遼瀋戰役結束後，蘇聯政府轉來南京國民黨政府要和談的訊息，試探要求蘇聯出面調停，停止內戰，中共中央沒有理睬。東野以迅雷不及掩耳之勢，從數量、質量都屬人民解放軍之最的東野百萬雄師浩浩蕩蕩進關，裝備精良，戰略高超，士氣激昂，戰力強大，戰術精湛，行動神速，它的威懾力足以使華北守敵以及國民黨中樞膽戰心驚。杜聿明從葫蘆島逃到北平，沮喪地對傅作義說：「東北共軍將近百萬，很快就會入關，它的戰略戰術、武器裝備及戰力遠遠超過關內共軍。從軍事上講，共產黨一年以內將統一中國。」杜聿明的預言還是準確的。林彪率部入關，高崗主持東北黨政軍全盤工作，成了名符其實的「東北王」，著力於發展與鞏固新東北。
東北軍區原決定部隊休整一段，總結東北解放戰爭的經驗教訓。毛澤東令東野一股作氣，乘勝前進。根據毛澤東命令，東野曉宿夜行，十分隱蔽，秘密向關內挺進。林彪等帶輕便指揮機關，從瀋陽出發，經義縣、朝陽一線向關內進發。
1948年11月19日，東北軍區和野戰軍召開軍政工作會議。此時，中央軍委命令東野迅速入關，遂將會議改為進關動員會。於23日戰塵未洗，馬不停蹄的80萬大軍，在林彪、羅榮桓等帶領下，離開黑土地和關東父老，浩浩蕩蕩入關作戰。
東野入關間，高崗主持召開東北局擴大會議，研究部署了鞏固東北，建設東北的任務。高崗指出，東北黨的工作重心轉移到以經濟建設為中心，迅速恢複戰爭創傷，大力發展經濟，支援全國解放戰爭。
林彪從東北離開一星期後，新華社和東北電台、報紙，仍發部隊在瀋陽、新民、錦州等慶功祝捷、練兵、開會的消息，並發林彪的講話和照片，以便迷惑、麻痹敵人。
林彪在進關的火車上給黨中央和毛主席拍發一份電報，建議他入關後讓「高崗擔任東北局、軍區」一把手。據林彪的秘書譚雲鶴回憶，這是林彪在東北期間以個人名義第一次向中央發電報的。
高崗指揮各級黨政軍為人關作戰部隊組織了數15萬民工，日夜搶修公路、鐵路，調動人力、物力、畜力和運輸工具，運送糧、被服、武器、彈藥、油料等1000火車皮，保證了入關部隊的全部供應。
12月初旬，高崗等帶領中央東北局、東北軍區和行政委員會機關進駐瀋陽，抓緊部署有關急事後，遂到華北和林彪、羅榮桓、聶榮臻等一起參與平津戰役的策劃和部署，對毛澤東的戰役部署提出調整意見。原部署先打南北兩頭之敵即南打塘沽、大沽、蘆台，北打新保安、綏遠，爭取傅作義起義。中央軍委一致認為這是最高明的部署，可能逼傅作義投降，保平、津兩城市完整。高崗到前線和林彪等交談時提出一些不同看法，他認為這樣部署願望是對的，但是平津集結幾十萬兵力，逼急了敵可能趁我顧打兩頭，中間兵力薄弱之隙，他孤注一擲強行突圍，以圖僥倖成功，那麼，敵我激戰難免，雙方傷亡會增大，平津敵人突圍毀壞也會大，北平也難保全。林彪對高崗的看法有同感。
最後提出調整意見：重兵包圍北平，集中打掉天津，使傅作義要打打不過，要跑跑不走，要守守不住，北平可能造成「長春局面」。「以打促談，以打促和，他不談也得談，不和也得和，以保全古都北平。」毛澤東同意林、高等的意見。
平津戰役部署方案改變後，決定打下天津，促使傅作義採納和平解放北平的提議，傅作義仍抱僥倖，以為天津城可以持久固守，以此作為與中共進行談判討價資本。他對天津城防堅固信心十足，認為固守一兩月不成問題。我軍發起攻打天津前，傅作義派出的和談代表鄧寶珊還表現出了較高的自信。
在談判中，鄧向林彪等建議：「天津嘛，最好不要打！」他又問：「要打，你們計畫打多久？」林彪成竹在胸地說：「計畫打三天！」鄧說：「三天？恐怕三十天也打不下來！」林彪不以為然。
東野參謀長劉亞樓親自指揮解放天津戰役，只用30多個小時就取得徹底勝利，林彪說三天還留有餘地的，擊破了傅作義討價的籌碼希望，不得不接受出城和平改編，我軍以最小代價，取得平津戰役全面勝利。
遼瀋、平津、淮海戰役取得偉大勝利，使「中國的軍事形勢現已進入一個新的轉折點」。
12月下旬，高崗被中央召回開會，研究部署1949年戰略方針、任務和討論準備召開中共七屆二中全會。高崗一到西柏坡，受到了毛澤東主席的接見並互相談了情況。高崗彙報了東北的經濟建設情況和今後的打算，毛不斷點頭同意。談到中央的打算時，毛澤東說：「中央的工作難著哩。長期形成的分散主義很難在短時期消除乾淨。」他們倆就有關建國和建國後方略等重大問題徹夜交談，對毛澤東在七屆二中全會講話啟發了思路。
30日，毛澤東致電斯大林：「正召集高崗、饒漱石、劉伯承、陳毅、羅榮桓、林伯渠諸同志來中央所在地(西柏坡)開會，討論1949年整個戰略方針和準備召開七屆二中全會。」
高崗從1945年離開黨中央、毛主席，整整3年後，又和毛澤東等中央領導同志一起決策全國解放戰爭和經濟建設部署，並和毛澤東等中央領導一塊歡度不尋常的1949年新年，共進新年午餐，心情格外振奮。元旦未休假，繼續開會，座談討論了準備建立中央政府前，如何將各解放區的各項工作逐步統一起來。高崗積極支持毛澤東急於消除分散主義的傾向，認真研究討論了這一問題，妥善解決集權和分權的關係，集中研究了財經、軍工、鐵路、運輸等統一的問題。出席座談會的有朱德、董必武、高崗、劉伯承、陳毅、林彪、饒漱石、羅榮桓、薄一波等各野戰軍負責人。座談會產生了紀要，毛主席親自審閱，他對「紀要」很滿意，為七屆二中全會決定和逐步統一全國工作做準備。
根據中央會議的精神，新華社發表了新年獻辭：《將革命進行到底》，向中外公開宣告：人民解放軍將渡江南進，把中國革命進行到底！
同日，蔣介石也發表元旦聲明，他秉承美帝策劃的「劃江而治」的陰謀，聲明要「和平」，企圖以「和平」的幌子，維持他江南的統治，阻止解放軍南進。1月3日，國民黨政府請求蘇、美、英、法調停國共內戰，妄圖贏得喘息機會，捲土重來。
6至8日，中共中央政治局召開會議，通過了《目前形勢和1949年的任務》的決議，提出：「我們已經完全有把握的在全國範圍內戰勝國民黨」。「決議」表達了全國人民的意志，說出全國人民的心愿，堅定了我黨將革命進行到底的決心。會議要求揭露美蔣反動派新的和談陰謀，號召黨和人民像粉碎敵人的軍事進攻一樣，徹底粉碎敵人的政治陰謀，把偉大的革命進行到底。會議提出了向全國大進軍的戰略計畫，指出，只有用革命的方法，才能徹底摧毀或消滅國民黨反動勢力在中國的統治，表明了中共決不搞南北朝割據的決心。周恩來在會上就座談會討論的問題作長篇講話。政治局會議對七屆二中全會準備工作進行了具體安排，研究了和南京談判的幾項條件。還提出了召開新的政治協商會議，建立聯合政府，城市工作等重大問題。
高崗回到瀋陽於當月底召開東北局常委會議，傳達中央政治局會議精神。2月中旬，東北局常委會上，討論東北黨的歷史問題，研究當前中心任務——抓經濟工作，高崗在會上作了總結講話，部署了各項工作。3月5至13日，具有歷史意義的七屆二中全會在西柏坡召開，高崗參加了這次會議。毛澤東主席在會上作了重要報告。
此時，三大戰役結束，消滅了國民黨精銳部隊150多萬，蔣介石的軍隊已經基本瓦解，反動政權已經基本崩潰，各國駐華使館紛紛向本國政府報告情況說：國民政府「無法挽回敗局」。連蔣介石的美國顧問戴維·巴爾也說：在我看來，軍隊的損失……顯示出覆滅的開始，「沒有理由相信他們抵抗進攻的能力和意志」，「世界上最壞的領導，以及其他許許多多敗壞士氣的因素，導致了作戰意志的完全喪失。」
中國形勢發生根本變化，全國解放指日可待。「召開政治協商會議和成立民主聯合政府的一切條件均已成熟。」黨的七屆二中全會決定：批准召開新的政治協商會議，以及成立民主聯合政府的建議；中國人民解放軍向南進軍，解放長江以南的華中、華南各省及西北地區；戰略方針調整為解放區應把工作重心轉向城市，「先佔城市，後占鄉村」。黨中央的視野，奪取全國的勝利已經不是軍事問題了，由軍事鬥爭開始轉向建立一個什麼樣的國家，怎樣建國，怎樣把一個落後的農業國轉變為鞏固的工業國，由新民主主義社會轉變為社會主義社會。毛澤東在報告中指出全國勝利後，國內主要矛盾是「資產階級和無產階級的矛盾」，實現社會主義改造的路線、方針和政策，指出了正確和錯誤路線在各個問題上的根本分歧。及時提出警驚資產階級的「糖衣炮彈」成為對於無產階級的主要危險。這就意味著：革命將不停頓地轉到社會主