1984年，鄧小平說過，他「一生中最痛苦的當然是『文化大革命』的時候。」
1966年5月是個不尋常的月份。全國各地呈現出山雨欲來風滿樓之勢，古老的北京，更顯得黑雲壓城城欲摧。5月4日，中共中央政治局召開擴大會議，在對彭真、羅瑞卿、陸定一、楊尚昆分別進行批判的基礎上，根據林彪的指控，誣陷他們4人為「反黨集團」，停止、撤銷了彭、羅、陸、楊的領導職務。
會議期間，通過了《中國共產黨中央委員會通知》（又稱《五一六通知》），《通知》認為，已有「一大批反黨反社會主義的資產階級代表人物」，「混進黨里、政府里、軍隊里和文化領域的各界里」，「一旦時機成熟，他們就會要奪取政權，由無產階級專政變為資產階級專政」，因此必須批判、清洗這些人。林彪則於5月18日作了殺氣騰騰大講政變歷史的講話。會議決定設立以陳伯達為組長，江青、張春橋等為副組長，康生為顧問，姚文元等為委員的中央文革小組。這個「小組」實權相當大，實際上不受中央政治局約束，成員雖幾經變動，但它卻是「文化大革命」十年動亂的指揮部。
面對危機四伏的緊張局面，在中央第一線主持工作的劉少奇及鄧小平心急如焚。特別是6月伊始，《橫掃一切牛鬼蛇神》的社論和北京大學聶元梓等人攻擊北大黨委、北京市委的大字報在全國廣播後，許多學校很快掀起揪斗學校校長、教師的「斗黑幫」惡浪，而且勢頭不減，大有堤毀人亡之勢。
5月29日，劉少奇、周恩來和鄧小平三位負責中央日常工作的政治局常委，召集中央有關部門開會研究運動問題，決定由陳伯達率工作組去人民日報社，由張承先率工作組去北京大學。周恩來將會議決定電話報告在杭州的毛澤東，並取得同意。30日，劉少奇、周恩來、鄧小平三人聯名向毛澤東正式發電報進行請示，毛澤東當夜批示：「同意這樣做」。
正當中央一線領導忙於部署領導運動事宜時，形勢發生了突然變化。6月1日，毛澤東作出支持聶元梓大字報的批示，指示新華社全文播發，在全國各報刊發表，並說「北京大學這個反動堡壘，從此可以開始打破」。
6月1日，《人民日報》發表題為《橫掃一切牛鬼蛇神》的社論，號召群眾起來「橫掃盤踞在思想文化陣地上的大量牛鬼蛇神」，「把所謂資產階級的『專家』、『學者』、『權威』、『祖師爺』打得落花流水，使他們威風掃地」。這篇社論是由陳伯達主持連夜起草的，發表前沒有報告中央。當晚，中央人民廣播電台廣播了聶元梓等七人的大字報。
一天之內，風雲突變，劉少奇、周恩來和鄧小平完全沒有思想準備，甚感驚愕。此後幾日，《人民日報》連續發表大量煽動性的社論、報道和文章，形勢急轉直下，運動迅速席捲全國。
劉少奇於6月3日緊急召集有關部委負責人參加的政治局常委擴大會議，討論如何應付局勢。在大部分人一致的認識下，會議制定了內外有別、注意保密、大字報不要上街、不要搞示威遊行、不要串聯、不要搞大規模聲討會、不要包圍「黑幫」住宅、不準打人污衊人等八條規定；決定派出工作組以控制首都大專院校近於癱瘓的局面；並決定，哪裡出事，哪裡派人去，派工作組要快，要像派消防隊救火一樣的快。鄧小平在會上說，中央的八條傳達要快，開個十萬人大會，一竿子插到底。
會後，北京市委根據會議精神，向一些大中學校派出工作組。由於有人背後支持造反運動，工作組進校後，不但未能阻止混亂的發展，事態反而變得越來越難以駕馭。劉少奇、周恩來、鄧小平等頻繁開會，研究處理運動中出現的種種問題。
毛澤東不在北京，許多重大政策定不下來，劉少奇、周恩來和鄧小平於6月9日赴杭州，向毛澤東彙報情況。10日至12日，毛澤東主持召開兩次會議，討論「文化大革命」問題。會上漫談，議論內容涉及「文革」的方方面面。會上談到運動可能要進行半年時間，但並未對當前運動應該怎樣進行提出具體意見。關於派工作組問題，毛澤東只是在議論中表示：派工作組太快了不好，沒有準備，不如讓它亂一下，混戰一場，情況清楚了再派。
從杭州回京後，由於周恩來要出國訪問，指導運動的責任落在劉少奇、鄧小平身上。從6月4日起，北京新市委仿效向北京大學派工作組的經驗，向部分北京大專院校和中學派出工作組。
劉少奇和鄧小平想通過派工作組進校，達到保持黨對運動領導的目的，同時制止混亂恢複秩序。他們對工作組的工作既支持又關心，還分別直接接見工作組人員了解情況和指導工作。
鄧小平在6月4日接見駐北京師大女附中工作組。在談話中，針對學生批判老師「資產階級學術權威」的問題，鄧小平說：「如果（老師）真有學問，還要團結他們。女附中數學、物理都不錯。好的學校熱火朝天，名氣大，有一套。如果沒有好教師，也就教不出好學生。要善於分析。工作組要教育、幫助學生提高水平。打人沒有？打人是沒有本事的，是沒理的。鬥爭要講道理，批判要做好準備，事實要核對清楚，要充分講道理。有些人是真黑幫，有些不是黑幫。講錯了話都是壞人，那就沒有好人了。材料不夠，不要輕易開鬥爭會。不要搞變相肉刑，戴高帽子也不好。有些搞錯了，將來賠禮都賠不完。政治問題要用政治方法解決。（黨的）總支中總有些好的嘛，校長、副校長總有些好的嘛。把黨都搞垮了怎麼行？把團搞垮了怎麼行？如運動把共產黨、共青團都打倒，是勝利了嗎？總是共產黨領導的無產階級專政國家嘛。教師大多數是好的。說老師都壞，我不同意。」
詳細抄錄這篇講話，是為了說明兩點。一是可以看出，鄧小平在思想上和原則上都不認同「造反」的理論；二是可以看出，到了這時，他對毛澤東發動這場政治運動的意圖依然毫無意會，更不要說在思想上和行動上緊跟。作為中央一線領導人，他和劉少奇一樣，於不自覺之間，在運動的問題上，已經落伍，已經跟不上，已經遠遠脫離毛澤東的步伐了。
6月14日，劉少奇、鄧小平召集中央政治局常委擴大會議，傳達杭州會議精神。此後，他們多次開會聽取運動情況彙報和研究運動中出現的問題。6月21日，劉、鄧再次召集中央政治局常委擴大會議研究運動問題。鄧小平在會上就工作組的工作方法等問題提出意見。會議精神貫徹下去後，學校和社會上的混亂狀況有所好轉，無政府主義現象得到遏制。6月28日，劉少奇、鄧小平召集政治局常委擴大會議，提出運動要有步驟，要制定一些便於掌握的具體政策。
在毫無思想準備的情況下，面對突如其來的運動狂潮，劉少奇、鄧小平的做法，是他們所應該作出的正常的決定，也是正確的決定。他們和絕大多數幹部一樣，希望學校恢複正常，希望學生回去上課，希望首都恢複平靜。
他們沒有想到，他們的做法，從根本上與毛澤東的想法背道而馳。而且在暗處，中央文革一班人馬，正在鼓足了勁頭，精神抖擻地策動和支持學生的造反行動。對於江青等人來說，只有動亂的局面，才是他們顯示身手的大好舞台。
這場「文革」運動，從根本上來講，是自上而下的和人為發動的，加之林彪、江青等「文革」勢力利用青年學生的革命熱情和天真幼稚，大肆挑動和蠱惑，因此，中央派出的工作組進校以後，不但沒能扭轉混亂的局面，反而從一開始便遭到部分「革命群眾」的激烈反對甚至轟趕。
由於對工作組進校的態度不同，各院校群眾組織迅速分成「保守派」和「造反派」兩大基本陣營。這種局面的形成，實際代表了以劉少奇、鄧小平為首的一線中央負責人，與以林彪、江青等為首的「文革」勢力之間的對立的形成。
7月份，因事態緊急，中央於13、19、22日連續三次開會討論工作組問題。陳伯達代表中央文革，說工作組壓制民主，給群眾潑冷水，要求撤出工作組。劉少奇憤而駁斥，並與康生發生爭執。素以沉穩著稱的鄧小平忍無可忍，一下子站了起來，指著陳伯達說：「你們說我們怕群眾，你們到前邊試試！」並明確表態：「撤工作組我不贊成！」在會議上，中央一線領導和中央文革，從思想到言詞均已針鋒相對，鬥爭已趨白熱化。
混亂就這樣持續了一個多月。一些學校中出現了紅衛兵組織，批判校領導、揪斗「黑幫」和「牛鬼蛇神」的行動不斷升級，發生了體罰和打人。反工作組和保工作組的鬥爭更趨激烈，派性和派別組織由此產生。各大中學校均已停課，大小辯論會晝夜不斷。中央文革人馬頻頻到各校煽風點火，鼓吹造反。劉少奇、周恩來、鄧小平等中央領導人也被迫到學校與學生對話進行說服。記得有一次，鄧小平到一個大學參加辯論會，回答學生質問，在場的還有其他中央領導及江青等中央文革小組成員。操場上人群擁擠，口號震天，群情激昂。在強烈刺眼的燈光照射下，江青那「向紅衛兵小將學習！