黎元洪接任總統後遇到了第一個麻煩，那就是接任的法律依據是1912年制定的《臨時約法》呢，還是1914年袁世凱時期的約法？
在6月6日的國務院通電中，段祺瑞稱「副總統黎元洪代行中華民國大總統之職務」，所謂「代行」，依據便是袁氏約法，其中規定「大總統因故去職或者不能視事時，副總統代行大總統職權」，但期限只有三天，不能繼任。
在袁世凱死後，段祺瑞自命為北洋系的接班人，他當然不希望將袁世凱一踩到底，因為對袁世凱過多的打壓貶斥反會損害自己的合法性，此所謂「投鼠忌器」是也。為了表示自己繼承的是袁世凱北洋系的衣缽，老段在必要的時候還得將袁世凱的牌子扛出來為自己樹威，這也是他堅持袁氏約法的原因所在。
對於老段的說法，南方護國軍方面當然不能接受。他們認為，袁世凱帝制自為，早已喪失了合法性，袁世凱制定的約法，也是其稱帝的一個工具，斷斷不能成為黎元洪接任總統的依據。因此，黎元洪繼任總統應該是按照民初的《臨時約法》繼任，而不是什麼「代行」。
護國軍方面對段祺瑞說法的駁斥，聚集在上海的兩百多原國會議員也紛紛表示贊同，他們發表聯名通電，要求以《臨時約法》和1913年國會制定的《大總統選舉法》繼任前總統袁世凱的任期至民國七年十月止（即1918年10月）。國會議員們之所以堅決要求按《臨時約法》來處理總統繼任問題，其中還有一個重要原因是：如果按袁氏約法，第一屆國會的恢複將遙遙無期；而要按《臨時約法》，被袁世凱解散的第一屆國會將重新恢複，議員們可以再次行使他們的權力。
由此可以看出，所謂接任總統的法律依據，從小里說，是關係到黎元洪、段祺瑞及議員們切身利益問題；往大里說，這可是關係到民國未來政治走向的大問題。
處於風口浪尖上的黎元洪，此刻卻支吾其詞，兩邊都不敢得罪，也不敢輕易表態。從感情上來說，黎元洪願意接受南方的說法，因為按《臨時約法》的規定，他可以名正言順的繼任總統，而且任期有兩年有餘；如果要按袁氏約法的話，他只有三天的代行期，雖然他已經成為事實上的大總統，但難保實權在握的段祺瑞中途會不會變卦。在北洋系的包圍下，黎元洪也不好公開響應南方的意見，只能裝聾作啞，靜觀其變，以換取段祺瑞的支持。
在各方的壓力下，段祺瑞卻並不想把這個問題搞得太清楚，他一會說黎元洪接任總統是「代行」，一會又說是「繼任」，再不然就用一個中性的詞，「接任」，以圖矇混過關。但老段越是心虛，南方就越是揪住不放，各種質疑、質問乃至抗議的通電如同雪花般的飄到了國務院，非要把兩個約法的事情問個明白不可。
事實上，不論是民初的《臨時約法》也好，後來的袁氏約法也罷，老段其實都不喜歡。因為按民初的約法，雖然大總統的權力是虛、總理的權力是實，但國會的權力太大了，總統和總理都要受到國會的嚴格監督和極大限制；而按照袁氏約法，總統的權力又太大，總理不過是總統的執行人角色。
由此，老段提出一個自己的解決方案，那就是仿照民初臨時參議院的召集辦法，由各省各派三名代表赴京組成「修正約法委員會」，以制定一個新的約法發布執行。對此，無論是南方護國軍方面還是上海的議員們，都紛紛表示反對。要知道，南方護國軍爭的正統地位，而議員們要的是恢複國會，老段拋出的這個什麼「修正約法委員會」，不痛不癢，完全沒有考慮到這些人的用意和利益，他們如何肯輕易答應。
不要說南方護國軍和議員們不答應，就是北洋系內部也不以為然，譬如和老段同樣老資格的馮國璋就不甚贊成，他的代表與南方互通聲氣，明裡暗裡的拆老段的台。正當各方為此事爭執得不可開交的時候，一個意外的事件打破了僵局，這就是海軍的介入。
當年6月25日，駐滬海軍司令李鼎新、第一艦隊司令林葆懌、練習艦隊司令曾兆麟發布聯合宣言，宣布獨立，並要求按照民初約法召開國會。由於當時的中國海軍分為第一艦隊、第二艦隊和練習艦隊，而其主要力量又在第一艦隊，第二艦隊僅僅是一些巡防長江的小型炮艦，因此這次事件等於是整個海軍都倒向了南方。
由於淞滬一帶是馮國璋的地盤，他害怕海軍在他的背後搗亂，於是向段祺瑞施加壓力，要求迅速解決約法問題。在南方步步緊逼而北洋內部又出現裂痕的情況下，老段也只好做出重大退讓，在四天後以總統令的方式宣布遵行《臨時約法》，並續行召集國會。
由此，袁世凱死後的第一場風波終於平息了下來，而唐繼堯也隨後代表南方護國軍通電全國，宣布取消軍務院，南北軍事對立也宣告結束。
在宣布遵行《臨時約法》後，黎元洪再次以總統令的形式重新任命段祺瑞為國務總理並委託其組閣，由此，繼袁世凱之後的新一屆民國政府也就算是正式運作起來了。6月30日，段祺瑞提交了內閣名單：外交唐紹儀、內務許世英、財政陳錦濤、司法張耀曾、教育孫洪伊、農商張國淦、交通汪大燮、海軍程璧光，至於陸軍總長，還是老段自兼……不論是因為軍事上的自負還是出於控制實權的考慮，老段對於陸軍總長的這個位置，一向就是當仁不讓。
對於老段的這個組閣安排，黎元洪照單全收，兩人配合默契，相處也還算融洽。即便是黎元洪稍稍提出點自己的意見，老段也能做出調整，以示尊重，譬如後來張國淦、汪大燮請辭不就，內閣成員便改由許世英任交通總長、孫洪伊任內務總長、范源濂任教育總長、谷鍾秀任農商總長，而外長唐紹儀一直未能就任，後由伍廷芳出任。
段祺瑞的新班子搭配了南北雙方的人馬，頗有團結統一的意味，但明眼人一看就知道，黎、段體制的一大特點是「黎虛段實」，雖然南方這套班子里佔有幾個名額，但實權仍舊掌握在以段祺瑞為首的北洋系手中。至於總統黎元洪，他也極力在南北間斡旋，調和彼此間的矛盾，力圖新一屆政府能夠正常運作。在各方努力下，新班子雖然談不上萬象更新，倒也心領神會，各盡其責。
在一團和氣的後面，南北分歧依然存在。在新班子成立不久，南方便提出要懲辦帝制禍首，並提交了一份十三人的大名單。看到這裡，讀者也許會覺得奇怪，要說起推動袁世凱稱帝的禍首，林林總總應不下幾十人，其中還不乏目前盤踞各省的督軍們，但為何只有十三人呢？
這個名單是有玄機的。在這十三人中，最早鼓吹帝制的籌安會六君子（楊度、孫毓筠、嚴復、劉師培、李燮和、胡瑛），這些手無寸鐵的文人們，自然是毫無懸念的上榜。另外，就是在袁世凱復辟中鬧得最厲害的「洪憲七凶」，即梁士詒、朱啟鈐、段芝貴、周自齊、張鎮芳、雷震春、袁乃寬七人，合起來正好是「十三太保」。至於其他人，要不就是手握實權不好得罪，要不就是小蝦米，姑且放過。
對於懲辦帝制禍首，老段開始並不同意，畢竟「十三太保」中的一些人都是老朋友，自己剛一上台就拿老朋友開刀，未免不太厚道，於是他主張將帝制派和原先在二次革命時緝拿的革命黨人一併特赦，大家就算玩笑一場，豈不皆大歡喜？
對於老段試圖和稀泥的態度，南方極不滿意，而黎元洪此時正被南方遙尊為領袖，自然得站出來堅持一下，以表示對原則的尊重。考慮到黎元洪及其背後的南方勢力，老段也只好稍做讓步，在經過多次的協商和交易之後，最後擬定了八位禍首名單，即：楊度、孫毓筠、梁士詒、朱啟鈐、周自齊、顧鰲（前法制局長）、夏壽田（內史，草擬帝制文電者）、薛大可（《亞西亞報》經理，帝制鼓吹者），人稱「八大金剛」。
這個八人新名單剔除了北洋系的幾個老朋友，又把幾個搖筆杆子的文人給加入了進去，更是顯得不倫不類。最妙的是，還沒有等懲辦命令下發，這些人早已得知消息並竄出京門，逃之夭夭去也。唯獨前法制局長顧鰲動作慢了一點，結果在乘車出京的時候被抓到，但最後也是不了了之。
懲辦帝制禍首是黎元洪和段祺瑞的第一次分歧，也是兩人鬥法的開始。說句實話，老段是不太看得起黎元洪的。在他的眼裡，黎元洪算什麼呢？一個棄海上岸的敗軍之將？一個半路出家的新軍將領？要知道，老段乃是陸軍科班出身，又曾到德國留學，而黎元洪原本是學習海軍的，即便他到日本訪學過三次，但日本又怎能和當時世界第一的德國陸軍比呢？這日本原本就是從德國那裡學來的嘛。
所以，在老段的心目中，全中國就他最懂軍事，他最正宗，其他人根本不在話下（別說黎元洪，就算是王士珍、馮國璋又如何？哼哼）。
老段有這個資本啊！武昌起義的時候，黎元洪不過是個小小的協統（旅長），而段祺瑞早在幾年前就做過北洋六鎮的統制了。當清廷調段祺瑞去鎮壓武昌起義的時候，正擔任江南提督的老段隨即被委為湖廣總督，那級別比黎元洪高了去了。再說了，當時