1912年4月8日，中國有史以來的第一屆國會在北京開幕。在前一天晚上，臨近眾議院的各街道上早已是布置得張燈結綵，流光璀璨，一片喜慶色彩。第二日，那些當選的參、眾兩院議員們都穿著嶄新的大禮服，喜不自禁的陸續走進眾議院會場。或許是「宋案」的關係，袁世凱當天並未出席，只是派出了總統府秘書長梁士詒及內閣總理、各部總長前來致賀，加上前來觀禮的內外來賓，場面倒也算隆重。
等到上午十一點，各方人員均已到齊，國會籌備委員顧鰲宣布開幕典禮開始，先放了108響禮炮，接著才由各方代表發言。隨後，總統府秘書長梁士詒也拿著袁世凱的賀詞念道：「我中華民國第一次國會正式成立，此實4000餘年歷史上莫大之光榮，4萬萬人億萬年之幸福。世凱亦國民一分子，當與諸君子同深慶幸。」說完，梁士詒高舉雙手喊口號：「中華民國萬歲！民國國會萬歲！」梁士詒一舉手，台下的議員們也都紛紛響應，口號聲震耳欲聾，會場氣氛達到了高潮。
國會開幕後，第一件事情便是要選舉正副議長，當時的參眾兩院均分為兩派展開了激烈的爭奪，這便是國民黨一派，共和黨、民主黨和統一黨這三黨為另一派。這些議員們開了多次預備會議，鬧騰了半個多月，才算把議事細則及正副議長選舉規則等辦法搞好。在隨後的參議院選舉中，國民党參議員張繼和王正廷分別當選為正、副議長；而在眾議院的選舉中，民主黨議員湯化龍當選議長，共和黨議員陳國祥當選副議長，雙方基本打平。
在「宋案」陷於停頓、國會議員們忙著搞選舉的時候，袁世凱也沒閑著。他此刻正在策劃一件大事，那就是前兩屆內閣都沒有搞好的「善後大借款」問題。袁世凱憑著多年的政治經驗，早已預料到要同革命黨人攤牌，因此他需要籌措足夠的資金來打仗。畢竟，不管在什麼情況下，沒有錢總是萬萬不能的。
4月26日晚，國務總理趙秉鈞、財政總長周學熙、外交總長陸征祥在北京滙豐銀行大樓與英、法、德、俄、日五國銀行團的代表進行最後的談判。談判進行得很艱苦，雙方代表一直談到27日凌晨才最後議定各項具體條款。
在借款合同中，五國銀行團答應借給民國政府2500萬英鎊，年息5厘，期限47年；債券9折出售，扣除6％的傭金，等於只有2100萬英鎊；如果再扣掉之前的墊款、各國銀行的借款及其償付各省遣散軍隊等費用的話，實際上拿到手的不足1000萬英鎊，但到期歸還本息就要6789萬英鎊了（比庚子賠款似乎要苛刻）。
當善後大借款已經簽字的消息公布後，立刻在國內引起了軒然大波。首先是來自國會的質疑，國民黨籍的參議院議長張繼和副議長王正廷通電全國，稱善後大借款不經國會批准即行簽字，無疑是視國會如無物，荒唐可笑，豈有此理。隨後，黃興、柏文蔚、李烈鈞、胡漢民等人也都紛紛發電報，斥責袁世凱違法借款，藐視立法機關，大有興師問罪之勢。
既然錢已借到手，袁世凱也就乾脆撕下臉皮，他非但不理睬國民黨籍議員的抗議，反氣勢洶洶的斥責孫中山、黃興等國民黨人。事情鬧到這步田地，雙方惟有兵戎相見了。6月9日，袁世凱先下手為強，下令免除李烈鈞的江西都督職務，任命黎元洪兼署江西都督；14日，又將廣東都督胡漢民免職；30日，安徽都督柏文蔚也被免職。如此一來，國民黨籍的三位都督都被袁世凱以「不稱職」、「不孚眾望」的名義罷免，當然，根本原因還在於「不服從中央」。
李烈鈞被袁世凱免職後，他並沒有立即舉兵討袁，而是先通電下野，並於6月15日離開南昌前往上海。到上海後，李烈鈞分別見到了孫中山、黃興、陳其美等人，他們在反覆會商後認為袁世凱難以感化，現在的辦法也只有舉兵反抗，或許還有一線生機。
7月7日，李烈鈞從上海返回江西後秘密召集舊部，並於7月12日佔領湖口炮台。次日，李烈鈞成立江西討袁軍並發布討袁檄文，宣布江西獨立。隨後，柏文蔚與胡漢民、陳炯明也分別在安徽、廣東宣布獨立。
早在李烈鈞宣布獨立前，北洋軍便已開始向南方各省滲透。1912年秋，一小部分北洋軍應湖北都督黎元洪之邀陸續進入湖北境內；1913年4月後，黎元洪又以湖北局勢不穩定為由，請求袁世凱再派李純的一個步兵團到武漢。等到5月中旬後，南北對立之勢日益明顯，北洋軍也開始大批南下。到5月底，駐紮在湖北的北洋軍已經超過2萬人。
北洋軍的軍事計畫沿著京漢線和津浦線兩路分進，一路以湖北為基地，進攻江西和湖南；另一路以徐州為前沿，並以海軍策應沿岸，向安徽和江蘇進軍。李烈鈞在湖口宣布獨立後，北洋軍第一軍各部在李純及王占元的率領下沿著京漢鐵路南下，很快便進抵江西九江；與此同時，馮國璋、雷震春、張勳等部也沿著津浦路進兵，向南京逼近。
李純部的前鋒第十一混成旅在旅長馬繼增的率領下，很快便進駐九江，扼住了入贛的戰略要地。李烈鈞討袁軍的前鋒林虎所部也不甘示弱，隨後扣留了由德安開往九江的火車，並將前哨布防前移，準備迎戰。
但是，李烈鈞的討袁軍也存在一個嚴重問題，這就是部隊內部分化，當時江西雖然有陸軍兩個師和1個混成旅，共10個團的兵力，但第一師師長歐陽武和第二師師長劉世鈞均舉棋不定，並在暗中與袁世凱、黎元洪互通信息，敵友難分。當時完全服從李烈鈞領導的只有林虎的第一師第一旅（兩個團）、李明揚的第十團、周璧階的第九團、卓仁機的機關槍大隊和方聲濤的新編旅（後來鼎鼎大名的陳銘樞和蔣光鼐在其中任營、連長），兵力不足5個團。
7月12日拂曉，林虎部主動出擊，一路向沙河鎮挺進，一路襲擊十里鋪的北洋軍。激戰數日後，討袁軍初戰告捷，佔領了沙河鎮，並迫使北洋軍暫時後撤。但在林虎部激戰的同時，方聲濤部進攻九江失利後撤，嚴重影響了戰局的發展。
李純在沙河戰役受挫後，隨後便調整部署，調集了3個團的優勢兵力向林虎部反撲，儘管林虎部抵抗非常英勇，但由於敵強我弱，在激戰一晝夜後討袁軍被迫撤退。數日後，北洋軍第二師在師長王占元的率領下開赴九江，段芝貴的8營拱衛軍進抵九江，海軍次長湯薌銘所率的艦隊也已到達前線，北洋軍實力大增。
在北洋軍部署完畢後，袁世凱任命段芝貴為第一軍軍長兼江西宣撫使，統一指揮前線作戰。隨後，段芝貴坐鎮九江，以李純為左路軍司令，王占元為右路軍司令，會同海軍艦隊進攻湖口。北洋軍兵分兩路，一路由第六師二十二團團長張敬堯率領，另二路由第二師旅長鮑貴卿率領，在湯薌銘四艘軍艦的配合下，向湖口炮台發起了猛烈的進攻。
在林虎部進攻失敗後，方聲濤率右翼軍約5000人進行了頑強的抵抗，戰鬥十分激烈，第九團團長周璧階在衝殺中不幸陣亡。在撤退途中，第九團的營長龔星勝眼見勝利無望，又帶領兩個營及炮隊、機關槍隊向北洋軍投降，結果右翼軍兵力大減，基本失去了進攻能力。
7月25日，北洋軍攻陷湖口，李烈鈞率討袁軍余部退守吳城。湖口要塞失陷後，江西已是門戶大開，無險可守，而北洋軍則乘勝追擊，攻下德安、建昌、吳城，隨後合擊南昌。由於實力相差懸殊，南昌於8月18日宣告失陷。
無可奈何之下，李烈鈞也只好率部下何子奇等人乘兩艘快輪沿贛江南下，經樟樹鎮到達萍鄉後與唐蟒率領的湘軍援贛部隊會合，隨後又在袁州同林虎解散剩餘部隊，最後應湖南都督譚延闓之邀率少數親信隨員乘火車去長沙。李烈鈞到達長沙時，譚延闓早已取消湖南獨立，但他也不想和革命黨交惡，於是在他的安排下，李烈鈞、林虎等人都秘密流亡日本。至此，江西戰事宣告平息。
在北洋軍與李烈鈞討袁軍激戰的同時，第二軍的馮國璋、張勳、雷震春等部也已經進入江蘇，準備進攻南京。此時，黃興組織了討袁軍司令部，隨即令駐徐州的冷遹第三師向鄰近的北洋駐軍立即發起進攻，又令第八師騎兵團及機關槍連、炮兵營、工兵營組成混合支隊，開赴徐州前線支援第三師，第一師第一旅也隨後跟進；第一師第二旅開赴臨淮關，協助安徽討袁軍協防北洋軍倪嗣沖部；第一師和第八師的其餘部隊，暫時駐防南京。
在受到冷遹部的攻擊後，北洋軍在第五師師長靳雲鵬的指揮下堅守待援，多次打退討袁軍的進攻。辨帥張勳得知徐州已經爆發戰事後，不待袁世凱的命令便派出3營如狼似虎的辮子兵前去支援，而田中玉的巡防營也從兗州開到前線，隨即加入戰鬥。冷遹部在被北洋軍左右夾擊後，勢不能敵，只得後撤到徐州以北20公里的柳泉待援。
這時，第八師的混成支隊和第一師第一旅也相繼趕來增援，南北軍再度展開激戰，雙方你來我往，陣地幾度易手，不分勝負。這時，黃興還試圖利用張勳忠於清室的情結來離間張勳倒戈，他致電張勳說：「袁世凱本清室權奸，異常險詐，戊