩道天然屏障，易守難攻。紅軍曾突破過外城牆，川軍將領劉元瑭率領1000多人（蔣介石把劉文輝的川軍撥了一部分給劉元瑭守城），把紅軍擋在了內城牆外。
紅軍第二次攻城的時候，城防部隊撤走了兩道城牆之間的居民，放火燒了他們的房子。大火迫使紅軍退回到外城牆。國民黨軍又命令居民用大鍋熬粥，把滾燙的稀粥往攻城竹梯上澆，許多戰士被嚴重燙傷，掉下梯子犧牲了。
紅軍接著採取了以往從未用過的戰術，他們在東西城樓下挖地道，進行爆破，想通過地道進入城內，敵人則派工兵挖溝灌水，紅軍攻城未能如願。
攻打會理城的場景，很容易讓人想起中國古代的攻城戰。會理也是長征中，紅軍未能攻下的少數幾個縣城之一。為了減少傷亡，紅軍改變策略，採取「圍而不打」的戰術，緊緊把會理城圍住。當劉元瑭守城到第六天的時候，蔣介石把他升為了中將旅長，並用飛機投送了1萬元犒賞他率領的川軍。
此時紅軍駐紮在城外休息，並且於5月12日在城郊的鐵廠召開了一次會議。這次會議是由一場風波引起的，源起林彪。
林彪是個出色的軍事將領，這一點在前面好些地方都提到過。1935年，他只有27歲，具有冷靜聰慧的頭腦，為人很嚴肅，幾乎不開玩笑。儘管他在黔北赤水城的戰鬥中未能獲勝，但那對任何指揮官來說，在當時的條件下，攻佔赤水城都是不可能的事情。林彪善用疑兵，膽量過人，所以毛澤東喜歡派他去迷惑敵人，特別是在昆明的那次，他佯攻得十分巧妙。林彪個性孤傲，不易聽取人家的意見。雖然他總是圓滿執行了毛澤東派遣的任務，但是，卻漸漸對毛澤東在行軍途中的軍事指揮才能表示懷疑與不滿。
四渡赤水的時候，林彪把行軍的路線比喻成了一張弓，說紅軍總是在走弓背路，不走弓弦路，不走捷徑（有些戰士也抱怨總在不停地行軍），像毛澤東這樣的指揮不行。
聶榮臻聽到林彪的牢騷，表示了不同的意見，他當然是贊同毛澤東的做法。他勸解林彪說，這就好比我們落在敵人的口袋裡，如果不聲東擊西，高度靈活而機動，如何能出得口袋呢？
林彪還給彭德懷打電話說：「現在的領導不成了，你出來指揮吧。再這樣下去，就要失敗。我們服從你領導。你下命令，我們跟你走。」彭德懷回絕了林彪的建議。
林彪堅持己見，還寫了一封信給軍事三人團（毛澤東、周恩來、王稼祥），反映部隊中產生的對不停行軍的厭煩情緒：部隊在雲貴川繞來繞去，走了不少冤枉路，會拖垮紅軍的。他在信里建議更換前敵總指揮毛澤東，讓彭德懷出任。而此時，毛澤東和周、王等軍事委員會的人正和其他人員一起，考慮當前紅軍的策略和規劃，決定指揮軍隊北上，並與紅四方面軍會合。
林彪找到聶榮臻，希望聶榮臻在信上簽字，再把信遞上去。聶拒絕了林彪的請求。
林彪的信交給軍事三人團的時候，正是行軍最緊張的時候。到了會理，才有時間開會解決這個問題。楊尚昆臨時被通知參加會議，當時他有腿傷，是被擔架抬著去的。事前他並不知道開會的內容，看到會議印發的林彪信件內容後，才感覺到問題的嚴重性。
他和劉少奇曾經簽字的一份電報，和林彪的某些看法不謀而合。這封電報是土城戰役失利後拍發的。因為戰役打得很苦，許多指戰員不理解，滿腹牢騷，認為仗不應該那樣打。他們把調查到的情況拍電報給中央，沒想到，這封反映戰士想法的電報也受了批評。同時受批評的，還有黃克誠。黃克誠性格直爽，他直接寫信給中央，說土城戰役傷亡既大，又沒達到目的，不划算。
這些意見，在會上都受到了批評。年輕的林彪則成了會上主要的受批評對象。會議批評了林彪等人反對毛澤東的領導、反對紅軍機動作戰的嚴重錯誤，維護了黨和紅軍的內部團結和統一。毛澤東對林彪的做法非常生氣，他當時40出頭，經驗比林彪豐富許多，曾成功指揮過中央蘇區反「圍剿」。他直言不諱地諷刺林彪：「你是個娃娃，懂得個啥。」
受林彪牽連最大的就是彭德懷。聶榮臻、左權、羅瑞卿、朱瑞都證實彭德懷回絕了林彪讓他做軍事總指揮的建議（彭接到電話時，這些人都在場），但是彭還是被懷疑與林彪一起參與反對部隊的機動作戰，毛澤東在會上批評了彭德懷。
雖然與事實有出入，彭德懷還是在會上主動做了自我批評，對紅三軍團出現的所謂右傾現象，他承擔了主要責任。可是彭德懷堅決否認了與林彪的信件有任何瓜葛。對此事，建國後他在《自述》中寫道：「我採取了事久自然明的態度。」
我們不能糾纏歷史的老賬，當然，史實有待澄清。不管如何，會理會議統一了紅軍領導層內部的思想，緩和了遵義會議以來積累的不滿情緒。會議最後確定了下一步的行動方案：繼續北上，穿過彝族大涼山地區，渡過大渡河，與紅四方面軍會師。