段祺瑞內閣成立後，中央政府算是周齊妥當了，但地方上還是外甥打燈籠……照舅（照舊），只不過由段內閣列一名單另加任命，以表示事實承認而已。
當時的地方情況如下：奉天督軍張作霖、吉林督軍孟恩遠、黑龍江督軍畢桂芳、直隸督軍朱家寶、山東督軍張懷芝、河南督軍趙倜、山西督軍閻錫山、江蘇督軍馮國璋、安徽督軍張勳、江西督軍李純、福建督軍李厚基、浙江督軍呂公望、湖北督軍王占元、湖南督軍陳宦、陝西督軍陳樹藩、四川督軍蔡鍔、廣東督軍陸榮廷、廣西督軍陳炳焜、雲南督軍唐繼堯、貴州督軍劉顯世、甘肅督軍張廣建、新疆督軍楊增新。
要說起這二十二省，其實大都是北洋系的勢力，黎總統雖說有南方數省遙尊為領袖，但他困守北京，終究是遠水解不了近渴，難以仰仗實效。不過，黎元洪也有辦法，那就是重開國會，這倒是一個不錯的抓手，可以用來牽制老段的勢力。
1916年8月1日，闊別多年的第一屆國會議員們齊聚京城，其中參議院138人，眾議院318人，人數剛剛過半（第一屆國會俗稱「八百羅漢」，總人數應當在820人）。在被袁世凱解散後，這些國會議員們散落各地，這次得以重逢並再次召開國會，真是悲喜交集，心情十分複雜。國會開幕那天，黎元洪、段祺瑞等文武官員也都紛紛到場祝賀，當天會議的一個重要內容，便是黎元洪按照《大總統選舉法》進行宣誓。在黎總統誓畢後，議員們忍不住一齊歡呼「民國萬歲」、「總統萬歲」，時光彷彿又回到了當年國會初開的盛況。
國會重開後，他們要做的第一件事情便是選舉副總統。副總統這個位置看似不尷不尬、可有可無，但其中卻另有涵義。譬如南方的議員們，他們想把老段選為副總統，然後乘機將他從國務總理的位置上擠下，讓南方的唐紹儀上位。
但是，這個提議很快便宣告失敗，一則段祺瑞公開表態不會就任副總統，二來唐紹儀也不想出任國務總理。由此，該提議也就不了了之，國會議員們最後選了馮國璋做副總統。副總統本是虛銜，當年黎元洪不願北上就任而改在湖北遙為受領，這次馮國璋當然也不例外，直接就在江蘇就職了。
應該說，在袁世凱死後的這幾個月里，在黎元洪、段祺瑞、馮國璋等人的配合之下，總統確立了，內閣成立了，國會重開了，每天總有各種賀電從各地發來，紛紛擾擾，熱熱鬧鬧，民國氣象看似不是小好，而是一片大好。
當然，也不全是喜事。就在馮國璋就任副總統的次日（10月31日），一封唁電從上海傳來，革命元勛、陸軍上將黃興因多年奔走國事，以至於積勞成疾，竟在上海去世了。黃興在「二次革命」後因不肯加入中華革命黨而遠赴美洲，直到護國戰爭爆發後才返回上海，可惜這位革命偉人的時日已經不多，逝世時不過43歲，可謂壯年早逝。
更令人驚愕的是，在黃興死後不到十天，又一位偉人在日本福岡去世，這就是揭起「護國戰爭」大旗的蔡鍔將軍。在袁世凱死後不久，蔡鍔因為患喉疾而電辭四川督軍之職，隨即經上海轉赴日本福岡就醫。不料此時竟為時已晚，蔡鍔最終在日本不治身亡，年僅35歲，更是英年早逝！
民國政府好生安葬兩位革命偉人姑且不提，下面卻要說說新總統和新總理是如何同事的。按理，黎、段兩人都是軍人家庭背景，又都讀過軍校、留過洋、帶過兵、打過仗，兩人的經歷類似，彼此間的溝通應該問題不大。再說了，黎元洪在袁世凱時期已經學會韜光養晦，凡事包容；而老段的脾氣雖然大，仕途上也更順利，但人家好歹也是個大領導，還不至於當面給黎總統難堪。
段總理至少能在表面上優禮黎總統，但他手下的那些人就難說了。在這些人中，最難說話的人便是人稱「小扇子軍機」的徐樹錚，而這小徐偏偏又是老段最為信任的幹才。這下好，問題複雜了，矛盾激化了，好戲馬上開演了。
徐樹錚是個什麼樣的人？聽聽段祺瑞府上的人是怎麼說的就知道了。徐樹錚是江蘇蕭縣人，秀才出身，他和老段是一不沾親、二不帶故，原本只是老段手下的一名司書，不知怎麼就給老段賞識上了，送他到日本士官學校留學。小徐回國以後立刻扶搖直上，成為老段跟前的頭一名紅人。段府的人都說，老段起來得快是老袁一手提拔，而老段提拔小徐也像袁世凱當年提拔他自己一樣，甚至有過之而無不及。
譬如民國初年，老段做陸軍總長，徐樹錚就當次長，另外還有一個次長蔣作賓，可陸軍部里的事大小都是徐樹錚說了算。不但蔣作賓當不了家，就連段祺瑞本人說的都不一定算數，因為小徐在老段面前是說一不二，從不被駁回；而老段吩咐下來的事，小徐卻不一定照辦。當時就有這麼件事，段祺瑞有個老部下被軍隊撤職了，窮得沒辦法來找老段，請求給個差使。老段看他可憐，就答應下來，並批交徐樹錚辦理。不料徐樹錚後來卻簽呈上去，說：「查該員無大用處，批駁，驗過」……於是這事就算拉倒。
徐樹錚受到重用，和老段的生活和工作方式也有關係。總的來說，老段的生活很有規律，一年三百六十五天基本沒有什麼變化（這點和袁世凱很像）。他一般在家吃過早飯後，便上書房看公事；看完公事後去衙門，中午通常都是回來吃飯。除了大年三十和正月初一，老段一般都是一人單吃，不和家裡人同桌吃飯……不過這樣也好，因為老段一向嚴肅古板，很少與人說笑，所以老段的家人倒也樂得躲開他，免得受他拘束。
老段吃過中飯後，一般會在內客廳睡個中覺，然後有客的時候會客，無客的時候就與棋手們下下圍棋（後來加入日本籍的國手吳清源，他小的時候便經常陪老段下棋，老段會給棋手們每月開工資），或者找一些詩人搞搞詩會，當時王揖唐、梁鴻志等人便是段府的常客。晚飯之後，老段照例都要打牌（麻將），一天基本是就這樣過了。如此看來，老段辦公的時間短而享受生活的時間多，在勤政方面，老袁比老段可要強多了，而這也是徐樹錚受到重用的原因之一。
小徐去段府，從來就是隨來隨見，用不著要號房的人通稟，他就揚長直入了。段府的那些人，見了小徐都躲得遠遠的，因為大家都知道他脾氣大，又好挑毛病，惡狼惡虎似的，當面就給你一個下不來，小者挨一頓申斥，搞得不好，他跟老段一說，飯碗就被他砸了。旁人還有個靈活，但他是言不二價，所以大家都不願意沾他。
老段會客一般是在外客廳，但小徐一般是徑直走進內客廳，而且只談公事，三言兩語，交代完了就走。他很少參加公館的宴會，也不大陪著老段打牌，照例是公事公辦，態度很嚴肅。正因為如此，不但段府的人對徐樹錚報著敬而遠之的態度，就是老段身邊的親信，那些軍政界的要人們也對小徐十分煩惡。有些事，大夥都避諱他，不願意讓他參加。為啥呢？因為只要一沾上徐樹錚，就得實行獨裁，聽他一個人的了。
也許大家會覺得奇怪，為什麼老段會對小徐這麼信任呢？原來，小徐不但對老段忠心耿耿，一心護著老段，而且他這個人也真是有學問，有能力，才氣過人。有人親眼所見，徐樹錚在會客的時候，一手批公事，一手還拿著耳機子和人家通電話，真是做到五官並用。再者，小徐的記性也不是常人可比的，可以說是過目不忘，什麼公文啊條例啊，他看得既快，記得又熟，只要老段一問他，他總是能對答如流，誰要是不信，找出公事來一對，還真是一字不差。所以段府的人都說：「這是人家有才，你想，老頭子能不喜歡么？」
有才歸有才，但天底下有才的人大都有個恃才傲物的臭毛病。老段這次出任國務總理，小徐也就理所當然的做了國務院秘書長，而這年小段不過37歲。對於徐樹錚的專橫跋扈，黎元洪也是早有耳聞，最開始他是反對由徐樹錚出任國務院秘書長的，因為他知道徐樹錚這個人太難共事。後來老段托總統府秘書長張國淦和北洋元老徐世昌代為轉圜，黎元洪這才勉強答應。不過，黎總統提出一個條件，那就是徐樹錚到總統府見他的時候，必須有張國淦陪同，他不單獨見徐樹錚。
由於當時約法對總統府與國務院之間的許可權不甚了了，而老段和老黎在平日里也不太互通聲氣，因此在一些事務上難免出現誤會與衝突。按照約法規定，國務院所決定的重大事件，應當呈遞給總統府，由大總統蓋印發布。徐樹錚是國務院秘書長，因此經常要往返於國務院和總統府辦事，但這個小徐經常不給黎總統說明事件來由，只管催促總統趕快蓋印。要是黎元洪多問上幾句，小徐脾氣上來就敢當面頂撞。徐樹錚這種盛氣凌人的態度，若不是總統府秘書長張國淦從中斡旋調解的話，黎總統還真是有點吃不消。
有一次，徐樹錚拿著福建省三個廳長的任命書來請總統蓋印，黎元洪剛剛問了幾句這三人的從前來歷，小徐就不耐煩的說：「大總統問這些幹什麼？請趕快蓋印，我事情忙得很！」這下可真是把黎元洪氣得半死。等徐樹錚走了，黎元洪恨恨的跟手下人說：「我本不