1912年4月1日，唐紹儀內閣成立。正當國人們都在為戰爭的和平解決而歡呼、為共和的勝利和國家的統一而感到興高采烈，民國的起步卻從一開始便顯得不是那麼的順利。
危機首先在內閣中爆發。在唐紹儀組建內閣後，部分內閣成員對職位安排並不滿意，他們紛紛向唐紹儀提出辭職。譬如農林總長宋教仁，這位30歲剛出頭的年輕人，他認為當前有著更重要的事情要辦，這小小的農林總長，完全滿足不了他的雄心（他要自己組閣！）。因此，宋教仁一而再、再而三地請求辭職，弄得唐紹儀非常難堪。
內閣中的另一位同盟會員陳其美，他認為給他的工商總長職位不過是調虎離山，因此他根本就沒有去北京上任，只是委託了王正廷作為次長前往北京代替他處理事務。財政總長熊希齡本是介於袁世凱勢力和南方革命黨之間的統一黨成員（原為清末立憲派），他鑒於當時的財政問題極其困難，加上內閣中派系複雜，因此也打起退堂鼓，再三向唐紹儀請辭。
按約定，南方的國務員們在組閣之後應當即時前往北京就任，但在這種情況下，唐紹儀在發布內閣任命後只能一直滯留南京，百般勸說宋教仁等人，希望大家以大局為重，早日北上。眼看首屆內閣難產，袁世凱也非常著急，他通過電報不斷地對各方進行疏通，以求事態得以圓滿解決。
之所以出現這種情況，主要原因還是南北雙方的互不信任。由於南方革命黨和袁世凱的北洋軍曾經交戰過，加上不久前北京又發生兵變，因此南方革命黨擔心北上會有危險，主張派兵護送國務員北上。這種做法，顯然是將南北矛盾提前激化。
這時，身在武昌的副總統黎元洪站了出來，他一封接著一封地給南京發電報，勸告國務員們儘快北上。在電報里，黎元洪幾乎是一把鼻涕一把淚的勸說道：「民國初建，國本未定，民心動搖。即使大家群策群力，尚難圖存，何況各部虛懸？各位要是以滅種為旁觀，以覆邦為快事，那我黎元洪寧願垂手待斃，也無怨言！如果各位還看得起我，還請大家按照約定儘早就職，在北京的總長可以先行籌辦，在南京的總長還望輕車簡從，迅速啟行！如果各位北上招致危險，請殺我黎元洪以謝天下！要是各位擁兵自重，以致禍端，那也當罪諸位以謝天下！要是五日之內各位還在延宕觀望，那國民必認為諸位是有意棄我民國，如何得了？」
在輿論的壓力下，南京的國務員們也只好勉為其難的前往北京就職。4月15日，蔡元培、宋教仁及其部分參議員隨同唐紹儀一起赴京。由於當時津浦路尚未通車，一行人首先從上海坐輪船到天津，然後由天津轉乘火車進京。
臨時政府遷到北京後，南京的臨時參議院也宣布休會，並隨之北遷。4月29日，參議院在北京隆重舉行開院儀式，國務總理唐紹儀和各部總長及中外各界人士紛紛出席觀禮，連袁總統也親自前來祝賀並發表演說。不過，這是袁世凱第一次到參議院，也是唯一的一次。說句實話，議會到底是幹什麼的、有什麼樣的權力和地位，恐怕袁世凱當時也不甚了了。在潛意識裡，他可能還是將參議院看成是前清的資政院，不過諮詢襄助罷了。
儘管有各種矛盾和衝突，但在南北雙方的協調與合作下，民國初步的政治構架總算是搭了起來。到1912年四月底，距清帝退位才兩個多月（離武昌起義也不過半年），民國已經初具規模，參議院、內閣、大總統都已確定（雖然它們前面都還掛著「臨時」二字）。這種民主嘗試，在中國歷史上可謂是絕無僅有、毫無先例，而中間不過短短的兩三個月，其速度不可謂不快，其成績不可謂不大。但所謂「欲速則不達」，這民國元年的氣象看起來雖說是奼紫嫣紅，頗有欣欣向榮之勢，但其內部隱藏的各種洶湧潛流也絕不容小視。
最根本的一個問題，也是前面所提到的《臨時約法》關於總統與總理的許可權劃分問題。按《臨時約法》的規定，臨時大總統發布命令須經過國務總理副署方能生效，這規定的本意，原是要從制度上限制袁世凱的權力擴張，但可惜的是，設想看起來雖然很美，但在現實中卻是行不通的。作為一個有兩千多年專制傳統的國家，陡然從原來的威權體系轉換到一個全新的共和民主體制，其中的障礙絕非一朝一夕所能克服，甚至非數十年不能完成這個轉換過程。梁啟超曾說，即使清帝退位，當時最適合中國的仍舊是開明專制，這話說來不合時宜，卻未必沒有道理，最糟糕的是，就連開明專制也不可得，那無辜的老百姓就要遭大殃了。
就拿袁世凱與唐紹儀的關係來說，從十九世紀八十年代開始，唐紹儀便一直追隨袁世凱，其僚屬身份保持了近三十年，忽然有一天，袁世凱發布命令還需要唐紹儀來副署，非經唐總理的簽署不能生效，這叫袁世凱如何接受得了？再者，以唐紹儀的身份地位和能力才幹，如果沒有袁世凱的支持，他豈能掌控當時如此複雜的局勢？倘若唐紹儀從屬於袁世凱，局面可能會好一點，但《臨時約法》中規定的責任內閣制度想用總理去鉗制大總統，特別是中外所看好的袁世凱，那就是書生之見甚至是出於私心了。事實上，在清帝退位後，沒有一個人能夠代替袁世凱，假如袁世凱那次真的被刺死，那天下大亂、軍閥混戰提前上演，應是定局。
可惜的是，唐紹儀雖然追隨袁世凱近三十年，但他的骨子裡卻還是個書生。在清帝退位前，唐紹儀受命前去南北談判時，他登上南下的火車後便剪去了腦後的長辮，貌似利於談判，實則是已與清廷決裂。在南北談判和南京組閣過程中，唐紹儀與南方的革命黨相處甚歡，這就不得不引起袁世凱的懷疑與猜忌了。
按袁世凱最初的想法，他舉薦唐紹儀為內閣總理，最初可能是希望唐紹儀作為自己的副手幫助處理政務，而如今唐紹儀與革命黨過往甚密，那就未免有借南邊的勢力與自己對抗之嫌了。從事實上來說，唐紹儀雖然與革命黨關係密切，但實際上仍是袁派中人，不過是因為責任內閣起見，為政見而屢屢與袁世凱相爭。可問題是，袁世凱是舊派人物，哪裡懂得什麼總統、總理、責任內閣相互牽制的道理？在他看來，唐紹儀實在是小人得志，無禮至極，難以忍受。
就連總統府的人，每次見了唐總理前來商討政事，都私下裡憤憤不平的說：「今日唐總理，又來欺負我們總統么？」下人的觀念尚且如此，身為大總統的袁世凱，他的角色如何轉換得過來？現實畢竟是現實，不能用想像來代替。
有一次，唐總理因為某事與袁總統起了爭執，老袁聽得不耐煩了，勃然作色道：「少川，我現在已經老朽了（其實袁世凱就比唐紹儀大一歲），你來做這個總統，可好么？」唐總理驟然聽得這麼一句，當場就被嚇得冷汗直流——這多年的僚屬在官長面前，終究是硬氣不起來。
由於與唐紹儀之間的抵牾過多，袁世凱乾脆就撇開這個國務總理，直接指揮趙秉鈞、段祺瑞等人。有了袁世凱的撐腰，原本就對袁世凱言聽計從的趙、段等人更是不把這新官上任的唐紹儀放在眼裡。弄到最後，趙秉鈞這些人連國務會議都不去參加。如此一來，唐紹儀這個總理怎麼做得下去？
譬如內閣各部人員的安排問題上，唐紹儀主張南北兼顧，但袁世凱直接命令各部仍按之前的委任，只做微調而已。在陸軍部，總長段祺瑞先是推薦自己的心腹徐樹錚為次長，但由於南方革命黨人的不滿，唐紹儀改任了原南京臨時政府陸軍部次長蔣作賓為新陸軍次長，並委託蔣物色幾個司長、部員人選隨同入京，但還沒有等到蔣作賓進京，段祺瑞已經安排了五個司長，以至於蔣作賓帶來的人根本沒有位子可以安置，結果引起了一場大風波，最後唐紹儀只得用增加司長職位的辦法來擺平這事。
至於其他部的人員安排，情況也大抵如此。當時的內閣明顯分為兩派，袁世凱的勢力與南方革命黨明爭暗鬥得不亦樂乎，而唐紹儀本是袁派中人，立場卻又接近南方革命黨，當時被夾在中間又無法調和雙方的矛盾，實在是苦不堪言。用他自己的話來說，「我之內閣，乃背包內閣，多任總理一日，即多負罪一日！」
人員安排還是小事情，當時最困擾新內閣的是財政問題。中國的古話說得好，「一分錢難倒英雄漢」，沒有錢，再美好的藍圖，你說得天花亂墜、天女散花，哪怕是說破了喉嚨，那也是白搭，最終什麼事情也幹不成。
巧婦難為無米之炊。作為新任內閣總理的唐紹儀同樣遇到沒錢這個問題，而他當時最重要的任務莫過於去搞錢了。也許有人會問，堂堂一個中華民國，怎麼會沒錢呢？豈不荒唐！
但現實是殘酷的，當時的情況是的確沒錢……要是有錢，袁世凱豈能善罷甘休、革命黨又豈會妥協退讓？要知道，被專制思想熏陶了幾千年的中國人，在權力鬥爭上向來就愛走極端，勝王敗寇，你死我活，從來也不懂得什麼叫有風度的對抗，而辛亥革命達成清帝退位、實現共和這種皆大歡喜的結果，在中國歷史上實屬罕見呢。
財政上的困窘並不會因為建立了民國而有所改善