中國是個多民族的國家，有50多個少數民族，人口只佔全國人口的6％左右，居住面積佔全國總面積的60％左右。中國的民族問題，是歷代統治者的棘手問題，也從來沒有解決好。黨中央、毛主席一到陝北就提出民族團結的問題。1936年春派高崗、曹動之、趙通儒、田萬生等同志到綏蒙地區開展團結蒙古民族抗戰工作。蒙古民族從古代起，就勞動、生息和繁衍在綏蒙這塊廣闊的土地上，歷史悠久，創造了燦爛的文化。
1939年春，中央決定成立西北工作委員會，主要管陝甘寧青綏的工作和少數民族工作。1940年春，西北工委在討論制定《回回民族問題的提綱》時，委員會裡邊意見分歧，有人認為回回不能算一個民族，而是一個回回宗教徒。就這個問題，張聞天主持會議進行討論。高崗、王若飛、李富春等在會上發言。他們都在回、蒙族地區工作過。高崗在蒙古工委和少數民族工委工作期間，為制定民族政策，曾作了大量調查研究，在發言中擺了大量論據，說明回回是一個民族。經過會議討論，從大量歷史資料中說明，我國回回是元代時從波斯等地來中國的回回人，也有唐宋時來中國的波斯、大食人。回族在發展過程中，由於和漢族通婚及歷史上強迫漢人人回教等原因滲入大量漢人成份。肯定了回回是一個單獨的民族，不是純屬回教徒。認識統一後，制定出《回回民族問題的提綱》，經毛澤東審閱時指出：「要反對大漢族主義，不反對大漢族主義就不能達到團結抗日的目的。」他在《提綱》中補充一句至關重要的話：「要反對大漢族主義，這是首要的，但同時要反對狹隘民族主義」。這就為制定少數民族政策，更全面地指明方針。這個提綱後經中央書記處基本同意，發至各級黨委。
同年7月，西工委又提出了《蒙古民族問題提綱》，上報中央印發各級黨委。
這兩個文件的出台，是經過激烈鬥爭的。由於大漢族主義的影響，不僅西北工委和邊區黨內，甚至一些高級幹部受了舊社會遺毒的影響，認識不統一。蔣介石集團極力反對民族團結，推行大漢族主義和壓迫民族政策。蔣介石在《中國之命運》中斷言中國只有一個民族即所謂「國族」，中國各少數民族不過是一個「國族」的大小「宗支」、「宗族」。回回問題是一個宗教問題。他也不承認蒙古民族，說蒙古民族是「邊民」，蒙古民族問題是所謂「邊疆問題」。
日本的侵略魔爪伸進內蒙搞什麼「獨立」政權。內蒙東部淪陷後，日軍向寧夏發展，並派特務、漢奸，企圖策動回族上層中一些人成立「回回國」，誘騙回族搞分裂，鬧「獨立」，企圖藉機侵佔整個大西北。
以張聞天為首的西北工委和以高崗為首的邊區黨委，為對少數民族問題統一認識、統一思想，注入了大量心血。他們派出人員進行調查，搜集資料，為制定兩個「提綱」提供了大量歷史和現實資料，統一了認識。這裡特別值得一提的是李維漢、賈拓夫、高崗等做了大量的具體調研工作。他們都在蒙委和民委工作過，對蒙、回民族的情況比較熟。在這兩個文件的指導下，陝甘寧邊區民族團結，各民族關係一直很融洽。在隴東、三邊有少數民族的地方，建立了自治鄉、自治村。邊區參議會和邊區政府委員會有蒙、回族同胞參加。在抗戰期間，邊區少數民族工作很活躍，成為執行黨的民族平等政策的典範，被少數民族譽為「邊區是少數民族解放的燈塔」。
1940年3月底，延安建立「蒙古文化促進會」，高崗為大會主席和大會通過的「促進會」理事會成員，大會通過了高崗、賈拓夫提出建立成吉思汗紀念堂和蒙古文化陳列館的建議。紀念堂建成後，於7月4日，隆重舉行了成吉思汗公祭大會，高崗出席了大會並講了話。
早在1939年，日軍侵華步步深入，歸綏(即呼和浩特)、包頭失陷後，成吉思汗陵墓有被劫的危險。於是確定移靈到蘭州附近的興隆山(解放後又移回原地)。移靈途經陝甘寧邊區首府——延安時，延安舉行隆重祭奠儀式。延安各界一百多個單位參加祭奠。高崗出席祭奠大會，對成吉思汗給予極高評價，他在祭文中說：成吉思汗是「元朝太祖、世界英傑」和「宇宙巨人……古今無匹」。
黨中央和邊區中央局這樣隆重祭奠成吉思汗，對蒙古民族震動很大，使黨的抗日民族統一戰線日益鞏固和發展。在共同抗戰、共求解放的鬥爭中，激發啟迪了蒙古民族發揚驍勇善戰的革命精神，為打敗日本帝國主義和國民黨統治做出了重大貢獻。
繼蒙古文化促進會成立後，於10月召開了延安清真寺落成典禮大會。宣告成立了中國回教救國陝甘寧邊區分會和回民文化促進會。本來延安的回民不多，但是為了尊重回教的宗教信仰和風俗習慣，體現我黨的民族平等政策，反對大漢族主義民族壓迫政策，邊區中央局和政府出資建立了清真寺和回民食堂，並聘請阿訇擔任清真寺的教長，毛澤東題寫了「清真寺」三個大字。這座清真寺當時在延安可以說是工程壯觀，裝鈽清雅的第一流建築，對廣大回民同胞影響很大。可惜的是胡宗南侵佔延安後放火燒毀了，也正是國民黨無視少數民族的例證。
1941年春，西北工作委員會和邊區中央局合併，成立了中共中央西北局。西北工委的工作任務移交西北局。7月，西北局成立了少數民族工作委員會，西北局秘書長賈拓夫兼任工作委員會主任。8月，邊區政府成立了民族事務委員會，烏蘭夫任主任。
高崗指示組織部調配得力少數民族幹部到民委工作，並把民族工作列入西北局議事日程，經常督促、檢查民委工作，要求各部門支持、配合民委工作，不折不扣貫徹少數民族政策，反對大漢族主義和狹隘民族主義，禁止民族間的歧視，調動少數民族抗戰建國、共求解放的積極性，共同反對帝國主義和各族人民的公敵。
為了團結東方民族的力量，建立東方各民族反法西斯統一戰線，壯大世界反法西斯陣營。1941年秋，朱德、高崗等發起成立「東方各民族反法西斯大同盟」組織。中央批准後，9月在延安召集東方各民族代表座談會，討論籌備成立「大同盟」的有關問題。到會的代表有國際國內的團體20個的代表21人，通過召集東方民族代表大會宣言。高崗在座談會上發表了講話，指出「大同盟」的宗旨在東方各民族組織國際統一戰線，為反對法西斯，保衛一切民族的自由和獨立而鬥爭。
10月30日，大會開幕，東方各國和國內各民族組織有回教協會、蒙古同學會、藏族學會、彝族同學會、回、蒙文化促進會、日本反戰同盟等團體和18個民族的100多位代表出席大會，顯示了東方各民族空前廣泛的大團結，爭取民族自由解放和反對法西斯侵略的激昂情緒和戰鬥氣氛。毛澤東、朱德、高崗冒雨出席大會，並分別作報告、講了話。大會宣布「東方各民族反法西斯大同盟」的成立，並選舉出「大同盟」執行委員會，高崗等選為委員，朱德為主席。大會號召東方民族加強團結，共同戰鬥，反對法西斯統治。
為了加強民族團結，國家統一，早在1936年高崗率騎兵部隊和一批幹部進入伊盟和鹽池地區時，就十分重視少數民族幹部的培養、提高。在蒙古民族中發展中共黨員，辦訓練班，選拔少數民族幹部，開闢陝寧蒙邊區革命根據地。1939年春，高崗致趙通儒的信中說：「你們必須注意培養當地幹部。」「認真的培養一些蒙民所擁戴的蒙人幹部是很重要的。」「要記住不從新黨員中培養大批當地幹部，尤其是蒙民幹部，是不能把伊盟工作做好的。」「要從政治上大大提高民族同胞的積極性，堅持堅定的正確的政治方向，厲行艱苦奮鬥的工作作風，這是目前伊盟工委最重要的任務。」
1941年10月，西北局決定成立民族學院，高崗兼任院長，高克林任副院長，烏蘭夫任教育處長。高崗親自參加討論和制定教育方針和教育計畫，適合少數民族學生的特點，突出了中國革命和抗戰形勢的需要，著重解決國內民族問題的方針、政策的教育和研究。民族學院根據高崗的指示，對學生重點進行中國革命和中國少數民族團結抗日、共求解放的政治思想教育；馬克思列寧主義世界觀的教育；中國民族問題和黨的民族政策、方針的教育；文化知識和時事政策的教育。高崗親自給民院學生講政治課。他講課理論聯繫實際，結合恰當，語言簡明、扼要，通俗易懂，受到好評。學生說：高院長理論不深，不咬文嚼字，講得好聽，對蒙古風俗習慣、人情、歷史都很熟。
民院成立之前，在延安的各大、中學都有少數民族的學生，有的學校設立少數民族學生班和部。民院成立後，將各個學校的少數民族學生都集中到民院，按程度分別高級、中級、低級班組，因年級和程度施教。高級班的課程有馬列主義哲學、政治經濟學、中國革命問題、民族問題、民族政策和時事政策。低年級課程有政治常識、文化、歷史、地理、數學等課。年齡大並有實踐經驗的學生編一個研究班，如楊靜仁、雲北峰等在研究班學習。全院共有學生