1913年3月20日晚十點，宋教仁在黃興、于右任等人的陪同下，來到滬寧火車站準備北上組閣。就在眾人走到檢票處的時候，斜刺里突然躥出一條黑影，只聽「砰」的一聲槍響，走在隊伍前面的宋教仁表情痛苦，他扶著身邊的鐵柵欄，忍著痛叫道：「我中槍了！」
在一片驚呼聲中，兇手卻身手敏捷，一轉眼便消失在迷濛的夜雨之中。這時，宋教仁已經歪倒在地上，手還緊緊地捂著受傷的腰部，等被送到附近的鐵道醫院後，已經是奄奄一息。經檢查，子彈系從背後擊入並斜穿到腰部，腎臟、大腸均被擊中，更要命的是，這顆子彈上竟然有毒！
由於宋教仁剛剛領導國民黨贏得國會選舉的勝利，毫無疑問，這是一樁精心策劃的政治暗殺，目的就是要置其於死地。
經手術後，子彈雖被取出，但此時的宋教仁已經是臉如白紙，他知道自己的生命即將走到盡頭，便呻吟著對陪護的于右任口授遺囑：一是將他在南京、北京及東京寄存的書籍全部捐入南京圖書館；二是他家中一向貧寒，老母尚在，希望在他死後請黃興及各位故人代為照料；三是諸位同志要繼續奮鬥救國，勿以他為念而放棄責任。
言畢，宋教仁痛苦至極，他一會雙手抱肩，一會合成十字，似乎有說不盡的苦況，旁邊一班送死的友人，也都為之惻然落淚。在第二次縫腸手術後，宋教仁的傷情更加惡化，他還呻吟著說：「我為了調合南北，費盡苦心，可是造謠者和一般人民不知原委，每多誤解，我真死不瞑目。」
捱到3月22日凌晨四點，在黃興、于右任等人的圍侍下，宋教仁在輾轉苦痛中氣絕而亡，年僅三十二歲。臨終前，宋教仁雙目直視不瞑，雙拳緊握不張，眼眶中尚有淚珠，足見他對這個美好的世界是何等的眷戀和不舍。
宋教仁，字遁初，號漁父，湖南桃源人，他出身於一個耕讀世家，曾考中過秀才，後與黃興等人成立華興會並由此走上了革命的道路。1904年底，宋教仁在長沙起義失敗後流亡日本，並於次年參與了同盟會的組建，成為革命黨早期的重要領袖。
武昌起義後，宋教仁在南京臨時政府中任法制院院長，協助孫中山制定法令。但在政治體制問題上，宋教仁主張責任內閣制，與孫中山主張的大總統制發生衝突（之後頒布《臨時約法》卻又改成責任內閣制，以限制大總統袁世凱的權力），好在後來南北議和成功，首任內閣總理唐紹儀又提名他做農林總長，但這個職位顯然滿足不了宋教仁的大志。在唐紹儀辭職後，宋教仁也辭去內閣職務。在同盟會改組為「國民黨」並獲得國會選舉的勝利後，宋教仁極有希望出任新的內閣總理，但誰也沒有想到，最後竟然會是這樣的結果。
誰是殺害宋教仁的幕後元兇？
第一個懷疑對象當然非袁世凱莫屬，因為他有太多理由要殺宋教仁。袁世凱曾經很欣賞宋教仁，並試圖將他拉進自己的隊伍中，譬如宋教仁在準備回湖南老家省親時，袁世凱曾贈予其一本50萬元的交通銀行支票，讓宋教仁隨意支用，可宋教仁除用了二三百元外，將支票基本原物退還。另外，袁世凱還為宋教仁訂造西裝，連尺碼都量得非常準確，足見其用心良苦。可是，在袁世凱的親善拉攏下，宋教仁卻是如此的「不識抬舉」，他在各地演說中曾毫不忌諱地攻擊袁世凱政府並言動一時，由此引起袁世凱的惱怒與仇恨，似乎也在話中之意。如今，國民黨在國會選舉中獲勝，宋教仁也即將成為一個難以對付的對手，袁世凱怎能不萌生殺意？
令人無語的是，宋教仁在臨終之前還請黃興代筆致電北京，向袁世凱報告了被刺經過，他說：「竊思自己受任以來，束身自愛，從未結怨於私人。如今國本未固，民福不增，遽而撒手，死有餘恨。伏冀大總統開誠心布公道，竭力保障民權，俾國家得確定不拔之憲法，則雖死之日，猶生之年。臨死哀言，尚祈鑒納。」
臨死之人，殷殷期望，章士釗說他是「至死不悟」，聞者何嘗不心酸？
袁世凱得知宋教仁被刺的消息後，也是十分的驚詫，他隨即致電江蘇都督程德全，要求迅速緝拿兇犯，按法嚴辦，以維國紀。在宋教仁身亡的凶訊傳來後，袁世凱更是發布命令，要求國務院從優議恤，並稱：「前農林總長宋教仁，奔走國事，締造共和，厥功至偉。適統一政府成立，贊襄國務，尤能通知大體。擘畫勞苦，方期大展宏猷，何遽聞慘變？民國新建，人才難得，該兇犯膽敢於眾目睽睽之地狙擊勛良，該管巡警並未當場緝拿致被逃逸，閱電殊堪髮指。凡我國民，同深愴惻。」
就當時而言，似乎還不能認定袁大總統就是幕後兇手。道理很簡單，如果在國會選舉結束的敏感時期將宋教仁刺死，袁世凱的嫌疑無疑是最大的，按他通常的辦事手段，斷然不會出此下策。所以，當時的國民黨人雖然心中懷疑，但至少在表面上沒有表露出來。
宋案發生後，江蘇都督程德全下令上海地方立刻緝拿兇犯，公共租界當局、滬寧鐵路局也都紛紛懸賞緝捕，空氣為之一緊。重賞之下，必有勇夫，那些滬上的巡警、包打聽們紛紛出動，四處尋找破案信息。和以往刺殺案懸而未破相反的是，刺宋案的破獲卻是出乎意料地順利，令人難以置信。
就在宋教仁被刺的第三天，古董字畫商王阿發到英租界捕房報案，聲稱一周前因賣字畫曾去上海青幫大佬應夔丞（即應桂馨）家中，應桂馨當時拿出一張照片，說願出酬金1000元將照片上的人刺死，當時王阿發沒有答應。宋案發生後，王阿發見各報刊所登宋教仁的照片正是應桂馨給他照片上的那個人，所以趕緊前來報案。
在得到報案後，公共租界的巡捕隨即在一妓院中將應桂馨抓獲，並立即前往應家搜查。弔詭的是，巡捕們在搜查應家的時候發現其中一人神色緊張，而此人正是殺害宋教仁的兇手武士英。更令人不解的是，在巡捕將應桂馨抓獲的時候，武士英也在妓院，並應一友人之託前往應家報信，結果被鬼使神差地一舉抓獲。
按常理，如果武士英是殺人兇手的話，在應桂馨被捕的時候應該立刻逃之夭夭，何以會在應家自投羅網？而武士英被捕之後，立刻直言不諱地承認了刺殺宋教仁的行徑，他供稱自己真名為吳福銘，山西人，曾就讀於貴州某學堂，後在雲南軍營中做過管帶，現因軍伍被裁，來滬一游，在茶館飲茶的時候遇著一陳姓朋友，經他介紹認識了共進會的應會長（即應桂馨），應桂馨請武士英暗殺一人，說這人是無政府黨，殺他就是替四萬萬同胞除害，並答應事成之後酬勞一千大洋，於是武士英便答應前去。
行刺那天，陳姓朋友告訴武士英說那人姓宋，今晚就要上火車，正好去收拾他。說完，他便給了武士英一把五響手槍，又另招了兩人前往火車站。等他們買了月台票進站後，正好碰到宋教仁進招待室，陳便把目標指給武士英看，讓他隨後動手。過了一會，宋教仁等從招待室出來，走至半途的時候，武士英便開槍打了一下，隨後便逃回應家報功去了。應桂馨得知宋教仁確實被刺後，還稱讚武士英能幹，並承諾將來送他出洋遊學。武士英則把手槍繳還，後來在應家搜到。
青幫大佬應桂馨是上海灘上赫赫有名的人物，他當時有兩個頭銜，一是中華民國共進會會長，一是江蘇駐滬巡查長。陳其美在上海謀劃革命的時候與應桂馨結識，陳本人還經常住在應桂馨提供的自家住宅，這裡也成了當時革命黨人的秘密據點，于右任等人也曾住過。在這個時期，陳其美與應桂馨相互加入了對方的組織，在上海光復之戰中，青幫成了革命黨人的堅定盟友，他們自告奮勇地組織了敢死隊，在攻打江南製造局等武裝暴動中便有幾千幫會成員參與戰鬥。
上海光復後，陳其美建立滬軍都督府，當時也得到了青幫的鼎力支持。在革命的最初，青幫和革命黨曾有過一段蜜月，譬如應桂馨被任命為陳其美的諜報科長，當孫中山回到上海後，應桂馨又被陳其美派去直接負責接待和保衛孫中山。孫中山前往南京就任臨時大總統時，便是由應桂馨組建衛隊，隨同前往南京。
本來應桂馨在革命成功後應該有個不錯的政治前途，但此人身上江湖氣、流氓氣太重，他當上孫中山的衛隊長後，在開始的時候對前來拜訪孫中山的親朋故友還比較客氣，但後來人來得多了，應桂馨就看人下菜，有時還對客人惡語相向。孫中山見他不適合這種工作，由於將他改調臨時政府庶務長，但應桂馨又在日常工作中有貪賄行為，因此孫中山在臨時政府即將解散時將他打發回了上海。
1912年6月，在上海都督陳其美的支持下，應桂馨當上了中華民國共進會的會長，這是一個由上海青幫、洪門和公口聯合建立的一個準政黨組織，也是幫會組織公開化的產物。在武昌的革命黨人試圖發動南湖馬隊暴動推翻黎元洪時，應桂馨也代表共進會參與其中，後來因事敗而被通緝，並倉皇逃回上海。
由於辛亥革命中有眾多的幫會參與其中，這些人員的素質普遍不高，在社會上造成了很大的混亂，因而袁世凱上台後