蔡元培先生在「五四運動」中熱情支持愛國學生，這是大多數人所熟知的，但他在「九一八事變」後的學潮中被學生毆打一事，卻為人少知。
蔡元培，字鶴卿，號孑民，浙江紹興人，生於同治七年（1868年），祖父及父親兩代均為商人，但在他十歲的時候，父親不幸病逝，家境由此中落。蔡先生的母親性格剛強，靠著家中原有的一點積蓄，多年來節衣縮食、含辛茹苦地將孩子撫養成人，殊為不易。蔡元培先生從小接受的是中國的傳統教育，在科考路上也是一帆風順，十六歲中秀才，二十二歲中舉人，二十五歲便考中進士、點庶吉士，進翰林院，兩年後散考授編修之職。
少年才子，科試連捷，中進士，點翰林，任編修，前途無量，風光無限，古往今來有此幸運者並不多。功名乃古代讀書人第一等大事，若幸而得中，必多加誇耀，但蔡元培先生在其自傳中竟然不置一詞，其淡泊如此。
蔡元培先生的科場連捷得益於他的奇特文風，當時人稱「怪八股」。原來，蔡元培在寫作中常用古字並善引僻典，文章雋永古奧，大異於當時流行的八股文風，結果反而給考官留下了深刻印象，後來很多士子也模仿他的寫法，以為終南捷徑，殊不知，這東西多了就不值錢，所售者並無幾人。
「怪八股」只能說明蔡元培從小就不是一個因循守舊的人，但真正讓他拋棄舊學的，是中國在甲午戰爭中的慘敗結局，這一年也是他被授編修、初入宦途的第一年。甲午奇恥，令眾多的士大夫開始反思並轉向西學，蔡元培也是其中之一。正因為如此，蔡元培雖未與康梁等人結交，卻被保守派視為康黨。在1898年戊戌政變失敗、「六君子」被殺後，蔡元培也就心灰意冷，回到了家鄉紹興。
紹興當時正好成立了一所中西學堂，蔡先生是翰林出身，於是被家鄉父老推薦為學堂監督（即校長）。兩年後，因他的夫人不幸病逝，前來給他提親的人幾乎踏破了門檻，在煩不勝煩的情況下，蔡元培開出了五項徵婚條件：第一，女子必須不纏足；第二，必須識字；第三，男人不許納妾；第四，丈夫死後，女人可以改嫁；第五，夫婦如果感情不相合，可以離婚。
這五項條件現在看來實屬正常，但在當時，那可是驚世駭俗，然蔡元培的態度十分堅決，同意則來，不合則去，這倒也減少了很多無謂的騷擾。直到一年之後，蔡元培才覓得佳妻，在結婚那天，他還別出心裁地變革了婚禮舊俗，不鬧洞房搞演講，內容是：男女平權、男女平等。
1901年秋，蔡元培來到上海就任南洋公學特科總教習一職。南洋公學（上海交通大學的前身）系盛宣懷1896年在上海徐家匯開辦的新式學校，主要以培養鐵路等科技人才為主，而特科班則是為清廷即將進行的經濟特科考試做準備，後來的民國達人如邵力子、李叔同、黃炎培等人都成了蔡元培此時的學生。
在此期間，南洋公學發生了一次學潮，即「墨水瓶」事件。事件的原委是某守舊教師在上課前發現師座上有一隻墨水瓶，其認為是學生有意捉弄，結果校方將某位可能是無辜的學生開除，進而引發其他學生抗議，而校監督汪風藻進將這些學生一併開除，最終導致全校大部分學生憤而退學。特科班總教習蔡元培和其他幾位老師支持了學生的行動，也隨後辭職並組織了「愛國學社」接收這些學生，並請章太炎、吳稚暉等新派人物擔任教師。
此後，蔡元培的思想一度轉而激進，他在上海發起中國教育會，其團體雖未直接造反，卻已萌發反意。在1905年日俄戰爭期間，蔡先生更是剪掉辮子、脫下長袍，與年輕學生一起搞起了軍事訓練，上海的拒俄運動、《蘇報》、《俄事警聞》（後改名為《警鐘日報》）等，也在他的參與下搞得有聲有色。1904年，光復會成立，蔡元培為創始人之一，1905年同盟會成立後，他也隨即加入，成為雙料革命元老。
蔡先生曾回憶說：「自36歲（1902年）以後，我已決意參加革命工作。覺得革命自有兩途：一是暴動，一是暗殺。在愛國學社中竭力助成軍事訓練，算是下暴動的種子。」特別是在拒俄運動期間，中國教育會和愛國學社的師生在張園集會，蔡元培更是「公言革命無所顧忌」，人稱「翰林革命」。
《蘇報》案發生後，章太炎入獄三年、鄒容瘐死監中，蔡元培也於1907年開始遊學歐洲，以避其鋒。在德國的四年中，蔡元培編著了《中國倫理學史》，在學術上更進一尺。1911年武昌起義爆發，蔡元培返回國內並被推為南京臨時政府的教育總長。袁世凱就任中華民國臨時大總統後，蔡元培及宋教仁等幾位國民黨閣員決定退出內閣，袁世凱親自挽留，說「我代表四萬萬人堅留總長」，蔡元培則代表國民黨閣員彬彬有禮地答道：「元培也對於四萬萬人之代表而辭職。」袁世凱見其去意已決，只好勉強同意。
辭去總長一職後，蔡元培再度出洋，直到1917年受邀擔任北京大學校長職務才返回國內。北大源於京師大學堂，原為舊官僚晉身之所，這些人一心想著升官發財，學風尤其惡劣。當時京城的八大胡同便有「兩院一堂」的說法，所謂「一堂」者，指的就是京師大學堂，因為其師生常光顧這等煙花之地而聞名也（後來陳獨秀亦有此習）。
蔡元培上任後，即主張「大學學生，當以研究學術為天責，不當以大學為升官發財之階梯」，他在給汪精衛的信函中也曾說：「在弟觀察，吾人苟切實從教育著手，未嘗不可使吾國轉危為安。而在國外經營之教育，又似不及在國內之切實。弟之所以遲遲不進京欲不任大學校長，而卒於任之者，亦以此。」由此可見，蔡元培開始提倡「教育救國」理念並希望學生專註於學問，但對於政治運動，他仍舊未予取捨。
第一次世界大戰結束後，教育部特令北京的各學校放假慶祝，後由半天延長至數天。1918年11月14日下午，北京學界舉行遊街大會，教育總長還特意安排在天安門附近搭建一座高台，以供檢閱與演講之用。由於這次「遊街」游得特別的好，蔡元培校長在興奮之餘，又向教育部請求延課兩天，並希望借用天安門的那個臨時高台，以供北大教授們公開演講。在這兩天里，蔡先生每天都去演講一次，其他文理科學長教授也都陸續登台，在劇烈的冷風中向大眾講演，幾至喉嚨嘶啞為止。
在這段時間，蔡元培先生的確十分興奮與熱情，他公開號召學生走出校園，積极參与到國家與社會的活動中去，並對不參與提燈游會的學生施以連坐懲戒，這對北大學生後來熱心社會活動的風氣無疑起到了推波助瀾的作用。
希望越大，失望也越大。1919年5月2日，在巴黎外交失敗的消息傳來後，已得知內情的蔡元培在思考再三後，將羅家倫、傅斯年等學生代表請到家中，告知此事。由此，原本在「五七」國恥日的遊行提前到4日爆發，即震驚中外的「五四運動」。
在學生被捕之後，蔡元培邀集北京13所大專院校的校長在北大開會，併當場表示：為使學生出監獄，他願意「以一人抵罪」。隨後，他便帶著校長代表團前往警察廳、教育部等部門請願，要求立即釋放被捕學生。在連續奔波了兩日後，被捕學生終於被釋，而蔡元培也在各種反對勢力的壓力下發表辭職聲明，大意為：第一，我絕對不能再做那政府任命的校長；第二，思想自由是世界大學的通例，我絕對不能再做不自由的大學校長；第三，北京是個臭蟲窠，我絕對不能再到北京的學校任校長。
在未獲教育部批准之前，蔡元培便遽然離京南下。臨走前，他留給北大師生一紙啟事：「吾倦矣！『殺君馬者道旁兒也』。『民亦勞止，汔可小休』。吾欲小休矣。北京大學校長一職，已正式辭去，其他有關係之各學校、各集會，自五月九日，一切脫離關係。特此聲明，惟知我者諒之。」
「殺君馬者道旁兒」，語出《白虎通義》，這句話的大意是「你的馬兒跑死，全因道旁歡呼喝彩的人太多，結果馬就在被鼓勵的狀態底下，疲於奔命，死掉了」，有人說，這是蔡元培在自嘲；許德珩則說，這是蔡元培在嘲諷當局；羅家倫沒有給出結論，仍稱之為謎。所謂「愛之者即害之者」，這對蔡元培校長和愛國學生來說，可能是雙重的意思。
可惜的是，北京的風潮非但沒有因為蔡元培的辭職而平息，反而引發了一場更大規模的「挽留蔡校長」運動，以至於教育部新任命的校長無法到校。在這種情況下，蔡元培於當年7月回北大復職。
在南下途中，蔡元培給北大學生寫信，他先肯定了同學們的行動並認為此舉「純出於愛國之熱誠」，但返校後，蔡元培儘可能地勸告學生應以「學術救國」，不可常為救國運動而犧牲。他指出：「吾國人口號四萬萬，當此教育無能、科學無能時代，得受普通教育者，百分之幾；得受純粹科學教育者，萬分之幾。諸君以環境之適宜，而有受教育之機會，且有受純粹科學之機會，所以樹吾國新文化之基礎；而參加於世界學術之林者，皆將有賴於諸君。諸君