「二次革命」後，袁世凱的威勢暫時達到了高潮，但當時還有兩個重要問題沒有解決，一個是要制定中華民國的正式憲法，另一個是選舉中華民國的正式大總統。袁世凱在倒騰了半天后，才發現自己其實還只是個臨時大總統。
憲法不憲法這種事情，袁世凱不太想理會，他認為當務之急是先要把這個臨時大總統轉換成正式大總統。這「臨時」二字，怎麼聽都覺得彆扭，何況被趕到日本去的孫大炮也曾在這個位置上待過三個月呢。因此，在將革命黨人的反抗鎮壓下去後，袁世凱最著急的便是自我扶正，由臨時大總統轉正為正式大總統。今後的日子雖然還長著呢，但關鍵的幾步非走好不可。
議員們當時有兩種意見，一種是主張先制定憲法，後選舉大總統；另一種則主張先選舉，後制憲。前一種觀點認為，先有雞才有蛋，沒有正式憲法，哪裡來的正式大總統呢？最開始的時候，這種觀點佔據了主流。
不過，後一種觀點聽起來也不錯，因為制憲是一個漫長審慎的過程，好比百年大計，不可倉促的拍拍腦袋就定案；但是，目前局勢又要求需要一個高效率的行政體系，因此選舉大總統是火燒眉毛的事，何況現在因為沒有正式大總統，各國都不便承認——中華民國都「民國二年」了，在世界上還未曾取得正式球籍呢。
在「二次革命」前，兩派觀點旗鼓相當，但「二次革命」後，情況就大不同了。兵強馬壯、財大氣粗的袁世凱已是今非昔比，權力陡增，他要關心總統的轉正問題，那國會議員們就不能太熱心於憲法的制定。因此，議員們最後還是屈從了袁世凱的意見，先選舉、後制憲，先將袁世凱扶正了再說。
按理，《總統選舉法》本是憲法的一部分，但如今袁總統要得急了，那議員們也只好先集中精力搞這一部分。1913年10月4日，經過國會兩院通過後，憲法起草委員會便將新出爐的《總統選舉法》公布，預備在兩天後進行總統選舉。
為何在兩天後進行總統選舉呢？原來，再過幾天便是民國的生日，也就是雙十國慶了。袁世凱希望在這一天舉行正式大總統的就職典禮，既便於歐美各國對中華民國加以承認，又可以好事成雙，錦上添花，豈不美哉？
早在「二次革命」前，袁世凱已經在謀劃此事了。鑒於當時國民黨在國會中是第一大黨，人多勢眾，要是在選舉中作起對來，也是件麻煩事。畢竟民國了嘛，既共和又民主了，當時的袁世凱畢竟要做做樣子。使用武力解決問題雖然簡單易行，但終究是有點赤裸裸的，面子上掛不住。
梁啟超當時是支持袁世凱進行開明專制的，這讓袁世凱十分滿意，隨後便從善後大借款中撥出專款160萬元，讓梁啟超出面去策劃國會中的其他幾個政黨的合併事宜，以共同對抗國民黨。梁啟超到北京後，便與共和黨、民主黨、統一黨積極磋商，準備合併成一個大政黨，以對抗國民黨。
民國初年的政黨其實也無甚原則立場，他們聽說梁啟超拿了一百多萬的活動經費，又有袁世凱支持，加上樑啟超這麼個大名人，合併建黨，何樂而不為呢？在取得初步的意向後，梁啟超以共和黨理事長黎元洪的名義舉行了一個懇談會，並邀請在國會中的三黨議員赴宴，交流感情。在三黨懇談會上，梁啟超進行了一場非常精彩的演講，他當席指出：「目前共和、民主、統一三黨聯合起來，在國會中尚不能佔據多數，這種現象極為可憂。不管是為三黨考慮，還是為反對黨考慮，都應該三黨合併，使中國能逐漸二大黨對峙的局面，這樣政黨政治才能逐步走上正軌。」對於梁啟超「兩黨競爭」的政治構想，湯化龍、孫武等人紛紛表示支持，三黨合併事宜也進行得非常順利。5月29日，三黨在北京舉行合併大會，當時有一千多黨員到會，場面也頗為壯觀。會上，三黨代表宣布正式合併為「進步黨」，選舉黎元洪為理事長，梁啟超、張謇、伍廷芳、孫武、那彥圖、湯化龍、王賡、蒲殿俊、王印川9人為理事，名譽理事有馮國璋、周自齊、熊希齡、張紹曾、閻錫山、胡景伊、尹昌衡、蔡鍔、唐繼堯、陸榮廷、張鎮芳、楊增新、程德全、朱瑞等20多位名人，另外還有100多名參議，陣容可謂強大。
合併後的進步黨，其領導和骨幹力量事實上都是原清末的立憲黨人。在梁啟超的影響下，進步黨的政治立場傾向於擁護袁世凱政府，其主要作用是在國會中對抗國民黨，支持袁世凱實行中央集權。當然，這也沒有脫離政黨政治的範疇，毋庸多言。
袁世凱還不放心，另外又授意總統府秘書長梁士詒，由他出面以每月200元津貼的價格收買了國會中的另外一些議員如李慶芳、梅光遠、康甲臣、陸夢熊等人，隨後又集合潛社、集益社、議員同志會等小團體，並趕在選舉前（9月18日）成立了公民黨。公民黨不為他事，唯一宗旨就是要將袁世凱扶上大總統的寶座。
在武力上打敗孫中山、黃興等人後，袁世凱挾勝利之威勢，心想這下總統選舉應該沒問題了。就算有問題，袁世凱也設下了後著。
10月6日，759名國會議員來到選舉會場，正式選舉民國首任正式大總統。按照新公布的《總統選舉法》，選舉大總統須三分之二的議員出席，以無記名投票的方式進行選舉，候選人必須在得票四分之三以上方可當選。儘管當時國民黨議員在國會中佔據多數，但因為受到「二次革命」的牽連，因而也就沒有提出候選人；至於其他人等，也不過是陪太子讀書，幫袁世凱裝點下門面而已。
剛開始的時候，選舉還算正常。第一次投票後，經統計，袁世凱得471票，黎元洪154票，其他還有幾個候選人只得零星數票。袁世凱這次雖然得票最高，但因為某些議員投了無效票，因而袁世凱的得票仍舊沒有達到法定的四分之三多數，因此還需要再進行一次投票。
就在這時，選舉會場外突然來了數千名貌似軍人的不相干人等，他們打著「公民團」的旗號前來觀看選舉。在聽說袁世凱沒有當選後，這些「觀眾」整齊嚴肅的大踏步進入會場，正在投票的議員們立刻被他們里三層外三層的圍了個水泄不通，插翅難飛。
議員們何時見過這等「民主」架勢，只得推議長去交涉，要求這些人退出會場，不得干涉選舉。誰知那幫人聽後，反而大聲嚷嚷起來：「我們都是公民團，今日推選大總統，關係重大，倘若你們選出辜負眾望的大總統，我們是不答應的！我們醜話說在前頭，要是所選非人，今天各位就甭想走出會場！」
如此情形，議員們也就明白了七分。但你還別說，當時的那些議員們還是頗有些骨氣的，在如此高壓之下，他們偏不肯將票投給袁世凱。
在第二次選舉後，袁世凱雖然得了497票，但黎元洪也多得了幾票（162票），袁世凱仍舊沒有達到法定多數。從效果上來看，「公民團」的做法其實是添亂，黎元洪多得的幾票很可能就是國民黨議員投的，雖然他們未必支持黎副總統。
由於當時投票流程不甚熟練，從發票、填票、投票、開票、唱票，這一圈搞下來大約要4個小時，因此議員們肚皮餓了，打算明日再進行第三次選舉。但這些「公民團」們不答應，他們早已將會場團團圍住，許進不許出，就連四面圍牆也站滿了軍警，誰也別想跳出這禁錮圈。
時間到了晚上，議員們餓得急了，想闖出大門找點吃的，但那也不行。議員們還沒等走到門口，便被「公民團」的人拽住，輕則破口大罵，重則飽以老拳，把議員們打得抱頭鼠竄，狼狽的逃回會場。最可笑的是，某些議員好吸大煙，一時間煙癮犯了也沒法補充，這群人在會場上哈欠連天，鼻涕不是鼻涕，眼淚不是眼淚，真是急得抓耳撓腮，捶胸頓足，徒然讓「公民團」笑話。
也有送飯的。比如支持袁世凱的公民黨給他們的議員送飯來了，「公民團」的人便放他們長驅直入。進步黨也派人來送吃的，但這些凶神惡煞的「公民團」不讓他們隨便進去，進步黨的人急忙說：「我們是擁護袁總統的！」公民團聽了喜笑顏開，大手一揮，說：「那就趕緊進去吧！」國民黨派人送飯來，說：「我們是國民黨的，給議員們送飯！」公民團大怒，罵道：「國民黨的不準進，餓死活該！」
眼看不繼續選舉就不許出門，議員們也只好忍氣吞聲的接著進行第三次投票。按照《大總統選舉法》的第二條：「兩次投票無人當選時，就第二次得票較多者二名決選之，以得票過投票人數之半者當選」。也就是說，這次只能在袁世凱和黎元洪中間選舉一人，而且只要過半數就可當選。
待到選票發到各議員的手中，「公民團」的人又叫嚷起來了：「選舉袁總統！」「誰不選袁總統就別想出門！」「誰不選袁總統就別想吃飯！」在此聲浪下，飢腸轆轆的國民黨議員們早已是手腳發軟，頭昏眼花。但即便是這樣，仍舊有部分硬骨頭議員在選票上畫叉，以示抗議。等到投票結束，袁世凱得了507票，自然是過了半數，當選為中華民國第一任正式大總統。
事實上，袁世凱當