20世紀初期，儘管西醫已經進入中國數十年，但為絕大多數中國人服務的，仍舊是傳統的中醫。有意思的是，不到一百年，中醫與西醫的地位正好換了個，如今是西醫當道而中醫式微，這其中的種種緣由，頗多可探討之處。
幾千年來，中醫是中國人唯一的治療手段，國人對此有著極深厚的感情與信任感，而對於西醫，往往是到了非常時刻、抱著試試看的心理才加以嘗試。如同許多新事物一樣，國人對西醫的懷疑和不信任，也是西醫在中國數十年不能夠發展的重要原因。
在當時的大多數西醫眼中，傳統而落後的中醫必然會隨著不可阻礙的醫學發展而逐漸走向自然衰亡，但事實並非如此，至少在西醫初入中國的很長一段時期不是這樣。1935年，上海的名西醫伍連德不得不沮喪地認為，每八個病人中，大概只有一個願意就診西醫。和中醫相比，西醫在費用上更高，但這並不是阻礙其發展的主要原因，關鍵問題還在於中國人的傳統習慣。正因為如此，西醫界人士在民國成立以後開始尋求政治資源的支持來擴展西醫的生存空間，由此也引發了中西醫之間的激烈衝突。
最早談到中醫藥廢除問題的，是1913年9月就任教育部長的汪大燮。他在接見京師醫學會代表要求將中醫列入醫學教育系統時，竟毫不掩飾地說：「余決意今後廢去中醫，不用中藥。所請立案一節，難以照準。」汪大燮的話引發了中醫藥界人士的強烈抗議，1914年11月，來自全國十九個省的中醫代表團來到北平向國務院和教育部請願，要求政府拋棄廢除中醫藥的政策。後來，廢除中醫及中醫教育的動議也就不了了之。
1925年孫中山北上就醫之時，中西醫之爭再度興起。孫中山的肝癌病情此時已到晚期，在治療方案上也出現了兩種聲音，其中以張靜江為首的一些人見放療的效果不大，因而極力主張請中醫治療，宋慶齡等人也都贊成。但是，湯爾和等西醫堅決反對中醫療法，其所在的協和醫院（西醫院）也態度強硬地聲稱，如果要服用中藥，就必須搬出醫院，即便顯貴如孫中山者，也不能例外。在這種情況下，孫中山因病情加重而於2月18日搬出協和醫院移居鐵獅子衚衕行轅，改由中醫治療。著名中醫陸仲安、唐堯欽、周樹芬三人曾共同診視一周，並開出方劑，孫中山在服藥兩劑後情況有所好轉，當時的外籍西醫也對此予以承認。但數日後，孫中山又停止服用中藥而繼續用西醫之法利尿、止瀉等對症處理，直至病逝。
民國成立後，隨著新文化運動的不斷深入，中國傳統及文化遭到了前所未有的大批判，作為傳統之一的中醫也在這場「全盤西化」的浪潮中遭受重創。胡適早年就批評中醫「毫無學理，不足為法」；魯迅則說，「中醫不過是有意無意的騙子」；傅斯年在1934年撰文：「我是寧死不請教中醫的，因為我覺得不如此，便對不住我受的教育。」新派知識分子們與傳統決絕的態度，無疑令社會輿論變得更加不理性，以至於後來還出現了「漢字不滅，中國必亡」等驚世駭俗之言論。
以孫中山的地位和威望，其病情的發展、採用的療法及療效，足以成為當時中西醫界具有高度象徵意義的事件。有意思的是，孫中山與魯迅之前都曾學習西醫，但他們並沒有成為成功的醫生而是投入到「醫世救國」的更大事業中，由此，其對中醫的排斥也就並不奇怪了。
1929年2月，南京國民政府衛生部成立了第一屆中央衛生委員會，會上突然提出《廢止舊醫以掃除醫事衛生障礙案》（余雲岫提出）、《統一醫士登錄辦法》、《限定中醫登記年限》、《擬請規定限制中醫生及中藥材之辦法案》共四個「廢止中醫」的提案，這四個提案最後合併為《規定舊醫登記案原則》，其主要內容是：舊醫登記限至民國十九年（1940年）底為止；禁止舊醫學校；禁止新聞雜誌介紹舊醫。另外，上海西醫余雲岫還另向教育部提交了一份「請命令廢止中醫學校」的提案。由此，民國史上的「廢止中醫案」風波被驟然引爆，並進而導致中西醫界混戰近十年之久。
從《規定舊醫登記案原則》來看，衛生部實質上是要通過限制中醫登記這種釜底抽薪的辦法來達到中醫快速消亡的目的。因為如此一來，年長的中醫老死後，中醫界自然後繼無人，那中醫的滅亡不過是時間問題。
西醫派在提案中玩弄了兩個小技巧，其一是將中醫說成「舊醫」，因為中醫之前自稱自己是「國醫」，而「西醫」的用詞本身就有外來的意思在內。為了提高西醫的認知度，西醫派將自己稱為「新醫」，而將中醫稱之為「舊醫」，以新去舊，正好符合了當時人的思維邏輯。其二是將中醫和中藥分開，其宣稱只反對中醫而不排斥中藥，以儘可能地減輕阻力。
西醫派以「中醫不科學」為名禁止中醫辦學，這一招也是辣手的。早在1912年，北洋政府曾以中西醫「致難兼采」為由，在新頒布的學制及各類學校條例中將中醫藥排斥在醫學教育系統之外，這在當時就引起了中醫藥界人士的抗議而未能實行。這一次西醫派重提此案，顯然是醉翁之意不在酒。
充當「反中醫」急先鋒的是曾留學日本的上海西醫余雲岫，他也是當時上海醫師公會（西醫）的首任會長，廢止中醫的提案基本是出自於他的手筆。余雲岫一向視中醫為巫術，甚至直指「中醫是殺人的禍首」，必欲去之而後快，提案中「廢醫存葯」的設想，便是他首創的。
西醫派後面有個大靠山，那就是國民黨中央委員褚民誼。褚民誼早年加入過同盟會，是黨內相對資深的「元老」，他曾經留學法國並獲得醫學博士的學位，但他本人從來沒有行過醫，因為其博士論文主要是關於兔陰具有陰陽兩性的發現和論述（兔子雌雄難辨的現象分析），與真正的醫術還相差很遠。
褚民誼在中央衛生委員會上演講說：「中國衛生行政的最大障礙，就是中醫中藥，要是行政上了軌道，如果不把中醫中藥取消不能算是革命。日本能夠強大，全靠明治維新，明治維新能夠面目一新的民間運動，就是廢止漢醫漢葯。所以要有衛生會議負起責任，通過全國專家所擬定的提案，交由政府執行，才能算是完成了革命大業。」
褚民誼的話頗多不通之處。首先，革命並不是社會進步的目標，甚至不是唯一的手段，以革命的名義去推動醫學進步，這非但是一相情願，而且是一種不計後果的偽科學方式；其次，日本之所以能夠強大，主要原因是將國家最優質的資源優先發展軍事和軍工，以軍國主義的方式打造一個地區軍事強國，這與維新無關，與廢止漢醫漢葯更是毫無關係。
事實上，日本非但沒有廢止漢醫漢葯，還利用庚子賠款在上海設立了一個自然科學研究所，其中就有專門研究中醫中藥的部門，譬如最反對中醫的余雲岫，就曾在民國及其日偽時期做過這個研究所的委員（該研究所比731部隊更早地使用中國人做人體實驗）。有意思的是，余本人雖然留學日本，但其習醫是在30歲之後的事情，之間還因為回國參加辛亥革命而被打斷，直到38歲才完成學業，其求學過程難免有「半路出家」之譏。有意思的是，余雲岫雖然一心一意反中醫，但其所出的著作卻都是在中國古代醫學史的基礎上所撰述的，其對西醫科學的發展並沒有做出任何實質性進步的論述。
更弔詭的是，那些反中醫態度甚堅的知名人士，如汪精衛、褚民誼等，最後都投入了日本人的懷抱做了大漢奸。孫中山病危之時，汪精衛一度轉而支持中醫療法，這遭到了孫中山的主治西醫湯爾和的強烈反對並在北京《晨報》上發文指責，汪精衛隨即作《答湯爾和先生》一文，對湯爾和貶斥中醫的態度予以回擊：「凡是有科學思想的人，都是很虛心的，都知道現在的科學對於世界萬物所知道的還很少，所不知道的還是很多。例如癌病，科學今日尚未能發現特效藥。至於將來能否發現，是科學家發現還是非科學家偶然發現而為科學家所注意，現在無人敢說肯定的話。如果有人肯定說非科學家不能發現特效藥，科學家尚未發現，其它一切人類便無發現之可能。那麼，我要以湯先生的話贈他道：『這是名為科學家，實則頑固派。』」
民國初年，一些新生的流派或主義最喜歡做的事情就是自封為「科學、民主、革命」的代表，然後動輒給反對派及不同意見者扣上「迷信、保守、反動」的大帽子，以為這樣就代表了進步的潮流，實際上這種事前假定的正確和不容討論的專橫，往往起到適得其反甚至反動倒退的效果。汪精衛的最後一句話，指斥的就是這種不理性的現象，這實際上已經脫離了對具體科學的討論而上升到「什麼是真正的科學精神」的層面了。
但幾年以後，汪精衛對中醫的態度突然判若兩人，而其態度的轉變可能與褚民誼有關。褚民誼是汪精衛最得力的親信，其老婆也是汪精衛夫人陳璧君的人。據傳，此女相貌醜陋，儀態庸俗，當時只是陳璧君的一個丫頭，不知為何會跟褚民誼搞上。有人說，褚民誼因經常出入汪公館，自己行為不檢點而搞大人家