袁世凱聽說唐紹儀掛冠而去後，正要派人前去挽留，這時唐紹儀的辭呈已從天津電報局發來。唐在電報中說，自己「偶感風寒，牽動舊疾，所以赴津調治，請立即開缺，另請人選」。袁世凱見首任內閣即將垮台，臉上也很掛不住，隨即便派總統府秘書長梁士詒前去天津勸駕，看事情有無轉機。等梁士詒到了天津後，見唐紹儀去意已決，也只得怏怏而回。
唐紹儀的不辭而別，看起來是個偶然事件引起（即王芝祥任命書的副署問題），但實際上卻隱含著權力體系構建與現實情況衝突的基礎性問題，而這在很大程度上又是因為《臨時約法》中不切實際的規定所引發。如果從遵守法律、遵守《臨時約法》的角度出發，唐紹儀的辭職是一件值得讚揚的事情，因為他用自己的個人犧牲挽救了法律的尊嚴，而不至於使責任內閣制陷於袁世凱的淫威之下。但從實際情況來說，唐紹儀當時能做的也只能是辭職，作為跟隨袁世凱多年的僚屬，他的力量實在是無法與袁世凱抗衡。
如果從功利主義角度出發的話，唐紹儀的辭職顯然是不合時宜的，因為民國初建最需要的是大局穩定，而當時唯一具有號召力的莫過於大總統袁世凱，可惜的是，唐紹儀組建的第一任內閣便以這種鬧劇收場，這也實在是出人意料又不得人心的。
正因為如此，唐紹儀的辭職引起了參議院中共和黨、統一黨議員的強烈不滿，他們紛紛發表文章責罵唐紹儀是「擅離職守、乘間潛逃」，並聲稱「同盟會員不宜再擔任內閣總理」。面對共和黨、統一黨人的攻擊，同盟會則對唐紹儀進行了辯解和還擊，他們認為唐紹儀在這次的事件中完全是受逼而退，真正需要追究的應該是另有其人。
唐紹儀已去，內閣總理不可久懸，袁世凱只得在6月27日批准了唐紹儀的辭職，隨後提名外交總長陸征祥為總理人選。最開始的時候，袁世凱並不想讓陸征祥來接任總理，而是另有人選。在袁世凱還是直隸總督兼北洋大臣的時候，有兩個人在政務上對他的幫助特別大，一個是唐紹儀，另一個是徐世昌，可謂「左膀右臂」。如今「左膀」鬧翻了臉，袁世凱當時就想提名徐世昌來接任總理一職。
可惜的是，徐世昌當時對清朝還有感情，他寧可躲在外國的租界中做寓公，也不願出山；而同盟會的人認為徐世昌是前清老官僚，對共和民主一竅不通，他們對此反應十分激烈，堅決反對提名徐世昌做內閣總理。
在這種情況下，袁世凱在6月29日向臨時參議院提名陸征祥擔任總理職務。陸征祥是上海人，他早年就讀於上海廣方言館（相當於現在的外語學院），後來又進了京師同文館學習，精通多國語言。陸征祥做過多年的駐外公使，在外交界享有盛譽，對外情也了解至深，而且還娶了個比利時太太（某將軍之女）。更重要的是，陸征祥是個超然派，他不屬於任何政黨勢力，因此容易被各方接受。在當天的投票中，臨時參議院以74票通過、10票反對的表決結果高票通過了陸征祥出任總理的提案。
在陸征祥被任命為內閣總理後，同盟會本部會議鑒於唐紹儀混合內閣相互傾軋的教訓，決定讓內閣中的同盟會籍的國務員集體辭職，以免政黨之爭妨礙將來的施政。同盟會此舉，一來可以成全陸征祥組建一個超然內閣，二來也表示同盟會員甘於犧牲，決不貪戀權位。但當蔡元培、宋教仁、王正廷等人派出代表向袁世凱提請辭職時，袁總統卻故作挽留，以示包容。原來，袁世凱並不懂什麼政黨內閣、超然內閣，不過希望延攬天下英才為我所用，如果大家都辭職，反是拆他的牆腳，顯得他沒有威信。因此，袁世凱挽留的態度還是很誠懇的，他還不想這麼快就與同盟會決裂。
但同盟會對此卻不以為然，他們認為陸征祥內閣也就是個過渡內閣，因為過段時間後參議院需要重新選舉（由臨時參議院變成正式國會），屆時由勝出的政党進行組閣，內閣中全是一黨，豈不更方便？當時同盟會中持這種想法的人不少，宋教仁便是其中最堅決的。
為了表示辭職的決心，蔡元培等人寫信給新任內閣總理陸征祥，稱同盟會國務員在7月14日後不再到部辦公，同盟會員也不再參加新的內閣。在同盟會員去意已決的情況下，袁世凱於7月14日簽署命令批准了蔡元培等人的辭職，同一天被免職的還有交通總長施肇基（交通總長原是唐紹儀兼任，後由唐紹儀的親戚施肇基出任，這次自然是與唐紹儀同進退）及財政總長熊希齡，而工商總長陳其美一直沒有上任，自然也被免職。當然，內務總長趙秉鈞、陸軍總長段祺瑞及其海軍總長劉冠雄這三人卻仍舊巍然不動。
至於新總理陸征祥，他開始並不是袁世凱的最佳人選，只是因為徐世昌不肯出山也不能通過，這才被袁世凱推到了前台。陸征祥常年在國外辦外交，外交是把好手，但他對於內政卻是一竅不通，因此他對組閣也缺乏信心，好在袁總統答應幫他物色新的內閣總長人選，陸征祥這才答應出任總理職務。
儘管同盟會聲明不再參加新內閣，但袁世凱不知是真的愛才如命還是故意挑撥同盟會內部的關係，他非得提名同盟會員孫毓筠、胡瑛及沈秉堃為教育、農林、工商三部總長。孫毓筠、胡瑛及沈秉堃三人均為老同盟會員，孫毓筠擔任過安徽都督，胡瑛擔任過煙台都督，沈秉堃則擔任過廣西都督。不過，他們到北京就任參議員後，政治表現穩健，與袁世凱相處甚恰，因而得到提名。
對此，同盟會方面非常生氣，宋教仁指責袁世凱這是在「逼奸」，並要求袁世凱尊重別黨決議。袁世凱自然不知道什麼別黨不別黨，他只管搞他的人才內閣。後來，因為共和黨對胡瑛有異議，因而袁世凱用王人文替換了胡瑛，最後提出的新內閣成員名單如下：
財政總長周自齊、交通總長鬍惟德、司法總長章宗祥、農林總長王人文、工商總長沈秉坤、教育總長孫毓筠。
7月18日，陸征祥前往臨時參議院發表施政演說，同時也提請參議院批准新的內閣人選。由於陸征祥常年在外國辦理外務，之前又是高票通過，很多參議員都很想一睹其風采，因此對他的演說極其期待。
等陸征祥翩然進入參議院後，眾參議員們都拍著巴掌表示歡迎，會場氣氛很是熱烈。可惜的是，陸總理擅長外語卻不擅國語（大概是工作關係），加上又是個說著吳儂軟語的上海人，而且說話聲音太輕，很多議員都聽不太清。等到大家豎起耳朵要傾聽期待已久的一番宏論時，陸總理卻盡說些雞毛蒜皮的小事，真真是應了「盛名之下、其實難副」的那句古諺，讓眾議員好生掃興。
你猜陸總理說些什麼？他說的不是什麼國家大政方針，也不是什麼激動人心的計畫戰略，而是說了一番軲轆話，淡得如白開水一般：「兄弟我第一次來貴院，十分之榮幸。鄙人二十年來一直在外國，二十年間，第一次回國僅三個月；第二次回國還是在前年，呆了有十一個月。回來之後，和外界交往也少，鄙人又不願吃花酒，不願恭維官場，親戚也抱怨我不肯引用己人，不肯借錢，因而在交際場中頗為冷淡。如今以一個不願吃花酒、不願恭維官場、不肯引用己人、不肯借錢的人來辦一番大事業，鄙人實在是誠惶誠恐。如今有了國務總理，斷不可無國務員，若國務員沒有才幹，單靠著一個總理，也斷斷不能成事。譬如人家過生日，也須先開列菜單，挑選可口的菜蔬，何況是重大的國務員呢。」
陸征祥的演講內容大大出乎議員們的意料之外，他們本以為新總理會有一番高論，幫助新政府渡過當前的危機，不料卻是一番極其瑣碎的發言。聽到這裡，眾議員面面相覷，非但沒有一點掌聲，反而在台下私自議論起來，弄得台上的陸總理極為尷尬，也無意繼續演說下去，只得將新提名的國務議員名單交給議長，自己卻提前告退——也沒人送他。
等到陸征祥走後，眾議員不免抱怨起來，說：「民國初立，本希望來個有才幹的總理方能興利除弊，要是這一位來做總理的話，恐怕沒有什麼指望了。」在這種情緒之下，等到議長公布新內閣人選名單，議員們一股腦兒全投了反對票，六位候選人無一通過。
在聽說新人選全被否決後，陸征祥乾脆躲進醫院裝病，並以「無組織內閣之能力」提出辭職，連兼任的外交總長一職也要一併辭掉（不肯留戀官位，倒也值得尊敬）。袁世凱得知後頗為詫異：這些議員們前幾天還高票通過了陸征祥的總理提名，今天卻又將提名的內閣新成員給全部否決，這變化也未免太快了吧！
要說起來，中國人過慣了太平日子，突然搞起了民主，沒有經驗情有可原，亂搞一氣也實屬正常。就說那些年輕氣盛的參議員吧，這些人的年齡大都是三四十歲，他們大都是按照西方的教科書來行使權力，卻無意中造成了立法權和行政權的衝突，而中國的傳統是沒有立法權的。
作為一個新誕生的共和國家，在傳統的皇權缺位的情況下，不為人知的立法權導致新內閣的難產，這使得當時的局勢更為撲朔迷離，也更加的不穩定。因此，當臨時參議院否決新內閣人選