「火燒趙家樓」後，一些安福系政客對北大校長蔡元培十分不滿，他們認為學生之所以鬧事，主要是因為蔡元培之前過於鼓勵學生參與社會活動，這才引發了「五四」風潮的爆發。在這些人的眼中，蔡元培這個老革命黨，「老夫聊發少年狂」……賊心不死哪！
壓力之下，蔡元培在學生被釋放後的第三天便提出辭呈，並悄然離京出走。同時受到指責的還有教育總長傅增湘，他因為同樣鼓勵學生參與「一戰」後的慶祝活動而被迫提出辭職，安福系政客田應璜則擬出任教育總長。
蔡元培去職的消息傳出後，北大學生當晚便以「停課待罪」的方式來挽留自己敬仰的校長。隨後，北京各大專學校的校長們也宣布全體辭職，團結一致，與蔡先生同進退。這時，積极參与「五四」活動的北大學生郭欽光因憤激病逝，隨後因對同學的哀悼而引發了5月19日的北京中等學校以上學生的總罷課，參與者達到25000餘人。
這次總罷課較「五四」那次成熟許多，學生們明確提出「拒簽對德和約、懲辦賣國賊、挽留傅增湘總長和蔡元培先生」等項要求，也就是後來的八個字：「外爭國權，內懲國賊！」
上海、天津、杭州、南京等地學生也紛紛走上街頭，聲援北京學生的行動，這使得全國的罷課風潮愈演愈烈。但是，中國人一貫要面子，如果北京政府輕易答應了學生的要求，他們的面子往哪裡擱呢？於是總理錢能訓就「懲辦國賊」的問題答覆說：「學生如果有他們的賣國證據，政府自當依法懲辦；如徒憑空言，政府不能辦到。」
20日，教育次長袁希濤親赴北京大學，召開大專以上學校校長會議，但官立學校校長竟然無一到會。不僅如此，學生們還展開了更積極的活動，他們組織了大量的演講團（十人一組，時稱「十人團」）上街宣傳，大街上、天橋下，甚至遊藝場，到處都有學生們的身影。
學生的演講贏得了市民們的熱烈歡迎，每一處演講都有大量的民眾前來聽講，聽到即將亡國的激憤處，很多人都跟著學生抹淚嘆息；又有一些熱心的市民，給學生們送茶送水，甚至當場捐款捐物，以示對學生的支持。
不僅如此，學生們還掀起了「抵制日貨、提倡國貨」的運動，最早是北大學生將校內消費社的日貨全部起出並在文科大操場集中焚毀；隨後清華等學校也採取了類似的行動。5月18日，北京各大中專學校的學生將他們自己買的日貨，一起拿到先農壇集中焚毀。學生們的行動引發了日本的惱怒，他們派出軍艦前往天津、吳淞等地進行軍事恫嚇，甚至派出日本浪人去破壞學生的演講。當東京的中國留學生進行抗議活動的時候，日本軍警橫加鎮壓，並將多名學生逮捕。
由於學生的風潮越鬧越大，加之以日本的壓力，北京政府派出軍警、馬隊前去破壞學生的演講活動，他們見到學生聚集便用馬隊衝擊，將圍觀民眾驅散並收繳了學生的旗幟、傳單等。除此之外，他們又用提前放假，進行文官、外交官、司法官考試等辦法進行分化，使得一部分學生退出了運動，此階段的學潮也就告一段落。
不料到6月1日，北京政府在不恰當的時間發布了兩道不恰當的命令，一道是為曹汝霖、章宗祥、陸宗輿辯護並溫言挽留；另一道卻嚴厲呵斥學生擾亂秩序，要求取締各種街頭活動並立即複課。
「愛國有罪、賣國有功」，一石激起千層浪，學生們都是熱血的愛國青年，哪裡受得了如此對待？他們隨即在6月3日恢複街頭演講，而在這一天，北京的軍警們也是嚴陣以待，你來一個我抓一個，你來兩個我就捉一雙，而這一天又恰逢雷陣雨天氣，天上怒雷轟轟，地上飛沙走石，黑雲滾滾，不見天日，好一派陰暗慘淡的人間地獄之景象！
當晚統計，計有170多名學生被逮捕，其中北大學生佔了多數，另外也有清華學校、高等師範等學校的。因為人數眾多，這些學生沒有被送到看押所，而是被集體關在北大法科的講堂之內，從早到晚，學生們連口水都沒得喝。
但是，政府人士明顯低估了學生的能力和毅力，就在第二天，更多的學生靜悄悄地走出校門，他們來到街頭後，突然從懷裡摸出藏好的演講旗幟，便對著大眾開始演講。而這一天的軍警也比往日要分外的多，他們見有人群聚集，便放馬過去，先將聽講民眾驅散，隨後老鷹抓小雞一樣，兩個強壯的警察挾著一個弱小的學生娃娃，送到北大拘禁了起來。
4日這天，學生竟被拘禁了700餘人，最後北大法科裝不下了，又送到馬神廟的理科宿舍作為臨時監獄。4日這天的天氣也很糟，大風大雨、大雷大塵，只見一對對的學生被擄了進來，而一隊隊軍警則在北河沿安營紮寨，陸軍第9師派來了一個團兼一個營的兵力，愣是把堂堂學府變成了兵營。
好好一個北京的首善之地，最後被弄成了黑暗世界，此天意乎？抑或上天示以天譴乎？
凶神惡煞的軍警們卻沒有嚇倒學生。5日，更多的學生背上行李，連牙粉牙刷麵包都準備齊了，他們這一天大隊集合出發，分路演講，人數達到2000多人。與此同時，他們又向各地發出通電，請求支援。據《每周評論》記者的報道：「五日上午，記者打前門經過，看見三個學生站在路旁演講，來了幾個警察，猶如城隍廟的閻王一般，把三個學生一人捉一個，那三個學生兩手雖然被他們捉住，嘴裡還說個不止，聽的人不知道有多少都流下淚來。後門外邊，有兩隊學生，一向西行，一向東行。這個地方只有十幾個警察，到東邊趕人，西邊又演說起來了；到西邊趕人，東邊又演說起來了。鬧得很久，聽的人個個拍手，幾個警察也就不敢動手了。」
警察不敢動手的另一個原因是，學生越來越多，再抓就沒有地方關了。一旦不慎，鬧出人命，那可不是好玩的。
令人感動的是，有許多學生自帶行李，主動前來北大法科要求被拘禁，而被禁的同學們知道後，紛紛登上法科大樓搖旗怒號，校內外連成一片，軍警們也無可奈何。就連女學生們也行動起來了，她們組織了十五校聯合會，集體向總統府請願，要求釋放那些被關押的男同學。
各校校長和教職員工也極為憤怒，他們不但為營救學生而上下奔走，而且發表聯合通電指責政府：「視學生為匪徒，以校舍為囹圄，蹂躪教育，破壞司法，國家前途，何堪設想？」北京社會各界團體也對學生被拘表示了同情，比如國民外交協會、北京教育會、紅十字會等都紛紛前去慰問，以示對學生的支持。
北京學生大批被抓被捕的消息傳出後，全國人民震驚了。6月5日，上海工商學各界人士為了聲援北京學生，第一次實現了「罷工、罷市、罷課」的三罷聯合行動。之前，黃日葵等北京學生領袖曾經來上海開展活動，在北京學生被拘後，上海學生也立刻行動起來，他們手持傳單，到大街上去挨家挨戶地宣傳，動員商家在6月5日實行罷市。在這一天的動員中，一些學生甚至採取了「沿街跪求」的哭諫方式進行哀告，很多來往行人和商家也都答應在次日一定支持學生們的行動。
5日實行「罷課、罷市」的消息傳出後，首先起來響應的卻是上海的工人們。在學生們的熱忱感動下，一些在日本企業如日本內外棉第三、第四、第五紗廠的工人首先在上午實行罷工，緊接著日華紗廠、上海紗廠的工人也隨之響應，接著便是商務印書館、中華書局、滬寧鐵路、杭甬鐵路等地的工人實行了罷工。
5日上午，各商家也按約定實行了罷市，原本熱鬧的大街上很快便冷冷清清，絕大部分商家都大門緊閉，停做生意，就連租界里的永安、先施兩大商業公司也都杜門謝客。在大街上，唯見大中學生在上下奔走，分發傳單，而巡警們則在街上巡邏，防止有人搗亂。
人心齊，泰山移，上海「三罷」的消息傳到北京後，當局意識到事態非同小可，於是包圍北大校舍的軍警們當晚便撤去了，被拘禁的同學重獲自由。但是，由此形成的風潮並未停息，6日後，上海的「三罷」非但沒有停止，規模反而有所增大，越來越多的企業和工人加入了罷工的行列，而商家們也仍舊實行罷市，街上除了幾家買早點的還半掩半閉地開著門，向路人賣些糕點行個方便，其他商家仍舊像昨天一樣，一律實行「關門主義」。上海當局派警察前去干涉，強迫開市，但商家答覆「買賣自由」，警官們也無辦法。
在上海實行「三罷」後，天津、南京、安慶、武漢、濟南、九江等地均以上海為榜樣，實行「罷工罷市罷課」，「五四運動」也由此變成了「六三運動」，前者以北京的學生為先導，後者卻以上海為馬首是瞻了。
商人一向被人認為是傾心謀利的，但在這次運動中，商家卻表現出令人刮目相看的愛國熱情：先是一些大型商業公司主動實行罷市，隨後各中小商鋪也都閉門謝客，並在大門上貼著標語「萬眾一心，同聲呼籲，力抗漢奸，喚醒政府」，就連理髮店也貼上了「國事如此，無心整容，請君不必光顧」的標語。至於那些娛樂場所，也都停止