「西安事變」後，國共二次合作形成。1937年1月13日，高崗護送毛澤東率中央機關進駐延安，他協助中央軍委二局選擇中央領導住所和安排保衛工作。15日，中央政治局召開會議，高崗參加討論進駐延安後的工作。毛澤東針對有些人看不起「貧瘠」的陝北說：「我們的延安很美啊！」「不要小看延安這個地方，我們走了二萬五千里，幾乎把所有的根據地都掉光了，只剩下了這塊落腳地。這是我們的資本，我們要在這紮根，學漢高祖劉邦建立根據地。」黨中央奠基延安後，全國抗日情緒日益高漲，時代的主流轉向延安，斯諾在《西行漫記》中說：「中國最近發生的歷史性的變化——共產主義運動，竟然選擇在這個地方來決定中國的命運，不可不謂恰當。」
1937年3月，為了團結抗日，為了建立抗日民族統一戰線，中共中央給國民黨三中全會複電中，主動提出五條要求和四項保證，承認「國民黨在全國領導」的地位，陝甘蘇區改為特區，撤消蘇維埃中央政府，實行民主制度，「停止赤動」和「沒收地主土地」，紅軍改為國軍，受南京中央軍委領導。但是國民黨政府在特區領導人選等問題上，懸而不決。5月，黨中央決定將西北辦事處改為特區，並設保安司令部實施行政和保安職能。經過幾個月的努力協商，9月6日陝甘寧邊區政府正式成立，設主席團，林伯渠任主席，張國燾副之，高崗、秦邦憲、董必武、馬明方等7人為主席團成員。首府設在黨中央駐地延安，管轄陝甘寧交界23個縣。邊區政府成立之後，制定了各種法規，為建立抗日民主根據地奠定了政治、組織保證。馬文瑞說：「陝甘寧政權，為新中國的創造鋪下第一塊基石。」
「延安是共和國的老根」。延安時期，我黨總結了成功和失敗的經驗教訓，找到了具有中國特色的階級和民族的解放道路，把中國革命從這裡引向了勝利！陝甘寧邊區政府成立後，根據當年5月召開的全國黨代表會的精神，採取一系列措施，加強邊區民主政治共和制建設，高舉民主政治旗幟，團結一切愛國黨派、愛國人士，鞏固和擴大抗日民族統一戰線，吸收堅決抗日的、在群眾中有威望的人員到邊區政府中負責工作，改變了過去政權中由清一色共產黨員辦事的做法，以「民主政治」對抗「獨裁統治」，吸引了革命力量。
為建立邊區民主政治制度化、法律化，成立了法制起草委員會，高崗任主任，負責領導法律法規研究和起草工作。邊區先後召開四次參議會，制定頒布了《陝甘寧邊區抗戰時期施政綱領》、《陝甘寧邊區施政綱領》、《議會及行政組織綱領》、《選舉條例》《懲治漢奸條例》、《婚姻條例》、《懲治貪污條例》等，全邊區普遍實行民主普選制度，只要是愛國抗日的人們，不分階級、黨派、性別、民族、宗教信仰等，還有外國籍的人，都有選舉權和被選舉權。在普選的基礎上召開各級參議會，選舉產生鄉、縣和邊區三級參議會及其領導，選舉產生政府組成人員，從而奠定了民主政權的群眾基礎。
1939年1月17日至2月4日，邊區召開第一屆參議會，出席議員145名。高崗主持了大會，政府主席林伯渠以及各廳、局、院分別作了報告。會議上高崗高度讚揚了兩年來，在實施民主政治建設、抗戰建國綱領的原則，貫徹毛主席提出創建陝甘寧邊區抗日根據地「模範區域」的號召，各條戰線上取得重大成就，提出今後民主共和國的建設任務。大會通過了高崗主持起草經黨中央批准的《陝甘寧邊區抗戰時期施政綱領》和政府組織條例、選舉條例、參議會組織條例、高等法院組織條例等法規性文件和發展經濟、教育等議案提交參議會討論。抗戰時期「施政綱領」對邊區實行三民主義作出28條規定。「綱領」經討論一致通過公布實行，作為「邊區一切工作的準繩」。
大會還發布了《告全區同胞書》，號召全區人民擁護國共合作，加強民主建設，堅持抗戰，保衛邊區，保衛西北。會議期間，毛澤東、張聞天、陳雲等到會作了重要講話。
大會選舉高崗為邊區首屆參議會議長，張邦英為副議長，崔田夫、毛齊華等七人為常駐議員；選舉林伯渠為政府主席，高自立為副主席。
這次參議會在中央的指導和高崗的親自領導下，開的成功，是邊區民主政治制度建設的一次重要會議，不僅決定了今後經濟、民主建設的方針任務，還使民主共和制建設日趨正規化、制度化、法律化。同時為解放區起到「火車頭」的作用，群眾稱為「延安是民主的首都」。毛澤東說：「延安是邊區的首都」，「延安好比英國的倫敦」。1939年毛澤東為《邊區實錄》一書題詞：「邊區是民主的抗日根據地，是實施三民主義最徹底的地方。」林伯渠在報告中說：「邊區在全國說來，是個政治上先進的地區」。胡繩在《中國共產黨七十年》一書中，對邊區抗戰時期施政綱領給予極高評價。他說：「陝甘寧邊區的政權建設起了示範作用。1939年1月中旬至2月初，在延安召開陝甘寧邊區首屆參議會，通過《陝甘寧邊區抗戰時期施政綱領》……這個《施政綱領》是個十分重要的文件，事實上規定了中國共產黨在各抗日根據地內實行的基本政策」。
1941年11月6日-21日，邊區召開第二屆第一次參議會議，出席參議員219名，連同晉察冀、魯西等根據地和各界來賓共500多人。高崗在大會上致開幕詞。他指出要把這次參議會開成打倒日本帝國主義的動員會，開成團結一切力量的團結會。毛澤東在會上作了重要講話，他指出參議會的目的，就是要打倒日本帝國主義，建設新民主主義的新中國。
高崗在「開幕詞」中說，這次參議會和上屆參議會不同，「現在是處在人類存亡成敗的關頭」，「這是你死我活的鬥爭」，「希特勒拿了25000輛坦克，200個機械化師團，以及他全部飛機的四分之三，向蘇聯進攻」，正如希特勒所狂叫的「這一次戰爭是今年冬最後的一次，是空前的，也是最殘酷的一次戰爭」。日本進攻中國已經5年了，東條內閣組成後，更進一步侵略中國。長沙、鄭州、許昌戰役以及最近在黃河上，「六、七千軍隊天天在軍渡、宋家川、磧口、丁家坪、禹口等地炮擊，天天在噠噠的放機關槍」，企圖經過邊區「想把西安搞下來」。他分析了國際國內的形勢後，指出我們的任務就是要全國團結一致，堅決打退日軍的進攻，以求得中華民族的解放。要做到這一點，必須全國的人民「堅持團結，堅持抗戰，堅決的主張中國的民主」。他說邊區是西北的最前線，邊區是一個民主進步的地區。蒙、回、漢等所有的民族「團結得象鋼鐵一樣來打擊日本帝國主義。」高崗針對當時國民黨到處製造摩擦的狀況指出，現在「不是自己裡面，你打我一下，我打你一下，這是最愚笨的最有害的辦法，是全中國人民所反對的辦法，也是我們邊區所堅決反對的辦法，今天最好的辦法是更加把民主鞏固擴大，更加把民主提高一步，把西北的抗日陣線更加鞏固起來，這樣我們打擊日本帝國主義就更有力量。」他說，抗戰是持久的，「不是一兩年就可以結束的，這個戰爭是長期的。」我們在困難中進行抗戰，今後還要更困難，但是「我們不怕困難」，我們是可以克服困難的。正如毛主席說的，「困難，並不是不可征服的怪物，大家動手征服它，它就低頭了。」
高崗在「開幕詞」中指出，邊區工作中有不少缺點，要求議員「知無不言，言無不盡」地指出來，批評、指責，我們民主的政府是不怕人批評的。他說，這屆參議會確定邊區今後的大政方針。「更加提高民主政治，發展文化、經濟各方面的建設，特別加強軍隊建設」。「團結西北人民，積聚我們力量」，「保衛西北，保衛全中國，打倒日本帝國主義！」
大會聽取和審議了邊區政府工作報告，通過了高崗代表中央西北局向大會提交的《五一施政綱領》，並作了施政綱領的解釋，他指出「施政綱領」的基本精神是「團結、抗日、救中國」七個字。他說，中國近數十年的歷史教訓了我們，全國各黨派、各階級、各民族團結的好就有出路，分裂就沒有出路。第一次大革命時候，全國團結，所得到的是北伐勝利，而團結破裂的時候，所得到的是東北四省被日本拿去。日本在華北的特殊化基礎的建立，以至日本這一次進攻中國，使我們民族遭受了千古未有的磨難。由此可見，團結與分裂是利害分明的。他說，綱領是我們二十多年的鬥爭經驗，討論總結制定的。它從頭到尾貫徹著團結、抗戰和救中國的精神，目的在於要建立一個獨立、自由、民主、強盛的新中國。中國現階段的革命，要適應兩頭小(即大地主資產階級、無產階級)中間大的(農民和小資產階級)特點，「既不是無產階級進行社會主義革命，也不是某一階級某一黨派的獨裁，而是實行真正的民主，大家來趕跑日本，大家來治國家。」中國的革命是長期的，抗戰也是長期的。這是從共產黨二十年鬥爭經驗中「得出的結論」，只有團結才能救中國，分裂革命就要失敗。他鄭重地宣布：「我們共產黨不但要宣傳這個