時間如同流水，日子總在不知不覺中過去，一轉眼便到了1908年。在這一年的11月，光緒皇帝和慈禧太后相繼離世，兩人一前一後，相隔不到一天。
兩宮駕崩後，光緒的弟弟載灃被推上了攝政王的位置。載灃出生於1883年，他在老醇親王奕譞去世後承襲了醇親王的爵位，當時年僅9歲。在和光緒鬧翻之後，慈禧太后開始有意培養載灃：1900年，載灃被任命為宮廷行走，後來又派往德國代表清廷謝罪；1901年被委派為閱兵大臣；不久，慈禧太后又讓他前往軍機處學習行走；1908年，載灃成為軍機大臣，當時他年僅26歲。光緒龍馭光歸天后，慈禧太后安排由載灃的兒子溥儀繼位，年號宣統，載灃則以攝政王監國。
曾有人說，光緒在臨終之前，載灃去見過他最後一面。在這次會見中，光緒囑託弟弟一定要誅殺袁世凱，為自己報仇雪恨。有人說，光緒在被囚禁期間，每天在紙上畫大頭長身的各式鬼形，寫上「袁世凱」三字，然後撕成碎片；又經常畫一烏龜，龜背寫有「袁世凱」三個字，然後貼在牆上用小竹弓射擊，射爛之後還不解氣，還要再取下來剪碎，「令片片作蝴蝶飛」。更玄乎的是，還有人說光緒臨死前一言不發，唯用手在空中寫了「斬袁」兩字。
這些傳聞流傳頗廣，聽起來也頗像那麼回事。畢竟，袁世凱在戊戌政變中干下了出賣友人以圖自保的勾當，光緒也因此被囚禁瀛台，「十年困辱，均由袁世凱致之」。慈禧太后死後，就連「亂黨」康有為和梁啟超都給載灃寫信，說袁世凱是光緒爺被困的罪魁禍首，要求載灃「誅殺賊臣」。看來，在保護傘慈禧太后死後，袁世凱的日子是不好過了。
究竟有沒有這場傳說中的「殺袁」兄弟會，事出有因，查無實據，但載灃上台後第一個要對付的，確實就是袁世凱。在庚子年後，袁世凱在慈禧太后的庇護之下風光無限，也的確辦了不少大事、實事，但問題是，他的勢力擴展太厲害了，不管是編練軍隊還是官制改革，還有預備立憲，他樣樣都要積极參与。袁世凱不僅朝中有人，門生故舊也是遍布天下，特別是北洋新軍里的那些將領，哪個不是袁世凱鐵杆心腹、惟其馬首是瞻？
皇族親貴們的擔憂不是沒有道理的，大清王朝本是馬上打來的天下，可沒想到的是，經過這兩百多年的養尊處優後，曾經讓滿人引以為豪的八旗勁旅竟然已經不能打仗，重金豢養的綠營也是遇戰即潰，毫無用處。在太平軍、捻軍被鎮壓下去後，曾國藩、李鴻章等漢人的勢力異軍突起，各省督撫多由漢人出任，地方權力過大，結果是尾大不掉，清廷也就開始出現軟政權化的趨勢。特別在庚子年中，南方的漢人督撫們拒不執行朝廷命令，而且還宣布「東南互保」，這隱約間，清廷實際上已經是失去了半壁江山。
越是失去的，就越想奪回來。從官制改革到預備立憲，皇族親貴看著漢人的勢力在不斷壯大，特別是這幾年突然崛起的政治新星袁世凱，他年富力強又黨羽甚眾，怎能不讓那些親貴們憂心忡忡、夜不能寐。
果不其然，載灃剛剛上台主政，肅親王善耆和鎮國公載澤便密告載灃，「如今朝廷的內外軍政，都是袁世凱的黨羽。從前他所畏懼的是慈禧太后，如今太后一死，在袁心目中已經無人可以鉗制他。」善耆等人建議，目前之計，非得痛下決心，快刀斬亂麻，對袁世凱速作處置；不然等袁世凱的勢力養成，屆時非但不能削除，反有禍在旦夕之虞。
但是，冰凍三尺，非一日之寒，短短的一兩年間，豈能輕易動搖袁世凱的勢力？更何況，軍機處在朝廷中至關重要，要想處置袁世凱這樣的軍機重臣，必須經過其他軍機大臣們的同意，滿族親貴要誅殺袁世凱，談何容易。
正因為如此，載灃才不敢貿然而行。在再三的思慮之後，載灃和隆裕太后把首席軍機大臣慶親王奕劻請來商議如何處理。不料老慶聽後，立刻伏在地上，一言不發，作恐慌狀。在隆裕太后的厲聲質問下，奕劻才囁囁嚅嚅的說，這事關係重大，得和張之洞商量。載灃沒辦法，只好又召見張之洞。張之洞是漢人大臣，而且已是暮年，他聽後不免長嘆一聲，且有兔死狐悲之感。在沉吟半晌後，張之洞說：「國家新遭大喪，主上又年幼，當前須以穩定大局最為重要，此時誅殺大臣，先例一開，恐怕後患無窮。」他見載灃仍遲疑不定，便又說：「王道坦坦，王道平平，願攝政王熟思之，開缺回籍可也。」
應該說，張之洞和袁世凱的關係並不算好，但這次他說的話卻的確是寬仁厚道的長者之語。不管張之洞是為了大局著想還是其他，他的表態卻在無意中保護了袁世凱。
事實上，除了奕劻和張之洞反對誅殺袁世凱外，其他幾個軍機大臣也表示反對，比如那桐和世續，他們都是袁世凱的私黨，世續還暗地為袁通風報信。而在地方督撫中，兩江總督端方是袁世凱的姻親，東三省總督徐世昌更是袁世凱多年的把兄弟。另外，英國駐華公使朱爾典也曾為袁世凱出面說情，這些人都構成了阻止殺袁的重要力量。
不過，話說回來，袁世凱是不好對付，但在皇權體制下，袁世凱何嘗不慌張？當他從慶王府聽到「將對袁不利」的消息後，也是惶惶然如喪家之犬，無計可施。
1909年1月2日，在嚴辦袁世凱的流言聲中，袁世凱迎著冰冷徹骨的寒風，像往常一樣前往內廷（載灃主政後，每日都要召集軍機大臣商議朝政）。當他走到殿廷的時候，早被買通的當值太監攔住，偷偷地說：「今日攝政王怒形於色，袁大軍機可不必入內。聽說嚴懲諭旨即下，恐怕對袁大軍機不利，還是早籌自全之策為妙。諭旨如何嚴峻，則非我輩所能得知。」
袁世凱聽後，猶如被打了一悶棍，他在腦海一片空白的情況下，失魂落魄地走回了自己家中。待到稍微清醒，袁世凱急忙把自己的幕僚親信召來商議對策。屬下張懷芝說，情勢危急，不如立刻前往火車站乘三等車前往天津，畢竟直隸總督楊士驤是自己人。袁世凱聽後立刻起身收拾行裝，並在張懷芝等人的保護下前往天津。為防不測，袁世凱不敢到天津本站下車，而是提前一站讓張懷芝給楊士驤打電話，讓他派人來接。
楊士驤倒還鎮定，他接到電話後讓袁世凱萬萬不可來督署，也不能讓人看見他的行蹤。正當袁世凱氣惱之時，楊士驤的親信很快登上火車。他帶來了北京的最新消息，說袁世凱「罪只及開缺，無性命之虞。」袁世凱聽後這才長舒了一口氣，隨後立刻回京，預備明晨入朝謝恩，不然將會引起更大的麻煩與風波。
此時的袁府早已是陷入了慌亂當中，袁世凱失蹤的消息在北京城中不脛而走，一時間謠言紛紛，有人說袁世凱被秘密處死的，也有人說袁世凱畏罪自盡的，一時紛紛擾擾，鬧得是雞犬不寧。直到後來，主持軍機大政、負責找尋袁世凱的張之洞聽說老袁已經回來的確切消息後，他心裡的一塊石頭才算落了地。事後，老張忍不住對左右調侃道：「人家都說我是『有學無術』，袁世凱是『不學無術』，我看哪，他不但有術，而且是多術，你看他這次倉皇出走，能找的地方我都找遍了，誰能知道他躲在哪裡？我現在算是知道什麼叫『術』了。」
第二天，袁世凱終於見到了那道上諭：「內閣軍機大臣外務部袁世凱，夙承先朝屢加擢用，朕御極復予懋賞，正以其才可用，俾效驅馳。不意袁世凱現患足疾，步履艱難，難勝職任。袁世凱著即開缺回籍養痾，以示體恤之至意。」
三天之後，袁世凱懷著無比的委屈和幽怨，帶著他的姨太太和親信們，離開了北京。誰說袁世凱位高權重、不可一世？慈禧太后在死前將他從北洋大臣調入軍機，他不也只能乖乖地交出兵權？如今攝政王載灃命他「回籍養痾」，他不也只能磕頭謝恩、跌跌撞撞、抱頭鼠竄而去，哪裡還敢說半個「不」字？在皇權專制制度下，能保住一條性命已屬萬幸，足見專制之毒，不言而喻。
袁世凱被排擠出京後，其私黨一個個清除，清末的政壇也再次發生或大或小的地震：楊士驤於當年去世，端方接任直隸總督；張之洞去世；郵傳部尚書陳璧被革職；徐世昌內調郵傳部尚書，東三省總督由錫良接替；黑龍江布政使倪嗣沖被查辦；民政部侍郎趙秉鈞被斥，載灃接管警政；江北提督王士珍自請開缺，等等。隨後，載灃又派自己的弟弟載洵做了海軍大臣，另一個弟弟載濤做了軍咨處大臣掌管陸軍。載灃的這些措施，其實都是那次出訪時德國皇帝教導的，那就是：軍權一定要掌握在皇族手中！
打虎親兄弟，上陣父子兵，載灃三兄弟看似掌握了軍政大權，但袁世凱的勢力實際上遠未拔除。事實上，載灃並不是主政的合適人選，在他的治理下，慈禧太后死後導致的威信真空進一步加劇，而清廷軟政權化的趨勢也變得更加的嚴峻。
載灃的性格天生就比較軟弱，口才也不好，在公開場合話不多，也沒有什麼熱情。他這個人從小就對政治沒什麼興趣，據說他的房中懸有一聯：「有書大富貴，無事小神仙」；團扇則錄有白居易的一首詩：「蝸牛角